Result of FASTA (ccds) for pF1KB5059
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5059, 622 aa
  1>>>pF1KB5059 622 - 622 aa - 622 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6561+/-0.000917; mu= 13.1599+/- 0.055
 mean_var=112.2134+/-21.619, 0's: 0 Z-trim(108.8): 71  B-trim: 12 in 1/52
 Lambda= 0.121074
 statistics sampled from 10388 (10459) to 10388 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.321), width:  16
 Scan time:  3.590

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5          ( 622) 4111 729.3 3.5e-210
CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5          (1031)  966 180.1 1.2e-44
CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5          (1032)  966 180.1 1.2e-44
CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22        ( 731)  932 174.1 5.8e-43
CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22        ( 729)  930 173.7 7.4e-43
CCDS54855.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5          ( 575)  881 165.1 2.3e-40
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6          ( 648)  877 164.5 4.1e-40
CCDS47208.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5          ( 690)  874 163.9 6.2e-40
CCDS54854.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5          ( 704)  874 164.0 6.3e-40
CCDS3969.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5           ( 724)  874 164.0 6.4e-40
CCDS55404.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX          ( 646)  851 159.9 9.5e-39
CCDS14782.1 DDX3Y gene_id:8653|Hs108|chrY          ( 660)  851 159.9 9.7e-39
CCDS43931.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX          ( 662)  851 159.9 9.7e-39
CCDS13416.1 DDX27 gene_id:55661|Hs108|chr20        ( 796)  749 142.2 2.6e-33
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17        ( 938)  737 140.1 1.3e-32
CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17          ( 614)  724 137.7 4.3e-32
CCDS82190.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17          ( 614)  724 137.7 4.3e-32
CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17        ( 599)  719 136.8 7.8e-32
CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX        ( 631)  643 123.6 8.1e-28
CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11          ( 875)  632 121.7   4e-27
CCDS2120.1 DDX18 gene_id:8886|Hs108|chr2           ( 670)  629 121.1 4.6e-27
CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1         ( 619)  600 116.1 1.5e-25
CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3          ( 407)  566 110.0 6.3e-24
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17        ( 411)  560 109.0 1.3e-23
CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19        ( 483)  560 109.0 1.5e-23
CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17        ( 406)  556 108.3 2.1e-23
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12         ( 455)  549 107.1 5.4e-23
CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19       ( 427)  533 104.2 3.6e-22
CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6          ( 428)  532 104.1 4.1e-22
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12        ( 881)  535 104.8   5e-22
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12        ( 882)  535 104.8   5e-22
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12          ( 820)  527 103.4 1.3e-21
CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11          ( 483)  491 96.9 6.4e-20
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10         ( 783)  484 95.9 2.2e-19
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10         ( 715)  467 92.9 1.6e-18
CCDS9251.1 DDX55 gene_id:57696|Hs108|chr12         ( 600)  462 91.9 2.6e-18
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10         ( 737)  442 88.5 3.4e-17
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9          ( 585)  401 81.3   4e-15
CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17        ( 347)  386 78.5 1.6e-14
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16       ( 447)  386 78.6   2e-14
CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16       ( 478)  386 78.6 2.1e-14
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11        ( 369)  379 77.3   4e-14
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16       ( 370)  378 77.1 4.5e-14
CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11        ( 483)  379 77.4   5e-14
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16       ( 448)  378 77.2 5.3e-14
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16       ( 453)  378 77.2 5.3e-14
CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16       ( 479)  378 77.2 5.6e-14
CCDS842.1 DDX20 gene_id:11218|Hs108|chr1           ( 824)  333 69.5   2e-11


