Result of FASTA (ccds) for pF1KB6281
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6281, 798 aa
  1>>>pF1KB6281 798 - 798 aa - 798 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3587+/-0.000989; mu= 3.1542+/- 0.060
 mean_var=235.5271+/-47.944, 0's: 0 Z-trim(112.4): 51  B-trim: 824 in 1/51
 Lambda= 0.083571
 statistics sampled from 13158 (13199) to 13158 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.405), width:  16
 Scan time:  3.900

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3429.1 PPARGC1A gene_id:10891|Hs108|chr4       ( 798) 5401 664.7 1.7e-190
CCDS7529.1 PPRC1 gene_id:23082|Hs108|chr10         (1664)  685 96.3 4.4e-19
CCDS73186.1 PPRC1 gene_id:23082|Hs108|chr10        (1400)  627 89.3 4.9e-17


>>CCDS3429.1 PPARGC1A gene_id:10891|Hs108|chr4            (798 aa)
 initn: 5401 init1: 5401 opt: 5401  Z-score: 3533.5  bits: 664.7 E(32554): 1.7e-190
Smith-Waterman score: 5401; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAWDMCNQDSESVWSDIECAALVGEDQPLCPDLPELDLSELDVNDLDTDSFLGGLKWCSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAWDMCNQDSESVWSDIECAALVGEDQPLCPDLPELDLSELDVNDLDTDSFLGGLKWCSD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QSEIISNQYNNEPSNIFEKIDEENEANLLAVLTETLDSLPVDEDGLPSFDALTDGDVTTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QSEIISNQYNNEPSNIFEKIDEENEANLLAVLTETLDSLPVDEDGLPSFDALTDGDVTTD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 NEASPSSMPDGTPPPQEAEEPSLLKKLLLAPANTQLSYNECSGLSTQNHANHNHRIRTNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NEASPSSMPDGTPPPQEAEEPSLLKKLLLAPANTQLSYNECSGLSTQNHANHNHRIRTNP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 AIVKTENSWSNKAKSICQQQKPQRRPCSELLKYLTTNDDPPHTKPTENRNSSRDKCTSKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AIVKTENSWSNKAKSICQQQKPQRRPCSELLKYLTTNDDPPHTKPTENRNSSRDKCTSKK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 KSHTQSQSQHLQAKPTTLSLPLTPESPNDPKGSPFENKTIERTLSVELSGTAGLTPPTTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KSHTQSQSQHLQAKPTTLSLPLTPESPNDPKGSPFENKTIERTLSVELSGTAGLTPPTTP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 PHKANQDNPFRASPKLKSSCKTVVPPPSKKPRYSESSGTQGNNSTKKGPEQSELYAQLSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PHKANQDNPFRASPKLKSSCKTVVPPPSKKPRYSESSGTQGNNSTKKGPEQSELYAQLSK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 SSVLTGGHEERKTKRPSLRLFGDHDYCQSINSKTEILINISQELQDSRQLENKDVSSDWQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSVLTGGHEERKTKRPSLRLFGDHDYCQSINSKTEILINISQELQDSRQLENKDVSSDWQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 GQICSSTDSDQCYLRETLEASKQVSPCSTRKQLQDQEIRAELNKHFGHPSQAVFDDEADK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GQICSSTDSDQCYLRETLEASKQVSPCSTRKQLQDQEIRAELNKHFGHPSQAVFDDEADK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 TGELRDSDFSNEQFSKLPMFINSGLAMDGLFDDSEDESDKLSYPWDGTQSYSLFNVSPSC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TGELRDSDFSNEQFSKLPMFINSGLAMDGLFDDSEDESDKLSYPWDGTQSYSLFNVSPSC
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 SSFNSPCRDSVSPPKSLFSQRPQRMRSRSRSFSRHRSCSRSPYSRSRSRSPGSRSSSRSC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSFNSPCRDSVSPPKSLFSQRPQRMRSRSRSFSRHRSCSRSPYSRSRSRSPGSRSSSRSC
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 YYYESSHYRHRTHRNSPLYVRSRSRSPYSRRPRYDSYEEYQHERLKREEYRREYEKRESE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YYYESSHYRHRTHRNSPLYVRSRSRSPYSRRPRYDSYEEYQHERLKREEYRREYEKRESE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB6 RAKQRERQRQKAIEERRVIYVGKIRPDTTRTELRDRFEVFGEIEECTVNLRDDGDSYGFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RAKQRERQRQKAIEERRVIYVGKIRPDTTRTELRDRFEVFGEIEECTVNLRDDGDSYGFI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB6 TYRYTCDAFAALENGYTLRRSNETDFELYFCGRKQFFKSNYADLDSNSDDFDPASTKSKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYRYTCDAFAALENGYTLRRSNETDFELYFCGRKQFFKSNYADLDSNSDDFDPASTKSKY
              730       740       750       760       770       780

