seq1 = pF1KE9543.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KE9543/gi568815591f_30963265.tfa (gi568815591f:30963265_31206681), 243417 bp

>pF1KE9543 1488
>gi568815591f:30963265_31206681 (Chr7)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-157  (101567-101672)   100% ->
158-265  (114727-114834)   100% ->
266-286  (117349-117369)   100% ->
287-328  (118449-118490)   100% ->
329-438  (120877-120986)   100% ->
439-536  (121473-121570)   100% ->
537-669  (122046-122178)   100% ->
670-823  (123120-123273)   100% ->
824-884  (123679-123739)   100% ->
885-954  (124363-124432)   100% ->
955-1046  (129380-129471)   100% ->
1047-1130  (136863-136946)   100% ->
1131-1260  (139973-140102)   100% ->
1261-1302  (141604-141645)   100% ->
1303-1488  (143232-143417)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGTGTCGTGCACGTTTCCCTGGCTGCTCTCCTCCTGCTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGTGTCGTGCACGTTTCCCTGGCTGCTCTCCTCCTGCTGCCTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GCCCCTGCCATGCATTCTGACTGCATCTTCAAGAAGGAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGCCCCTGCCATGCATTCTGACTGCATCTTCAAGAAGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCCATGTGCCTGGAGAAGATCCAGAGGGCCAATGAGCTGATGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101607 AAGCCATGTGCCTGGAGAAGATCCAGAGGGCCAATGAGCTGATGGGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGATTCCTCTCCAG         GCTGTCCTGGGATGTGGGACAACAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101657 AATGATTCCTCTCCAGGTG...CAGGCTGTCCTGGGATGTGGGACAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACGTGTTGGAAGCCCGCCCATGTGGGTGAGATGGTCCTGGTCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114752 CACGTGTTGGAAGCCCGCCCATGTGGGTGAGATGGTCCTGGTCAGCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAGCTCTTCCGAATCTTCAACCCAGACCAAG         TCTGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114802 CTGAGCTCTTCCGAATCTTCAACCCAGACCAAGGTG...CAGTCTGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCGAAACCATTG         GAGAGTCTGATTTTGGTGACAGTAACTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117357 ACCGAAACCATTGGTA...CAGGAGAGTCTGATTTTGGTGACAGTAACTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTTAGATCTCTCAG         ACATGGGAGTGGTGAGCCGGAACTGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118477 CTTAGATCTCTCAGGTA...CAGACATGGGAGTGGTGAGCCGGAACTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CGGAGGATGGCTGGTCGGAACCCTTCCCTCATTACTTTGATGCCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120904 CGGAGGATGGCTGGTCGGAACCCTTCCCTCATTACTTTGATGCCTGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTTGATGAATATGAATCTGAGACTGGGGACCAG         GATTATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120954 TTTGATGAATATGAATCTGAGACTGGGGACCAGGTG...CAGGATTATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CTACCTGTCAGTGAAGGCCCTCTACACGGTTGGCTACAGCACATCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121481 CTACCTGTCAGTGAAGGCCCTCTACACGGTTGGCTACAGCACATCCCTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCACCCTCACCACTGCCATGGTCATCCTTTGTCGCTTCCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121531 TCACCCTCACCACTGCCATGGTCATCCTTTGTCGCTTCCGGTG...TAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAGCTGCACTGCACACGCAACTTCATCCACATGAACCTGTTTGTGTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122047 AAGCTGCACTGCACACGCAACTTCATCCACATGAACCTGTTTGTGTCGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CATGCTGAGGGCGATCTCCGTCTTCATCAAAGACTGGATTCTGTATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122097 CATGCTGAGGGCGATCTCCGTCTTCATCAAAGACTGGATTCTGTATGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGCAGGACAGCAACCACTGCTTCATCTCCACT         GTGGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122147 