Result of FASTA (ccds) for pF1KE2301
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2301, 2177 aa
  1>>>pF1KE2301 2177 - 2177 aa - 2177 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.1047+/-0.00125; mu= -5.3890+/- 0.075
 mean_var=432.4071+/-88.146, 0's: 0 Z-trim(112.6): 114  B-trim: 14 in 1/53
 Lambda= 0.061678
 statistics sampled from 13264 (13359) to 13264 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.41), width:  16
 Scan time:  7.340

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS43970.1 MED12 gene_id:9968|Hs108|chrX          (2177) 14683 1323.0       0
CCDS33876.1 MED12L gene_id:116931|Hs108|chr3       (2145) 2175 210.0 9.1e-53


>>CCDS43970.1 MED12 gene_id:9968|Hs108|chrX               (2177 aa)
 initn: 14683 init1: 14683 opt: 14683  Z-score: 7075.8  bits: 1323.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 14683; 100.0% identity (100.0% similar) in 2177 aa overlap (1-2177:1-2177)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MAAFGILSYEHRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTALNVKQGFNNQPAVSGDEHGSAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MAAFGILSYEHRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTALNVKQGFNNQPAVSGDEHGSAK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 NVSFNPAKISSNFSSIIAEKLRCNTLPDTGRRKPQVNQKDNFWLVTARSQSAINTWFTDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NVSFNPAKISSNFSSIIAEKLRCNTLPDTGRRKPQVNQKDNFWLVTARSQSAINTWFTDL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 AGTKPLTQLAKKVPIFSKKEEVFGYLAKYTVPVMRAAWLIKMTCAYYAAISETKVKKRHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AGTKPLTQLAKKVPIFSKKEEVFGYLAKYTVPVMRAAWLIKMTCAYYAAISETKVKKRHV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 DPFMEWTQIITKYLWEQLQKMAEYYRPGPAGSGGCGSTIGPLPHDVEVAIRQWDYTEKLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DPFMEWTQIITKYLWEQLQKMAEYYRPGPAGSGGCGSTIGPLPHDVEVAIRQWDYTEKLA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 MFMFQDGMLDRHEFLTWVLECFEKIRPGEDELLKLLLPLLLRYSGEFVQSAYLSRRLAYF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MFMFQDGMLDRHEFLTWVLECFEKIRPGEDELLKLLLPLLLRYSGEFVQSAYLSRRLAYF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 CTRRLALQLDGVSSHSSHVISAQSTSTLPTTPAPQPPTSSTPSTPFSDLLMCPQHRPLVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CTRRLALQLDGVSSHSSHVISAQSTSTLPTTPAPQPPTSSTPSTPFSDLLMCPQHRPLVF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 GLSCILQTILLCCPSALVWHYSLTDSRIKTGSPLDHLPIAPSNLPMPEGNSAFTQQVRAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GLSCILQTILLCCPSALVWHYSLTDSRIKTGSPLDHLPIAPSNLPMPEGNSAFTQQVRAK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 LREIEQQIKERGQAVEVRWSFDKCQEATAGFTIGRVLHTLEVLDSHSFERSDFSNSLDSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LREIEQQIKERGQAVEVRWSFDKCQEATAGFTIGRVLHTLEVLDSHSFERSDFSNSLDSL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 CNRIFGLGPSKDGHEISSDDDAVVSLLCEWAVSCKRSGRHRAMVVAKLLEKRQAEIEAER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CNRIFGLGPSKDGHEISSDDDAVVSLLCEWAVSCKRSGRHRAMVVAKLLEKRQAEIEAER
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 CGESEAADEKGSIASGSLSAPSAPIFQDVLLQFLDTQAPMLTDPRSESERVEFFNLVLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CGESEAADEKGSIASGSLSAPSAPIFQDVLLQFLDTQAPMLTDPRSESERVEFFNLVLLF
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 CELIRHDVFSHNMYTCTLISRGDLAFGAPGPRPPSPFDDPADDPEHKEAEGSSSSKLEDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CELIRHDVFSHNMYTCTLISRGDLAFGAPGPRPPSPFDDPADDPEHKEAEGSSSSKLEDP
