seq1 = pF1KE6656.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KE6656/gi568815597r_145812164.tfa (gi568815597r:145812164_146018688), 206525 bp

>pF1KE6656 777
>gi568815597r:145812164_146018688 (Chr1)

(complement)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-172  (100873-100988)   100% ->
173-374  (101671-101872)   99% ->
375-777  (106123-106525)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCCTGGGTCCGCTTCAGTGCTCAGAGCCAAGCCCGGGAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCCTGGGTCCGCTTCAGTGCTCAGAGCCAAGCCCGGGAGCGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGTAG         GGCCGCCCAGTATGCTTGCTCTCTTCTTGGCCATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGTAGGTG...TAGGGCCGCCCAGTATGCTTGCTCTCTTCTTGGCCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCTGCAGAGGCATGGAGCCAGTCCTGAGTTACAGAAACAGATTCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100908 CGCTGCAGAGGCATGGAGCCAGTCCTGAGTTACAGAAACAGATTCGACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGAGAGCCACCTGAGCCTTGGAAGAAAGC         TTCTACGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100958 CTGGAGAGCCACCTGAGCCTTGGAAGAAAGCGTA...AAGTTCTACGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGTAACTCAGCAGATGCCCTTGAGTCAGCCAAAAGAGCTGTTCACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101681 GGGTAACTCAGCAGATGCCCTTGAGTCAGCCAAAAGAGCTGTTCACCTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGATGTTGTCCTGAGATTCTGCATCACTGTTAGTCACCTCAATCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101731 CAGATGTTGTCCTGAGATTCTGCATCACTGTTAGTCACCTCAATCGAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGTACTTCGTCTGTGACAATGTCCTGTGGGCTGGAAAGTCTGGACTGGC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101781 TTGTACTTCGCCTGTGACAATGTCCTGTGGGCTGGAAAGTCTGGACTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCCCGTGTGGATCAGGAGAAGTGGGCCCAGCGTTCATTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101831 TCCCCGTGTGGATCAGGAGAAGTGGGCCCAGCGTTCATTCAGGTT...CA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375  GTACTATTTGTTTTCCCTCATCATGAATTTGAGCCGTGATGCTTATGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106122 GGTACTATTTGTTTTCCCTCATCATGAATTTGAGCCGTGATGCTTATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTCGCCTACTGATGGAGCAAGAGTCTTCTGCTTGTAGCCGGCGACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106172 ATTCGCCTACTGATGGAGCAAGAGTCTTCTGCTTGTAGCCGGCGACTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGTTCTGGAGGAGGAGTCCCAGGAGGAAGTGAAACTGGGGGACTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106222 AGGTTCTGGAGGAGGAGTCCCAGGAGGAAGTGAAACTGGGGGACTTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GACCAGGGACTCCAGGAGGAGGTCTGCCCCAACTGGCTCTGAAACTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106272 GACCAGGGACTCCAGGAGGAGGTCTGCCCCAACTGGCTCTGAAACTTCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGCAAGTCCTGCTCCTGGCTCGAGTCCTTAGAGGTCATCCCCCACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106322 CTGCAAGTCCTGCTCCTGGCTCGAGTCCTTAGAGGTCATCCCCCACTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTAGACGTGGTCAGAAATGCCTGTGATCTCTTCATTCCTCTGGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106372 GCTAGACGTGGTCAGAAATGCCTGTGATCTCTTCATTCCTCTGGACAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAGGCCTCTGGCGCTGTGGCCCTGGGATTGTGGGGCTTTGTGGCCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106422 TAGGCCTCTGGCGCTGTGGCCCTGGGATTGTGGGGCTTTGTGGCCTCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCCTCCATCCTGTCTATTCTCACCCTAATCTATCCCTGGCTACGACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106472 TCCTCCATCCTGTCTATTCTCACCCTAATCTATCCCTGGCTACGACTCAA

    800 
    774 GCCC
        ||||
 106522 GCCC