Result of FASTA (ccds) for pF1KB9594
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9594, 325 aa
  1>>>pF1KB9594 325 - 325 aa - 325 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5325+/-0.000883; mu= -2.0283+/- 0.054
 mean_var=247.7105+/-49.612, 0's: 0 Z-trim(115.0): 67  B-trim: 5 in 1/53
 Lambda= 0.081490
 statistics sampled from 15447 (15513) to 15447 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.477), width:  16
 Scan time:  2.860

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15        ( 325) 2213 272.5 3.2e-73
CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9        ( 432)  771 103.1 4.3e-22
CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20         ( 457)  608 83.9 2.6e-16
CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20         ( 463)  608 83.9 2.6e-16
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19         ( 350)  588 81.5 1.1e-15
CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5          ( 465)  583 81.0   2e-15
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20         ( 330)  571 79.5 4.1e-15
CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1           ( 478)  561 78.4 1.2e-14
CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14          ( 472)  558 78.1 1.6e-14
CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1          ( 495)  551 77.3 2.9e-14
CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9          ( 373)  532 74.9 1.1e-13
CCDS75845.1 FOXD4L4 gene_id:349334|Hs108|chr9      ( 416)  524 74.0 2.3e-13
CCDS43833.1 FOXD4L3 gene_id:286380|Hs108|chr9      ( 417)  524 74.0 2.3e-13
CCDS43826.1 FOXD4L6 gene_id:653404|Hs108|chr9      ( 417)  521 73.7 2.9e-13
CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9          ( 439)  517 73.2 4.2e-13
CCDS10958.1 FOXC2 gene_id:2303|Hs108|chr16         ( 501)  515 73.0 5.5e-13
CCDS47977.1 FOXD4L5 gene_id:653427|Hs108|chr9      ( 416)  510 72.4 7.1e-13
CCDS10959.1 FOXL1 gene_id:2300|Hs108|chr16         ( 345)  506 71.9 8.6e-13
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2       ( 408)  507 72.0   9e-13
CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1            ( 319)  498 70.9 1.5e-12
CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6           ( 553)  503 71.7 1.6e-12
CCDS3105.1 FOXL2 gene_id:668|Hs108|chr3            ( 376)  459 66.4 4.2e-11
CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6           ( 444)  459 66.4 4.8e-11
CCDS77433.1 FOXI3 gene_id:344167|Hs108|chr2        ( 420)  452 65.6 8.1e-11


>>CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15             (325 aa)
 initn: 2213 init1: 2213 opt: 2213  Z-score: 1428.1  bits: 272.5 E(32554): 3.2e-73
Smith-Waterman score: 2213; 100.0% identity (100.0% similar) in 325 aa overlap (1-325:1-325)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 LRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 KPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMPAAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMPAAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 KMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 YGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKPTPAAVPALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKPTPAAVPALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTAT
              250       260       270       280       290       300

              310       320     
pF1KB9 SQSSPATPSETLTSPASALHSVAVH
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SQSSPATPSETLTSPASALHSVAVH
              310       320     

>>CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9             (432 aa)
 initn: 1148 init1: 771 opt: 771  Z-score: 510.2  bits: 103.1 E(32554): 4.3e-22
Smith-Waterman score: 875; 46.6% identity (59.8% similar) in 363 aa overlap (1-254:1-357)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNS
       :::::...::::::::::::::::::: : :::::::.::::::.:::::::.:::::::
CCDS35 MPRPGKSSYSDQKPPYSYISLTAMAIQHSAEKMLPLSDIYKFIMERFPYYREHTQRWQNS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110          
pF1KB9 LRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHL---
       :::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::..::    
CCDS35 LRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPDCGDMFENGSFLRRRKRFKVLRADHTHLH
               70        80        90       100       110       120

                                                       120         
pF1KB9 ------------------------------------------------APSKPADAAQYL
                                                        :  :   ..:.
CCDS35 AGSTKSAPGAGPGGHLHPHHHHHPHHHHHHHAAAHHHHHHHPPQPPPPPPPPPPHMVHYF
              130       140       150       160       170       180