>>CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5               (622 aa)
 initn: 4111 init1: 4111 opt: 4111  Z-score: 3886.8  bits: 729.3 E(32554): 3.5e-210
Smith-Waterman score: 4111; 100.0% identity (100.0% similar) in 622 aa overlap (1-622:1-622)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MEESEPERKRARTDEVPAGGSRSEAEDEDDEDYVPYVPLRQRRQLLLQKLLQRRRKGAAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MEESEPERKRARTDEVPAGGSRSEAEDEDDEDYVPYVPLRQRRQLLLQKLLQRRRKGAAE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 EEQQDSGSEPRGDEDDIPLGPQSNVSLLDQHQHLKEKAEARKESAKEKQLKEEEKILESV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EEQQDSGSEPRGDEDDIPLGPQSNVSLLDQHQHLKEKAEARKESAKEKQLKEEEKILESV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 AEGRALMSVKEMAKGITYDDPIKTSWTPPRYVLSMSEERHERVRKKYHILVEGDGIPPPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AEGRALMSVKEMAKGITYDDPIKTSWTPPRYVLSMSEERHERVRKKYHILVEGDGIPPPI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 KSFKEMKFPAAILRGLKKKGIHHPTPIQIQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KSFKEMKFPAAILRGLKKKGIHHPTPIQIQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 MFCLEQEKRLPFSKREGPYGLIICPSRELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALCIGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MFCLEQEKRLPFSKREGPYGLIICPSRELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALCIGG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 MSVKEQMETIRHGVHMMVATPGRLMDLLQKKMVSLDICRYLALDEADRMIDMGFEGDIRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MSVKEQMETIRHGVHMMVATPGRLMDLLQKKMVSLDICRYLALDEADRMIDMGFEGDIRT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 IFSYFKGQRQTLLFSATMPKKIQNFAKSALVKPVTINVGRAGAASLDVIQEVEYVKEEAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IFSYFKGQRQTLLFSATMPKKIQNFAKSALVKPVTINVGRAGAASLDVIQEVEYVKEEAK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 MVYLLECLQKTPPPVLIFAEKKADVDAIHEYLLLKGVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MVYLLECLQKTPPPVLIFAEKKADVDAIHEYLLLKGVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFRE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 GKKDVLVATDVASKGLDFPAIQHVINYDMPEEIENYVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GKKDVLVATDVASKGLDFPAIQHVINYDMPEEIENYVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKAC
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 DESVLMDLKALLLEAKQKVPPVLQVLHCGDESMLDIGGERGCAFCGGLGHRITDCPKLEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DESVLMDLKALLLEAKQKVPPVLQVLHCGDESMLDIGGERGCAFCGGLGHRITDCPKLEA
              550       560       570       580       590       600

              610       620  
pF1KB5 MQTKQVSNIGRKDYLAHSSMDF
       ::::::::::::::::::::::
CCDS44 MQTKQVSNIGRKDYLAHSSMDF
              610       620  

>>CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5               (1031 aa)
 initn: 1004 init1: 293 opt: 966  Z-score: 914.7  bits: 180.1 E(32554): 1.2e-44
Smith-Waterman score: 971; 33.0% identity (62.1% similar) in 631 aa overlap (10-613:186-803)

                                    10        20        30         
pF1KB5                      MEESEPERKRARTDEVPAGGSRSEAEDEDDEDYVPYVPL
                                     . . .:.  : . :  .:.::::  :    
CCDS34 LEEEMRKRKERVEKWREEQRKKAMENIGELKKEIEEMKQGKKWSLEDDDDDEDD-PAEAE
         160       170       180       190       200        210    

      40        50          60         70        80          90    
pF1KB5 RQRRQLLLQKL--LQRRRKGAAEEEQQ-DSGSEPRGDEDDIPLGPQSN--VSLLDQHQHL
       ..  ..  ..:  :.   . . :: .. .  :   :  ..   ::  .  :...  .. .
CCDS34 KEGNEMEGEELDPLDAYMEEVKEEVKKFNMRSVKGGGGNEKKSGPTVTKVVTVVTTKKAV
          220       230       240       250       260       270    

              100         110       120            130       140   
pF1KB5 ----KEKAEARK--ESAKEKQLKEEEKILESVAEG-----RALMSVKEMAKGITYDDPIK
           :.:.:  .  ..: : . .:::  :...  :     : :.   . .: : :.   :
CCDS34 VDSDKKKGELMENDQDAMEYSSEEEEVDLQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGK-IEYEPFRK
          280       290       300       310       320        330   

           150       160        170       180       190       200  
pF1KB5 TSWTPPRYVLSMSEERHERVRKKYH-ILVEGDGIPPPIKSFKEMKFPAAILRGLKKKGIH
       . ..    . .::.:. .  : ... : :.: : : ::::. .  .   :: .:::.: .
CCDS34 NFYVEVPELAKMSQEEVNVFRLEMEGITVKGKGCPKPIKSWVQCGISMKILNSLKKHGYE
           340       350       360       370       380       390   

