Result of FASTA (ccds) for pF1KB5948
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5948, 544 aa
  1>>>pF1KB5948 544 - 544 aa - 544 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3041+/-0.00106; mu= 0.8089+/- 0.064
 mean_var=269.4143+/-58.827, 0's: 0 Z-trim(113.3): 673  B-trim: 515 in 1/50
 Lambda= 0.078138
 statistics sampled from 13164 (13951) to 13164 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.746), E-opt: 0.2 (0.429), width:  16
 Scan time:  3.480

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS14554.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX           ( 544) 3569 415.9 6.3e-116
CCDS48151.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX           ( 580) 2957 346.9 3.8e-95
CCDS48152.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX           ( 565) 2955 346.7 4.4e-95
CCDS48153.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX           ( 559) 2947 345.8 8.2e-95
CCDS8250.1 PAK1 gene_id:5058|Hs108|chr11           ( 545) 2889 339.2 7.5e-93
CCDS44687.1 PAK1 gene_id:5058|Hs108|chr11          ( 553) 2754 324.0 2.9e-88
CCDS3321.1 PAK2 gene_id:5062|Hs108|chr3            ( 524) 1873 224.7 2.2e-58
CCDS33019.1 PAK4 gene_id:10298|Hs108|chr19         ( 438) 1085 135.8 1.1e-31
CCDS12528.1 PAK4 gene_id:10298|Hs108|chr19         ( 591) 1082 135.5 1.7e-31
CCDS13107.1 PAK5 gene_id:57144|Hs108|chr20         ( 719) 1064 133.6 7.8e-31
CCDS10054.1 PAK6 gene_id:56924|Hs108|chr15         ( 681) 1007 127.1 6.4e-29
CCDS59108.1 STK3 gene_id:6788|Hs108|chr8           ( 519)  815 105.4 1.7e-22
CCDS47900.1 STK3 gene_id:6788|Hs108|chr8           ( 491)  811 104.9 2.3e-22
CCDS14631.1 STK26 gene_id:51765|Hs108|chrX         ( 416)  805 104.2 3.2e-22
CCDS13341.1 STK4 gene_id:6789|Hs108|chr20          ( 487)  806 104.3 3.3e-22
CCDS32001.1 STK24 gene_id:8428|Hs108|chr13         ( 431)  798 103.4 5.7e-22
CCDS9488.1 STK24 gene_id:8428|Hs108|chr13          ( 443)  798 103.4 5.8e-22
CCDS2549.1 STK25 gene_id:10494|Hs108|chr2          ( 426)  791 102.6 9.8e-22
CCDS81582.1 MAP4K2 gene_id:5871|Hs108|chr11        ( 812)  734 96.4 1.3e-19
CCDS8082.1 MAP4K2 gene_id:5871|Hs108|chr11         ( 820)  734 96.4 1.4e-19
CCDS76334.1 SLK gene_id:9748|Hs108|chr10           (1204)  733 96.5 1.9e-19
CCDS7553.1 SLK gene_id:9748|Hs108|chr10            (1235)  733 96.5   2e-19
CCDS61590.1 PAK6 gene_id:56924|Hs108|chr15         ( 636)  724 95.2 2.5e-19
CCDS58707.1 MAP4K3 gene_id:8491|Hs108|chr2         ( 873)  718 94.7 4.9e-19
CCDS1803.1 MAP4K3 gene_id:8491|Hs108|chr2          ( 894)  718 94.7   5e-19
CCDS56024.1 TAOK1 gene_id:57551|Hs108|chr17        ( 853)  685 90.9 6.4e-18
CCDS34290.1 STK10 gene_id:6793|Hs108|chr5          ( 968)  686 91.1 6.5e-18
CCDS32601.1 TAOK1 gene_id:57551|Hs108|chr17        (1001)  685 91.0 7.2e-18
CCDS9188.1 TAOK3 gene_id:51347|Hs108|chr12         ( 898)  676 89.9 1.3e-17
CCDS42564.1 MAP4K1 gene_id:11184|Hs108|chr19       ( 821)  671 89.3 1.9e-17
CCDS59385.1 MAP4K1 gene_id:11184|Hs108|chr19       ( 833)  671 89.3 1.9e-17
CCDS48168.1 STK26 gene_id:51765|Hs108|chrX         ( 339)  652 86.8 4.3e-17
CCDS10662.1 TAOK2 gene_id:9344|Hs108|chr16         (1049)  653 87.4 9.1e-17
CCDS58448.1 TAOK2 gene_id:9344|Hs108|chr16         (1122)  653 87.4 9.5e-17
CCDS10663.1 TAOK2 gene_id:9344|Hs108|chr16         (1235)  653 87.5   1e-16
CCDS63200.1 STK25 gene_id:10494|Hs108|chr2         ( 349)  636 85.1 1.5e-16
CCDS63199.1 STK25 gene_id:10494|Hs108|chr2         ( 332)  607 81.8 1.4e-15
CCDS54673.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3          (1268)  600 81.5 6.6e-15
CCDS54674.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3          (1276)  600 81.5 6.6e-15
CCDS54677.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3          (1297)  600 81.5 6.7e-15
CCDS54678.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3          (1305)  600 81.5 6.7e-15
CCDS54675.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3          (1323)  600 81.5 6.8e-15
CCDS54676.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3          (1331)  600 81.5 6.8e-15
CCDS54679.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3          (1352)  600 81.5 6.9e-15
CCDS46956.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3          (1360)  600 81.5 6.9e-15
CCDS7148.1 MYO3A gene_id:53904|Hs108|chr10         (1616)  596 81.1 1.1e-14
CCDS45589.1 MINK1 gene_id:50488|Hs108|chr17        (1303)  580 79.3 3.2e-14
CCDS45590.1 MINK1 gene_id:50488|Hs108|chr17        (1312)  580 79.3 3.2e-14
CCDS45588.1 MINK1 gene_id:50488|Hs108|chr17        (1332)  580 79.3 3.2e-14
CCDS66573.1 STK24 gene_id:8428|Hs108|chr13         ( 412)  568 77.5 3.5e-14


