seq1 = pF1KB8821.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB8821/gi568815597f_100438967.tfa (gi568815597f:100438967_100640118), 201152 bp

>pF1KB8821 1152
>gi568815597f:100438967_100640118 (Chr1)

1-1152  (100001-101152)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAACTCCTCCTCCACATCCACCTCCTCCACCACCGGTGGCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCAACTCCTCCTCCACATCCACCTCCTCCACCACCGGTGGCTCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTCTGCGAGGAAGAGGAGTCGTGGGCGGGCCGGCGCATCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTCTGCGAGGAAGAGGAGTCGTGGGCGGGCCGGCGCATCCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTCACTCCTGTATTCGGGCCTGGCCATCGGGGGCACGCTGGCCAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTCACTCCTGTATTCGGGCCTGGCCATCGGGGGCACGCTGGCCAACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGTCATCTATCTCGTGTCGTCCTTCCGAAAGCTGCAGACCACCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGTCATCTATCTCGTGTCGTCCTTCCGAAAGCTGCAGACCACCAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCTTCATCGTGAACGGCTGCGCCGCCGACCTCAGCGTCTGCGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCCTTCATCGTGAACGGCTGCGCCGCCGACCTCAGCGTCTGCGCCCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGATGCCGCAGGAGGCGGTGCTCGGGCTCCTGCCCACCGGCTCTGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGATGCCGCAGGAGGCGGTGCTCGGGCTCCTGCCCACCGGCTCTGCGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCCCGCAGACTGGGACGGCGCTGGGGGCAGCTACCGCCTGCTACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCCCCGCAGACTGGGACGGCGCTGGGGGCAGCTACCGCCTGCTACGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGCTGCTGGGCCTCGGACTCACGGTGTCCCTCCTCTCCCACTGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGCTGCTGGGCCTCGGACTCACGGTGTCCCTCCTCTCCCACTGCCTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCCTGAACCGCTACCTGCTCATCACCCGGGCGCCCGCCACCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCCTGAACCGCTACCTGCTCATCACCCGGGCGCCCGCCACCTACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGCTGTACCAGAGGCGCCACACGGCGGGCATGCTGGCGCTGTCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGCTGTACCAGAGGCGCCACACGGCGGGCATGCTGGCGCTGTCCTGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCGCCCTGGGCCTCGTGCTGCTGCTCCCGCCCTGGGCACCGCGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTCGCCCTGGGCCTCGTGCTGCTGCTCCCGCCCTGGGCACCGCGGCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGCCGCGCCACCGCGAATCCACTACCCGGCGCTGCTGGCCGCCGCGGCG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCGCCGCGCCACCGCGAGTCCACTACCCGGCGCTGCTGGCCGCCGCGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCTGGCGCAGACAGCTCTGCTGCTGCACTGCTACCTGGGCATCGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCTGGCGCAGACAGCTCTGCTGCTGCACTGCTACCTGGGCATCGTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGCGTGCGTGTCAGCGTCAAGCGGGTCAGCGTGCTCAACTTCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGCGTGCGTGTCAGCGTCAAGCGGGTCAGCGTGCTCAACTTCCACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCACCAGTTGCCCGGCTGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTTCCCGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCACCAGTTGCCCGGCTGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTTCCCGGGCGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGCACGCGCCGGGCCCCGGTGGCGCCGCGCACCCGGCGCAGGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAGCACGCGCCGGGCCCCGGTGGCGCCGCGCACCCGGCGCAGGCCCAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTGCCGCCCGCGCTGCACCCGCGGCGGGCACAGCGGCGTCTCAGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTGCCGCCCGCGCTGCACCCGCGGCGGGCACAGCGGCGTCTCAGCGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTCGGTGCTGCTGCTCTGCTGCGTCTTCCTGCTGGCCACGCAGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTCGGTGCTGCTGCTCTGCTGCGTCTTCCTGCTGGCCACGCAGCCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTGTGGGTGAGCCTGGCCAGCGGCTTCTCGCTGCCGGTGCCCTGGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTGTGGGTGAGCCTGGCCAGCGGCTTCTCGCTGCCGGTGCCCTGGGGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCAGGCGGCCAGCTGGCTCCTGTGCTGCGCCCTGTCCGCGCTCAATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCAGGCGGCCAGCTGGCTCCTGTGCTGCGCCCTGTCCGCGCTCAATCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGCTCTACACGTGGAGGAACGAGGAGTTCCGCCGCTCCGTGCGCTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGCTCTACACGTGGAGGAACGAGGAGTTCCGCCGCTCCGTGCGCTCAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTGCCGGGCGTCGGCGACGCGGCGGCCGCTGCCGTTGCCGCCACAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTGCCGGGCGTCGGCGACGCGGCGGCCGCTGCCGTTGCCGCCACAGCCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCCCGCAGTGTCCCAGGCGCAACTGGGCACCCGCGCCGCGGGCCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCCCGCAGTGTCCCAGGCGCAACTGGGCACCCGCGCCGCGGGCCAGCACT

   1150 
   1151 GG
        ||
 101151 GG