Result of FASTA (omim) for pF1KA0726
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0726, 956 aa
  1>>>pF1KA0726 956 - 956 aa - 956 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8783+/-0.000368; mu= 18.0210+/- 0.023
 mean_var=77.3382+/-15.108, 0's: 0 Z-trim(114.0): 206  B-trim: 0 in 0/55
 Lambda= 0.145840
 statistics sampled from 23383 (23627) to 23383 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.64), E-opt: 0.2 (0.277), width:  16
 Scan time: 10.350

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055533 (OMIM: 611324) calsyntenin-3 precursor [ ( 956) 6503 1378.5       0
XP_006719226 (OMIM: 611324) PREDICTED: calsyntenin ( 968) 6372 1350.9       0
NP_055759 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform 2 p ( 971) 3216 686.9 1.4e-196
NP_001009566 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform  ( 981) 2983 637.8 7.8e-182
NP_001289812 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform  ( 962) 1743 376.9 2.7e-103
NP_071414 (OMIM: 611323) calsyntenin-2 precursor [ ( 955) 1717 371.5 1.2e-101
XP_016862511 (OMIM: 611323) PREDICTED: calsyntenin ( 930) 1714 370.8 1.8e-101
NP_001207419 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 4  ( 459)  188 49.6 4.4e-05
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810)  190 50.1 5.3e-05
XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 ( 612)  188 49.7 5.6e-05
XP_011538642 (OMIM: 609502,613660) PREDICTED: cadh ( 656)  188 49.7 5.9e-05
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927)  190 50.2 5.9e-05
NP_001207418 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 3  ( 674)  188 49.7   6e-05
NP_001248 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 1 pre ( 713)  188 49.7 6.3e-05
NP_001165442 (OMIM: 609502,613660) cadherin-relate ( 745)  188 49.7 6.6e-05
NP_001207417 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 2  ( 760)  188 49.7 6.7e-05
XP_011538640 (OMIM: 609502,613660) PREDICTED: cadh ( 803)  188 49.7   7e-05
NP_149091 (OMIM: 609502,613660) cadherin-related f ( 859)  188 49.7 7.4e-05
XP_011538639 (OMIM: 609502,613660) PREDICTED: cadh ( 917)  188 49.8 7.9e-05
XP_016872676 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3502)  191 50.7 0.00016
XP_016872675 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3502)  191 50.7 0.00016
XP_016872674 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3540)  191 50.7 0.00016
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803)  182 48.5 0.00017
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923)  182 48.5 0.00019
XP_016872673 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4395)  191 50.7 0.00019
XP_016872672 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4557)  191 50.7  0.0002
NP_001008781 (OMIM: 612483) protocadherin Fat 3 pr (4557)  191 50.7  0.0002
XP_016872671 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4580)  191 50.7  0.0002
XP_016872670 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4589)  191 50.7  0.0002
XP_016872669 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4592)  191 50.7  0.0002
XP_016872668 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4612)  191 50.7  0.0002
XP_016872667 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4612)  191 50.7  0.0002
XP_011530348 (OMIM: 612486) PREDICTED: protocadher (2594)  183 48.9  0.0004
XP_011535902 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349)  186 49.7  0.0004
XP_006714824 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349)  186 49.7  0.0004
XP_011535905 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349)  186 49.7  0.0004
XP_016864714 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349)  186 49.7  0.0004
NP_001438 (OMIM: 604269) protocadherin Fat 2 precu (4349)  186 49.7  0.0004
XP_016864713 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349)  186 49.7  0.0004
XP_011530351 (OMIM: 612486) PREDICTED: protocadher (1706)  180 48.2 0.00043
NP_060109 (OMIM: 612486) protocadherin-23 isoform  (2916)  183 48.9 0.00044
NP_005236 (OMIM: 600976) protocadherin Fat 1 precu (4588)  185 49.5 0.00049
XP_006714202 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4588)  185 49.5 0.00049
XP_005262891 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4600)  185 49.5 0.00049
XP_005262892 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4600)  185 49.5 0.00049
NP_001304157 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 2  ( 754)  174 46.8 0.00051
XP_016864409 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794)  174 46.8 0.00054
XP_011512229 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794)  174 46.8 0.00054
NP_001304156 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1  ( 794)  174 46.8 0.00054
NP_004052 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 pre ( 794)  174 46.8 0.00054


>>NP_055533 (OMIM: 611324) calsyntenin-3 precursor [Homo  (956 aa)
 initn: 6503 init1: 6503 opt: 6503  Z-score: 7388.3  bits: 1378.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6503; 100.0% identity (100.0% similar) in 956 aa overlap (1-956:1-956)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLFALDKDAPLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLFALDKDAPLR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 YAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQAYDCGEGPDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQAYDCGEGPDG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 ANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDGDCSPQYSQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDGDCSPQYSQI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 CYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADDAEVEIQVKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 CYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADDAEVEIQVKP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 TCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHVAKGCDRDNY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHVAKGCDRDNY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 SERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQAVQVPLGGPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQAVQVPLGGPS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 GLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYSLTVHGCRIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYSLTVHGCRIA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 FLYWPLLESARPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPALIHDNGLIH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FLYWPLLESARPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPALIHDNGLIH
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 PPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYLAGFSVRSGRLESR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYLAGFSVRSGRLESR
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA0 EVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFNHALQHVAYMNTLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFNHALQHVAYMNTLR
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA0 FATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSGTAHFARPAVDFEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSGTAHFARPAVDFEG
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA0 TNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEISLVGDDLDPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEISLVGDDLDPE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA0 RESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGAALYTRKFRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGAALYTRKFRL
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA0 SCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMAGHSLASSHR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMAGHSLASSHR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA0 NSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPKDPDLFWDDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPKDPDLFWDDS
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950      
pF1KA0 ALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIETPPHRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIETPPHRY
              910       920       930       940       950      