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE2 GLSESMDIDPSSSVLFEDMEKPDFSLFSPTMPCEGKGSPSPEKPDVEKEVKPPPKEKIEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GLSESMDIDPSSSVLFEDMEKPDFSLFSPTMPCEGKGSPSPEKPDVEKEVKPPPKEKIEG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE2 TLGVLYDQPRHVQYATHFPIPQEESCSHECNQRLVVLFGVGKQRDDARHAIKKITKDILK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TLGVLYDQPRHVQYATHFPIPQEESCSHECNQRLVVLFGVGKQRDDARHAIKKITKDILK
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE2 VLNRKGTAETDQLAPIVPLNPGDLTFLGGEDGQKRRRNRPEAFPTAEDIFAKFQHLSHYD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VLNRKGTAETDQLAPIVPLNPGDLTFLGGEDGQKRRRNRPEAFPTAEDIFAKFQHLSHYD
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE2 QHQVTAQVSRNVLEQITSFALGMSYHLPLVQHVQFIFDLMEYSLSISGLIDFAIQLLNEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 QHQVTAQVSRNVLEQITSFALGMSYHLPLVQHVQFIFDLMEYSLSISGLIDFAIQLLNEL
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE2 SVVEAELLLKSSDLVGSYTTSLCLCIVAVLRHYHACLILNQDQMAQVFEGLCGVVKHGMN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SVVEAELLLKSSDLVGSYTTSLCLCIVAVLRHYHACLILNQDQMAQVFEGLCGVVKHGMN
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE2 RSDGSSAERCILAYLYDLYTSCSHLKNKFGELFSDFCSKVKNTIYCNVEPSESNMRWAPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RSDGSSAERCILAYLYDLYTSCSHLKNKFGELFSDFCSKVKNTIYCNVEPSESNMRWAPE
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KE2 FMIDTLENPAAHTFTYTGLGKSLSENPANRYSFVCNALMHVCVGHHDPDRVNDIAILCAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FMIDTLENPAAHTFTYTGLGKSLSENPANRYSFVCNALMHVCVGHHDPDRVNDIAILCAE
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KE2 LTGYCKSLSAEWLGVLKALCCSSNNGTCGFNDLLCNVDVSDLSFHDSLATFVAILIARQC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LTGYCKSLSAEWLGVLKALCCSSNNGTCGFNDLLCNVDVSDLSFHDSLATFVAILIARQC
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KE2 LLLEDLIRCAAIPSLLNAACSEQDSEPGARLTCRILLHLFKTPQLNPCQSDGNKPTVGIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LLLEDLIRCAAIPSLLNAACSEQDSEPGARLTCRILLHLFKTPQLNPCQSDGNKPTVGIR
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KE2 SSCDRHLLAASQNRIVDGAVFAVLKAVFVLGDAELKGSGFTVTGGTEELPEEEGGGGSGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SSCDRHLLAASQNRIVDGAVFAVLKAVFVLGDAELKGSGFTVTGGTEELPEEEGGGGSGG
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KE2 RRQGGRNISVETASLDVYAKYVLRSICQQEWVGERCLKSLCEDSNDLQDPVLSSAQAQRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RRQGGRNISVETASLDVYAKYVLRSICQQEWVGERCLKSLCEDSNDLQDPVLSSAQAQRL
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KE2 MQLICYPHRLLDNEDGENPQRQRIKRILQNLDQWTMRQSSLELQLMIKQTPNNEMNSLLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MQLICYPHRLLDNEDGENPQRQRIKRILQNLDQWTMRQSSLELQLMIKQTPNNEMNSLLE
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KE2 NIAKATIEVFQRSAETGSSSGSTASNMPSSSKTKPVLSSLERSGVWLVAPLIAKLPTSVQ
       :::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NIAKATIEVFQQSAETGSSSGSTASNMPSSSKTKPVLSSLERSGVWLVAPLIAKLPTSVQ
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KE2 GHVLKAAGEELEKGQHLGSSSRKERDRQKQKSMSLLSQQPFLSLVLTCLKGQDEQREGLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GHVLKAAGEELEKGQHLGSSSRKERDRQKQKSMSLLSQQPFLSLVLTCLKGQDEQREGLL
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      1560
pF1KE2 TSLYSQVHQIVNNWRDDQYLDDCKPKQLMHEALKLRLNLVGGMFDTVQRSTQQTTEWAML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TSLYSQVHQIVNNWRDDQYLDDCKPKQLMHEALKLRLNLVGGMFDTVQRSTQQTTEWAML
             1510      1520      1530      1540      1550      1560

             1570      1580      1590      1600      1610      1620
pF1KE2 LLEIIISGTVDMQSNNELFTTVLDMLSVLINGTLAADMSSISQGSMEENKRAYMNLAKKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LLEIIISGTVDMQSNNELFTTVLDMLSVLINGTLAADMSSISQGSMEENKRAYMNLAKKL
             1570      1580      1590      1600      1610      1620

