Result of FASTA (ccds) for pF1KB6014
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6014, 698 aa
  1>>>pF1KB6014 698 - 698 aa - 698 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2475+/-0.000702; mu= 16.1618+/- 0.043
 mean_var=88.8663+/-17.846, 0's: 0 Z-trim(112.3): 26  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.136052
 statistics sampled from 13085 (13109) to 13085 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.403), width:  16
 Scan time:  4.390

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS35178.1 QSOX2 gene_id:169714|Hs108|chr9        ( 698) 4775 947.1       0
CCDS1337.1 QSOX1 gene_id:5768|Hs108|chr1           ( 747) 1609 325.7 1.6e-88
CCDS30950.1 QSOX1 gene_id:5768|Hs108|chr1          ( 604) 1587 321.3 2.6e-87


>>CCDS35178.1 QSOX2 gene_id:169714|Hs108|chr9             (698 aa)
 initn: 4775 init1: 4775 opt: 4775  Z-score: 5061.8  bits: 947.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4775; 100.0% identity (100.0% similar) in 698 aa overlap (1-698:1-698)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAAAGAAVARSPGIGAGPALRARRSPPPRAARLPRLLVLLAAAAVGPGAGGAARLYRAGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MAAAGAAVARSPGIGAGPALRARRSPPPRAARLPRLLVLLAAAAVGPGAGGAARLYRAGE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DAVWVLDSGSVRGATANSSAAWLVQFYSSWCGHCIGYAPTWRALAGDVRDWASAIRVAAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DAVWVLDSGSVRGATANSSAAWLVQFYSSWCGHCIGYAPTWRALAGDVRDWASAIRVAAL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 DCMEEKNQAVCHDYDIHFYPTFRYFKAFTKEFTTGENFKGPDRELRTVRQTMIDFLQNHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DCMEEKNQAVCHDYDIHFYPTFRYFKAFTKEFTTGENFKGPDRELRTVRQTMIDFLQNHT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 EGSRPPACPRLDPIQPSDVLSLLDNRGSHYVAIVFESNSSYLGREVILDLIPYESIVVTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EGSRPPACPRLDPIQPSDVLSLLDNRGSHYVAIVFESNSSYLGREVILDLIPYESIVVTR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 ALDGDKAFLEKLGVSSVPSCYLIYPNGSHGLINVVKPLRAFFSSYLKSLPDVRKKSLPLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ALDGDKAFLEKLGVSSVPSCYLIYPNGSHGLINVVKPLRAFFSSYLKSLPDVRKKSLPLP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 EKPHKEENSEIVVWREFDKSKLYTVDLESGLHYLLRVELAAHKSLAGAELKTLKDFVTVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EKPHKEENSEIVVWREFDKSKLYTVDLESGLHYLLRVELAAHKSLAGAELKTLKDFVTVL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 AKLFPGRPPVKKLLEMLQEWLASLPLDRIPYNAVLDLVNNKMRISGIFLTNHIKWVGCQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKLFPGRPPVKKLLEMLQEWLASLPLDRIPYNAVLDLVNNKMRISGIFLTNHIKWVGCQG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 SRSELRGYPCSLWKLFHTLTVEASTHPDALVGTGFEDDPQAVLQTMRRYVHTFFGCKECG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SRSELRGYPCSLWKLFHTLTVEASTHPDALVGTGFEDDPQAVLQTMRRYVHTFFGCKECG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 EHFEEMAKESMDSVKTPDQAILWLWKKHNMVNGRLAGHLSEDPRFPKLQWPTPDLCPACH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EHFEEMAKESMDSVKTPDQAILWLWKKHNMVNGRLAGHLSEDPRFPKLQWPTPDLCPACH
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 EEIKGLASWDEGHVLTFLKQHYGRDNLLDTYSADQGDSSEGGTLARGEEEEKRLTPPEVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EEIKGLASWDEGHVLTFLKQHYGRDNLLDTYSADQGDSSEGGTLARGEEEEKRLTPPEVS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 HGDRDTQSVRPPGALGPRPALPESLHHSLDGKLQSLDGPGAHKEVGGAAPFLGVDFSSLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 HGDRDTQSVRPPGALGPRPALPESLHHSLDGKLQSLDGPGAHKEVGGAAPFLGVDFSSLD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690        
pF1KB6 MSLCVVLYVASSLFLMVMYFFFRVRSRRWKVKHHHPAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSLCVVLYVASSLFLMVMYFFFRVRSRRWKVKHHHPAV
              670       680       690        