>>CCDS14554.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX                (544 aa)
 initn: 3569 init1: 3569 opt: 3569  Z-score: 2194.8  bits: 415.9 E(32554): 6.3e-116
Smith-Waterman score: 3569; 100.0% identity (100.0% similar) in 544 aa overlap (1-544:1-544)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 KKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTGIPEQWARLLQTSNITKLEQKKNPQAVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTGIPEQWARLLQTSNITKLEQKKNPQAVL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 DVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTKTASEPPLAPPVSEEEDEEEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTKTASEPPLAPPVSEEEDEEEEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 EEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKEVTPPSAENANSSTLYRNTDRQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKEVTPPSAENANSSTLYRNTDRQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTALDIATGQEVAIKQMN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTALDIATGQEVAIKQMN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 LQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGGSLTDVVTETCMD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGGSLTDVVTETCMD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 EGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGFCAQITPEQSKRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGFCAQITPEQSKRS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 TMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGEPPYLNENPLRALYLIATNGTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGEPPYLNENPLRALYLIATNGTP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 ELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFLKLAKPLSSLTPLIIAAKEAIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFLKLAKPLSSLTPLIIAAKEAIK
              490       500       510       520       530       540

           
pF1KB5 NSSR
       ::::
CCDS14 NSSR
           

>>CCDS48151.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX                (580 aa)
 initn: 3571 init1: 2947 opt: 2957  Z-score: 1821.6  bits: 346.9 E(32554): 3.8e-95
Smith-Waterman score: 3459; 93.8% identity (93.8% similar) in 576 aa overlap (5-544:5-580)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTN
           ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90                              
pF1KB5 KKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFT----------------------------
       ::::::::::::::::::::::::::::::::                            
CCDS48 KKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTNSPFQTSRPVTVASSQSEGKMPDLYGSQ
               70        80        90       100       110       120

                    100       110       120       130       140    
pF1KB5 --------GIPEQWARLLQTSNITKLEQKKNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGD
               ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MCPGKLPEGIPEQWARLLQTSNITKLEQKKNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGD
              130       140       150       160       170       180

          150       160       170       180       190       200    
pF1KB5 KSAHGYIAAHPSSTKTASEPPLAPPVSEEEDEEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 KSAHGYIAAHPSSTKTASEPPLAPPVSEEEDEEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTR
              190       200       210       220       230       240