             1630      1640      1650      1660      1670      1680
pF1KE2 QKELGERQSDSLEKVRQLLPLPKQTRDVITCEPQGSLIDTKGNKIAGFDSIFKKEGLQVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 QKELGERQSDSLEKVRQLLPLPKQTRDVITCEPQGSLIDTKGNKIAGFDSIFKKEGLQVS
             1630      1640      1650      1660      1670      1680

             1690      1700      1710      1720      1730      1740
pF1KE2 TKQKISPWDLFEGLKPSAPLSWGWFGTVRVDRRVARGEEQQRLLLYHTHLRPRPRAYYLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TKQKISPWDLFEGLKPSAPLSWGWFGTVRVDRRVARGEEQQRLLLYHTHLRPRPRAYYLE
             1690      1700      1710      1720      1730      1740

             1750      1760      1770      1780      1790      1800
pF1KE2 PLPLPPEDEEPPAPTLLEPEKKAPEPPKTDKPGAAPPSTEERKKKSTKGKKRSQPATKTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PLPLPPEDEEPPAPTLLEPEKKAPEPPKTDKPGAAPPSTEERKKKSTKGKKRSQPATKTE
             1750      1760      1770      1780      1790      1800

             1810      1820      1830      1840      1850      1860
pF1KE2 DYGMGPGRSGPYGVTVPPDLLHHPNPGSITHLNYRQGSIGLYTQNQPLPAGGPRVDPYRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DYGMGPGRSGPYGVTVPPDLLHHPNPGSITHLNYRQGSIGLYTQNQPLPAGGPRVDPYRP
             1810      1820      1830      1840      1850      1860

             1870      1880      1890      1900      1910      1920
pF1KE2 VRLPMQKLPTRPTYPGVLPTTMTGVMGLEPSSYKTSVYRQQQPAVPQGQRLRQQLQQSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VRLPMQKLPTRPTYPGVLPTTMTGVMGLEPSSYKTSVYRQQQPAVPQGQRLRQQLQQSQG
             1870      1880      1890      1900      1910      1920

             1930      1940      1950      1960      1970      1980
pF1KE2 MLGQSSVHQMTPSSSYGLQTSQGYTPYVSHVGLQQHTGPAGTMVPPSYSSQPYQSTHPST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MLGQSSVHQMTPSSSYGLQTSQGYTPYVSHVGLQQHTGPAGTMVPPSYSSQPYQSTHPST
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NPTLVDPTRHLQQRPSGYVHQQAPTYGHGLTSTQRFSHQTLQQTPMISTMTPMSAQGVQA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GVRSTAILPEQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQYHIRQQQQQQILRQQQQQQQQQQQ
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CCDS43 QQQQQQQQQQQQQQQHQQQQQQQAAPPQPQPQSQPQFQRQGLQQTQQQQQTAALVRQLQQ
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       :::::::::::::::::
CCDS43 QLSNTQPQPSTNIFGRY
             2170       