>>XP_006719226 (OMIM: 611324) PREDICTED: calsyntenin-3 i  (968 aa)
 initn: 6372 init1: 6372 opt: 6372  Z-score: 7239.2  bits: 1350.9 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6372; 100.0% identity (100.0% similar) in 935 aa overlap (22-956:34-968)

                        10        20        30        40        50 
pF1KA0          MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLF
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GCELSGSTRVVVGVEALLTGASSPLPGVGPANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLF
            10        20        30        40        50        60   

              60        70        80        90       100       110 
pF1KA0 ALDKDAPLRYAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ALDKDAPLRYAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQA
            70        80        90       100       110       120   

             120       130       140       150       160       170 
pF1KA0 YDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 YDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDG
           130       140       150       160       170       180   

             180       190       200       210       220       230 
pF1KA0 DCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADD
           190       200       210       220       230       240   

             240       250       260       270       280       290 
pF1KA0 AEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHV
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pF1KA0 AKGCDRDNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AKGCDRDNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQA
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pF1KA0 VQVPLGGPSGLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VQVPLGGPSGLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYS
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pF1KA0 LTVHGCRIAFLYWPLLESARPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LTVHGCRIAFLYWPLLESARPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPA
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pF1KA0 LIHDNGLIHPPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYLAGFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KA0 VRSGRLESREVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFNHALQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VRSGRLESREVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFNHALQ
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pF1KA0 HVAYMNTLRFATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSGTAHF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KA0 ARPAVDFEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ARPAVDFEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEIS
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pF1KA0 LVGDDLDPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LVGDDLDPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGA
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pF1KA0 ALYTRKFRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ALYTRKFRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMA
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pF1KA0 GHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPK
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pF1KA0 DPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIET
           910       920       930       940       950       960   

            
pF1KA0 PPHRY
       :::::
XP_006 PPHRY
            

>>NP_055759 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform 2 precu  (971 aa)
 initn: 3447 init1: 1679 opt: 3216  Z-score: 3650.5  bits: 686.9 E(85289): 1.4e-196
Smith-Waterman score: 3448; 52.4% identity (80.8% similar) in 944 aa overlap (8-945:15-939)

                      10          20        30        40        50 
pF1KA0        MTLLLLPLLLASLLASCSC--NKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLF
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NP_055 MLRRPAPALAPAARLLLAGLLCGGGVWAARVNKHKPWLEPTYHGIVTENDNTVLLDPPLI
               10        20        30        40        50        60

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pF1KA0 ALDKDAPLRYAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQA
       :::::::::.:::::::..::..:::.::..::.::::.::.:: .::: ::...:::::
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pF1KA0 YDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDG
       ::::.::::.:.:::::::::..::::::.:::: :. :.:.: ::: :: ::::::.:.
NP_055 YDCGKGPDGTNVKKSHKATVHIQVNDVNEYAPVFKEKSYKATVIEGKQYDSILRVEAVDA
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pF1KA0 DCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADD
       :::::.:::: :::.::..:: .:.:: :.:::::.:. :. ::.::::::::::::..:
NP_055 DCSPQFSQICSYEIITPDVPFTVDKDGYIKNTEKLNYGKEHQYKLTVTAYDCGKKRATED
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pF1KA0 AEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHV
       . :.:..:::: :.:::::.:::: ::.:.::.::.:.:::::::. ..:::.::.:::.
NP_055 VLVKISIKPTCTPGWQGWNNRIEYEPGTGALAVFPNIHLETCDEPVASVQATVELETSHI
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pF1KA0 AKGCDRDNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQA
       .::::::.:::..:..:::::.: ..::: :. . ::: :: .  ..::. .. ::::::
NP_055 GKGCDRDTYSEKSLHRLCGAAAGTAELLPSPSGSLNWTMGLPTDNGHDSDQVFEFNGTQA
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pF1KA0 VQVPLGGPSGLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYS
       :..: :  :    .:..     ::.: ::.::  :  :.:.: ::.:.. ... .  :::
NP_055 VRIPDGVVS---VSPKEP----FTISVWMRHG--PF-GRKKE-TILCSSDKTDMNRHHYS
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pF1KA0 LTVHGCRIAFLYW--PLLESA-RPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISF
       : :::::. ::.   :  :.  ::..: :::.::::.:::::.::.:::.::::.:: : 
NP_055 LYVHGCRLIFLFRQDPSEEKKYRPAEFHWKLNQVCDEEWHHYVLNVEFPSVTLYVDGTSH
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pF1KA0 DPALIHDNGLIHPPRREPALMIGACWTEEKNKEKE-KGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYL
       .:  . ..  .:: . :  :..:::: : .. :.. . .  : .. :  : . ..:.: :
NP_055 EPFSVTEDYPLHPSKIETQLVVGACWQEFSGVENDNETEPVTVASAGGDLHMTQFFRGNL
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pF1KA0 AGFSVRSGRLESREVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFN
       ::...:::.: ...::.:::.:.:::: . .:. :.:......::: .:::::.:.  ..
NP_055 AGLTLRSGKLADKKVIDCLYTCKEGLDLQVLEDSGRGVQIQAHPSQLVLTLEGEDLGELD
     530       540       550       560       570       580         