          210       220       230       240       250       260    
pF1KB5 SVVESIASPAVPNKEVTPPSAENANSSTLYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 SVVESIASPAVPNKEVTPPSAENANSSTLYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDP
              250       260       270       280       290       300

          270       280       290       300       310       320    
pF1KB5 KKKYTRFEKIGQGASGTVYTALDIATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 KKKYTRFEKIGQGASGTVYTALDIATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPN
              310       320       330       340       350       360

          330       340       350       360       370       380    
pF1KB5 IVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 IVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVI
              370       380       390       400       410       420

          390       400       410       420       430       440    
pF1KB5 HRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGFCAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 HRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGFCAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVD
              430       440       450       460       470       480

          450       460       470       480       490       500    
pF1KB5 IWSLGIMAIEMVEGEPPYLNENPLRALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 IWSLGIMAIEMVEGEPPYLNENPLRALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDV
              490       500       510       520       530       540

          510       520       530       540    
pF1KB5 DRRGSAKELLQHPFLKLAKPLSSLTPLIIAAKEAIKNSSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 DRRGSAKELLQHPFLKLAKPLSSLTPLIIAAKEAIKNSSR
              550       560       570       580

>>CCDS48152.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX                (565 aa)
 initn: 3571 init1: 2947 opt: 2955  Z-score: 1820.5  bits: 346.7 E(32554): 4.4e-95
Smith-Waterman score: 3517; 96.3% identity (96.3% similar) in 565 aa overlap (1-544:1-565)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90                              
pF1KB5 KKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFT---------------------GIPEQWA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::                     :::::::
CCDS48 KKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTNSPFQTSRPVTVASSQSEGKMGIPEQWA
               70        80        90       100       110       120

     100       110       120       130       140       150         
pF1KB5 RLLQTSNITKLEQKKNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 RLLQTSNITKLEQKKNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTK
              130       140       150       160       170       180

     160       170       180       190       200       210         
pF1KB5 TASEPPLAPPVSEEEDEEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 TASEPPLAPPVSEEEDEEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKE
              190       200       210       220       230       240

     220       230       240       250       260       270         
pF1KB5 VTPPSAENANSSTLYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 VTPPSAENANSSTLYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGAS
              250       260       270       280       290       300

     280       290       300       310       320       330         
pF1KB5 GTVYTALDIATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 GTVYTALDIATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELW
              310       320       330       340       350       360

     340       350       360       370       380       390         
pF1KB5 VVMEYLAGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 VVMEYLAGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDG
              370       380       390       400       410       420

     400       410       420       430       440       450         
pF1KB5 SVKLTDFGFCAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 SVKLTDFGFCAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGE
              430       440       450       460       470       480

     460       470       480       490       500       510         
pF1KB5 PPYLNENPLRALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 PPYLNENPLRALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFL
              490       500       510       520       530       540

     520       530       540    
pF1KB5 KLAKPLSSLTPLIIAAKEAIKNSSR
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS48 KLAKPLSSLTPLIIAAKEAIKNSSR
              550       560     

>>CCDS48153.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX                (559 aa)
 initn: 3555 init1: 2947 opt: 2947  Z-score: 1815.7  bits: 345.8 E(32554): 8.2e-95
Smith-Waterman score: 3529; 97.3% identity (97.3% similar) in 559 aa overlap (1-544:1-559)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90                      100     
pF1KB5 KKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFT---------------GIPEQWARLLQTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::               :::::::::::::
CCDS48 KKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTPDLYGSQMCPGKLPEGIPEQWARLLQTS
               70        80        90       100       110       120

         110       120       130       140       150       160     
pF1KB5 NITKLEQKKNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTKTASEPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NITKLEQKKNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTKTASEPP
              130       140       150       160       170       180

         170       180       190       200       210       220     
pF1KB5 LAPPVSEEEDEEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKEVTPPSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LAPPVSEEEDEEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKEVTPPSA
              190       200       210       220       230       240

         230       240       250       260       270       280     
pF1KB5 ENANSSTLYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 ENANSSTLYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTA
              250       260       270       280       290       300

         290       300       310       320       330       340     
pF1KB5 LDIATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LDIATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYL
              310       320       330       340       350       360

