Result of FASTA (omim) for pF1KB5657
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5657, 1144 aa
  1>>>pF1KB5657 1144 - 1144 aa - 1144 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7089+/-0.000461; mu= 25.7000+/- 0.029
 mean_var=66.5018+/-13.756, 0's: 0 Z-trim(108.9): 51  B-trim: 546 in 2/51
 Lambda= 0.157274
 statistics sampled from 16980 (17005) to 16980 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.548), E-opt: 0.2 (0.199), width:  16
 Scan time:  8.060

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002363 (OMIM: 154582) alpha-mannosidase 2 [Homo (1144) 7660 1748.2       0
XP_016864961 (OMIM: 154582) PREDICTED: alpha-manno (1095) 7324 1671.9       0
XP_011541697 (OMIM: 154582) PREDICTED: alpha-manno ( 884) 5836 1334.2       0
XP_016877674 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno (1150) 4227 969.2       0
NP_006113 (OMIM: 600988) alpha-mannosidase 2x isof (1150) 4227 969.2       0
NP_001307906 (OMIM: 600988) alpha-mannosidase 2x i (1175) 3813 875.3       0
XP_005254967 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno (1175) 3813 875.3       0
XP_016877673 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno (1175) 3813 875.3       0
XP_011519868 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno ( 729) 1861 432.2 5.5e-120
XP_011519867 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno ( 754) 1445 337.8 1.5e-91
NP_001166969 (OMIM: 248500,609458) lysosomal alpha (1010)  458 114.0 4.8e-24
NP_000519 (OMIM: 248500,609458) lysosomal alpha-ma (1011)  458 114.0 4.8e-24
XP_005259970 (OMIM: 248500,609458) PREDICTED: lyso (1012)  458 114.0 4.8e-24
XP_016882307 (OMIM: 248500,609458) PREDICTED: lyso ( 644)  334 85.7   1e-15
NP_001243424 (OMIM: 154580) alpha-mannosidase 2C1  (1017)  193 53.9   6e-06
NP_006706 (OMIM: 154580) alpha-mannosidase 2C1 iso (1040)  193 53.9 6.1e-06
XP_005254441 (OMIM: 154580) PREDICTED: alpha-manno (1048)  193 53.9 6.2e-06
NP_001243423 (OMIM: 154580) alpha-mannosidase 2C1  (1057)  193 53.9 6.2e-06
XP_016877677 (OMIM: 154580) PREDICTED: alpha-manno ( 918)  167 47.9 0.00033
NP_001243425 (OMIM: 154580) alpha-mannosidase 2C1  ( 941)  167 47.9 0.00034