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pF1KA0 HALQHVAYMNTLRFATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSG
       .:.::..:.:. .: :::.: :..:...:::.: .:.:.: :.:::.::::. :.: :::
NP_055 KAMQHISYLNSRQFPTPGIRRLKITSTIKCFNEATCISVPPVDGYVMVLQPEEPKISLSG
     590       600       610       620       630       640         

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pF1KA0 TAHFARPAVDFEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDG
       . :::: : .::...:: :::.:.:  .:...:: . : . . :: .. .:.::::.:: 
NP_055 VHHFARAASEFESSEGVFLFPELRIISTITREVEPEGDGAEDPTVQESLVSEEIVHDLDT
     650       660       670       680       690       700         

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pF1KA0 CEISLVGDDLDPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRL
       ::... :..:. :.::: .: . :::.:.:....   .:..::.... :::.:.  ::: 
NP_055 CEVTVEGEELNHEQESLEVDMARLQQKGIEVSSSELGMTFTGVDTMASYEEVLHLLRYRN
     710       720       730       740       750       760         

       770       780       790       800       810       820       
pF1KA0 RHGAALYTRKFRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPP
        :. .:  :::.: :::.:::: :::: :::::.:. : . : .:. .. ::.:  :.  
NP_055 WHARSLLDRKFKLICSELNGRYISNEFKVEVNVIHTANPMEHANHMAAQPQFVHPEHRSF
     770       780       790       800       810       820         

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pF1KA0 PEMAGHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGAS
        ...::.::. :  ...::.::..:::::.:::.:..::. ::.. :::.         .
NP_055 VDLSGHNLANPHPFAVVPSTATVVIVVCVSFLVFMIILGVFRIRAAHRRTMRD------Q
     830       840       850       860       870       880         

       890       900       910       920       930       940       
pF1KA0 SDPKDPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERR
       .  :. .. :::::::: :::::.:....:  .     ..:.:.: :.:  :. .: :  
NP_055 DTGKENEMDWDDSALTITVNPMETYEDQHS--SEEEEEEEEEEESEDGEEEDDITSAESE
           890       900       910         920       930       940 

       950                           
pF1KA0 IIETPPHRY                     
                                     
NP_055 SSEEEEGEQGDPQNATRQQQLEWDDSTLSY
             950       960       970 

>>NP_001009566 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform 1 pr  (981 aa)
 initn: 3219 init1: 1451 opt: 2983  Z-score: 3385.5  bits: 637.8 E(85289): 7.8e-182
Smith-Waterman score: 3418; 51.9% identity (80.0% similar) in 954 aa overlap (8-945:15-949)

                      10          20        30        40        50 
pF1KA0        MTLLLLPLLLASLLASCSC--NKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLF
                     ::::.:: . .    ..::::::.:  :.::: ::::::::.:::.
NP_001 MLRRPAPALAPAARLLLAGLLCGGGVWAARVNKHKPWLEPTYHGIVTENDNTVLLDPPLI
               10        20        30        40        50        60

              60                  70        80        90       100 
pF1KA0 ALDKDAPLRYA----------GEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEA
       :::::::::.:          ::::::..::..:::.::..::.::::.::.:: .::: 
NP_001 ALDKDAPLRFAESFEVTVTKEGEICGFKIHGQNVPFDAVVVDKSTGEGVIRSKEKLDCEL
               70        80        90       100       110       120

             110       120       130       140       150       160 
pF1KA0 QKEHTFTIQAYDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYD
       ::...:::::::::.::::.:.:::::::::..::::::.:::: :. :.:.: ::: ::
NP_001 QKDYSFTIQAYDCGKGPDGTNVKKSHKATVHIQVNDVNEYAPVFKEKSYKATVIEGKQYD
              130       140       150       160       170       180

             170       180       190       200       210       220 
pF1KA0 RILRVEAIDGDCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAY
        ::::::.:.:::::.:::: :::.::..:: .:.:: :.:::::.:. :. ::.:::::
NP_001 SILRVEAVDADCSPQFSQICSYEIITPDVPFTVDKDGYIKNTEKLNYGKEHQYKLTVTAY
              190       200       210       220       230       240

             230       240       250       260       270       280 
pF1KA0 DCGKKRAADDAEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQ
       :::::::..:. :.:..:::: :.:::::.:::: ::.:.::.::.:.:::::::. ..:
NP_001 DCGKKRATEDVLVKISIKPTCTPGWQGWNNRIEYEPGTGALAVFPNIHLETCDEPVASVQ
              250       260       270       280       290       300

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pF1KA0 ATIELQTSHVAKGCDRDNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSS
       ::.::.:::..::::::.:::..:..:::::.: ..::: :. . ::: :: .  ..::.
NP_001 ATVELETSHIGKGCDRDTYSEKSLHRLCGAAAGTAELLPSPSGSLNWTMGLPTDNGHDSD
              310       320       330       340       350       360

             350       360       370       380       390       400 
pF1KA0 LIYWFNGTQAVQVPLGGPSGLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTV
        .. :::::::..: :  :    .:..     ::.: ::.::  :  :.:.: ::.:.. 
NP_001 QVFEFNGTQAVRIPDGVVS---VSPKEP----FTISVWMRHG--PF-GRKKE-TILCSSD
              370          380           390          400          