         350       360       370       380       390       400     
pF1KB5 AGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 AGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTD
              370       380       390       400       410       420

         410       420       430       440       450       460     
pF1KB5 FGFCAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGEPPYLNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 FGFCAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGEPPYLNE
              430       440       450       460       470       480

         470       480       490       500       510       520     
pF1KB5 NPLRALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFLKLAKPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NPLRALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFLKLAKPL
              490       500       510       520       530       540

         530       540    
pF1KB5 SSLTPLIIAAKEAIKNSSR
       :::::::::::::::::::
CCDS48 SSLTPLIIAAKEAIKNSSR
              550         

>>CCDS8250.1 PAK1 gene_id:5058|Hs108|chr11                (545 aa)
 initn: 2752 init1: 1933 opt: 2889  Z-score: 1780.5  bits: 339.2 E(32554): 7.5e-93
Smith-Waterman score: 2889; 80.6% identity (91.7% similar) in 552 aa overlap (2-542:3-544)

                10        20             30        40         50   
pF1KB5  MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSN-----NRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARL-RSIFP
         ..::: ..::::::.: .:.     ..:...:::.:::::  ::::.:: :. :::.:
CCDS82 MSNNGLDIQDKPPAPPMRNTSTMIGAGSKDAGTLNHGSKPLPPNPEEKKKKDRFYRSILP
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB5 GGGDKTNKKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTGIPEQWARLLQTSNITKLEQK
         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::: :::
CCDS82 --GDKTNKKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTGMPEQWARLLQTSNITKSEQK
                 70        80        90       100       110        

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB5 KNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTKTASEPPLAPPVSEE
       ::::::::::.::.::.: :.:::::::  ::::. : ...  ..:..:: : .:::::.
CCDS82 KNPQAVLDVLEFYNSKKTSNSQKYMSFT--DKSAEDYNSSNALNVKAVSETPAVPPVSED
      120       130       140         150       160       170      

           180       190       200       210       220        230  
pF1KB5 EDEEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKEV-TPPSAENANSST
       ::..    .:.  ::::::::::::::.:::::.: .  :..:...: : : . . :..:
CCDS82 EDDD----DDDATPPPVIAPRPEHTKSVYTRSVIEPL--PVTPTRDVATSPISPTENNTT
        180           190       200         210       220       230

                240       250       260       270       280        
pF1KB5 ----LYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTALDI
           : :::..:.:: ::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.
CCDS82 PPDALTRNTEKQKKKPKMSDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTAMDV
              240       250       260       270       280       290

      290       300       310       320       330       340        
pF1KB5 ATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGG
              300       310       320       330       340       350

      350       360       370       380       390       400        
pF1KB5 SLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGF
       :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALEFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGF
              360       370       380       390       400       410

      410       420       430       440       450       460        
pF1KB5 CAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGEPPYLNENPL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
CCDS82 CAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMIEGEPPYLNENPL
              420       430       440       450       460       470

      470       480       490       500       510       520        
pF1KB5 RALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFLKLAKPLSSL
       ::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::..:::::::::: :::.:::::::
CCDS82 RALYLIATNGTPELQNPEKLSAIFRDFLNRCLEMDVEKRGSAKELLQHQFLKIAKPLSSL
              480       490       500       510       520       530

      530       540    
pF1KB5 TPLIIAAKEAIKNSSR
       :::: ::::: ::.  
CCDS82 TPLIAAAKEATKNNH 
              540      

>>CCDS44687.1 PAK1 gene_id:5058|Hs108|chr11               (553 aa)
 initn: 2620 init1: 1801 opt: 2754  Z-score: 1698.2  bits: 324.0 E(32554): 2.9e-88
Smith-Waterman score: 2754; 80.6% identity (91.8% similar) in 525 aa overlap (2-515:3-517)

                10        20             30        40         50   
pF1KB5  MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSN-----NRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARL-RSIFP
         ..::: ..::::::.: .:.     ..:...:::.:::::  ::::.:: :. :::.:
CCDS44 MSNNGLDIQDKPPAPPMRNTSTMIGAGSKDAGTLNHGSKPLPPNPEEKKKKDRFYRSILP
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB5 GGGDKTNKKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTGIPEQWARLLQTSNITKLEQK
         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::: :::
CCDS44 --GDKTNKKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTGMPEQWARLLQTSNITKSEQK
                 70        80        90       100       110        