>>NP_002363 (OMIM: 154582) alpha-mannosidase 2 [Homo sap  (1144 aa)
 initn: 7660 init1: 7660 opt: 7660  Z-score: 9383.6  bits: 1748.2 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7660; 100.0% identity (100.0% similar) in 1144 aa overlap (1-1144:1-1144)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLSRQFTVFGSAIFCVVIFSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MKLSRQFTVFGSAIFCVVIFSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLER
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 LLAENNEIISNIRDSVINLSESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LLAENNEIISNIRDSVINLSESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFAS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 QSGSHNSDVQMLDVYSLISFDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QSGSHNSDVQMLDVYSLISFDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 LKTFNDYFRDKTQYIFNNMVLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LKTFNDYFRDKTQYIFNNMVLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIEN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 GQLEIVTGGWVMPDEATPHYFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GQLEIVTGGWVMPDEATPHYFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 LNRAGLSHMLIQRVHYAVKKHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LNRAGLSHMLIQRVHYAVKKHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTC
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 GPDPKICCQFDFKRLPGGRFGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GPDPKICCQFDFKRLPGGRFGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 APLGDDFRYCEYTEWDLQFKNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 APLGDDFRYCEYTEWDLQFKNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRD
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 KGQSMFPVLSGDFFTYADRDDHYWSGYFTSRPFYKRMDRIMESHLRAAEILYYFALRQAH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KGQSMFPVLSGDFFTYADRDDHYWSGYFTSRPFYKRMDRIMESHLRAAEILYYFALRQAH
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 KYKINKFLSSSLYTALTEARRNLGLFQHHDAITGTAKDWVVVDYGTRLFHSLMVLEKIIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KYKINKFLSSSLYTALTEARRNLGLFQHHDAITGTAKDWVVVDYGTRLFHSLMVLEKIIG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB5 NSAFLLILKDKLTYDSYSPDTFLEMDLKQKSQDSLPQKNIIRLSAEPRYLVVYNPLEQDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NSAFLLILKDKLTYDSYSPDTFLEMDLKQKSQDSLPQKNIIRLSAEPRYLVVYNPLEQDR
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB5 ISLVSVYVSSPTVQVFSASGKPVEVQVSAVWDTANTISETAYEISFRAHIPPLGLKVYKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ISLVSVYVSSPTVQVFSASGKPVEVQVSAVWDTANTISETAYEISFRAHIPPLGLKVYKI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB5 LESASSNSHLADYVLYKNKVEDSGIFTIKNMINTEEGITLENSFVLLRFDQTGLMKQMMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LESASSNSHLADYVLYKNKVEDSGIFTIKNMINTEEGITLENSFVLLRFDQTGLMKQMMT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB5 KEDGKHHEVNVQFSWYGTTIKRDKSGAYLFLPDGNAKPYVYTTPPFVRVTHGRIYSEVTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KEDGKHHEVNVQFSWYGTTIKRDKSGAYLFLPDGNAKPYVYTTPPFVRVTHGRIYSEVTC
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB5 FFDHVTHRVRLYHIQGIEGQSVEVSNIVDIRKVYNREIAMKISSDIKSQNRFYTDLNGYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FFDHVTHRVRLYHIQGIEGQSVEVSNIVDIRKVYNREIAMKISSDIKSQNRFYTDLNGYQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB5 IQPRMTLSKLPLQANVYPMTTMAYIQDAKHRLTLLSAQSLGVSSLNSGQIEVIMDRRLMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IQPRMTLSKLPLQANVYPMTTMAYIQDAKHRLTLLSAQSLGVSSLNSGQIEVIMDRRLMQ
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB5 DDNRGLEQGIQDNKITANLFRILLEKRSAVNTEEEKKSVSYPSLLSHITSSLMNHPVIPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DDNRGLEQGIQDNKITANLFRILLEKRSAVNTEEEKKSVSYPSLLSHITSSLMNHPVIPM
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB5 ANKFSSPTLELQGEFSPLQSSLPCDIHLVNLRTIQSKVGNGHSNEAALILHRKGFDCRFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ANKFSSPTLELQGEFSPLQSSLPCDIHLVNLRTIQSKVGNGHSNEAALILHRKGFDCRFS
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB5 SKGTGLFCSTTQGKILVQKLLNKFIVESLTPSSLSLMHSPPGTQNISEINLSPMEISTFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SKGTGLFCSTTQGKILVQKLLNKFIVESLTPSSLSLMHSPPGTQNISEINLSPMEISTFR
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

           
pF1KB5 IQLR
       ::::
NP_002 IQLR
           

>>XP_016864961 (OMIM: 154582) PREDICTED: alpha-mannosida  (1095 aa)
 initn: 7324 init1: 7324 opt: 7324  Z-score: 8971.8  bits: 1671.9 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7324; 100.0% identity (100.0% similar) in 1095 aa overlap (50-1144:1-1095)

      20        30        40        50        60        70         
pF1KB5 FSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLERLLAENNEIISNIRDSVINL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                               MLQEKIDHLERLLAENNEIISNIRDSVINL
                                             10        20        30

      80        90       100       110       120       130         
pF1KB5 SESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFASQSGSHNSDVQMLDVYSLIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFASQSGSHNSDVQMLDVYSLIS
               40        50        60        70        80        90

     140       150       160       170       180       190         
pF1KB5 FDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGWLKTFNDYFRDKTQYIFNNM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGWLKTFNDYFRDKTQYIFNNM
              100       110       120       130       140       150

     200       210       220       230       240       250         
pF1KB5 VLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIENGQLEIVTGGWVMPDEATPH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIENGQLEIVTGGWVMPDEATPH
              160       170       180       190       200       210