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pF1KA0 QNEDGFSHYSLTVHGCRIAFLYW--PLLESA-RPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPT
       ... .  :::: :::::. ::.   :  :.  ::..: :::.::::.:::::.::.:::.
NP_001 KTDMNRHHYSLYVHGCRLIFLFRQDPSEEKKYRPAEFHWKLNQVCDEEWHHYVLNVEFPS
     410       420       430       440       450       460         

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pF1KA0 VTLYTDGISFDPALIHDNGLIHPPRREPALMIGACWTEEKNKEKE-KGDNSTDTTQGDPL
       ::::.:: : .:  . ..  .:: . :  :..:::: : .. :.. . .  : .. :  :
NP_001 VTLYVDGTSHEPFSVTEDYPLHPSKIETQLVVGACWQEFSGVENDNETEPVTVASAGGDL
     470       480       490       500       510       520         

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pF1KA0 SIHHYFHGYLAGFSVRSGRLESREVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLT
        . ..:.: :::...:::.: ...::.:::.:.:::: . .:. :.:......::: .::
NP_001 HMTQFFRGNLAGLTLRSGKLADKKVIDCLYTCKEGLDLQVLEDSGRGVQIQAHPSQLVLT
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pF1KA0 LEGDDVETFNHALQHVAYMNTLRFATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQ
       :::.:.  ...:.::..:.:. .: :::.: :..:...:::.: .:.:.: :.:::.:::
NP_001 LEGEDLGELDKAMQHISYLNSRQFPTPGIRRLKITSTIKCFNEATCISVPPVDGYVMVLQ
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pF1KA0 PDAPQILLSGTAHFARPAVDFEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRM
       :. :.: :::. :::: : .::...:: :::.:.:  .:...:: . : . . :: .. .
NP_001 PEEPKISLSGVHHFARAASEFESSEGVFLFPELRIISTITREVEPEGDGAEDPTVQESLV
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pF1KA0 SDEIVHNLDGCEISLVGDDLDPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYE
       :.::::.:: ::... :..:. :.::: .: . :::.:.:....   .:..::.... ::
NP_001 SEEIVHDLDTCEVTVEGEELNHEQESLEVDMARLQQKGIEVSSSELGMTFTGVDTMASYE
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pF1KA0 EILRQARYRLRHGAALYTRKFRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQ
       :.:.  :::  :. .:  :::.: :::.:::: :::: :::::.:. : . : .:. .. 
NP_001 EVLHLLRYRNWHARSLLDRKFKLICSELNGRYISNEFKVEVNVIHTANPMEHANHMAAQP
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pF1KA0 QFLHRGHQPPPEMAGHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRV
       ::.:  :.   ...::.::. :  ...::.::..:::::.:::.:..::. ::.. :::.
NP_001 QFVHPEHRSFVDLSGHNLANPHPFAVVPSTATVVIVVCVSFLVFMIILGVFRIRAAHRRT
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pF1KA0 SGAGGPPGASSDPKDPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEV
                ..  :. .. :::::::: :::::.:....:  .     ..:.:.: :.: 
NP_001 MRD------QDTGKENEMDWDDSALTITVNPMETYEDQHS--SEEEEEEEEEEESEDGEE
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       940       950                           
pF1KA0 ADSPSSDERRIIETPPHRY                     
        :. .: :                                
NP_001 EDDITSAESESSEEEEGEQGDPQNATRQQQLEWDDSTLSY
             950       960       970       980 

>>NP_001289812 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform 3 pr  (962 aa)
 initn: 3514 init1: 1451 opt: 1743  Z-score: 1975.6  bits: 376.9 E(85289): 2.7e-103
Smith-Waterman score: 3385; 51.7% identity (79.0% similar) in 953 aa overlap (8-945:15-930)

                      10          20        30        40        50 
pF1KA0        MTLLLLPLLLASLLASCSC--NKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLF
                     ::::.:: . .    ..::::::.:  :.::: ::::::::.:::.
NP_001 MLRRPAPALAPAARLLLAGLLCGGGVWAARVNKHKPWLEPTYHGIVTENDNTVLLDPPLI
               10        20        30        40        50        60

