seq1 = pF1KB0472.tfa, 2979 bp
seq2 = pF1KB0472/gi568815587f_68803953.tfa (gi568815587f:68803953_69039728), 235776 bp

>pF1KB0472 2979
>gi568815587f:68803953_69039728 (Chr11)

1-86  (100001-100086)   98% ->
87-256  (102117-102286)   100% ->
257-449  (104193-104385)   100% ->
450-547  (104582-104679)   100% ->
548-711  (107488-107651)   99% ->
712-912  (110871-111071)   100% ->
913-1060  (113784-113931)   100% ->
1061-1235  (125231-125405)   100% ->
1236-1418  (129347-129529)   100% ->
1419-1537  (129843-129961)   100% ->
1538-1632  (130512-130606)   100% ->
1633-1756  (131347-131470)   100% ->
1757-2611  (132285-133139)   99% ->
2612-2784  (134230-134402)   100% ->
2785-2979  (135582-135776)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGGCAGCTGTGGAGAGCTTCGTGACCAAGCAACTGGACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGGCAGCTGTGGAGAGCTTCGTGACCAAGCAACTGGACCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTCGAGAGAGACGCGGAGGTGGAGGAGCGCAG         GTCCT
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 GGAGCTTGAGAGAGACGCGGAGGTGGAGGAGCGCAGGTA...CAGGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCAGGAGAACATCTCTCTGAAAGAGCTCCAGAGCCGAGGCGTGTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102122 GGCAGGAGAACATCTCTCTGAAAGAGCTCCAGAGCCGAGGCGTGTGTTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAAGCTGCAGGTATCCAGCCAGCGCACTGGGCTGTACGGACGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102172 CTGAAGCTGCAGGTATCCAGCCAGCGCACTGGGCTGTACGGACGGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTCACCTTTGAGCCCAGGCGATACGGGTCCGCGGCAGCTCTTCCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102222 GGTCACCTTTGAGCCCAGGCGATACGGGTCCGCGGCAGCTCTTCCCAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGCTTTACTTCTG         GTGATATCGTGGGCCTGTACGATGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102272 ACAGCTTTACTTCTGGTG...CAGGTGATATCGTGGGCCTGTACGATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTAATGAGGGCAGTCAGCTGGCCACTGGGATCTTGACCCGGGTCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104219 GCTAATGAGGGCAGTCAGCTGGCCACTGGGATCTTGACCCGGGTCACCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGTCGGTCACGGTGGCCTTTGATGAGTCCCACGATTTCCAGTTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104269 GAAGTCGGTCACGGTGGCCTTTGATGAGTCCCACGATTTCCAGTTGAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGACCGAGAGAATTCCTACAGACTGTTAAAACTTGCCAATGATGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104319 TGGACCGAGAGAATTCCTACAGACTGTTAAAACTTGCCAATGATGTCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACAGGCGACTGAAAAA         AGCCCTGATTGCTCTAAAGAAGTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104369 TACAGGCGACTGAAAAAGTA...CAGAGCCCTGATTGCTCTAAAGAAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCATTCTGGCCCAGCCTCCTCACTCATAGAAGTGCTCTTTGGCAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104606 TCATTCTGGCCCAGCCTCCTCACTCATAGAAGTGCTCTTTGGCAGATCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCCCAGTCCTGCCAGTGAAATAC         ACCCGCTGACATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104656 CTCCCAGTCCTGCCAGTGAAATACGTA...CAGACCCGCTGACATTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACACCTGCCTGGACACCTCCCAGAAAGAAGCGGTTTCATTTGCGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 107505 AACACCTGCCTGGACACCTCCCAGAAAGAAGCGGTTTTATTTGCGCTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAGAAAGAACTTGCCATCATCCATGGACCTCCTGGCACTGGGAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107555 TCAGAAAGAACTTGCCATCATCCATGGACCTCCTGGCACTGGGAAAACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGACTGTGGTTGAGATCATTCTTCAAGCTGTGAAACAAGGCTTAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107605 CGACTGTGGTTGAGATCATTCTTCAAGCTGTGAAACAAGGCTTAAAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712       GTTCTGTGCTGCGCCCCCTCCAACATCGCCGTGGACAATCTGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107655 ...CAGGTTCTGTGCTGCGCCCCCTCCAACATCGCCGTGGACAATCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAGCGCCTGGCTCTGTGTAAGCAGCGGATTCTGCGCCTGGGACACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110915 GGAGCGCCTGGCTCTGTGTAAGCAGCGGATTCTGCGCCTGGGACACCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCGCCTCCTGGAGTCCATTCAGCAGCACTCCCTGGATGCGGTTTTAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110965 CCCGCCTCCTGGAGTCCATTCAGCAGCACTCCCTGGATGCGGTTTTAGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGGAGCGACAGTGCCCAGATTGTTGCAGATATCAGGAAGGACATCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111015 