Result of FASTA (omim) for pF1KB9642
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9642, 593 aa
  1>>>pF1KB9642 593 - 593 aa - 593 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3342+/-0.000426; mu= 8.9232+/- 0.026
 mean_var=224.5552+/-51.209, 0's: 0 Z-trim(118.2): 477  B-trim: 913 in 3/59
 Lambda= 0.085588
 statistics sampled from 30149 (30874) to 30149 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.362), width:  16
 Scan time: 10.730

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593) 4009 508.9  2e-143
NP_001094861 (OMIM: 609792) leucine-rich repeat an ( 592) 1524 202.0 4.6e-51
NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288126 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288116 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
XP_011520420 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288121 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 1491 198.0 7.9e-50
NP_116197 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and i ( 620) 1491 198.0   8e-50
XP_016869794 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_016869795 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
NP_001245211 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat an ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_011516021 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_016869792 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_011516030 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_011516026 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
NP_689783 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat and i ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_016869793 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_016869796 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 1463 194.5 8.6e-49
XP_005259159 (OMIM: 612807) PREDICTED: leucine-ric ( 771)  520 78.2 1.1e-13
XP_016882522 (OMIM: 612807) PREDICTED: leucine-ric ( 771)  520 78.2 1.1e-13
NP_065913 (OMIM: 612807) leucine-rich repeat and f ( 771)  520 78.2 1.1e-13
NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605)  467 71.5 9.1e-12
NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643)  467 71.5 9.4e-12
NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-conta ( 653)  451 69.6 3.7e-11
XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653)  451 69.6 3.7e-11
XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653)  451 69.6 3.7e-11
NP_004479 (OMIM: 173511) platelet glycoprotein V p ( 560)  438 67.9   1e-10
NP_612490 (OMIM: 616236) chondroadherin-like prote ( 762)  439 68.2 1.2e-10
XP_005261427 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 771)  439 68.2 1.2e-10
XP_011518544 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_016873568 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_016873564 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_011518546 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_016873560 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
NP_001245348 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-co ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_016873566 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_016873563 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_016873559 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_016873565 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_011518542 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_011518541 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10
XP_011518543 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640)  435 67.6 1.5e-10


>>NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat and im  (593 aa)
 initn: 4009 init1: 4009 opt: 4009  Z-score: 2696.0  bits: 508.9 E(85289): 2e-143
Smith-Waterman score: 4009; 100.0% identity (100.0% similar) in 593 aa overlap (1-593:1-593)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDAATAPKQAWPPWPPLLFLLLLPGGSGGSCPAVCDCTSQPQAVLCGHRQLEAVPGGLPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDAATAPKQAWPPWPPLLFLLLLPGGSGGSCPAVCDCTSQPQAVLCGHRQLEAVPGGLPL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 DTELLDLSGNRLWGLQQGMLSRLSLLQELDLSYNQLSTLEPGAFHGLQSLLTLRLQGNRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DTELLDLSGNRLWGLQQGMLSRLSLLQELDLSYNQLSTLEPGAFHGLQSLLTLRLQGNRL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQKLEVGDNHLVFVAPGAFAGLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQKLEVGDNHLVFVAPGAFAGLA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 KLSTLTLERCNLSTVPGLALARLPALVALRLRELDIGRLPAGALRGLGQLKELEIHLWPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLSTLTLERCNLSTVPGLALARLPALVALRLRELDIGRLPAGALRGLGQLKELEIHLWPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LEALDPGSLVGLNLSSLAITRCNLSSVPFQALYHLSFLRVLDLSQNPISAIPARRLSPLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEALDPGSLVGLNLSSLAITRCNLSSVPFQALYHLSFLRVLDLSQNPISAIPARRLSPLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 RLQELRLSGACLTSIAAHAFHGLTAFHLLDVADNALQTLEETAFPSPDKLVTLRLSGNPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLQELRLSGACLTSIAAHAFHGLTAFHLLDVADNALQTLEETAFPSPDKLVTLRLSGNPL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 TCDCRLLWLLRLRRHLDFGMSPPACAGPHHVQGKSLKEFSDILPPGHFTCKPALIRKSGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TCDCRLLWLLRLRRHLDFGMSPPACAGPHHVQGKSLKEFSDILPPGHFTCKPALIRKSGP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 RWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRPHGAWLGRAGRVRVLEDGTLEIRSVQLRDRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRPHGAWLGRAGRVRVLEDGTLEIRSVQLRDRG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 AYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEPPNGTLSDPNITVPGIPGPFFLDSRGVAMVLAVGF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEPPNGTLSDPNITVPGIPGPFFLDSRGVAMVLAVGF
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590   
pF1KB9 LPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVAPRPSGDKNSGGNRVTAKLF
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVAPRPSGDKNSGGNRVTAKLF
              550       560       570       580       590   

>>NP_001094861 (OMIM: 609792) leucine-rich repeat and im  (592 aa)
 initn: 1855 init1: 1276 opt: 1524  Z-score: 1037.7  bits: 202.0 E(85289): 4.6e-51
Smith-Waterman score: 1524; 44.8% identity (70.1% similar) in 581 aa overlap (16-587:11-585)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDAATAPKQAWPPWPPLLFLLLLPGGSGGSCPAVCDCTSQPQAVLCGHRQLEAVPGGLPL
                      :::.:   :  .:: ::: :.:: : .:: : .:.: ::: :.: 
NP_001      MTCWLCVLSLPLLLLPAAPPPAGG-CPARCECTVQTRAVACTRRRLTAVPDGIPA
                    10        20         30        40        50    