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pF1KA0 ALDKDAPLRYA----------GEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEA
       :::::::::.:          ::::::..::..:::.::..::.::::.::.:: .::: 
NP_001 ALDKDAPLRFAESFEVTVTKEGEICGFKIHGQNVPFDAVVVDKSTGEGVIRSKEKLDCEL
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pF1KA0 QKEHTFTIQAYDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYD
       ::...:::::::::.::::.:.:::::::::..::::::.:::: :. :.:.: ::: ::
NP_001 QKDYSFTIQAYDCGKGPDGTNVKKSHKATVHIQVNDVNEYAPVFKEKSYKATVIEGKQYD
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pF1KA0 RILRVEAIDGDCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAY
        ::::::.:.:::::.:::: :::.::..:: .:.:: :.:::::.:. :. ::.:::::
NP_001 SILRVEAVDADCSPQFSQICSYEIITPDVPFTVDKDGYIKNTEKLNYGKEHQYKLTVTAY
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pF1KA0 DCGKKRAADDAEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQ
       :::::::..:. :.:..:::: :.:::::.:::: ::.:.::.::.:.:::::::. ..:
NP_001 DCGKKRATEDVLVKISIKPTCTPGWQGWNNRIEYEPGTGALAVFPNIHLETCDEPVASVQ
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pF1KA0 ATIELQTSHVAKGCDRDNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSS
       ::.::.:::..::::::.:::..:..:::::.: ..::: :. . ::: :: .  ..::.
NP_001 ATVELETSHIGKGCDRDTYSEKSLHRLCGAAAGTAELLPSPSGSLNWTMGLPTDNGHDSD
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pF1KA0 LIYWFNGTQAVQVPLGGPSGLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTV
        .. :::::::..: :  :    .:..     ::.: ::.::  :  :.:.: ::.:.. 
NP_001 QVFEFNGTQAVRIPDGVVS---VSPKEP----FTISVWMRHG--PF-GRKKE-TILCSSD
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pF1KA0 QNEDGFSHYSLTVHGCRIAFLYW--PLLESA-RPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPT
       ... .  :::: :::::. ::.   :  :.  ::..: :::.::::.:::::.::.:::.
NP_001 KTDMNRHHYSLYVHGCRLIFLFRQDPSEEKKYRPAEFHWKLNQVCDEEWHHYVLNVEFPS
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pF1KA0 VTLYTDGISFDPALIHDNGLIHPPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLS
       ::::.:: : .:  . ..  .:: . :  :..::::                  ::  : 
NP_001 VTLYVDGTSHEPFSVTEDYPLHPSKIETQLVVGACW------------------QGGDLH
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pF1KA0 IHHYFHGYLAGFSVRSGRLESREVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTL
       . ..:.: :::...:::.: ...::.:::.:.:::: . .:. :.:......::: .:::
NP_001 MTQFFRGNLAGLTLRSGKLADKKVIDCLYTCKEGLDLQVLEDSGRGVQIQAHPSQLVLTL
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pF1KA0 EGDDVETFNHALQHVAYMNTLRFATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQP
       ::.:.  ...:.::..:.:. .: :::.: :..:...:::.: .:.:.: :.:::.::::
NP_001 EGEDLGELDKAMQHISYLNSRQFPTPGIRRLKITSTIKCFNEATCISVPPVDGYVMVLQP
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pF1KA0 DAPQILLSGTAHFARPAVDFEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMS
       . :.: :::. :::: : .::...:: :::.:.:  .:...:: . : . . :: .. .:
NP_001 EEPKISLSGVHHFARAASEFESSEGVFLFPELRIISTITREVEPEGDGAEDPTVQESLVS
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pF1KA0 DEIVHNLDGCEISLVGDDLDPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEE
       .::::.:: ::... :..:. :.::: .: . :::.:.:....   .:..::.... :::
NP_001 EEIVHDLDTCEVTVEGEELNHEQESLEVDMARLQQKGIEVSSSELGMTFTGVDTMASYEE
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pF1KA0 ILRQARYRLRHGAALYTRKFRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQ
       .:.  :::  :. .:  :::.: :::.:::: :::: :::::.:. : . : .:. .. :
NP_001 VLHLLRYRNWHARSLLDRKFKLICSELNGRYISNEFKVEVNVIHTANPMEHANHMAAQPQ
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pF1KA0 FLHRGHQPPPEMAGHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVS
       :.:  :.   ...::.::. :  ...::.::..:::::.:::.:..::. ::.. :::. 
NP_001 FVHPEHRSFVDLSGHNLANPHPFAVVPSTATVVIVVCVSFLVFMIILGVFRIRAAHRRTM
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pF1KA0 GAGGPPGASSDPKDPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVA
               ..  :. .. :::::::: :::::.:....:  .     ..:.:.: :.:  
NP_001 RD------QDTGKENEMDWDDSALTITVNPMETYEDQHS--SEEEEEEEEEEESEDGEEE
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      940       950                           
pF1KA0 DSPSSDERRIIETPPHRY                     
       :. .: :                                
NP_001 DDITSAESESSEEEEGEQGDPQNATRQQQLEWDDSTLSY
           930       940       950       960  

>>NP_071414 (OMIM: 611323) calsyntenin-2 precursor [Homo  (955 aa)
 initn: 2953 init1: 1441 opt: 1717  Z-score: 1946.1  bits: 371.5 E(85289): 1.2e-101
Smith-Waterman score: 3024; 48.5% identity (76.7% similar) in 930 aa overlap (21-945:36-921)

                         10        20        30        40        50
pF1KA0           MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPL
                                     :.::::::::. :.:.. ::..::.:.:::
NP_071 LCWVPLLLALGVGSGSGGGGDSRQRRLLAAKVNKHKPWIETSYHGVITENNDTVILDPPL
          10        20        30        40        50        60     

               60        70        80        90       100       110
pF1KA0 FALDKDAPLRYAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQ
        :::::::. .:::::.:..::. .:::::.:.:..::: .::: :.::: :::.:: ::
NP_071 VALDKDAPVPFAGEICAFKIHGQELPFEAVVLNKTSGEGRLRAKSPIDCELQKEYTFIIQ
          70        80        90       100       110       120     

              120       130       140       150       160       170
pF1KA0 AYDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAID
       ::::: ::  .  ::::::.::..:.:::::::.: :  :.:.:::::.:: ::.:::::
NP_071 AYDCGAGPHETAWKKSHKAVVHIQVKDVNEFAPTFKEPAYKAVVTEGKIYDSILQVEAID
         130       140       150       160       170       180     