            210       220       230       240       250       260  
pF1KB5 HPTPIQIQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVIMFCLEQEKRLPFSKREGPYGLI
       .::::: :.::.:.::::.:::: ::::::..: ::..   ..:..   . . ::: ..:
CCDS34 KPTPIQTQAIPAIMSGRDLIGIAKTGSGKTIAFLLPMFRHIMDQRS---LEEGEGPIAVI
           400       410       420       430          440       450

            270       280       290       300       310       320  
pF1KB5 ICPSRELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALCIGGMSVKEQMETIRHGVHMMVATPG
       . :.:::: :    .   :. ...  .  :: .   :: ...::.  ...:....: :::
CCDS34 MTPTRELALQ----ITKECKKFSKTLG--LRVVCVYGGTGISEQIAELKRGAEIIVCTPG
              460           470         480       490       500    

            330          340       350       360       370         
pF1KB5 RLMDLLQK---KMVSLDICRYLALDEADRMIDMGFEGDIRTIFSYFKGQRQTLLFSATMP
       :..:.:     ....:    :..:::::::.::::: ..  : .  . .:::..::::.:
CCDS34 RMIDMLAANSGRVTNLRRVTYVVLDEADRMFDMGFEPQVMRIVDNVRPDRQTVMFSATFP
          510       520       530       540       550       560    