>>CCDS1337.1 QSOX1 gene_id:5768|Hs108|chr1                (747 aa)
 initn: 1645 init1: 554 opt: 1609  Z-score: 1702.9  bits: 325.7 E(32554): 1.6e-88
Smith-Waterman score: 1617; 41.5% identity (67.6% similar) in 620 aa overlap (25-629:8-613)

               10        20        30        40        50          
pF1KB6 MAAAGAAVARSPGIGAGPALRARRSPPPRAARLPRLLVLLAAAAVGPGAGGAAR--LYRA
                               : ::     : ::.::    . :::..: :  :: .
CCDS13                  MRRCNSGSGPP-----PSLLLLLLWLLAVPGANAAPRSALY-S
                                10             20        30        

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB6 GEDAVWVLDSGSVRGATANSSAAWLVQFYSSWCGHCIGYAPTWRALAGDVRDWASAIRVA
         : . .:.. .::::. .: .:: :.:..:::::::..::::.::: ::. :  :. .:
CCDS13 PSDPLTLLQADTVRGAVLGSRSAWAVEFFASWCGHCIAFAPTWKALAEDVKAWRPALYLA
        40        50        60        70        80        90       

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB6 ALDCMEEKNQAVCHDYDIHFYPTFRYFKAFTKEFTTGENFKGPDRELRTVRQTMIDFLQN
       :::: :: :.:::.:..:  .:: :.::::::.  .:  :     ...:.:. .:: :..
CCDS13 ALDCAEETNSAVCRDFNIPGFPTVRFFKAFTKN-GSGAVFPVAGADVQTLRERLIDALES
       100       110       120       130        140       150      

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB6 HTEGSRPPACPRLDPIQPSDVLSLLDNRGSHYVAIVFESNSSYLGREVILDLIPYESIVV
       : . . ::::: :.: .  .. ...   . .:.:..::...::::::: :::  .....:
CCDS13 HHD-TWPPACPPLEPAKLEEIDGFFARNNEEYLALIFEKGGSYLGREVALDLSQHKGVAV
         160       170       180       190       200       210     

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB6 TRALDGDKAFLEKLGVSSVPSCYLIYPNGSHGLINVVKPLRAFFSSYLKSLPDVRKKSLP
        :.:. .   ..:.::.. :::::.. ::: . . :.   :.:...::. :  . ...  
CCDS13 RRVLNTEANVVRKFGVTDFPSCYLLFRNGSVSRVPVLMESRSFYTAYLQRLSGLTREAAQ
         220       230       240       250       260       270     

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB6 LPEKPHKEENSEIVVWREFDKSKLYTVDLESGLHYLLRVELAAHKSLAGAELKTLKDFVT
           :   ..   .::.  :.::.: .::::.:::.::.:..    : : .: .:: ::.
CCDS13 TTVAPTTANKIAPTVWKLADRSKIYMADLESALHYILRIEVGRFPVLEGQRLVALKKFVA
         280       290       300       310       320       330     

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB6 VLAKLFPGRPPVKKLLEMLQEWLASLPLDRIPYNAVLDLVNNKMRISGIFLTNHIKWVGC
       :::: ::::: :...:. ..:::     ..:::.     ...  :  :  :.....:.::
CCDS13 VLAKYFPGRPLVQNFLHSVNEWLKRQKRNKIPYSFFKTALDD--RKEGAVLAKKVNWIGC
         340       350       360       370         380       390   

      420       430       440       450       460       470        
pF1KB6 QGSRSELRGYPCSLWKLFHTLTVEASTHPDALVGTGFEDDPQAVLQTMRRYVHTFFGCKE
       :::. ..::.::::: ::: :::.:. .   .  .      . :: ..: ::: ::::..
CCDS13 QGSEPHFRGFPCSLWVLFHFLTVQAARQ--NVDHSQEAAKAKEVLPAIRGYVHYFFGCRD
           400       410       420         430       440       450 