     130                                                140        
pF1KB9 QQQ-------------------------------AKLR----------LSALAASGT--H
       .::                               .:..           .: :: :.  .
CCDS35 HQQPPTAPQPPPHLPSQPPQQPPQQSQPQQPSHPGKMQEAAAVAAAAAAAAAAAVGSVGR
              190       200       210       220       230       240

        150             160       170       180           190      
pF1KB9 LPQMP------AAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREYK---MPGGLAF-SAMQPVPA
       : :.:      :::   ...:. :::::::::::::.:.::   . ::: . :.:. .  
CCDS35 LSQFPPYGLGSAAAAAAAAAASTSGFKHPFAIENIIGRDYKGVLQAGGLPLASVMHHL--
              250       260       270       280       290          

        200       210       220       230            240       250 
pF1KB9 AYPLPNQLTTMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASG-----DYSAYGVPLKPLCHA
       .::.:.:: .. ::.   :::: :    . .:.  . :.:     .:.:.:::.: :::.
CCDS35 GYPVPGQLGNVVSSV---WPHV-GVMDSVAAAAAAAAAAGVPVGPEYGAFGVPVKSLCHS
      300       310           320       330       340       350    

             260       270       280       290       300       310 
pF1KB9 AGQTLPAIPVPIKPTPAAVPALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTATSQSSPATPSET
       :.:                                                         
CCDS35 ASQSLPAMPVPIKPTPALPPVSALQPGLTVPAASQQPPAPSTVCSAAAASPVASLLEPTA
          360       370       380       390       400       410    

>>CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20              (457 aa)
 initn: 591 init1: 563 opt: 608  Z-score: 406.3  bits: 83.9 E(32554): 2.6e-16
Smith-Waterman score: 628; 47.6% identity (67.1% similar) in 225 aa overlap (2-220:148-357)

                                            10        20        30 
pF1KB9                              MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPE
                                     :.  : .:.  ::::::::: .::::.::.
CCDS13 AGAMGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPN
       120       130       140       150       160       170       

              40        50        60        70        80        90 
pF1KB9 KMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHP
       ::: :::::..::: ::.::.: ::::::.::.:::::::.:.:: ::.:::::::.:::
CCDS13 KMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHP
       180       190       200       210       220       230       

             100       110       120       130       140       150 
pF1KB9 SCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMP
       . :.::::: .:::.::::  :  .:: .. : ::   .. :       :.. .   :. 
CCDS13 DSGNMFENGCYLRRQKRFKCEK--QLALKEAAGAAGSGKKAA-------AGAQASQAQLG
       240       250         260       270              280        

             160        170       180            190       200     
pF1KB9 AAAYNLGGVAQ-PSGFKHPFAIENIIAREYKMPG-----GLAFSAMQPVPAAYPLPNQLT
        ::   : ... :.: . : .  .   .:.:  :     :   .:..: :   : :.:  
CCDS13 EAA---GPASETPAGTESPHSSASP-CQEHKRGGLGELKGTPAAALSP-PEPAPSPGQQQ
      290          300       310        320       330        340   

         210       220       230       240       250       260     
pF1KB9 TMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSAYGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKP
         .. :  : ::  :                                             
CCDS13 QAAAHL-LGPPHHPGLPPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDL
            350       360       370       380       390       400  

>>CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20              (463 aa)
 initn: 591 init1: 563 opt: 608  Z-score: 406.2  bits: 83.9 E(32554): 2.6e-16
Smith-Waterman score: 628; 47.6% identity (67.1% similar) in 225 aa overlap (2-220:154-363)

                                            10        20        30 
pF1KB9                              MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPE
                                     :.  : .:.  ::::::::: .::::.::.
CCDS46 AGAMGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPN
           130       140       150       160       170       180   

              40        50        60        70        80        90 
pF1KB9 KMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHP
       ::: :::::..::: ::.::.: ::::::.::.:::::::.:.:: ::.:::::::.:::
CCDS46 KMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHP
           190       200       210       220       230       240   

             100       110       120       130       140       150 
pF1KB9 SCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMP
       . :.::::: .:::.::::  :  .:: .. : ::   .. :       :.. .   :. 
CCDS46 DSGNMFENGCYLRRQKRFKCEK--QLALKEAAGAAGSGKKAA-------AGAQASQAQLG
           250       260         270       280              290    

