seq1 = pF1KB7578.tfa, 852 bp
seq2 = pF1KB7578/gi568815596f_74414807.tfa (gi568815596f:74414807_74616186), 201380 bp

>pF1KB7578 852
>gi568815596f:74414807_74616186 (Chr2)

1-400  (100001-100400)   100% ->
401-638  (100827-101064)   100% ->
639-852  (101167-101380)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGGGGATGCTGGGTCCACACAACCTCCCACACCACGAGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGGGGATGCTGGGTCCACACAACCTCCCACACCACGAGCCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTTCGGCATCGATCAGATCCTGAGCGGCCCCGAAACCCCAGGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTTCGGCATCGATCAGATCCTGAGCGGCCCCGAAACCCCAGGGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCTAGGCCTGGGTCGCGGGGGCCAGGGTCATGGGGAGAATGGGGCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCTAGGCCTGGGTCGCGGGGGCCAGGGTCATGGGGAGAATGGGGCGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGGGTGGATACCACGGAGCCTCGGGCTACGGTCCCGCCGGCTCACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGGGTGGATACCACGGAGCCTCGGGCTACGGTCCCGCCGGCTCACTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGCTGCCCGGCAGCTCCGGAGTGGGCCCAGGCGGCGTGATCCGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGCTGCCCGGCAGCTCCGGAGTGGGCCCAGGCGGCGTGATCCGCGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGCGCACCGCCCGCTGCCTGTGCCGCCGCCCGCTGGGGGGGCGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGCGCACCGCCCGCTGCCTGTGCCGCCGCCCGCTGGGGGGGCGCCTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCCTGGGCCCTCGGGTTTGGGCGGCGCCGGAGGCCTAGCGGGACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCCTGGGCCCTCGGGTTTGGGCGGCGCCGGAGGCCTAGCGGGACTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCCCCTGGATGGACAGCGGCCGCCGCTTTGCCAAGGACCGGCTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTCCCCTGGATGGACAGCGGCCGCCGCTTTGCCAAGGACCGGCTCACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401          CTGCGCTCTCGCCCTTCTCTGGGACGCGCCGCATAGGCCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTG...TAGCTGCGCTCTCGCCCTTCTCTGGGACGCGCCGCATAGGCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCTACCAAAACCGGACCCCTCCGAAGCGGAAGAAGCCGCGCACGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100868 CCCTACCAAAACCGGACCCCTCCGAAGCGGAAGAAGCCGCGCACGTCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCCCGCTCACAGGTGCTGGAGTTGGAGCGGCGCTTCCTGCGCCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100918 CTCCCGCTCACAGGTGCTGGAGTTGGAGCGGCGCTTCCTGCGCCAGAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCTGGCCTCTGCGGAGAGGGCGGCGCTGGCCAAGGCCTTGCGCATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100968 ACCTGGCCTCTGCGGAGAGGGCGGCGCTGGCCAAGGCCTTGCGCATGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GACGCACAGGTCAAAACGTGGTTCCAGAACCGACGCACCAAGTGGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101018 GACGCACAGGTCAAAACGTGGTTCCAGAACCGACGCACCAAGTGGCGGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639       GCGCCAGACGGCGGAGGAGCGCGAGGCCGAGCGGCACCGCGCGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101068 ...TAGGCGCCAGACGGCGGAGGAGCGCGAGGCCGAGCGGCACCGCGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCCGGCTGCTCCTGCATCTGCAGCAGGACGCGTTGCCACGGCCGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101211 GCCGGCTGCTCCTGCATCTGCAGCAGGACGCGTTGCCACGGCCGCTGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCGCCGCTGCCCCCGGACCCTCTCTGCCTGCACAACTCGTCGCTCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101261 CCGCCGCTGCCCCCGGACCCTCTCTGCCTGCACAACTCGTCGCTCTTCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCTGCAGAACCTGCAGCCCTGGGCCGAGGACAACAAAGTGGCTTCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101311 GCTGCAGAACCTGCAGCCCTGGGCCGAGGACAACAAAGTGGCTTCAGTGT

    850     .    :    .    :
    833 CCGGGCTCGCCTCGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||
 101361 CCGGGCTCGCCTCGGTGGTG