      480       490       500       510       520       530        
pF1KB6 CGEHFEEMAKESMDSVKTPDQAILWLWKKHNMVNGRLAGHLSEDPRFPKLQWPTPDLCPA
       :. :::.::  ::  : .:. :.::::..:: ::.::::  ::::.:::.:::  .:: :
CCDS13 CASHFEQMAAASMHRVGSPNAAVLWLWSSHNRVNARLAGAPSEDPQFPKVQWPPRELCSA
             460       470       480       490       500       510 

      540       550       560       570              580       590 
pF1KB6 CHEEIKGLASWDEGHVLTFLKQHYGRDNLLDTYSA-------DQGDSSEGGTLARGEEE-
       ::.:   .  ::   .:.::: :.. .:..  . :       :  . . .  :: :  : 
CCDS13 CHNERLDVPVWDVEATLNFLKAHFSPSNIILDFPAAGSAARRDVQNVAAAPELAMGALEL
             520       530       540       550       560       570 

                   600       610       620       630       640     
pF1KB6 EKR---LTP--PEVSHGDRDTQSVRPPGALGPRPALPESLHHSLDGKLQSLDGPGAHKEV
       :.:   : :  ::. ..  .:    :  : ::. . : .:: .:                
CCDS13 ESRNSTLDPGKPEMMKSPTNTTPHVP--AEGPEASRPPKLHPGLRAAPGQEPPEHMAELQ
             580       590         600       610       620         

         650       660       670       680       690               
pF1KB6 GGAAPFLGVDFSSLDMSLCVVLYVASSLFLMVMYFFFRVRSRRWKVKHHHPAV       
                                                                   
CCDS13 RNEQEQPLGQWHLSKRDTGAALLAESRAEKNRLWGPLEVRRVGRSSKQLVDIPEGQLEAR
     630       640       650       660       670       680         

>>CCDS30950.1 QSOX1 gene_id:5768|Hs108|chr1               (604 aa)
 initn: 1531 init1: 554 opt: 1587  Z-score: 1681.0  bits: 321.3 E(32554): 2.6e-87
Smith-Waterman score: 1596; 41.1% identity (68.7% similar) in 603 aa overlap (25-624:8-588)

               10        20        30        40        50          
pF1KB6 MAAAGAAVARSPGIGAGPALRARRSPPPRAARLPRLLVLLAAAAVGPGAGGAAR--LYRA
                               : ::     : ::.::    . :::..: :  :: .
CCDS30                  MRRCNSGSGPP-----PSLLLLLLWLLAVPGANAAPRSALY-S
                                10             20        30        

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB6 GEDAVWVLDSGSVRGATANSSAAWLVQFYSSWCGHCIGYAPTWRALAGDVRDWASAIRVA
         : . .:.. .::::. .: .:: :.:..:::::::..::::.::: ::. :  :. .:
CCDS30 PSDPLTLLQADTVRGAVLGSRSAWAVEFFASWCGHCIAFAPTWKALAEDVKAWRPALYLA
        40        50        60        70        80        90       

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB6 ALDCMEEKNQAVCHDYDIHFYPTFRYFKAFTKEFTTGENFKGPDRELRTVRQTMIDFLQN
       :::: :: :.:::.:..:  .:: :.::::::.  .:  :     ...:.:. .:: :..
CCDS30 ALDCAEETNSAVCRDFNIPGFPTVRFFKAFTKN-GSGAVFPVAGADVQTLRERLIDALES
       100       110       120       130        140       150      

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB6 HTEGSRPPACPRLDPIQPSDVLSLLDNRGSHYVAIVFESNSSYLGREVILDLIPYESIVV
       : . . ::::: :.: .  .. ...   . .:.:..::...::::::: :::  .....:
CCDS30 HHD-TWPPACPPLEPAKLEEIDGFFARNNEEYLALIFEKGGSYLGREVALDLSQHKGVAV
         160       170       180       190       200       210     

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB6 TRALDGDKAFLEKLGVSSVPSCYLIYPNGSHGLINVVKPLRAFFSSYLKSLPDVRKKSLP
        :.:. .   ..:.::.. :::::.. ::: . . :.   :.:...::. :  . ...  
CCDS30 RRVLNTEANVVRKFGVTDFPSCYLLFRNGSVSRVPVLMESRSFYTAYLQRLSGLTREAAQ
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