     380       390       400       410       420         430       
pF1KB5 KKIQNFAKSALVKPVTINVGRAGAASLDVIQEVEYVKEEAKMVYLLECL--QKTPPPVLI
       . .. .:.  : ::. ..::  ...  :: :.:  ..:: :.. ::: :   .    :.:
CCDS34 RAMEALARRILSKPIEVQVGGRSVVCSDVEQQVIVIEEEKKFLKLLELLGHYQESGSVII
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pF1KB5 FAEKKADVDAIHEYLLLKGVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFREGKKDVLVATDVASKGLD
       :..:.  .:.. . :.  .   ...::: :: .: . :. :..:   .::::.::..:::
CCDS34 FVDKQEHADGLLKDLMRASYPCMSLHGGIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLD
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pF1KB5 FPAIQHVINYDMPEEIENYVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKACDESVLMDLKALLLEAKQ
          .  :.::. :.. :.:::: :::::.:: : : :::..   . .   .::: : .  
CCDS34 VKHLILVVNYSCPNHYEDYVHRAGRTGRAGNKGYAYTFITEDQARYAGDIIKALELSGTA
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pF1KB5 KVPPVLQVLHCGDESMLDIGGE---RGCAFCGGLGHRITDCPKLEAMQTK--QVSNIGRK
        ::: :. :    ...    :.   .. .: .: : .. .  .  : . :  : . .: .
CCDS34 -VPPDLEKLWSDFKDQQKAEGKIIKKSSGF-SGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQ
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pF1KB5 DYLAHSSMDF                                                  
       :                                                           
CCDS34 DSDDEDAAVDIDEQIESMFNSKKRVKDMAAPGTSSVPAPTAGNAEKLEIAKRLALRINAQ
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>>CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5               (1032 aa)
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pF1KB5                      MEESEPERKRARTDEVPAGGSRSEAEDEDDEDYVPYVPL
                                     . . .:.  : . :  .:.::::  :    
CCDS75 LEEEMRKRKERVEKWREEQRKKAMENIGELKKEIEEMKQGKKWSLEDDDDDEDD-PAEAE
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pF1KB5 RQRRQLLLQKL--LQRRRKGAAEEEQQ-DSGSEPRGDEDDIPLGPQSN--VSLLDQHQHL
       ..  ..  ..:  :.   . . :: .. .  :   :  ..   ::  .  :...  .. .
CCDS75 KEGNEMEGEELDPLDAYMEEVKEEVKKFNMRSVKGGGGNEKKSGPTVTKVVTVVTTKKAV
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pF1KB5 ----KEKAEARK--ESAKEKQLKEEEKILESVAEG-----RALMSVKEMAKGITYDDPIK
           :.:.:  .  ..: : . .:::  :...  :     : :.   . .: : :.   :
CCDS75 VDSDKKKGELMENDQDAMEYSSEEEEVDLQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGK-IEYEPFRK
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pF1KB5 TSWTPPRYVLSMSEERHERVRKKYH-ILVEGDGIPPPIKSFKEMKFPAAILRGLKKKGIH
       . ..    . .::.:. .  : ... : :.: : : ::::. .  .   :: .:::.: .
CCDS75 NFYVEVPELAKMSQEEVNVFRLEMEGITVKGKGCPKPIKSWVQCGISMKILNSLKKHGYE
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pF1KB5 HPTPIQIQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVIMFCLEQEKRLPFSKREGPYGLI
       .::::: :.::.:.::::.:::: ::::::..: ::..   ..:..   . . ::: ..:
CCDS75 KPTPIQTQAIPAIMSGRDLIGIAKTGSGKTIAFLLPMFRHIMDQRS---LEEGEGPIAVI
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pF1KB5 ICPSRELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALCIGGMSVKEQMETIRHGVHMMVATPG
       . :.:::: :    .   :. ...  .  :: .   :: ...::.  ...:....: :::
CCDS75 MTPTRELALQ----ITKECKKFSKTLG--LRVVCVYGGTGISEQIAELKRGAEIIVCTPG
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pF1KB5 RLMDLLQK---KMVSLDICRYLALDEADRMIDMGFEGDIRTIFSYFKGQRQTLLFSATMP
       :..:.:     ....:    :..:::::::.::::: ..  : .  . .:::..::::.:
CCDS75 RMIDMLAANSGRVTNLRRVTYVVLDEADRMFDMGFEPQVMRIVDNVRPDRQTVMFSATFP
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pF1KB5 KKIQNFAKSALVKPVTINVGRAGAASLDVIQEVEYVKEEAKMVYLLECL--QKTPPPVLI
       . .. .:.  : ::. ..::  ...  :: :.:  ..:: :.. ::: :   .    :.:
CCDS75 RAMEALARRILSKPIEVQVGGRSVVCSDVEQQVIVIEEEKKFLKLLELLGHYQESGSVII
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pF1KB5 FAEKKADVDAIHEYLLLKGVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFREGKKDVLVATDVASKGLD
       :..:.  .:.. . :.  .   ...::: :: .: . :. :..:   .::::.::..:::
CCDS75 FVDKQEHADGLLKDLMRASYPCMSLHGGIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLD
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pF1KB5 FPAIQHVINYDMPEEIENYVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKACDESVLMDLKALLLEAKQ
          .  :.::. :.. :.:::: :::::.:: : : :::..   . .   .::: : .  
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pF1KB5 KVPPVLQVLHCGDESMLDIGGE---RGCAFCGGLGHRITDCPKLEAMQTK--QVSNIGRK
        ::: :. :    ...    :.   .. .: .: : .. .  .  : . :  : . .: .
CCDS75 -VPPDLEKLWSDFKDQQKAEGKIIKKSSGF-SGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQ
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pF1KB5 DYLAHSSMDF                                                  
       :                                                           
CCDS75 DSDDEDAAVDIDEQIESMFNSKKRVKDMAAPGTSSVPAPTAGNAEKLEIAKRLALRINAQ
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>>CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22             (731 aa)
 initn: 890 init1: 313 opt: 932  Z-score: 884.8  bits: 174.1 E(32554): 5.8e-43
Smith-Waterman score: 932; 39.2% identity (66.4% similar) in 429 aa overlap (161-581:150-564)