             160        170       180            190       200     
pF1KB9 AAAYNLGGVAQ-PSGFKHPFAIENIIAREYKMPG-----GLAFSAMQPVPAAYPLPNQLT
        ::   : ... :.: . : .  .   .:.:  :     :   .:..: :   : :.:  
CCDS46 EAA---GPASETPAGTESPHSSASP-CQEHKRGGLGELKGTPAAALSP-PEPAPSPGQQQ
             300       310        320       330        340         

         210       220       230       240       250       260     
pF1KB9 TMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSAYGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKP
         .. :  : ::  :                                             
CCDS46 QAAAHL-LGPPHHPGLPPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDL
     350        360       370       380       390       400        

>>CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19              (350 aa)
 initn: 614 init1: 578 opt: 588  Z-score: 395.2  bits: 81.5 E(32554): 1.1e-15
Smith-Waterman score: 588; 57.1% identity (74.7% similar) in 154 aa overlap (1-154:105-257)

                                             10        20        30
pF1KB9                               MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSP
                                     ::.  :   .  ::::::::: .::::..:
CCDS12 GPTFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAP
           80        90       100       110       120       130    

               40        50        60        70        80        90
pF1KB9 EKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALH
        ::: :::::..::: ::::::: ::::::.::.:::::::.:. : ::.:::::.::::
CCDS12 GKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALH
          140       150       160       170       180       190    

              100       110       120       130       140       150
pF1KB9 PSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQM
       :: :.::::: .:::.::::. .. . . :  : ...    .:    .  ::. :  :: 
CCDS12 PSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAASTTTP-AATVTSPPQP
          200       210       220       230       240        250   

              160       170       180       190       200       210
pF1KB9 PAAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREYKMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSS
       :  :                                                        
CCDS12 PPPAPEPEAQGGEDVGALDCGSPASSTPYFTGLELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQ
           260       270       280       290       300       310   

>>CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5               (465 aa)
 initn: 601 init1: 492 opt: 583  Z-score: 390.3  bits: 81.0 E(32554): 2e-15
Smith-Waterman score: 583; 38.4% identity (58.8% similar) in 323 aa overlap (13-323:125-433)

                                 10        20        30        40  
pF1KB9                   MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKF
                                     :::::::.: .::: .::.: : :::: .:
CCDS75 AAGAGAGGGGGGGGAGGGGSAGSGAKNPLVKPPYSYIALITMAILQSPKKRLTLSEICEF
          100       110       120       130       140       150    

             50        60        70        80        90       100  
pF1KB9 IMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSF
       :  :::::::.   ::::.:::::.::::.::::.: .::::..:.: :  .:::.::::
CCDS75 ISGRFPYYREKFPAWQNSIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPGKGNYWTLDPESADMFDNGSF
          160       170       180       190       200       210    

            110       120       130       140         150          
pF1KB9 LRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSAL--AASGTHLPQMPAA---AYNL
       ::::::::    . : : . : : . : . :    .:   ::... .:  :     ::. 
CCDS75 LRRRKRFK---RQPLLPPNAAAAESLLLRGAGAAGGAGDPAAAAALFPPAPPPPPHAYGY
          220          230       240       250       260       270 

       160        170        180       190       200       210     
pF1KB9 GGVAQPSGFK-HPFAIEN-IIAREYKMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSSLGTGW
       :  .   :..  :.:  . ..:      .. ::   .: :   : :.  ..  .  . :.
CCDS75 GPYGCGYGLQLPPYAPPSALFAAAAAAAAAAAFHPHSPPPP--PPPHGAAAELARTAFGY
             280       290       300       310         320         

          220       230        240         250        260       270
pF1KB9 -PHVYGSAGMIDSATPISMA-SGDYSAYGVPLKPLC--HAAGQTL-PAIPVPIKPTPAAV
        ::  :.:  . .  : : : .:  .: ..  .:.      : .: ::  .      :: 
CCDS75 RPHPLGAA--LPGPLPASAAKAGGPGASALARSPFSIESIIGGSLGPAAAAAAAAQAAA-
     330         340       350       360       370       380       