AGCAGGACAGCAACCACTGCTTCATCTCCACTGTG...CAGGTGGAATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAGGCCGTCATGGTTTTCTTCCACTACTGTGTTGTGTCCAACTACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123129 AAGGCCGTCATGGTTTTCTTCCACTACTGTGTTGTGTCCAACTACTTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCTGTTCATCGAGGGCCTGTACCTCTTCACTCTGCTGGTGGAGACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123179 GCTGTTCATCGAGGGCCTGTACCTCTTCACTCTGCTGGTGGAGACCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCCCTGAAAGGAGATACTTCTACTGGTACACCATCATTGGCTGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123229 TCCCTGAAAGGAGATACTTCTACTGGTACACCATCATTGGCTGGGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824     GGACCCCAACTGTGTGTGTGACAGTGTGGGCTACGCTGAGACTCTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123279 .CAGGGACCCCAACTGTGTGTGTGACAGTGTGGGCTACGCTGAGACTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTTTGATGACACAGG         CTGCTGGGATATGAATGACAGCACAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123725 CTTTGATGACACAGGGTT...CAGCTGCTGGGATATGAATGACAGCACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTCTGTGGTGGGTGATCAAAGGCCCTGTGGTTGGCTCTATCATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 124389 CTCTGTGGTGGGTGATCAAAGGCCCTGTGGTTGGCTCTATCATGGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955    GTTAACTTTGTGCTTTTTATTGGCATTATCGTCATCCTTGTGCAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129377 TAGGTTAACTTTGTGCTTTTTATTGGCATTATCGTCATCCTTGTGCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 ACTTCAGTCTCCAGACATGGGAGGCAATGAGTCCAGCATCTACTT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 129427 ACTTCAGTCTCCAGACATGGGAGGCAATGAGTCCAGCATCTACTTGTA..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047     CAGCTGCGTGCAGAAATGCTACTGCAAGCCACAGCGGGCTCAGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129477 .CAGCAGCTGCGTGCAGAAATGCTACTGCAAGCCACAGCGGGCTCAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CACTCTTGCAAGATGTCAGAACTGTCCACCATTACTCT         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 136909 CACTCTTGCAAGATGTCAGAACTGTCCACCATTACTCTGTA...CAGGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ACTGGCCCGGTCCACCCTGCTGCTCATCCCACTATTCGGAATCCACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139976 ACTGGCCCGGTCCACCCTGCTGCTCATCCCACTATTCGGAATCCACTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 CAGTATTTGCCTTCTCCCCAGAGAATGTCAGCAAAAGGGAAAGACTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140026 CAGTATTTGCCTTCTCCCCAGAGAATGTCAGCAAAAGGGAAAGACTCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 TTTGAGCTGGGGCTGGGCTCCTTCCAG         GGCTTTGTGGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 140076 TTTGAGCTGGGGCTGGGCTCCTTCCAGGTA...CAGGGCTTTGTGGTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGTTCTCTACTGTTTTCTGAATGGTGAG         GTACAAGCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 141618 TGTTCTCTACTGTTTTCTGAATGGTGAGGTA...CAGGTACAAGCGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 TCAAGCGAAAATGGCGAAGCTGGAAGGTGAACCGTTACTTCGCTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143245 TCAAGCGAAAATGGCGAAGCTGGAAGGTGAACCGTTACTTCGCTGTGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 TTCAAGCACCGACACCCGTCTCTGGCCAGCAGTGGGGTGAATGGGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143295 TTCAAGCACCGACACCCGTCTCTGGCCAGCAGTGGGGTGAATGGGGGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CCAGCTCTCCATCCTGAGCAAGAGCAGCTCCCAAATCCGCATGTCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143345 CCAGCTCTCCATCCTGAGCAAGAGCAGCTCCCAAATCCGCATGTCTGGCC

   1600     .    :    .    :
   1466 TCCCTGCTGACAATCTGGCCACC
        |||||||||||||||||||||||
 143395 TCCCTGCTGACAATCTGGCCACC