seq1 = pF1KE5560.tfa, 1134 bp
seq2 = pF1KE5560/gi568815582f_14110243.tfa (gi568815582f:14110243_14340822), 230580 bp

>pF1KE5560 1134
>gi568815582f:14110243_14340822 (Chr16)

1-67  (99999-100066)   98% ->
68-123  (102112-102167)   100% ->
124-199  (103303-103378)   100% ->
200-361  (106884-107045)   100% ->
362-540  (108578-108756)   100% ->
541-678  (123904-124041)   100% ->
679-926  (129995-130242)   100% ->
927-1134  (130373-130580)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 A TGCTCCAGCTGAGGCTGCAACAAAGGAGGACGAGAGAACAACTAGTGG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGTGCTCCAGCTGAGGCTGCAACAAAGGAGGACGAGAGAACAACTAGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 ACCAGGGCATCATGCCAC         CTTTGAAGAGCCCAGCGGCATTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100049 ACCAGGGCATCATGCCACGTA...CAGCTTTGAAGAGCCCAGCGGCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 CATGAACAGATAAAAAGCTTGGAACGAGCCAGA         ACTGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102135 CATGAACAGATAAAAAGCTTGGAACGAGCCAGAGTA...AAGACTGAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    132 CTTTTTGAAACACAAGATTCGGAGTCGACCAGATCGTTCTGAACTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103311 CTTTTTGAAACACAAGATTCGGAGTCGACCAGATCGTTCTGAACTTGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 GGATGCACATTTTAGAAG         AAACATTTGCAGAGCCATCCCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103361 GGATGCACATTTTAGAAGGTA...TAGAAACATTTGCAGAGCCATCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223 CAGGCTACTCAGATGAAGTTGAAAAGAGCTCGACTAGCAGATGATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106907 CAGGCTACTCAGATGAAGTTGAAAAGAGCTCGACTAGCAGATGATCTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 TGAAAAGATTGCTCAAAGACCTGGTCCTATGGAGCTGGTAGAGAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106957 TGAAAAGATTGCTCAAAGACCTGGTCCTATGGAGCTGGTAGAGAAAAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 TCCTTCCTGTGGACTCCAGTGTTAAAGAAGCAATTATAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107007 TCCTTCCTGTGGACTCCAGTGTTAAAGAAGCAATTATAGGCA...TAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 GTTGGGAAGGAGGACTATCCCCACACTCAGGGCGATTTCTCATTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108580 GTTGGGAAGGAGGACTATCCCCACACTCAGGGCGATTTCTCATTTGATGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 AGACAGCAGTGACGCTTTGTCTCCGGACCAGCCTGCGAGTCAGGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 AGACAGCAGTGACGCTTTGTCTCCGGACCAGCCTGCGAGTCAGGAGTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 AGGGGTCAGCCGCGTCCCCAAGTGAGCCAAAAGTTAGTGAATCGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 AGGGGTCAGCCGCGTCCCCAAGTGAGCCAAAAGTTAGTGAATCGCCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 CCTGTGACTACAAACACTCCAGCGCAG         TTTGCTTCAGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108730 CCTGTGACTACAAACACTCCAGCGCAGGTA...CAGTTTGCTTCAGTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 CCCAACAGTTCCTGAATTCTTGAAAACTCCTCCAACTGCAGATCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123918 CCCAACAGTTCCTGAATTCTTGAAAACTCCTCCAACTGCAGATCAGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 CCCCACGGCCTGCAGCTCCTGTCCTCCCCACAAACACTGTGTCCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123968 CCCCACGGCCTGCAGCTCCTGTCCTCCCCACAAACACTGTGTCCTCAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 AAGCCTGGCCCAGCACTGGTGAAG         CAAAGCCATCCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 124018 AAGCCTGGCCCAGCACTGGTGAAGGTG...TAGCAAAGCCATCCCAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 TCCAAATGACAAACACCGTAGCAAAAAGTGCAAAGATCCCAAACCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130012 TCCAAATGACAAACACCGTAGCAAAAAGTGCAAAGATCCCAAACCACGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746 TAAAGAAGTTAAAGTACCACCAATACATTCCACCAGATCAGAAGGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130062 TAAAGAAGTTAAAGTACCACCAATACATTCCACCAGATCAGAAGGGTGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 AAGAATGAGCCGCAGATGGACTCTAACTACGCCCGCCTGCTCCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130112 AAGAATGAGCCGCAGATGGACTCTAACTACGCCCGCCTGCTCCAGCAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 GCAGCTGTTCCTGCAACTGCAGATCCTGAGTCAGCAGAAGCAGCACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130162 GCAGCTGTTCCTGCAACTGCAGATCCTGAGTCAGCAGAAGCAGCACTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 ACTACCAGACCATCCTGCCTGCACCATTCAA         AGCTTATCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 130212 ACTACCAGACCATCCTGCCTGCACCATTCAAGTA...CAGAGCTTATCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 ACAGTGTCTGAAGTCCACATGGTGAGAGTGGCCTGCATTCCATTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130383 ACAGTGTCTGAAGTCCACATGGTGAGAGTGGCCTGCATTCCATTCCAGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 TCTGTCCTCCAAAATAGGTTCTGAATTTTTACAAGTTAGAAATGCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130433 TCTGTCCTCCAAAATAGGTTCTGAATTTTTACAAGTTAGAAATGCCTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 CACAATTATTCATCCAGATTTGCCTATTATTAGAACACCAAAATAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130483 CACAATTATTCATCCAGATTTGCCTATTATTAGAACACCAAAATAGTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1087 AGATGCTCTGAGAAAAGCGTAAGTAGTATAATACCTGGCATAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130533 AGATGCTCTGAGAAAAGCGTAAGTAGTATAATACCTGGCATAAACAGC