CGGAGCGACAGTGCCCAGATTGTTGCAGATATCAGGAAGGACATCGACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGTCTTT         GTGAAAAACAAAAAGACCCAGGATAAGAGAGAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111065 GGTCTTTGTA...TAGGTGAAAAACAAAAAGACCCAGGATAAGAGAGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAAGTAATTTTCGAAATGAAATTAAGCTGTTAAGAAAAGAACTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113818 AAAGTAATTTTCGAAATGAAATTAAGCTGTTAAGAAAAGAACTGAAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGGGAAGAAGCAGCTATGCTCGAGAGCCTCACTTCGGCAAACGTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113868 AGGGAAGAAGCAGCTATGCTCGAGAGCCTCACTTCGGCAAACGTGGTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCAACAAACACAG         GTGCGTCTGCCGATGGCCCCCTGAAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113918 TGCAACAAACACAGGTG...CAGGTGCGTCTGCCGATGGCCCCCTGAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCTGCCCGAGAGCTACTTCGACGTGGTGGTCATTGACGAGTGTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125258 TGCTGCCCGAGAGCTACTTCGACGTGGTGGTCATTGACGAGTGTGCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCCCTCGAGGCGAGCTGCTGGATCCCCCTGCTGAAGGCCAGAAAGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125308 GCCCTCGAGGCGAGCTGCTGGATCCCCCTGCTGAAGGCCAGAAAGTGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCTGGCGGGCGATCACAAGCAGCTGCCCCCCACCACAGTCTCTCACAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 125358 CCTGGCGGGCGATCACAAGCAGCTGCCCCCCACCACAGTCTCTCACAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1236        GGCTGCGCTGGCAGGACTGTCACTCAGCCTGATGGAACGCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125408 A...CAGGGCTGCGCTGGCAGGACTGTCACTCAGCCTGATGGAACGCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTGAGGAGTACGGCGCGAGGGTGGTGCGGACACTGACGGTGCAGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129390 GCTGAGGAGTACGGCGCGAGGGTGGTGCGGACACTGACGGTGCAGTACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CATGCACCAGGCTATCATGCGCTGGGCCTCAGACACCATGTACCTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129440 CATGCACCAGGCTATCATGCGCTGGGCCTCAGACACCATGTACCTTGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGCTCACAGCCCACTCTTCCGTGGCAAGGCACCTCCTGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 129490 AGCTCACAGCCCACTCTTCCGTGGCAAGGCACCTCCTGAGGTG...CAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GACCTCCCAGGTGTGGCTGCCACAGAAGAGACGGGTGTGCCCCTGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129844 GACCTCCCAGGTGTGGCTGCCACAGAAGAGACGGGTGTGCCCCTGCTCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGTGGACACCGCCGGCTGCGGGCTGTTTGAGCTGGAGGAGGAGGACGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129894 GGTGGACACCGCCGGCTGCGGGCTGTTTGAGCTGGAGGAGGAGGACGAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGTCGAAAGGGAACCCTG         GCGAAGTCCGCCTCGTCAGTTTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129944 AGTCGAAAGGGAACCCTGGTG...CAGGCGAAGTCCGCCTCGTCAGTTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CACATCCAGGCTCTGGTGGACGCTGGTGTTCCAGCCCGTGACATTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130535 CACATCCAGGCTCTGGTGGACGCTGGTGTTCCAGCCCGTGACATTGCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGTCTCGCCATACAACCTCCAG         GTGGACCTGCTCAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 130585 GGTCTCGCCATACAACCTCCAGGTA...CAGGTGGACCTGCTCAGACAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GCCTTGTGCACAGGCACCCTGAGCTTGAAATCAAGTCTGTCGATGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131366 GCCTTGTGCACAGGCACCCTGAGCTTGAAATCAAGTCTGTCGATGGCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CAAGGCCGAGAGAAGGAGGCCGTGATACTGTCCTTCGTCAGATCCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131416 CAAGGCCGAGAGAAGGAGGCCGTGATACTGTCCTTCGTCAGATCCAACAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GAAAG         GTGAAGTTGGTTTTCTTGCTGAGGACCGGAGGATCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131466 GAAAGGTA...TAGGTGAAGTTGGTTTTCTTGCTGAGGACCGGAGGATCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ACGTGGCTGTCACCCGTGCCCGACGCCACGTGGCGGTCATCTGTGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132321 ACGTGGCTGTCACCCGTGCCCGACGCCACGTGGCGGTCATCTGTGACTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CGTACTGTCAACAACCATGCATTTTTGAAGACCCTGGTGGAGTATTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132371 CGTACTGTCAACAACCATGCATTTTTGAAGACCCTGGTGGAGTATTTCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 ACAGCATGGGGAAGTACGCACGGCCTTTGAGTATCTTGACGATATTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132421 