              180       190       200       210       220       230
pF1KA0 GDCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAAD
        :::::::::: :::.: ..:: :: .:::.:::::.:. .. :.. :::::::.: ::.
NP_071 EDCSPQYSQICNYEIVTTDVPFAIDRNGNIRNTEKLSYDKQHQYEILVTAYDCGQKPAAQ
         190       200       210       220       230       240     

              240       250       260       270       280       290
pF1KA0 DAEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSH
       :. :...:::.:::.:: :.::::: ::.::. :::.:.:::::  . ..: . ::::..
NP_071 DTLVQVDVKPVCKPGWQDWTKRIEYQPGSGSMPLFPSIHLETCDGAVSSLQIVTELQTNY
         250       260       270       280       290       300     

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pF1KA0 VAKGCDRDNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQ
       ..:::::..:::..:.:::::..: .:::: :.  .:::::: :   ..: .:. :.: :
NP_071 IGKGCDRETYSEKSLQKLCGASSGIIDLLPSPSAATNWTAGLLV---DSSEMIFKFDGRQ
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pF1KA0 AVQVPLGGPSGLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHY
       ...:: :        :.. :.:.::...::::: .:.  . :.:::.::. ..: .  ::
NP_071 GAKVPDGIV------PKN-LTDQFTITMWMKHGPSPGV-RAEKETILCNSDKTEMNRHHY
            370              380       390        400       410    

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pF1KA0 SLTVHGCRIAFLYWPLLESA---RPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGIS
       .: ::.::..::    ...:   ::..: :::.:.:: :::.:..:.:::.:::: :: .
NP_071 ALYVHNCRLVFLLRKDFDQADTFRPAEFHWKLDQICDKEWHYYVINVEFPVVTLYMDGAT
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pF1KA0 FDPALIHDNGLIHPPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYL
       ..: :. ..  ::: .    : .::::         .: . :      : .. ..::: :
NP_071 YEPYLVTNDWPIHPSHIAMQLTVGACW---------QGGEVTK-----P-QFAQFFHGSL
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pF1KA0 AGFSVRSGRLESREVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFN
       :....: :..::..:: :: ::.::::  ..::::.:.: : :::::.:..::::. ..:
NP_071 ASLTIRPGKMESQKVISCLQACKEGLDINSLESLGQGIKYHFNPSQSILVMEGDDIGNIN
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pF1KA0 HALQHVAYMNTLRFATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSG
       .:::.:.:.:. .: : ::: :.... :.::.:. :.:::::..::.:::   :.: : :
NP_071 RALQKVSYINSRQFPTAGVRRLKVSSKVQCFGEDVCISIPEVDAYVMVLQAIEPRITLRG
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pF1KA0 TAHFARPAVDFEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDG
       : :: :::..::.. :: ::::..:. ... ..::  :   . :   ... .:..:::: 
NP_071 TDHFWRPAAQFESARGVTLFPDIKIVSTFA-KTEAPGD--VKTTDPKSEVLEEMLHNLDF
     640       650       660        670         680       690      

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pF1KA0 CEISLVGDDLDPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRL
       :.: ..: ::::..: : :. . :.:: :. ::..:  .: :: :.. ::..:.. ::: 
NP_071 CDILVIGGDLDPRQECLELNHSELHQRHLDATNSTAGYSIYGVGSMSRYEQVLHHIRYRN
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pF1KA0 RHGAALYTRKFRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLH--SMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQ
        . :.: .:.::..:::.::::.:::: .::..::  ...   : .:.. .  ::.  :.
NP_071 WRPASLEARRFRIKCSELNGRYTSNEFNLEVSILHEDQVSDKEHVNHLIVQPPFLQSVHH
        760       770       780       790       800       810      

         830       840       850       860       870       880     
pF1KA0 PPPEMAGHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPG
       :      .: .: ...:..:: ::..:.. : .::..:..:. :..  :..         
NP_071 P------ESRSSIQHSSVVPSIATVVIIISVCMLVFVVAMGVYRVRIAHQHFIQE-----
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pF1KA0 ASSDPKDPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDE
        .   :. .. :::::::: :::::....      :    . :.:. .. :...: .::.
NP_071 -TEAAKESEMDWDDSALTITVNPMEKHEGPGH---GEDETEGEEEEEAEEEMSSSSGSDD
          870       880       890          900       910       920 