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CCDS46 KKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYEVDELRRKKEITVRGGDVCPKPVFAFHHANFP
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pF1KB5 AAILRGLKKKGIHHPTPIQIQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVIMFCLEQEKR
         ..  :  . . .::::: ::.:  ::::::.::: :::::::.. ::.:.   .:   
CCDS46 QYVMDVLMDQHFTEPTPIQCQGFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPAIVHINHQ---
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pF1KB5 LPFSKR-EGPYGLIICPSRELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALCI-GGMSVKEQM
        :. .: .::  :.. :.::::.:.. . . : .  .  :.       :: ::     :.
CCDS46 -PYLERGDGPICLVLAPTRELAQQVQQVADDYGKCSRLKST-------CIYGGAPKGPQI
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pF1KB5 ETIRHGVHMMVATPGRLMDLLQKKMVSLDICRYLALDEADRMIDMGFEGDIRTIFSYFKG
       . ...::.. .::::::.:.:..  ..:  : ::.:::::::.::::: .:: : . .. 
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pF1KB5 QRQTLLFSATMPKKIQNFAKSALVKPVTINVGRAG-AASLDVIQEVEYVKE---EAKMVY
       .::::..::: ::.....:.. :   . ::::    .:. ...: :.   :   . :.. 
CCDS46 DRQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLRDYTQINVGNLELSANHNILQIVDVCMESEKDHKLIQ
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pF1KB5 LLE-CLQKTPPPVLIFAEKKADVDAIHEYLLLKGVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFREGK
       :.:  . .    ..::.: :   : . . .   :  :. ::: :.: ::  ... :: ::
CCDS46 LMEEIMAEKENKTIIFVETKRRCDDLTRRMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGK
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pF1KB5 KDVLVATDVASKGLDFPAIQHVINYDMPEEIENYVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKACDE
         .:.::::::.:::   .. :::::.:.  :.::::::::.:: : : : ::.. .  .
CCDS46 APILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYPNSSEDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLK
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pF1KB5 SVLMDLKALLLEAKQKVPPVLQVLHCGDESMLDIGGERGCAFCGGLGHRITDCPKLEAMQ
       ..  .:  .: ::.: . :  ....  :.     :: .:                     
CCDS46 QA-RELIKVLEEANQAINP--KLMQLVDHRGGGGGGGKGGRSRYRTTSSANNPNLMYQDE
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pF1KB5 TKQVSNIGRKDYLAHSSMDF                                        
                                                                   
CCDS46 CDRRLRGVKDGGRRDSASYRDRSETDRAGYANGSGYGSPNSAFGAQAGQYTYGQGTYGAA
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>>CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22             (729 aa)
 initn: 890 init1: 313 opt: 930  Z-score: 882.9  bits: 173.7 E(32554): 7.4e-43
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              140       150       160       170        180         
pF1KB5 EMAKGITYDDPIKTSWTPPRYVLSMSEERHERVRKKYHILVEGDGI-PPPIKSFKEMKFP
                                     ...:.: .: :.:  . : :. .:.. .::
CCDS33 KKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYEVDELRRKKEITVRGGDVCPKPVFAFHHANFP
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pF1KB5 AAILRGLKKKGIHHPTPIQIQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVIMFCLEQEKR
         ..  :  . . .::::: ::.:  ::::::.::: :::::::.. ::.:.   .:   
CCDS33 QYVMDVLMDQHFTEPTPIQCQGFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPAIVHINHQ---
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pF1KB5 LPFSKR-EGPYGLIICPSRELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALCI-GGMSVKEQM
        :. .: .::  :.. :.::::.:.. . . : .  .  :.       :: ::     :.
CCDS33 -PYLERGDGPICLVLAPTRELAQQVQQVADDYGKCSRLKST-------CIYGGAPKGPQI
         240       250       260       270              280        

       310       320       330       340       350       360       
pF1KB5 ETIRHGVHMMVATPGRLMDLLQKKMVSLDICRYLALDEADRMIDMGFEGDIRTIFSYFKG
       . ...::.. .::::::.:.:..  ..:  : ::.:::::::.::::: .:: : . .. 
CCDS33 RDLERGVEICIATPGRLIDFLESGKTNLRRCTYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRP
      290       300       310       320       330       340        

       370       380       390       400        410          420   
pF1KB5 QRQTLLFSATMPKKIQNFAKSALVKPVTINVGRAG-AASLDVIQEVEYVKE---EAKMVY
       .::::..::: ::.....:.. :   . ::::    .:. ...: :.   :   . :.. 
CCDS33 DRQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLRDYTQINVGNLELSANHNILQIVDVCMESEKDHKLIQ
      350       360       370       380       390       400        

            430       440       450       460       470       480  
pF1KB5 LLE-CLQKTPPPVLIFAEKKADVDAIHEYLLLKGVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFREGK
       :.:  . .    ..::.: :   : . . .   :  :. ::: :.: ::  ... :: ::
CCDS33 LMEEIMAEKENKTIIFVETKRRCDDLTRRMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGK
      410       420       430       440       450       460        