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB5 KNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTKTASEPPLAPPVSEE
       ::::::::::.::.::.: :.:::::::  ::::. : ...  ..:..:: : .:::::.
CCDS44 KNPQAVLDVLEFYNSKKTSNSQKYMSFT--DKSAEDYNSSNALNVKAVSETPAVPPVSED
      120       130       140         150       160       170      

           180       190       200       210       220        230  
pF1KB5 EDEEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKEV-TPPSAENANSST
       ::..    .:.  ::::::::::::::.:::::.: .  :..:...: : : . . :..:
CCDS44 EDDD----DDDATPPPVIAPRPEHTKSVYTRSVIEPL--PVTPTRDVATSPISPTENNTT
        180           190       200         210       220       230

                240       250       260       270       280        
pF1KB5 ----LYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTALDI
           : :::..:.:: ::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.
CCDS44 PPDALTRNTEKQKKKPKMSDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTAMDV
              240       250       260       270       280       290

      290       300       310       320       330       340        
pF1KB5 ATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGG
              300       310       320       330       340       350

      350       360       370       380       390       400        
pF1KB5 SLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGF
       :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALEFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGF
              360       370       380       390       400       410

      410       420       430       440       450       460        
pF1KB5 CAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGEPPYLNENPL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
CCDS44 CAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMIEGEPPYLNENPL
              420       430       440       450       460       470

      470       480       490       500       510       520        
pF1KB5 RALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFLKLAKPLSSL
       ::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::..:::::::::             
CCDS44 RALYLIATNGTPELQNPEKLSAIFRDFLNRCLEMDVEKRGSAKELLQVRKLRFQVFSNFS
              480       490       500       510       520       530

      530       540           
pF1KB5 TPLIIAAKEAIKNSSR       
                              
CCDS44 MIAASIPEDCQAPLQPHSTDCCS
              540       550   

>>CCDS3321.1 PAK2 gene_id:5062|Hs108|chr3                 (524 aa)
 initn: 2539 init1: 1828 opt: 1873  Z-score: 1161.7  bits: 224.7 E(32554): 2.2e-58
Smith-Waterman score: 2631; 75.5% identity (88.7% similar) in 547 aa overlap (1-542:1-523)

               10        20             30        40        50     
pF1KB5 MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSN-----NRDSSALNHSSKPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGG
       :::. . :.::::::.::.:.     ..:  . ::: :::: .::::. . .. ::: .:
CCDS33 MSDNGELEDKPPAPPVRMSSTIFSTGGKDPLSANHSLKPLPSVPEEKKPRHKIISIF-SG
               10        20        30        40        50          

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB5 GDKTNKKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTGIPEQWARLLQTSNITKLEQKKN
        .: .::::::::::: :::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS33 TEKGSKKKEKERPEISPPSDFEHTIHVGFDAVTGEFTGMPEQWARLLQTSNITKLEQKKN
      60        70        80        90       100       110         

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB5 PQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPSSTKTASEPPLAPPVSEEED
       :::::::::::::. ::. :::.:::  .:.  :. .. :. .  ..: : .  :.::::
CCDS33 PQAVLDVLKFYDSN-TVK-QKYLSFTPPEKD--GFPSGTPALNAKGTEAPAV--VTEEED
     120       130         140         150       160         170   

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB5 EEEEEEEDENEPPPVIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAVPNKEVTPPSAENANSSTLYR
       ..::        ::::::::.::::::::::.. . .: : ...:     ..: .:    
CCDS33 DDEET------APPVIAPRPDHTKSIYTRSVIDPVPAP-VGDSHV-----DGAAKSL---
                 180       190       200        210                

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB5 NTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTALDIATGQEVA
         :.:.::.:::::::.::::.:::.:::::::::.:::::::::::.:: :.: :::::
CCDS33 --DKQKKKTKMTDEEIMEKLRTIVSIGDPKKKYTRYEKIGQGASGTVFTATDVALGQEVA
        220       230       240       250       260       270      