     260       270       280       290       300       310         
pF1KB5 YFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYLLNRAGLSHMLIQRVHYAVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYLLNRAGLSHMLIQRVHYAVK
              220       230       240       250       260       270

     320       330       340       350       360       370         
pF1KB5 KHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTCGPDPKICCQFDFKRLPGGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTCGPDPKICCQFDFKRLPGGR
              280       290       300       310       320       330

     380       390       400       410       420       430         
pF1KB5 FGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLLAPLGDDFRYCEYTEWDLQF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLLAPLGDDFRYCEYTEWDLQF
              340       350       360       370       380       390

     440       450       460       470       480       490         
pF1KB5 KNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRDKGQSMFPVLSGDFFTYADR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRDKGQSMFPVLSGDFFTYADR
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>>XP_011541697 (OMIM: 154582) PREDICTED: alpha-mannosida  (884 aa)
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Smith-Waterman score: 5836; 97.6% identity (99.0% similar) in 880 aa overlap (1-878:1-879)

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB5 FFDHVTHRVRLYHIQGIEGQSV--EVSNIVDIRKVYNREIAMKISSDIKSQNRFYTDLNG
       ::::::::::::::::.. . .  . ..:. . .. : :.                    
XP_011 FFDHVTHRVRLYHIQGMKEKVILRDCKHIL-VTQIQNSEVIFGAV               
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pF1KB5 YQIQPRMTLSKLPLQANVYPMTTMAYIQDAKHRLTLLSAQSLGVSSLNSGQIEVIMDRRL

>>XP_016877674 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-mannosida  (1150 aa)
 initn: 3978 init1: 2713 opt: 4227  Z-score: 5173.8  bits: 969.2 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4229; 54.0% identity (79.6% similar) in 1156 aa overlap (1-1143:1-1149)

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pF1KB5 MKLSRQFTVFGSAIFCVVIFSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLER
       :::..: :: :.:::::..::::::::: . : :   .  :.::..:.:.::..:..::.
XP_016 MKLKKQVTVCGAAIFCVAVFSLYLMLDRVQHD-PTRHQNGGNFPRSQISVLQNRIEQLEQ
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pF1KB5 LLAENNEIISNIRDSVINLSESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLS---LSVDTADCL
       :: ::.::::.:.:::..:. ..: :: .    .. . :: ..: .     .:..  :: 
XP_016 LLEENHEIISHIKDSVLELTANAE-GPPAMLPYYTVN-GSWVVPPEPRPSFFSISPQDCQ
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pF1KB5 FASQSGSHNSDVQMLDVYSLISFDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHND
       ::  . ... ..::: :   . ::: :::::.:::::.:. ..::.: ::::::::::::
XP_016 FALGGRGQKPELQMLTVSEELPFDNVDGGVWRQGFDISYDPHDWDAEDLQVFVVPHSHND
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pF1KB5 PGWLKTFNDYFRDKTQYIFNNMVLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSL
       :::.:::. :. ..::.:.:.:: ::.:: ::.:.:.:.:...:::: :..::. ::. :
XP_016 PGWIKTFDKYYTEQTQHILNSMVSKLQEDPRRRFLWAEVSFFAKWWDNINVQKRAAVRRL
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pF1KB5 IENGQLEIVTGGWVMPDEATPHYFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTM
       . ::::::.::::::::::. ::::::::::::::::: :.:. ::::::.::::.: ::
XP_016 VGNGQLEIATGGWVMPDEANSHYFALIDQLIEGHQWLERNLGATPRSGWAVDPFGYSSTM
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pF1KB5 AYLLNRAGLSHMLIQRVHYAVKKHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIP
        ::: ::.:. :::::::::.:::::  ..:::.:::.::  : :::.::::::::::.:
XP_016 PYLLRRANLTSMLIQRVHYAIKKHFAATHSLEFMWRQTWDSDSSTDIFCHMMPFYSYDVP
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pF1KB5 HTCGPDPKICCQFDFKRLPGGRFGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTK
       ::::::::::::::::::::::..::: :::..:  .::  :: .:::::::::.:::..
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