seq1 = pF1KB9706.tfa, 1014 bp
seq2 = pF1KB9706/gi568815596f_176007356.tfa (gi568815596f:176007356_176209139), 201784 bp

>pF1KB9706 1014
>gi568815596f:176007356_176209139 (Chr2)

1-781  (100001-100781)   100% ->
782-1014  (101552-101784)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGACTTTGACGAGTGCGGCCAGAGCGCAGCCAGCATGTACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGACTTTGACGAGTGCGGCCAGAGCGCAGCCAGCATGTACCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCTGCGCCTACTATGTGGCCCCGTCTGACTTCGCTAGCAAGCCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCTGCGCCTACTATGTGGCCCCGTCTGACTTCGCTAGCAAGCCTTCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTTTCCCAACCGTCGTCCTGCCAGATGACTTTCCCCTACTCTTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTTTCCCAACCGTCGTCCTGCCAGATGACTTTCCCCTACTCTTCCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCTCCGCACGTCCAGCCCGTGCGCGAAGTGGCCTTCCGCGACTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCTCCGCACGTCCAGCCCGTGCGCGAAGTGGCCTTCCGCGACTACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGAGCGCGCCAAGTGGCCGTACCGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGAGCGCGCCAAGTGGCCGTACCGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGGGGCGGCAGCAGCGGGGGCGGCCCCGGCGGGGGCGGCGGCGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGGGGGCGGCAGCAGCGGGGGCGGCCCCGGCGGGGGCGGCGGCGGCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGGGCTACGCTCCCTACTACGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGGGCTACGCTCCCTACTACGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGCGGCGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCGGCGGCCGAGGAGGCGGCCATGCAACGCGAGCTTCTCCCGCCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCGGCGGCCGAGGAGGCGGCCATGCAACGCGAGCTTCTCCCGCCCGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCGCCGGCCGGACGTGCTCTTCAAGGCGCCTGAGCCGGTGTGCGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCGCCGGCCGGACGTGCTCTTCAAGGCGCCTGAGCCGGTGTGCGCTGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGGGGCCGCCGCACGGCCCCGCGGGCGCCGCCTCCAACTTCTACAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGGGGCCGCCGCACGGCCCCGCGGGCGCCGCCTCCAACTTCTACAGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTGGGCCGCAATGGCATCTTGCCACAGGGCTTCGACCAGTTCTACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTGGGCCGCAATGGCATCTTGCCACAGGGCTTCGACCAGTTCTACGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGCGCCCGGGCCCCCGTTCGCCGGGCCGCAGCCCCCGCCGCCACCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGCGCCCGGGCCCCCGTTCGCCGGGCCGCAGCCCCCGCCGCCACCCGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCGCCACAGCCCGAGGGCGCAGCCGACAAGGGCGACCCCAGGACCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCGCCACAGCCCGAGGGCGCAGCCGACAAGGGCGACCCCAGGACCGGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGTGGCGGCGGGGGCAGTCCCTGCACCAAGGCGACCCCTGGCTCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGTGGCGGCGGGGGCAGTCCCTGCACCAAGGCGACCCCTGGCTCGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAAGGGGGCAGCAGAAGGCAGCGGTGGCGACGGCGAGGGCCCCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAAGGGGGCAGCAGAAGGCAGCGGTGGCGACGGCGAGGGCCCCCCGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGGCGGGGGCCGAGAAGAGCAGCAGCGCAG         TTGCCCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100751 GAGGCGGGGGCCGAGAAGAGCAGCAGCGCAGGTA...CAGTTGCCCCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCGGTCCCGGAAAAAGCGCTGTCCCTATACCAAGTACCAGATCCGCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101562 GCGGTCCCGGAAAAAGCGCTGTCCCTATACCAAGTACCAGATCCGCGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGAACGCGAGTTTTTCTTTAACGTGTACATAAACAAAGAGAAAAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101612 TGGAACGCGAGTTTTTCTTTAACGTGTACATAAACAAAGAGAAAAGACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAACTCTCTCGGATGCTCAACCTCACTGACCGGCAAGTCAAAATCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101662 CAACTCTCTCGGATGCTCAACCTCACTGACCGGCAAGTCAAAATCTGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCAGAATCGCAGGATGAAAGAAAAGAAACTGAACAGAGACCGTCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101712 CCAGAATCGCAGGATGAAAGAAAAGAAACTGAACAGAGACCGTCTGCAGT

   1000     .    :    .    :
    992 ATTTCACTGGAAACCCCTTATTT
        |||||||||||||||||||||||
 101762 ATTTCACTGGAAACCCCTTATTT