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB5 IKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGGSLTDVVT
       :::.:::.::::::::::::::.: :::::::.::::::::::.::::::::::::::::
CCDS33 IKQINLQKQPKKELIINEILVMKELKNPNIVNFLDSYLVGDELFVVMEYLAGGSLTDVVT
        280       290       300       310       320       330      

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB5 ETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGFCAQITPE
       ::::::.:::::::::::::.:::.::::::::::::.::::.:::::::::::::::::
CCDS33 ETCMDEAQIAAVCRECLQALEFLHANQVIHRDIKSDNVLLGMEGSVKLTDFGFCAQITPE
        340       350       360       370       380       390      

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB5 QSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGEPPYLNENPLRALYLIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMVEGEPPYLNENPLRALYLIA
        400       410       420       430       440       450      

         480       490       500       510       520       530     
pF1KB5 TNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAKELLQHPFLKLAKPLSSLTPLIIAA
       :::::::::::.:: .:::::::::::::..::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS33 TNGTPELQNPEKLSPIFRDFLNRCLEMDVEKRGSAKELLQHPFLKLAKPLSSLTPLIMAA
        460       470       480       490       500       510      

         540    
pF1KB5 KEAIKNSSR
       :::.:..  
CCDS33 KEAMKSNR 
        520     

>>CCDS33019.1 PAK4 gene_id:10298|Hs108|chr19              (438 aa)
 initn: 1274 init1: 1072 opt: 1085  Z-score: 682.7  bits: 135.8 E(32554): 1.1e-31
Smith-Waterman score: 1225; 42.7% identity (68.8% similar) in 471 aa overlap (63-532:4-432)

             40        50        60        70        80        90  
pF1KB5 KPLPMAPEEKNKKARLRSIFPGGGDKTNKKKEKERPEISLPSDFEHTIHVGFDAVTGEFT
                                     :.:.: ::: ::.::: .:.:::    .::
CCDS33                            MFGKRKKRVEISAPSNFEHRVHTGFDQHEQKFT
                                          10        20        30   

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB5 GIPEQWARLLQTSNITKLEQKKNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIA
       :.:.::  :..       :. . :. ..:   . . .  . . .  . . .  :: :   
CCDS33 GLPRQWQSLIE-------ESARRPKPLVDPACITSIQPGAPKGEPHDVAPNGPSAGGL--
            40               50        60        70        80      

            160       170       180        190       200       210 
pF1KB5 AHPSSTKTASEPPLAPPVSEEEDEEEEEEEDENEPPP-VIAPRPEHTKSIYTRSVVESIA
       : :.:....:.::                . .. : : :..:   :..       . . :
CCDS33 AIPQSSSSSSRPPT---------------RARGAPSPGVLGP---HASEPQLAPPACTPA
           90                      100       110          120      

             220       230       240       250       260       270 
pF1KB5 SPAVPNKEVTPPSAENANSSTLYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRF
       .::::.    ::. ..            ::. .... :..   :. .:. :::..    :
CCDS33 APAVPG----PPGPRSP-----------QREPQRVSHEQFRAALQLVVDPGDPRSYLDNF
        130                      140       150       160       170 

             280       290       300       310       320       330 
pF1KB5 EKIGQGASGTVYTALDIATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDS
        :::.:..: :  :   ..:. ::.:.:.:..: ..::..::...::. .. :.:.. .:
CCDS33 IKIGEGSTGIVCIATVRSSGKLVAVKKMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYQHENVVEMYNS
             180       190       200       210       220       230 

             340       350       360       370       380       390 
pF1KB5 YLVGDELWVVMEYLAGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSD
       ::::::::::::.: ::.:::.::.: :.: ::::::   ::::. ::.. :::::::::
CCDS33 YLVGDELWVVMEFLEGGALTDIVTHTRMNEEQIAAVCLAVLQALSVLHAQGVIHRDIKSD
             240       250       260       270       280       290 

             400       410       420       430       440       450 
pF1KB5 NILLGMDGSVKLTDFGFCAQITPEQSKRSTMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIM
       .:::  :: :::.:::::::.. :  .:...::::::::::...:  :::.:::::::::
CCDS33 SILLTHDGRVKLSDFGFCAQVSKEVPRRKSLVGTPYWMAPELISRLPYGPEVDIWSLGIM
             300       310       320       330       340       350 

