seq1 = pF1KB9604.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB9604/gi568815595r_138845595.tfa (gi568815595r:138845595_139046722), 201128 bp

>pF1KB9604 1128
>gi568815595r:138845595_139046722 (Chr3)

(complement)

1-1128  (100001-101128)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCCAGCTACCCCGAGCCCGAGGACGCGGCGGGGGCCCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGCCAGCTACCCCGAGCCCGAGGACGCGGCGGGGGCCCTGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGAGACCGGTCGCACAGTCAAGGAGCCAGAAGGGCCGCCGCCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGAGACCGGTCGCACAGTCAAGGAGCCAGAAGGGCCGCCGCCGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGCAAGGGCGGTGGGGGTGGCGGCGGGACAGCCCCGGAGAAGCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGCAAGGGCGGTGGGGGTGGCGGCGGGACAGCCCCGGAGAAGCCGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGCGCAGAAGCCCCCGTACTCGTACGTGGCGCTCATCGCCATGGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGGCGCAGAAGCCCCCGTACTCGTACGTGGCGCTCATCGCCATGGCGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCGAGAGCGCGGAGAAGAGGCTCACGCTGTCCGGCATCTACCAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCGAGAGCGCGGAGAAGAGGCTCACGCTGTCCGGCATCTACCAGTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCATCGCGAAGTTCCCGTTCTACGAGAAGAATAAGAAGGGCTGGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCATCGCGAAGTTCCCGTTCTACGAGAAGAATAAGAAGGGCTGGCAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCATCCGCCACAACCTCAGCCTCAACGAGTGCTTCATCAAGGTGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCATCCGCCACAACCTCAGCCTCAACGAGTGCTTCATCAAGGTGCCGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGAGGGCGGCGGCGAGCGCAAGGGCAACTACTGGACGCTGGACCCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGAGGGCGGCGGCGAGCGCAAGGGCAACTACTGGACGCTGGACCCGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGAAGACATGTTCGAGAAGGGCAACTACCGGCGCCGCCGCCGCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGAAGACATGTTCGAGAAGGGCAACTACCGGCGCCGCCGCCGCATGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGGCCCTTCCGGCCGCCGCCCGCGCACTTCCAGCCCGGCAAGGGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGGCCCTTCCGGCCGCCGCCCGCGCACTTCCAGCCCGGCAAGGGGCTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGGGGCCGGAGGCGCCGCAGGCGGGTGCGGCGTGGCGGGCGCCGGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGGGGCCGGAGGCGCCGCAGGCGGGTGCGGCGTGGCGGGCGCCGGGGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGGCTACGGCTACCTGGCGCCCCCCAAGTACCTGCAGTCTGGCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGGCTACGGCTACCTGGCGCCCCCCAAGTACCTGCAGTCTGGCTTCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACAACTCGTGGCCGCTACCGCAGCCTCCCTCACCCATGCCCTATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACAACTCGTGGCCGCTACCGCAGCCTCCCTCACCCATGCCCTATGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGCCAGATGGCGGCAGCCGCAGCGGCTGCAGCAGCTGCGGCTGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGCCAGATGGCGGCAGCCGCAGCGGCTGCAGCAGCTGCGGCTGCAGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGGGCCCCGGTAGCCCTGGCGCGGCCGCTGTGGTCAAGGGGCTGGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGGGCCCCGGTAGCCCTGGCGCGGCCGCTGTGGTCAAGGGGCTGGCGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCGGCCGCCTCGTACGGGCCGTACACACGCGTGCAGAGCATGGCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCGGCCGCCTCGTACGGGCCGTACACACGCGTGCAGAGCATGGCGCTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCCCGGCGTAGTGAACTCGTACAATGGCCTGGGAGGCCCGCCGGCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCCCGGCGTAGTGAACTCGTACAATGGCCTGGGAGGCCCGCCGGCCGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCCGCCTCCGCCGCACCCCCACCCGCATCCGCACGCACACCATCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCCCGCCTCCGCCGCACCCCCACCCGCATCCGCACGCACACCATCTGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCGGCCGCCGCACCGCCGCCTGCCCCACCGCACCACGGGGCCGCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCGGCCGCCGCACCGCCGCCTGCCCCACCGCACCACGGGGCCGCCGCGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCCGCCGGGCCAGCTCAGCCCTGCCAGCCCAGCCACCGCCGCGCCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCCGCCGGGCCAGCTCAGCCCTGCCAGCCCAGCCACCGCCGCGCCCCCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CGCCCGCGCCCACCAGTGCGCCGGGCCTGCAGTTCGCTTGTGCCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CGCCCGCGCCCACCAGTGCGCCGGGCCTGCAGTTCGCTTGTGCCCGGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCCGAGCTCGCCATGATGCATTGCTCTTACTGGGACCACGACAGCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CCCGAGCTCGCCATGATGCATTGCTCTTACTGGGACCACGACAGCAAGAC

   1100     .    :    .    :    .
   1101 CGGCGCGCTGCATTCGCGCCTCGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGGCGCGCTGCATTCGCGCCTCGATCTC