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       :. :::.:::..::.:::.:. .::::: .:.::::::::.:.:: ::::::::::::::
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pF1KE2 FCTRRLALQLDG----VSSHSSHVISAQSTSTLPT-TPAPQPPTSSTPSTPFSDLLMCPQ
       ::.:::.: :.     ...:: :.. . ..:.. . .:.:  :  :  .  :::.: : :
CCDS33 FCARRLSLLLSDSPNLLAAHSPHMMIGPNNSSIGAPSPGPPGPGMSPVQLAFSDFLSCAQ
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pF1KE2 HRPLVFGLSCILQTILLCCPSALVWHYSLTDSR-IKTGSPLDHLPIAPSNLPMPEGNSAF
       : :::.::::.:::. :::::::::.:: ....  . ::::: : .:::.:::: ::.::
CCDS33 HGPLVYGLSCMLQTVTLCCPSALVWNYSTNENKSANPGSPLDLLQVAPSSLPMPGGNTAF
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       .:::::.. :.:::::.::.:::::::::::::.::: ::.:::::::::: : :.:.: 
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       ::::::::::::. ::: ::.:.::.. : :.::.:::.::::::: :.:: :: :.:::
CCDS33 AEIEAERCGESEVLDEKESISSSSLAGSSLPVFQNVLLRFLDTQAPSLSDPNSECEKVEF
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CCDS33 VNLVLLFCEFIRHDVFSHDAYMCTLISRGDLSVTA-STRPRSPVGENAD--EH-------
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CCDS33 --------YSKDHDVK---------ME-----IFSP-MPGESCENANTSLGRRMSVNCEK
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        ::   :.: :  .    ::  ::.::::::::: .:: ::::::: ..:.::::.::.:
CCDS33 LVKREKPRELIFPSN---YDLLRHLQYATHFPIPLDESSSHECNQRTILLYGVGKERDEA
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       :: .:::::::::.::.:.:.::                  :..::: :.:. :.::: :
CCDS33 RHQLKKITKDILKILNKKSTTETGV----------------GDEGQKARKNKQETFPTLE
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       :::::::::::::::::::::::::.:.:::::.::.:::::::.::.::::: :: :::
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       :::::::::: .: :. :: ::::::::::::.:::::..:::.:::. :::::.::: :
CCDS33 FEGLCGVVKHVVNPSECSSPERCILAYLYDLYVSCSHLRSKFGDLFSSACSKVKQTIYNN
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pF1KE2 VEPSESNMRWAPEFMIDTLENPAAHTFTYTGLGKSLSENPANRYSFVCNALMHVCVGHHD
       : :..::.:: :.::.: .:::.:....:. ::: ::.: :::::::::.::.::.::.:
CCDS33 VMPANSNLRWDPDFMMDFIENPSARSINYSMLGKILSDNAANRYSFVCNTLMNVCMGHQD
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pF1KE2 PDRVNDIAILCAELTGYCKSLSAEWLGVLKALCCSSNNGTCGFNDLLCNVDVSDLSFHDS
         :.:::: . .:::. :  ::.::::::::::::::. . ::::.::.:::::::::::
CCDS33 AGRINDIANFSSELTACCTVLSSEWLGVLKALCCSSNH-VWGFNDVLCTVDVSDLSFHDS
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pF1KE2 LATFVAILIARQCLLLEDLIRCAAIPSLLNAACSEQDSEPGARLTCRILLHLFKTPQLNP
       ::::.::::::::. :::... .:.:::: :::.. :.:::::.:::.:::::..::   
CCDS33 LATFIAILIARQCFSLEDVVQHVALPSLLAAACGDADAEPGARMTCRLLLHLFRAPQACF
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pF1KE2 CQSDGNKPTVGIRSSCDRHLLAASQNRIVDGAVFAVLKAVFVLGDAE--------LKGSG
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CCDS33 LPQATGKPFPGIRSSCDRHLLAAAHNSIEVGAVFAVLKAIMMLGDAKIGNNSVSSLKNDD
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pF1KE2 FTVTGGTEELPEEEGGGGSGGRRQGGRNISVETASLDVYAKYVLRSICQQEWVGERCLKS
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CCDS33 FTMRGLRCDGNADDIWTASQNPKSCGKSISIETANLREYARYVLRTICQQEWVGEHCLKE
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          :: :.. . :::::. :::.:.::::::: . .  .:.: :::.::::::::.:::.
CCDS33 PERLCTDKELILDPVLSNMQAQKLLQLICYPHGIKECTEGDNLQRQHIKRILQNLEQWTL
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pF1KE2 RQSSLELQLMIKQT---PNN----EMNSLLENIAKATIEVFQRSAETGSSSGSTASNM-P
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CCDS33 RQSWLELQLMIKQCLKDPGSGSVAEMNNLLDNIAKATIEVFQQSADLNNSSNSGMSLFNP
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pF1KE2 SS------SKT-----KPVLSSLERSGVWLVAPLIAKLPTSVQGHVLKAAGEELEKGQHL
       .:      :.:     :  ::: :: ::::::::::.:::::::.:::::::::::::::
CCDS33 NSIGSADTSSTRQNGIKTFLSSSERRGVWLVAPLIARLPTSVQGRVLKAAGEELEKGQHL
          1390      1400      1410      1420      1430      1440   

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       ::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .::.::..:::..
CCDS33 GSSSKKERDRQKQKSMSLLSQQPFLSLVLTCLKGQDEQREGLLTSLQNQVNQILSNWREE
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pF1KE2 QYLDDCKPKQLMHEALKLRLNLVGGMFDTVQRSTQQTTEWAMLLLEIIISGTVDMQSNNE
       .: :: : .:.:::::.:::::::::::::::::: ::.::.:::.:: ::::::..:::
CCDS33 RYQDDIKARQMMHEALQLRLNLVGGMFDTVQRSTQWTTDWALLLLQIITSGTVDMHTNNE
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CCDS33 LFTTVLDMLGVLINGTLASDLSNASPGGSEENKRAYMNLVKKLKKELGDKRSESIDKVRQ
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