         950                             
pF1KA0 RRIIETPPHRY                       
                                         
NP_071 SEEEEEEEGMGRGRHGQNGARQAQLEWDDSTLPY
             930       940       950     

>>XP_016862511 (OMIM: 611323) PREDICTED: calsyntenin-2 i  (930 aa)
 initn: 2953 init1: 1441 opt: 1714  Z-score: 1942.8  bits: 370.8 E(85289): 1.8e-101
Smith-Waterman score: 3021; 48.4% identity (76.7% similar) in 930 aa overlap (21-945:11-896)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLFALDKDAPLR
                           ..::::::::. :.:.. ::..::.:.::: :::::::. 
XP_016           MLARWPRTRMRVNKHKPWIETSYHGVITENNDTVILDPPLVALDKDAPVP
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pF1KA0 YAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQAYDCGEGPDG
       .:::::.:..::. .:::::.:.:..::: .::: :.::: :::.:: ::::::: ::  
XP_016 FAGEICAFKIHGQELPFEAVVLNKTSGEGRLRAKSPIDCELQKEYTFIIQAYDCGAGPHE
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pF1KA0 ANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDGDCSPQYSQI
       .  ::::::.::..:.:::::::.: :  :.:.:::::.:: ::.::::: :::::::::
XP_016 TAWKKSHKAVVHIQVKDVNEFAPTFKEPAYKAVVTEGKIYDSILQVEAIDEDCSPQYSQI
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pF1KA0 CYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADDAEVEIQVKP
       : :::.: ..:: :: .:::.:::::.:. .. :.. :::::::.: ::.:. :...:::
XP_016 CNYEIVTTDVPFAIDRNGNIRNTEKLSYDKQHQYEILVTAYDCGQKPAAQDTLVQVDVKP
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pF1KA0 TCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHVAKGCDRDNY
       .:::.:: :.::::: ::.::. :::.:.:::::  . ..: . ::::....:::::..:
XP_016 VCKPGWQDWTKRIEYQPGSGSMPLFPSIHLETCDGAVSSLQIVTELQTNYIGKGCDRETY
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pF1KA0 SERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQAVQVPLGGPS
       ::..:.:::::..: .:::: :.  .:::::: :   ..: .:. :.: :...:: :   
XP_016 SEKSLQKLCGASSGIIDLLPSPSAATNWTAGLLV---DSSEMIFKFDGRQGAKVPDGIV-
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            :.. :.:.::...::::: .:.  . :.:::.::. ..: .  ::.: ::.::..
XP_016 -----PKN-LTDQFTITMWMKHGPSPGV-RAEKETILCNSDKTEMNRHHYALYVHNCRLV
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pF1KA0 FLYWPLLESA---RPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPALIHDNG
       ::    ...:   ::..: :::.:.:: :::.:..:.:::.:::: :: ...: :. .. 
XP_016 FLLRKDFDQADTFRPAEFHWKLDQICDKEWHYYVINVEFPVVTLYMDGATYEPYLVTNDW
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        ::: .    : .::::         .: . :      : .. ..::: ::....: :..
XP_016 PIHPSHIAMQLTVGACW---------QGGEVTK-----P-QFAQFFHGSLASLTIRPGKM
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       ::..:: :: ::.::::  ..::::.:.: : :::::.:..::::. ..:.:::.:.:.:
XP_016 ESQKVISCLQACKEGLDINSLESLGQGIKYHFNPSQSILVMEGDDIGNINRALQKVSYIN
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pF1KA0 TLRFATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSGTAHFARPAVD
       . .: : ::: :.... :.::.:. :.:::::..::.:::   :.: : :: :: :::..
XP_016 SRQFPTAGVRRLKVSSKVQCFGEDVCISIPEVDAYVMVLQAIEPRITLRGTDHFWRPAAQ
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pF1KA0 FEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEISLVGDDL
       ::.. :: ::::..:. ... ..::  :   . :   ... .:..:::: :.: ..: ::
XP_016 FESARGVTLFPDIKIVSTFA-KTEAPGD--VKTTDPKSEVLEEMLHNLDFCDILVIGGDL
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pF1KA0 DPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGAALYTRK
       ::..: : :. . :.:: :. ::..:  .: :: :.. ::..:.. :::  . :.: .:.
XP_016 DPRQECLELNHSELHQRHLDATNSTAGYSIYGVGSMSRYEQVLHHIRYRNWRPASLEARR
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pF1KA0 FRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLH--SMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMAGHSL
       ::..:::.::::.:::: .::..::  ...   : .:.. .  ::.  :.:      .: 
XP_016 FRIKCSELNGRYTSNEFNLEVSILHEDQVSDKEHVNHLIVQPPFLQSVHHP------ESR
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pF1KA0 ASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPKDPDL
       .: ...:..:: ::..:.. : .::..:..:. :..  :..          .   :. ..
XP_016 SSIQHSSVVPSIATVVIIISVCMLVFVVAMGVYRVRIAHQHFIQE------TEAAKESEM
         800       810       820       830       840               

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pF1KA0 FWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIETPPHR
        :::::::: :::::....      :    . :.:. .. :...: .::.          
XP_016 DWDDSALTITVNPMEKHEGPGH---GEDETEGEEEEEAEEEMSSSSGSDDSEEEEEEEGM
     850       860       870          880       890       900      

                               
pF1KA0 Y                       
                               
XP_016 GRGRHGQNGARQAQLEWDDSTLPY
        910       920       930

>>NP_001207419 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 4 [Hom  (459 aa)
 initn: 120 init1: 120 opt: 188  Z-score: 212.3  bits: 49.6 E(85289): 4.4e-05
Smith-Waterman score: 188; 26.8% identity (52.3% similar) in 239 aa overlap (9-239:89-322)

                                     10        20         30       
pF1KA0                       MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKP-WIEAEYQGIV
                                     : ..  :.   .  : :.: . . :.:. :
NP_001 SPALLDRETLENPKYELIIEAQDMAGLDVGLTGTATATIMIDDKNDHSPKFTKKEFQATV
       60        70        80        90       100       110        

        40        50        60        70         80        90      
pF1KA0 MENDNTVLLNPPLFALDKDAPLRYAGEICGFRLHGS-GVPFEAVILDKATGEGLIRAKEP
        :.   :..:  : . ::: :   : .     ..:. :  :: .  .  :.::.. . .:
NP_001 EEGAVGVIVN--LTVEDKDDPTTGAWRAAYTIINGNPGQSFE-IHTNPQTNEGMLSVVKP
      120         130       140       150        160       170     