ACAGCATGGGGAAGTACGCACGGCCTTTGAGTATCTTGACGATATTGTCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CAGAAAACTATTCCCATGAGAACTCCCAGGGTTCCAGCCACGCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132471 CAGAAAACTATTCCCATGAGAACTCCCAGGGTTCCAGCCACGCTGCCACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 AAGCCCCAGGGACCTGCTGCGTCCACCAGGACCGGAAGCCAGCGGCAGGA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 132521 AAGCCCCAGGGACCTGCTACGTCCACCAGGACCGGAAGCCAGCGGCAGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GGGAGGCCAGGAGGCTGCAGCACCTGCCAGACAGGGCCGGAAGAAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132571 GGGAGGCCAGGAGGCTGCAGCACCTGCCAGACAGGGCCGGAAGAAGCCGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CTGGGAAGTCTCTGGCCTCTGAAGCTCCATCTCAGCCCAGCCTCAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132621 CTGGGAAGTCTCTGGCCTCTGAAGCTCCATCTCAGCCCAGCCTCAACGGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GGCAGCCCAGAGGGAGTGGAGAGCCAAGATGGCGTGGACCACTTCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132671 GGCAGCCCAGAGGGAGTGGAGAGCCAAGATGGCGTGGACCACTTCCGGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CATGATAGTGGAGTTCATGGCCAGCAAGAAGATGCAGTTGGAGTTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132721 CATGATAGTGGAGTTCATGGCCAGCAAGAAGATGCAGTTGGAGTTTCCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 CTTCCCTCAATTCCCACGACAGGCTGCGGGTCCACCAAATAGCCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132771 CTTCCCTCAATTCCCACGACAGGCTGCGGGTCCACCAAATAGCCGAGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CACGGGCTGAGGCACGACAGTTCTGGGGAAGGGAAGAGGAGGTTCATCAC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 132821 CACGGGCTGAGGCACGACAGTTCCGGGGAAGGGAAGAGGAGGTTCATCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 TGTGAGCAAGAGGGCCCCGCGACCCCGAGCAGCCCTGGGACCCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132871 TGTGAGCAAGAGGGCCCCGCGACCCCGAGCAGCCCTGGGACCCCCAGCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 GGACCGGTGGCCCAGCCCCTCTCCAGCCAGTGCCCCCTACCCCTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132921 GGACCGGTGGCCCAGCCCCTCTCCAGCCAGTGCCCCCTACCCCTGCGCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 ACAGAGCAGCCTCCCAGGGAGCAGCGTGGCCCAGACCAGCCTGATCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132971 ACAGAGCAGCCTCCCAGGGAGCAGCGTGGCCCAGACCAGCCTGATCTGAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 GACGCTGCACCTGGAGAGACTGCAGAGGGTCAGGAGCGCGCAGGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133021 GACGCTGCACCTGGAGAGACTGCAGAGGGTCAGGAGCGCGCAGGGGCAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 CCGCCAGCAAGGAGCAGCAGGCCTCAGGGCAGCAGAAACTTCCAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133071 CCGCCAGCAAGGAGCAGCAGGCCTCAGGGCAGCAGAAACTTCCAGAAAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2593 AAAAAGAAAAAAGCCAAAG         GACATCCGGCCACAGATCTGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 133121 AAAAAGAAAAAAGCCAAAGGTA...CAGGACATCCGGCCACAGATCTGCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 CACGGAGGAGGACTTTGAGGCCCTGGTTTCTGCCGCCGTTAAGGCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134252 CACGGAGGAGGACTTTGAGGCCCTGGTTTCTGCCGCCGTTAAGGCTGATA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 ACACCTGCGGCTTTGCCAAGTGCACAGCCGGCGTCACAACCCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134302 ACACCTGCGGCTTTGCCAAGTGCACAGCCGGCGTCACAACCCTGGGCCAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2734 TTCTGCCAGCTCTGCAGCCGCCGCTACTGCCTCAGCCACCACCTGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134352 TTCTGCCAGCTCTGCAGCCGCCGCTACTGCCTCAGCCACCACCTGCCCGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2784 G         ATCCATGGCTGCGGTGAGAGGGCTCGCGCCCATGCCCGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134402 GGTA...CAGATCCATGGCTGCGGTGAGAGGGCTCGCGCCCATGCCCGGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2825 AGAGAATCAGCCGGGAAGGGGTCCTCTATGCCGGCAGCGGGACCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135622 AGAGAATCAGCCGGGAAGGGGTCCTCTATGCCGGCAGCGGGACCAAGAAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2875 GGATCCCTGGACCCAGCCAAGAGGGCCCAGCTGCAGAGGAGGCTGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135672 GGATCCCTGGACCCAGCCAAGAGGGCCCAGCTGCAGAGGAGGCTGGATAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2925 GAAGCTGAGTGAGCTCAGCAACCAGAGGACCAGCCGGAGGAAGGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135722 GAAGCTGAGTGAGCTCAGCAACCAGAGGACCAGCCGGAGGAAGGAGAGGG

   3100     .
   2975 GGACG
        |||||
 135772 GGACG