              790        
pF1KB6 DSLDFDSLLKEAQRSLRR
       ::::::::::::::::::
CCDS34 DSLDFDSLLKEAQRSLRR
              790        

>>CCDS7529.1 PPRC1 gene_id:23082|Hs108|chr10              (1664 aa)
 initn: 794 init1: 589 opt: 685  Z-score: 456.1  bits: 96.3 E(32554): 4.4e-19
Smith-Waterman score: 787; 29.8% identity (53.8% similar) in 699 aa overlap (124-798:1047-1664)

           100       110       120       130          140       150
pF1KB6 ETLDSLPVDEDGLPSFDALTDGDVTTDNEASPSSMPDGT---PPPQEAEEPSLLKKLLLA
                                     .:.. :  .   : :   .    .. :. .
CCDS75 ESRGTPAGPPENVLPLSMAPPLSLGLPGHGAPQTEPTKVEVKPVPASPHPKHKVSALVQS
       1020      1030      1040      1050      1060      1070      

              160       170              180       190       200   
pF1KB6 PANTQLSYNECSGLSTQNHAN-------HNHRIRTNPAIVKTENSWSNKAKSICQQQKPQ
       :    :.     :..... :.       .. : : .: .  :.   . . ...   . : 
CCDS75 PQMKALACVSAEGVTVEEPASERLKPETQETRPREKPPLPATKAVPTPRQSTV--PKLPA
       1080      1090      1100      1110      1120        1130    

            210       220       230       240       250       260  
pF1KB6 RRPCS-ELLKYLTTNDDPPHTKPTENRNSSRDKCTSKKKSHTQSQSQHLQAKPTTLSLPL
        .:   . :..: :    :.:. .:.  ..  .  . . :  .:  .... . .    : 
CCDS75 VHPARLRKLSFLPT----PRTQGSEDVVQAFISEIGIEASDLSSLLEQFEKSEAKKECP-
         1140          1150      1160      1170      1180          

            270               280       290       300       310    
pF1KB6 TPESPNDP-----KGS---PFENKTIERTLSVELSGTAGLTPPTTPPHKANQDNPFRASP
        : .: :      .:.   : :.. ..:  . ::...::::::.::::.  .  :. :  
CCDS75 -PPAPADSLAVGNSGGVDIPQEKRPLDRLQAPELANVAGLTPPATPPHQLWK--PLAAVS
     1190      1200      1210      1220      1230      1240        

          320       330       340       350       360       370    
pF1KB6 KLKSSCKTVVPPPSKKPRYSESSGTQGNNSTKKGPEQSELYAQLSKSSVLTGGHEERKTK
        : ..         :.:. . . ::   ... .. . . .  :        : :   ...
CCDS75 LLAKA---------KSPKSTAQEGTLKPEGVTEAKHPAAVRLQ-------EGVHGPSRVH
       1250               1260      1270      1280             1290

          380       390       400       410       420        430   
pF1KB6 RPSLRLFGDHDYCQSINSKTEILINISQELQDSRQLENKDVSSDWQGQICSSTD-SDQCY
         :    ::::::  . :.:       ...     :   .:.: :.  .    : . .  
CCDS75 VGS----GDHDYC--VRSRTP-----PKKMP---ALVIPEVGSRWN--VKRHQDITIKPV
                   1300           1310         1320        1330    

           440         450       460       470       480       490 
pF1KB6 LRETLEASKQVSPC--STRKQLQDQEIRAELNKHFGHPSQAVFDDEADKTGELRDSDFSN
       :  .:  .    ::  ..:. : :..  .:     . ::   .   .  . :   :   :
CCDS75 L--SLGPAAPPPPCIAASREPL-DHRTSSEQ----ADPSAPCLAPSSLLSPEA--SPCRN
           1340      1350       1360          1370      1380       