        100       110       120       130       140       150      
pF1KA0 VDCEAQKEHTFTIQAYDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTE
       .: : .  ::. :.. .       ..   :  ::::. : :::: .:::    . ..  :
NP_001 LDYEISAFHTLLIKVENEDPLVPDVSYGPSSTATVHITVLDVNE-GPVFYPDPMMVTRQE
         180       190       200       210        220       230    

         160       170       180       190        200           210
pF1KA0 G-KLYDRILRVEAIDGDCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDN-DGNIENTEKLQ----YSG
         .. . .: :.: : : : :.. : :     :   . :.  .:....:  :.    .  
NP_001 DLSVGSVLLTVNATDPD-SLQHQTIRYSVYKDPAGWLNINPINGTVDTTAVLDRESPFVD
          240       250        260       270       280       290   

              220       230       240       250       260       270
pF1KA0 ERLYKFTVTAYDCGKKRAADDAEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRL
       . .:     : : :.  :.  . . : ..                               
NP_001 NSVYTALFLAIDSGNPPATGTGTLLITLEDVNDNAPFIYPTVAEVCDDAKNLSVVILGAS
           300       310       320       330       340       350   

>>NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 isofor  (810 aa)
 initn:  94 init1:  94 opt: 190  Z-score: 210.8  bits: 50.1 E(85289): 5.3e-05
Smith-Waterman score: 190; 26.4% identity (58.8% similar) in 182 aa overlap (94-269:194-368)

            70        80        90       100       110       120   
pF1KA0 EICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQAYDCGEGPDGANT
                                     ..:.: : :. : . . :.: :. : ...:
NP_115 LKLYTINPNQYFSLSTKESPDGSKYPVLLLEKPLDREHQSSHRLILTAMDGGDPPLSGTT
           170       180       190       200       210       220   

           130       140       150       160        170       180  
pF1KA0 KKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDR-ILRVEAIDGDCSPQYSQICY
          :   . .::.:.:. :::: ...::... :.  .   .::: : : : . . ..: :
NP_115 ---H---IWIRVTDANDNAPVFSQEVYRVSLQENVPWGTSVLRVMATDQDEGIN-AEITY
                 230       240       250       260       270       

            190          200       210       220       230         
pF1KA0 YEILTPNTPFLID---NDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADDAEVEIQVK
         . .: .  :..   : :.: ..  :..     : ..: : : : . :  ....::  .
NP_115 AFLNSPISTSLFNLNPNTGDITTNGTLDFEETSRYVLSVEAKDGGVHTAHCNVQIEIVDE
        280       290       300       310       320       330      

     240         250       260       270       280       290       
pF1KA0 PTCKP--SWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHVAKGCDR
           :  ........:      :..  .  .:                            
NP_115 NDNAPEVTFMSFSNQIPEDSDLGTVIALIKVRDKDSGQNGMVTCYTQEEVPFKLESTSKN
        340       350       360       370       380       390      

       300       310       320       330       340       350       
pF1KA0 DNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQAVQVPLG
                                                                   
NP_115 YYKLVIAGALNREQTADYNVTIIATDKGKPALSSRTSITLHISDINDNAPVFHQASYVVH
        400       410       420       430       440       450      

>>XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 iso  (612 aa)
 initn: 120 init1: 120 opt: 188  Z-score: 210.4  bits: 49.7 E(85289): 5.6e-05
Smith-Waterman score: 188; 26.8% identity (52.3% similar) in 239 aa overlap (9-239:242-475)

                                     10        20         30       
pF1KA0                       MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKP-WIEAEYQGIV
                                     : ..  :.   .  : :.: . . :.:. :
XP_011 SPALLDRETLENPKYELIIEAQDMAGLDVGLTGTATATIMIDDKNDHSPKFTKKEFQATV
             220       230       240       250       260       270 

        40        50        60        70         80        90      
pF1KA0 MENDNTVLLNPPLFALDKDAPLRYAGEICGFRLHGS-GVPFEAVILDKATGEGLIRAKEP
        :.   :..:  : . ::: :   : .     ..:. :  :: .  .  :.::.. . .:
XP_011 EEGAVGVIVN--LTVEDKDDPTTGAWRAAYTIINGNPGQSFE-IHTNPQTNEGMLSVVKP
             280         290       300       310        320        

        100       110       120       130       140       150      
pF1KA0 VDCEAQKEHTFTIQAYDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTE
       .: : .  ::. :.. .       ..   :  ::::. : :::: .:::    . ..  :
XP_011 LDYEISAFHTLLIKVENEDPLVPDVSYGPSSTATVHITVLDVNE-GPVFYPDPMMVTRQE
      330       340       350       360       370        380       

         160       170       180       190        200           210
pF1KA0 G-KLYDRILRVEAIDGDCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDN-DGNIENTEKLQ----YSG
         .. . .: :.: : : : :.. : :     :   . :.  .:....:  :.    .  
XP_011 DLSVGSVLLTVNATDPD-SLQHQTIRYSVYKDPAGWLNINPINGTVDTTAVLDRESPFVD
       390       400        410       420       430       440      

              220       230       240       250       260       270
pF1KA0 ERLYKFTVTAYDCGKKRAADDAEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRL
       . .:     : : :.  :.  . . : ..                               
XP_011 NSVYTALFLAIDSGNPPATGTGTLLITLEDVNDNAPFIYPTVAEVCDDAKNLSVVILGAS
        450       460       470       480       490       500      




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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