             460       470       480       490       500       510 
pF1KB5 AIEMVEGEPPYLNENPLRALYLIATNGTPELQNPERLSAVFRDFLNRCLEMDVDRRGSAK
       .::::.:::::.:: ::.:. .:  :  :.:.: ...:  .. ::.: :  :  .:..: 
CCDS33 VIEMVDGEPPYFNEPPLKAMKMIRDNLPPRLKNLHKVSPSLKGFLDRLLVRDPAQRATAA
             360       370       380       390       400       410 

             520       530       540    
pF1KB5 ELLQHPFLKLAKPLSSLTPLIIAAKEAIKNSSR
       :::.::::  : : .:..::.            
CCDS33 ELLKHPFLAKAGPPASIVPLMRQNRTR      
             420       430              

>>CCDS12528.1 PAK4 gene_id:10298|Hs108|chr19              (591 aa)
 initn: 1267 init1: 1072 opt: 1082  Z-score: 679.1  bits: 135.5 E(32554): 1.7e-31
Smith-Waterman score: 1090; 38.5% identity (63.8% similar) in 527 aa overlap (9-532:103-585)

                                     10        20        30        
pF1KB5                       MSDGLDNEEKPPAPPLRMNSNNRDSSALNHSSKPLPMA
                                     ..:: :: :  ..:        ...  :  
CCDS12 GSKGAKDGALTLLLDEFENMSVTRSNSLRRDSPP-PPARARQENGMPEEPATTARGGPGK
             80        90       100        110       120       130 

       40        50        60        70         80        90       
pF1KB5 PEEKNKKARLRSIFPGGGDKTNKKKEKERPEISLP-SDFEHTIHVGFDAVTGEFTGIPEQ
          ... :       :.::.     :: ::. :   :   .        ..:  .: : :
CCDS12 AGSRGRFAGHSEAGGGSGDRRRAGPEK-RPKSSREGSGGPQESSRDKRPLSGPDVGTP-Q
             140       150        160       170       180          

       100       110        120       130       140       150      
pF1KB5 WARLLQTSNITKLEQ-KKNPQAVLDVLKFYDSKETVNNQKYMSFTSGDKSAHGYIAAHPS
        : : . ....  .  .  :.:  :    . :. . .. . ..   .  :: :   : :.
CCDS12 PAGLASGAKLAAGRPFNTYPRADTD----HPSRGAQGEPHDVA--PNGPSAGGL--AIPQ
     190       200       210           220         230         240 

        160       170       180        190       200       210     
pF1KB5 STKTASEPPLAPPVSEEEDEEEEEEEDENEPPP-VIAPRPEHTKSIYTRSVVESIASPAV
       :....:.::                . .. : : :..:   :..       . . :.:::
CCDS12 SSSSSSRPPT---------------RARGAPSPGVLGP---HASEPQLAPPACTPAAPAV
             250                      260          270       280   

         220       230       240       250       260       270     
pF1KB5 PNKEVTPPSAENANSSTLYRNTDRQRKKSKMTDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIG
       :.    ::. ..            ::. .... :..   :. .:. :::..    : :::
CCDS12 PG----PPGPRSP-----------QREPQRVSHEQFRAALQLVVDPGDPRSYLDNFIKIG
               290                  300       310       320        

         280       290       300       310       320       330     
pF1KB5 QGASGTVYTALDIATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVG
       .:..: :  :   ..:. ::.:.:.:..: ..::..::...::. .. :.:.. .:::::
CCDS12 EGSTGIVCIATVRSSGKLVAVKKMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYQHENVVEMYNSYLVG
      330       340       350       360       370       380        

         340       350       360       370       380       390     
pF1KB5 DELWVVMEYLAGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALDFLHSNQVIHRDIKSDNILL
       ::::::::.: ::.:::.::.: :.: ::::::   ::::. ::.. :::::::::.:::
CCDS12 DELWVVMEFLEGGALTDIVTHTRMNEEQIAAVCLAVLQALSVLHAQGVIHRDIKSDSILL
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         :: :::.:::::::.. :  .:...::::::::::...:  :::.:::::::::.:::
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       :.:::::.:: ::.:. .:  :  :.:.: ...:  .. ::.: :  :  .:..: :::.
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       ::::  : : .:..::.            
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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