            490       500       510       520       530       540  
pF1KB5 KDVLVATDVASKGLDFPAIQHVINYDMPEEIENYVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKACDE
         .:.::::::.:::   .. :::::.:.  :.::::::::.:: : : : ::.. .  .
CCDS33 APILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYPNSSEDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLK
      470       480       490       500       510       520        

            550       560       570       580       590       600  
pF1KB5 SVLMDLKALLLEAKQKVPPVLQVLHCGDESMLDIGGERGCAFCGGLGHRITDCPKLEAMQ
       ..  .:  .: ::.: . : :. :                                    
CCDS33 QA-RELIKVLEEANQAINPKLMQLVDHRGGGGGGGGRSRYRTTSSANNPNLMYQDECDRR
      530        540       550       560       570       580       

>>CCDS54855.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5               (575 aa)
 initn: 781 init1: 350 opt: 881  Z-score: 838.2  bits: 165.1 E(32554): 2.3e-40
Smith-Waterman score: 881; 34.5% identity (60.2% similar) in 533 aa overlap (64-584:24-543)

            40        50        60        70         80        90  
pF1KB5 VPYVPLRQRRQLLLQKLLQRRRKGAAEEEQQDSGSEPRGDED-DIPLGPQSNVSLLDQHQ
                                     .. :   :::.: :     : . .:. ...
CCDS54        MGSRNLFLTNSPESSNDCEDNPTRNRGFSKRGDNDLDPDECMQRTGGLFGSRR
                      10        20        30        40        50   

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pF1KB5 HLKEKAEARKESAKEKQLKEEEKILESVAEGRALMSVKEMAKGITYDDPIKTSWTPPRYV
        .   .     : ...    :.   .: :::    :   ..  .::  :      ::.  
CCDS54 PVLSGTGNGDTSQSRSGSGSERDSWKSEAEGGE--SSDTQGPKVTYIPP-----PPPEDE
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pF1KB5 LSMSEERHERVR-KKYH-ILVE--GDGIPPPIKSFKEMKFPAAILRGLKKKGIHHPTPIQ
        :.  . .  .   ::  ::::  :   :: : .:.: ..  ..  .. : :  . ::.:
CCDS54 DSIFAHYQTGINFDKYDTILVEVSGHDAPPAILTFEEANLCQTLNNNIAKAGYTKLTPVQ
        110       120       130       140       150       160      

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pF1KB5 IQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVIMFCLEQEKRLP-FSKREGPYGLIICPSR
         .:: ::.:::... : :::::: .: ::..   ...      :.. . :  .:. :.:
CCDS54 KYSIPIILAGRDLMACAQTGSGKTAAFLLPILAHMMHDGITASRFKELQEPECIIVAPTR
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pF1KB5 ELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALCIGGMSVKEQMETIRHGVHMMVATPGRLMDL
       ::. :       : .  . . .  .: ..  :: .. .... : .: ... ::::::::.
CCDS54 ELVNQI------YLEARKFSFGTCVRAVVIYGGTQLGHSIRQIVQGCNILCATPGRLMDI
        230             240       250       260       270       280

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pF1KB5 LQKKMVSLDICRYLALDEADRMIDMGFEGDIRTIFSY----FKGQRQTLLFSATMPKKIQ
       . :. ..:   .::.:::::::.::::  ... ..:      : :::::.::::.:..::
CCDS54 IGKEKIGLKQIKYLVLDEADRMLDMGFGPEMKKLISCPGMPSKEQRQTLMFSATFPEEIQ
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pF1KB5 NFAKSALVKP-VTINVGRAGAASLDVIQEVEYVKEEAKMVYLLECLQKTPPP-VLIFAEK
        .:   : .  . . ::..:.:  :: : :  : . .:   :.: :..     ...:.: 
CCDS54 RLAAEFLKSNYLFVAVGQVGGACRDVQQTVLQVGQFSKREKLVEILRNIGDERTMVFVET
              350       360       370       380       390       400

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pF1KB5 KADVDAIHEYLLLKGVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFREGKKDVLVATDVASKGLDFPAI
       :  .: :  .:  . . ...::: ..:.:: .:.  :: ::  :::::.::..:::.  .
CCDS54 KKKADFIATFLCQEKISTTSIHGDREQREREQALGDFRFGKCPVLVATSVAARGLDIENV
              410       420       430       440       450       460