             500       510       520       530       540       550 
pF1KB6 EQFSKLPMFINSGLAMDGLFDDSEDESDKLSYPWDGTQSYSLFNVSPSCSSFNSPCRDSV
       .. .. :   ..       .  .   ..  :  :.: .. .  .:: : :. .:   .: 
CCDS75 DMNTRTPPEPSAKQRSMRCYRKACRSASPSSQGWQGRRGRNSRSVS-SGSNRTSEASSSS
        1390      1400      1410      1420      1430       1440    

             560       570       580       590       600       610 
pF1KB6 SPPKSLFSQRPQRMRSRSRSFSRHRSCSRSPYSRSRSRSPGSRSSSRSCYYYESSHYRHR
       :  .:         ::::::.:        :..: :  : .: . :: :    ::     
CCDS75 SSSSS-------SSRSRSRSLS-------PPHKRWRRSSCSSSGRSRRCSSSSSSSSSSS
                1450             1460      1470      1480      1490

             620       630       640       650       660           
pF1KB6 THRNSPLYVRSRSRSPYSRRPRYDSYEEYQHERLKREEYRREYEKRESERAKQRER--QR
       .  .:    :::::::  ::               : . ::.: . .:.   ::.:  :.
CCDS75 SSSSSSSSSRSRSRSPSPRR---------------RSDRRRRYSSYRSHDHYQRQRVLQK
             1500      1510                     1520      1530     

     670       680       690       700       710       720         
pF1KB6 QKAIEERRVIYVGKIRPDTTRTELRDRFEVFGEIEECTVNLRDDGDSYGFITYRYTCDAF
       ..:::::::...:::    ::.::..:: :::::::::...: .::.:::.::::. .::
CCDS75 ERAIEERRVVFIGKIPGRMTRSELKQRFSVFGEIEECTIHFRVQGDNYGFVTYRYAEEAF
        1540      1550      1560      1570      1580      1590     

     730       740       750       760       770       780         
pF1KB6 AALENGYTLRRSNETDFELYFCGRKQFFKSNYADLDSNSDDFDPASTKSKYDSLDFDSLL
       ::.:.:. ::...:  :.: : ::.:: : .:.::::: .::::: .:::.::::::.::
CCDS75 AAIESGHKLRQADEQPFDLCFGGRRQFCKRSYSDLDSNREDFDPAPVKSKFDSLDFDTLL
        1600      1610      1620      1630      1640      1650     

     790        
pF1KB6 KEAQRSLRR
       :.::..:::
CCDS75 KQAQKNLRR
        1660    

>>CCDS73186.1 PPRC1 gene_id:23082|Hs108|chr10             (1400 aa)
 initn: 694 init1: 589 opt: 627  Z-score: 419.4  bits: 89.3 E(32554): 4.9e-17
Smith-Waterman score: 666; 31.5% identity (54.7% similar) in 565 aa overlap (254-798:898-1400)

           230       240       250       260       270         280 
pF1KB6 KPTENRNSSRDKCTSKKKSHTQSQSQHLQAKPTTLSLPLTPESPNDP--KGSPFENKTIE
                                     .: .: : . :  : ::  . .:. .    
CCDS73 AVPTPPSMSAALPFPAGGLGMPPSLPPPPLQPPSLPLSMGPVLP-DPFTHYAPLPSWPCY
       870       880       890       900       910        920      

             290       300       310       320        330       340
pF1KB6 RTLSVELSGTAGLTPPTTPPHKANQDNPFRASPKLKSSCKTV-VPPPSKKPRYSESSGTQ
         .:   ::   : :: : :  ..  . . . :    .:..  .:::.    :: :. : 
CCDS73 PHVSP--SGYPCLPPPPTVPLVSGTPGAYAVPP----TCSVPWAPPPAPVSPYS-STCTY
        930         940       950           960       970          

              350       360       370       380           390      
pF1KB6 GNNSTKKGPEQSELYAQLSKSSVLTGGHEERKTKRPSLRLFGDH----DYCQSINSKTEI
       :  .   ::... ... .     :  .   : . .:...  :      .    ..    .
CCDS73 GPLGWGPGPQHAPFWSTVPPPP-LPPASIGRAVPQPKMESRGTPAGPPENVLPLSMAPPL
     980       990      1000       1010      1020      1030        

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pF1KB6 LINI---SQELQDSRQLENKDV--SSDWQGQICSSTDSDQ-----CYLRETLEASKQVSP
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         ........   :.. ::         ::..      .:..    .  :: .     : 
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CCDS73 S----DRRRRYSSYRSHDH-------YQR-----------QRVLQKERAIEERRVVFIGK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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