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 DTELLDLSGNRLWGLQQGMLSRLSLLQELDLSYNQLSTLEPGAFHGLQSLLTLRLQGNRL
       .:.::.:: ::.  :. : :. :  :.::::: : .. .::::: .:  : .:::.::.:
NP_001 ETRLLELSRNRIRCLNPGDLAALPALEELDLSENAIAHVEPGAFANLPRLRVLRLRGNQL
           60        70        80        90       100       110    

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQKLEVGDNHLVFVAPGAFAGLA
       ... ::::. :. ::::::  :..:..:: .: .: ::..:::::: ::::.  ::::: 
NP_001 KLIPPGVFTRLDNLTLLDLSENKLVILLDYTFQDLHSLRRLEVGDNDLVFVSRRAFAGLL
          120       130       140       150       160       170    

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 KLSTLTLERCNLSTVPGLALARLPALVALRLRELDIGRLPAGALRGLGQLKELEIHLWPS
        :  ::::::::... : .:..: .: :::::.: :. :    .: :  : .:::  :: 
NP_001 ALEELTLERCNLTALSGESLGHLRSLGALRLRHLAIASLEDQNFRRLPGLLHLEIDNWPL
          180       190       200       210       220       230    

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LEALDPGSLVGLNLSSLAITRCNLSSVPFQALYHLSFLRVLDLSQNPISAIPARRLSPLV
       :: .  ::: ::::.::..:. :...::  :: : . :  :.::.::::..:   .  ::
NP_001 LEEVAAGSLRGLNLTSLSVTHTNITAVPAAALRHQAHLTCLNLSHNPISTVPRGSFRDLV
          240       250       260       270       280       290    

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 RLQELRLSGACLTSIAAHAFHGLTAFHLLDVADNALQTLEETAFPSPDKLVTLRLSGNPL
       ::.::.:.:: :. .  .:: ::  ..::....: :.::::..: : . : :::..::::
NP_001 RLRELHLAGALLAVVEPQAFLGLRQIRLLNLSNNLLSTLEESTFHSVNTLETLRVDGNPL
          300       310       320       330       340       350    

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 TCDCRLLWLLRLRRHLDFGMSPPACAGPHHVQGKSLKEFSDILPPGHFTCKPALIRKSGP
       .:::::::... :. :.:    :::: : .:.: .:... : .   .:.:.   ::.   
NP_001 ACDCRLLWIVQRRKTLNFDGRLPACATPAEVRGDALRNLPDSVLFEYFVCRKPKIRERRL
          360       370       380       390       400       410    

              430       440       450         460       470        
pF1KB9 RWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRPHGAWLG--RAGRVRVLEDGTLEIRSVQLRD
       . : :  :  . : : ..:.:::::.:. :.   .    :::.:::  :::::.... .:
NP_001 QRVTATAGEDVRFLCRAEGEPAPTVAWVTPQHRPVTATSAGRARVLPGGTLEIQDARPQD
          420       430       440       450       460       470    

      480       490       500       510           520       530    
pF1KB9 RGAYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEPPNGTLSDP----NITVPGIPGPFFLDSRGVAM
        :.:.::.::..:::   :.. .. :.:  ..   :    : :. .. .:  ::   . .
NP_001 SGTYTCVASNAGGND---TYFATLTVRPEPAANRTPGEAHNETLAALRAP--LDLTTILV
          480          490       500       510       520           

          540       550       560       570          580       590 
pF1KB9 VLAVGFLPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVAPR---PSGDKNSGGNRVTAK
         :.: . ::  : .:: :. .::.:.:. :.... ..   .   :..  ..:: :    
NP_001 STAMGCITFLGVVLFCFVLLFVWSRGRGQHKNNFSVEYSFRKVDGPAAAAGQGGARKFNM
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pF1KB9 LF 
          
NP_001 KMI
     590  

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              . :.     : :.:.:.:  . .::. .::  :.:..: .:::: .... :::
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       :.:: .:  ::::.:::...:  ::..: .:..::::.:.:. .   ... : .:: :::
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       ..:::.:::::::..: : .:.:. . :.:: :. :::: .:.: :.: :..:::. : :
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       ..:::...  :::.::: :: ::.  :.::..::  : .: .:..:::::: ::...  :
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pF1KB9 RKSGPRWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRP--HGAWLGRAGRVRVLEDGTLEIRS
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NP_001 RDRKAQQVFVDEGHTVQFVCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKSNGRLTVFPDGTLEVRY
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pF1KB9 VQLRDRGAYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEP-----PNGTLS---------DPNITVP
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NP_001 AQVQDNGTYLCIAANAGGNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFAFISNQPGEGEANSTRA
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pF1KB9 VQLRDRGAYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEP-----PNGTLS---------DPNITVP
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NP_001 AGISSADAPRKFNMKMI
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pF1KB9 QGNRLRIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQKLEVGDNHLVFVAPGA
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XP_016 RDRKAQQVFVDEGHTVQFVCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKSNGRLTVFPDGTLEVRY
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pF1KB9 VQLRDRGAYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEP-----PNGTLS---------DPNITVP
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pF1KB9 GIPGPFFLDSRGVAMVLAVGFLPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVAPRPSG
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XP_016 TVPFPF--DIKTLIIATTMGFISFLGVVLFCLVLLFLWSRGKGNTKHNIEIEYV-PRKSD
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pF1KB9 DKNSGGNRVTAKLF   
                        
XP_016 AGISSADAPRKFNMKMI
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593 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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