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pF1KB5 QHVINYDMPEEIENYVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKACDESVLMDLKALLLEAKQKVPP
       :::::.:.:  :..:::::::::: :::: : .:..   :. . . :  .: .:.: :: 
CCDS54 QHVINFDLPSTIDEYVHRIGRTGRCGNTGRAISFFDLESDNHLAQPLVKVLTDAQQDVPA
              470       480       490       500       510       520

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pF1KB5 VLQVLHCGDESMLDIGGERGCAFCGGLGHRITDCPKLEAMQTKQVSNIGRKDYLAHSSMD
        :. .  .       :. :: .:                                     
CCDS54 WLEEIAFSTYIPGFSGSTRGNVFASVDTRKGKSTLNTAGFSSSQAPNPVDDESWD     
              530       540       550       560       570          

>>CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6               (648 aa)
 initn: 774 init1: 339 opt: 877  Z-score: 833.7  bits: 164.5 E(32554): 4.1e-40
Smith-Waterman score: 877; 37.0% identity (66.2% similar) in 438 aa overlap (141-563:193-617)

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pF1KB5 KEEEKILESVAEGRALMSVKEMAKGITYDDPIKTSWTPPRYVLS-MSEERHERVRKK-YH
                                     ::: ..     . : ::. . .  ::. ..
CCDS49 VVAGDRPLIDWDQIREEGLKWQKTKWADLPPIKKNFYKESTATSAMSKVEADSWRKENFN
            170       180       190       200       210       220  

      170             180         190       200       210       220
pF1KB5 ILVEG--DG----IPPPIKSFKE--MKFPAAILRGLKKKGIHHPTPIQIQGIPTILSGRD
       :  .   ::    :: :  .: .  . .:  .....:: :...::::: :. : .:.: :
CCDS49 ITWDDLKDGEKRPIPNPTCTFDDAFQCYPE-VMENIKKAGFQKPTPIQSQAWPIVLQGID
            230       240       250        260       270       280 

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pF1KB5 MIGIAFTGSGKTLVFTLP-VIMFCLEQEKRLPFSKREGPYGLIICPSRELARQTHGILEY
       .::.: ::.:::: . .:  : . :.   .   ..:. :  :.. :.:::: :..:    
CCDS49 LIGVAQTGTGKTLCYLMPGFIHLVLQPSLK---GQRNRPGMLVLTPTRELALQVEG---E
             290       300       310          320       330        

     280       290        300       310       320       330        
pF1KB5 YCRLLQEDSSPLLRCALCI-GGMSVKEQMETIRHGVHMMVATPGRLMDLLQKKMVSLDIC
        :.     :   :: ..:. :: .  ::.: ...:: ...:::::: :: ....:.:   
CCDS49 CCKY----SYKGLR-SVCVYGGGNRDEQIEELKKGVDIIIATPGRLNDLQMSNFVNLKNI
             340        350       360       370       380       390

      340       350       360       370       380       390        
pF1KB5 RYLALDEADRMIDMGFEGDIRTIFSYFKGQRQTLLFSATMPKKIQNFAKSALVKPVTINV
        ::.:::::.:.::::: .:  :.   . .:::.. ::: :.... .:.: : .:. . :
CCDS49 TYLVLDEADKMLDMGFEPQIMKILLDVRPDRQTVMTSATWPHSVHRLAQSYLKEPMIVYV
              400       410       420       430       440       450

      400        410       420       430         440       450     
pF1KB5 GRAGAASLDVI-QEVEYVKEEAKMVYLLECLQK--TPPPVLIFAEKKADVDAIHEYLLLK
       :    .... . :..  . :: :  ..   ::.  .   :..:. .:: .: .   :.: 
CCDS49 GTLDLVAVSSVKQNIIVTTEEEKWSHMQTFLQSMSSTDKVIVFVSRKAVADHLSSDLILG
              460       470       480       490       500       510

         460       470       480       490       500       510     
pF1KB5 GVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFREGKKDVLVATDVASKGLDFPAIQHVINYDMPEEIEN
       .. . ..:: ..:..: ::.: :. ::  .:.:::.::.:::   . :: :.:.:..::.
CCDS49 NISVESLHGDREQRDREKALENFKTGKVRILIATDLASRGLDVHDVTHVYNFDFPRNIEE
              520       530       540       550       560       570