              280       290       300       310       320          
pF1KB9 PALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTATSQSSPATPSETLTSPASALHSVAVH     
        :  : :.: :.    .::  .: ::  . . .. . :. .::    :  ..:       
CCDS75 -AAQASPSPSPV---AAPP--APGSSGGGCAAQAAVGPAAALTRSLVAAAAAAASSVSSS
         390          400         410       420       430       440

CCDS75 AALGTLHQGTALSSVENFTARISNC
              450       460     

>>CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20              (330 aa)
 initn: 555 init1: 502 opt: 571  Z-score: 384.7  bits: 79.5 E(32554): 4.1e-15
Smith-Waterman score: 571; 38.4% identity (60.9% similar) in 302 aa overlap (1-289:6-298)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB9      MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQ
            .: ::  :    :::::::.: :::::::: .   :: ::..:: :: .::.:  
CCDS13 MQQQPLPGPGAPTTEPTKPPYSYIALIAMAIQSSPGQRATLSGIYRYIMGRFAFYRHNRP
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB9 RWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSD
        ::::.:::::.:.::.:.::   .:::::.:.: :.: ::::.:::::::.:: . .. 
CCDS13 GWQNSIRHNLSLNECFVKVPRDDRKPGKGSYWTLDPDCHDMFEHGSFLRRRRRF-TRQTG
               70        80        90       100       110          

         120        130       140          150        160          
pF1KB9 HLAPSKPADAAQY-LQQQAKLRLSALAASGTHL---PQMP-AAAYNLGGV--AQPSGFKH
         .   :: : .  :.  ..      :..: .    :..:   . ..::.  :.:...  
CCDS13 AEGTRGPAKARRGPLRATSQDPGVPNATTGRQCSFPPELPDPKGLSFGGLVGAMPASMC-
     120       130       140       150       160       170         

      170       180       190        200       210       220       
pF1KB9 PFAIENIIAREYKMPGGLAFSAMQPV-PAAYPLPNQLTTMGSSLGTGWPHVYGSAGMIDS
       : :  .   :    :  .  :. .:. :.  :.    :. .:  . :.:  .. :  ...
CCDS13 P-ATTDGRPRPPMEPKEI--STPKPACPGELPVA---TSSSSCPAFGFPAGFSEAESFNK
       180       190         200          210       220       230  

        230        240         250       260       270        280  
pF1KB9 A-TPI-SMASGDYSAYGVPLKPL--CHAAGQTLPAIPVPIKPTPAAVPALP-ALPAPIPT
       : ::. :  ::  :.:   :. :  : .:   :  . .   :.::  :. : .: ::.: 
CCDS13 APTPVLSPESGIGSSYQCRLQALNFCMGADPGLEHLLASAAPSPAP-PTPPGSLRAPLPL
            240       250       260       270        280       290 

            290       300       310       320     
pF1KB9 LLSNSPPSLSPTSSQTATSQSSPATPSETLTSPASALHSVAVH
         ... :                                    
CCDS13 PTDHKEPWVAGGFPVQGGSGYPLGLTPCLYRTPGMFFFE    
             300       310       320       330    

>>CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1                (478 aa)
 initn: 571 init1: 498 opt: 561  Z-score: 376.1  bits: 78.4 E(32554): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 568; 37.4% identity (59.0% similar) in 334 aa overlap (4-319:132-448)

                                          10        20        30   
pF1KB9                            MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKM
                                     :..   :  :::::::.: .::: .::.: 
CCDS62 DGCKGGVGGEEGGASGGGPGAGSGSAGGLAPSKPKNSLVKPPYSYIALITMAILQSPQKK
             110       120       130       140       150       160 

            40        50        60        70        80        90   
pF1KB9 LPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSC
       : :: : .:: .:::::::.   ::::.:::::.::::.::::.: .::::..:.: :. 
CCDS62 LTLSGICEFISNRFPYYREKFPAWQNSIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPGKGNYWTLDPQS
             170       180       190       200       210       220 

