seq1 = pF1KB5934.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KB5934/gi568815592f_28259587.tfa (gi568815592f:28259587_28466282), 206696 bp

>pF1KB5934 1614
>gi568815592f:28259587_28466282 (Chr6)

1-402  (100001-100402)   100% ->
403-550  (101738-101885)   100% ->
551-633  (103717-103799)   97% ->
634-757  (104106-104229)   100% ->
758-1614  (105840-106696)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAGAGAATTAAGTGAAAGCACAGCCCTGGATGCCCAGTCTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTAGAGAATTAAGTGAAAGCACAGCCCTGGATGCCCAGTCTACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACCAGATGGAGCTTCTGGTCATAAAGGTGGAGGAAGAAGAAGCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACCAGATGGAGCTTCTGGTCATAAAGGTGGAGGAAGAAGAAGCCGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCCCAGTAGCCCAGATCTGGGTTCTGAGGGCTCCCGCGAGCGCTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCCCAGTAGCCCAGATCTGGGTTCTGAGGGCTCCCGCGAGCGCTTCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTTCCGCTACCCGGAGGCTGCAGGCCCCCGCGAGGCGCTGAGTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTTCCGCTACCCGGAGGCTGCAGGCCCCCGCGAGGCGCTGAGTCGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGAGAGCTCTGCCGACAGTGGCTGCAGCCTGAGATGCACAGCAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGAGAGCTCTGCCGACAGTGGCTGCAGCCTGAGATGCACAGCAAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACCATCCTGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACCATCCTGCCGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATCTGCAGAGCTGGGTGCGGGAGCAGCATCCAGAGAGCGGGGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATCTGCAGAGCTGGGTGCGGGAGCAGCATCCAGAGAGCGGGGAGGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGTGCTATTGGAGTATTTGGAGAGGCAGCTGGATGAGCCGGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGTGCTATTGGAGTATTTGGAGAGGCAGCTGGATGAGCCGGCGCCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AG         GTTTCAGGTGTTGACCAGGGGCAAGAACTGCTCTGTTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGTA...TAGGTTTCAGGTGTTGACCAGGGGCAAGAACTGCTCTGTTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGATGGCACTATTGACACCAGCCCCAGGGTCACAAAGTAGCCAATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101777 AAGATGGCACTATTGACACCAGCCCCAGGGTCACAAAGTAGCCAATTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTAATGAAGGCTCTGCTCAAGCATGAATCTGTGGGATCCCAGCCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101827 GCTAATGAAGGCTCTGCTCAAGCATGAATCTGTGGGATCCCAGCCTTTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGATAGAG         TTCTCCAGGTCCCCGTGCTTGCCCATGGAGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101877 AAGATAGAGGTA...TAGTTCTCCAGGTCCCCGTGCTTGCCCATGGAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGCTGCAGAGAAGATGCAGTGGTAGCTTCTAGGCTTACTCCAGAGTCCCA
        |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
 103749 TGCTGCAGAGAAGATAAAGTGGTAGCTTCTAGGCTTACTCCAGAGTCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 G         GGGTTGTTGAAAGTGGAAGATGTGGCCCTGACCCTCACCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103799 GGTG...TAGGGGTTGTTGAAAGTGGAAGATGTGGCCCTGACCCTCACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGAATGGACACAGCAGGATTCATCTCAGGGGAATCTCTGTAGAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104146 CTGAATGGACACAGCAGGATTCATCTCAGGGGAATCTCTGTAGAGATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAGCAGGAGAACCATGGCAGCCTGGTCTCCCTGG         GTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104196 AAGCAGGAGAACCATGGCAGCCTGGTCTCCCTGGGTA...CAGGTGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AAAACAGACTAAGAGCAGGGACTTGCCTCCAGCTGAGGAGCTTCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105847 AAAACAGACTAAGAGCAGGGACTTGCCTCCAGCTGAGGAGCTTCCAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGAGCATGGGAAGATATCGTGCCACCTGAGAGAAGACATTGCCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105897 AGGAGCATGGGAAGATATCGTGCCACCTGAGAGAAGACATTGCCCAGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCTACATGTGCAGAAGCTGGTGAACAGGAGGGCAGGCTACAAAGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105947 CCTACATGTGCAGAAGCTGGTGAACAGGAGGGCAGGCTACAAAGAAAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GAAAAATGCCACAGGAGGGAGGCGGCACATCTGCCATGAATGTGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105997 GAAAAATGCCACAGGAGGGAGGCGGCACATCTGCCATGAATGTGGAAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GTTTTGCTCAAAGCTCAGGCCTGAGTAAACACAGGAGAATCCACACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106047 GTTTTGCTCAAAGCTCAGGCCTGAGTAAACACAGGAGAATCCACACTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAGAAACCCTACGAATGTGAAGAGTGTGGCAAAGCCTTCATTGGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106097 GAGAAACCCTACGAATGTGAAGAGTGTGGCAAAGCCTTCATTGGGAGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGCCCTTGTCATTCATCAGAGAGTCCACACTGGTGAGAAGCCATATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106147 TGCCCTTGTCATTCATCAGAGAGTCCACACTGGTGAGAAGCCATATGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGAAGAATGTGGTAAGGCCTTCAGTCATAGCTCAGACCTTATCAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106197 GTGAAGAATGTGGTAAGGCCTTCAGTCATAGCTCAGACCTTATCAAGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAGAGAACCCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAGTGTGATGACTGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106247 CAGAGAACCCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAGTGTGATGACTGTGGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GACCTTCAGCCAGAGCTGCAGCCTCCTTGAACATCACAGAATCCACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106297 GACCTTCAGCCAGAGCTGCAGCCTCCTTGAACATCACAGAATCCACACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GGGAGAAGCCGTATCAGTGCAGTATGTGTGGCAAAGCCTTTAGGCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106347 GGGAGAAGCCGTATCAGTGCAGTATGTGTGGCAAAGCCTTTAGGCGAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TCACATCTCCTGAGACATCAGAGGATCCATACTGGGGATAAAAATGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106397 TCACATCTCCTGAGACATCAGAGGATCCATACTGGGGATAAAAATGTTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GGAACCTGAGCAGGGAGAGGCCTGGAAAAGTAGGATGGAAAGCCAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106447 GGAACCTGAGCAGGGAGAGGCCTGGAAAAGTAGGATGGAAAGCCAGTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 AAAATGTTGAAACTCCCATGTCTTATAAATGTAATGAGTGTGAAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106497 AAAATGTTGAAACTCCCATGTCTTATAAATGTAATGAGTGTGAAAGAAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTCACTCAGAATACAGGCCTCATTGAACATCAAAAAATCCACACTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106547 TTCACTCAGAATACAGGCCTCATTGAACATCAAAAAATCCACACTGGTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GAAACCCTATCAGTGTAATGCGTGTGGAAAAGGCTTCACCCGAATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106597 GAAACCCTATCAGTGTAATGCGTGTGGAAAAGGCTTCACCCGAATTTCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 ACCTTGTTCAACATCAGAGAAGCCATGTAGGGAAAAACATCCTATCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106647 ACCTTGTTCAACATCAGAGAAGCCATGTAGGGAAAAACATCCTATCACAG