         520       530       540       550       560       570     
pF1KB5 YVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKACDESVLMDLKALLLEAKQKVPPVLQVLHCGDESMLD
       ::::::::::.: ::.. : ...  :  :  .:  .: .:.:..:  :            
CCDS49 YVHRIGRTGRAGRTGVSITTLTRN-DWRVASELINILERANQSIPEELVSMAERFKAHQQ
              580       590        600       610       620         

         580       590       600       610       620  
pF1KB5 IGGERGCAFCGGLGHRITDCPKLEAMQTKQVSNIGRKDYLAHSSMDF
                                                      
CCDS49 KREMERKMERPQGRPKKFH                            
     630       640                                    

>>CCDS47208.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5               (690 aa)
 initn: 781 init1: 350 opt: 874  Z-score: 830.4  bits: 163.9 E(32554): 6.2e-40
Smith-Waterman score: 877; 34.6% identity (59.9% similar) in 544 aa overlap (64-584:123-658)

            40        50        60        70         80        90  
pF1KB5 VPYVPLRQRRQLLLQKLLQRRRKGAAEEEQQDSGSEPRGDED-DIPLGPQSNVSLLDQHQ
                                     .. :   :::.: :     : . .:. ...
CCDS47 NRGFSNSRFEDGDSSGFWRESSNDCEDNPTRNRGFSKRGDNDLDPDECMQRTGGLFGSRR
            100       110       120       130       140       150  

                  100       110       120       130       140      
pF1KB5 HL------KEKAEARKESAKEKQLKEEEKILESVAEGRALMSVKEMAKGITYDD---PIK
        .       . ...:. :..:.     . . : :  : .  : :  :.:   .:   :  
CCDS47 PVLSGTGNGDTSQSRSGSGSERG--GYKGLNEEVITGSGKNSWKSEAEGGESSDTQGPKV
            160       170         180       190       200       210

           150       160           170         180       190       
pF1KB5 TSWTPPRYVLSMSEERHERVR---KKYH-ILVE--GDGIPPPIKSFKEMKFPAAILRGLK
       :   ::      :   : ..     ::  ::::  :   :: : .:.: ..  ..  .. 
CCDS47 TYIPPPPPEDEDSIFAHYQTGINFDKYDTILVEVSGHDAPPAILTFEEANLCQTLNNNIA
              220       230       240       250       260       270

       200       210       220       230       240       250       
pF1KB5 KKGIHHPTPIQIQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVIMFCLEQEKRLP-FSKRE
       : :  . ::.:  .:: ::.:::... : :::::: .: ::..   ...      :.. .
CCDS47 KAGYTKLTPVQKYSIPIILAGRDLMACAQTGSGKTAAFLLPILAHMMHDGITASRFKELQ
              280       290       300       310       320       330

        260       270       280       290       300       310      
pF1KB5 GPYGLIICPSRELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALCIGGMSVKEQMETIRHGVHM
        :  .:. :.:::. :       : .  . . .  .: ..  :: .. .... : .: ..
CCDS47 EPECIIVAPTRELVNQI------YLEARKFSFGTCVRAVVIYGGTQLGHSIRQIVQGCNI
              340             350       360       370       380    

        320       330       340       350       360           370  
pF1KB5 MVATPGRLMDLLQKKMVSLDICRYLALDEADRMIDMGFEGDIRTIFSY----FKGQRQTL
       . ::::::::.. :. ..:   .::.:::::::.::::  ... ..:      : :::::
CCDS47 LCATPGRLMDIIGKEKIGLKQIKYLVLDEADRMLDMGFGPEMKKLISCPGMPSKEQRQTL
          390       400       410       420       430       440    

            380       390        400       410       420       430 
pF1KB5 LFSATMPKKIQNFAKSALVKP-VTINVGRAGAASLDVIQEVEYVKEEAKMVYLLECLQKT
       .::::.:..:: .:   : .  . . ::..:.:  :: : :  : . .:   :.: :.. 
CCDS47 MFSATFPEEIQRLAAEFLKSNYLFVAVGQVGGACRDVQQTVLQVGQFSKREKLVEILRNI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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