           100       110       120       130       140       150   
pF1KB9 GDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQMPAA
        :::.::::::::::::  ...::  .    .: ..:. .   :.:  :.:.  :   . 
CCDS62 EDMFDNGSFLRRRKRFKRHQQEHLREQ----TALMMQSFGAYSLAA--AAGAAGPY--GR
             230       240           250       260         270     

           160       170       180       190        200            
pF1KB9 AYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREYKMPGGLAFSAMQPV-PAAYPL-PN-----QLTT
        :.:  .:  ....:: :     :    .    :.  . :: : : :: :.     . ..
CCDS62 PYGLHPAAAAGAYSHP-AAAAAAAAAAALQYPYALPPVAPVLPPAVPLLPSGELGRKAAA
           280        290       300       310       320       330  

        210       220       230       240       250       260      
pF1KB9 MGSSLGTGWPHVYGSAGMIDSATPISMASGDYSAYGVPLKPLCHAAGQTLPAIPVPIKPT
       .::.:: :     .: :   .:.  . :.:  .:  .  .:   .:  .. .:   :   
CCDS62 FGSQLGPGLQLQLNSLGAAAAAAGTAGAAGT-TASLIKSEP---SARPSF-SIENIIGGG
            340       350       360        370           380       

        270       280                  290       300       310     
pF1KB9 PAAVPALPALPAPIPTLLSNS-----------PPSLSPTSSQTATSQSSPATPSETLTSP
       ::: :.  :. : .    ..:           ::.   ...  :: :  : . :.: .. 
CCDS62 PAA-PGGSAVGAGVAGGTGGSGGGSTAQSFLRPPGTVQSAALMATHQ--PLSLSRTTATI
       390        400       410       420       430         440    

         320                             
pF1KB9 ASALHSVAVH                        
       :  :                              
CCDS62 APILSVPLSGQFLQPAASAAAAAAAAAQAKWPAQ
          450       460       470        

>>CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14               (472 aa)
 initn: 598 init1: 558 opt: 558  Z-score: 374.3  bits: 78.1 E(32554): 1.6e-14
Smith-Waterman score: 579; 38.2% identity (58.6% similar) in 314 aa overlap (6-294:163-472)

                                        10        20        30     
pF1KB9                          MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSPEKMLP
                                     . .:   ::::::::: .::::..: ::: 
CCDS96 AMNPCMSPMAYAPSNLGRSRAGGGGDAKTFKRSYPHAKPPYSYISLITMAIQQAPSKMLT
            140       150       160       170       180       190  

          40        50        60        70        80        90     
pF1KB9 LSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHPSCGD
       :::::..::: :::::.: ::::::.::.:::::::.:. : ::.:::::.:.:::. :.
CCDS96 LSEIYQWIMDLFPYYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWTLHPDSGN
            200       210       220       230       240       250  

         100       110           120       130       140           
pF1KB9 MFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLA----PSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAAS-------G
       ::::: .:::.::::  :.   .     .. ...:.   .. :   .:   :       :
CCDS96 MFENGCYLRRQKRFKCEKQPGAGGGGGSGSGGSGAKGGPESRKDPSGASNPSADSPLHRG
            260       270       280       290       300       310  

            150       160       170       180              190     
pF1KB9 TH--LPQMPAAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREYKMPGGLAF-------SAMQPVP
       .:    :. .:    : .:.:. . :  :  .  : : : :.. .        .:.  ::
CCDS96 VHGKTGQLEGAPAP-GPAASPQTLDHSGATATGGASELKTPASSTAPPISSGPGALASVP
            320        330       340       350       360       370 

         200       210         220       230         240       250 
pF1KB9 AAYPLPNQLTTMGSSLGT-GWPHV-YGSAGMIDSATPISMASG--DYSAYGVPLKPLCHA
       :..:  . :.   :.:   : ::  ..    :..    :  .   :..::   :.     
CCDS96 ASHP-AHGLAPHESQLHLKGDPHYSFNHPFSINNLMSSSEQQHKLDFKAYEQALQ--YSP
              380       390       400       410       420          

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pF1KB9 AGQTLPA-IPVPIKPTPAAVPALPALPAPIPTLLSNSPPSLSPTSSQTATSQSSPATPSE
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