Result of FASTA (ccds) for pF1KB4957
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4957, 534 aa
  1>>>pF1KB4957 534 - 534 aa - 534 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7813+/-0.00107; mu= 16.2587+/- 0.064
 mean_var=78.6549+/-15.828, 0's: 0 Z-trim(103.4): 24  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.144614
 statistics sampled from 7393 (7402) to 7393 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.227), width:  16
 Scan time:  3.190

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41537.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10         ( 534) 3574 755.8 2.8e-218
CCDS7320.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10          ( 534) 3514 743.3 1.7e-214
CCDS44432.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10         ( 516) 2677 568.6  6e-162
CCDS4151.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5           ( 535) 2332 496.7 2.9e-140
CCDS34230.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5          ( 533) 2268 483.3  3e-136
CCDS8230.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11        ( 544)  987 216.1 8.7e-56
CCDS73347.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11       ( 604)  755 167.7 3.5e-41


>>CCDS41537.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10              (534 aa)
 initn: 3574 init1: 3574 opt: 3574  Z-score: 4032.2  bits: 755.8 E(32554): 2.8e-218
Smith-Waterman score: 3574; 100.0% identity (100.0% similar) in 534 aa overlap (1-534:1-534)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 RRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530    
pF1KB4 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
              490       500       510       520       530    

>>CCDS7320.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10               (534 aa)
 initn: 3514 init1: 3514 opt: 3514  Z-score: 3964.5  bits: 743.3 E(32554): 1.7e-214
Smith-Waterman score: 3514; 98.1% identity (99.1% similar) in 534 aa overlap (1-534:1-534)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 RRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
        :::. .: :: : :..::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SRATVHDPETGKLTTAQYRVSKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530    
pF1KB4 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
              490       500       510       520       530    

>>CCDS44432.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10              (516 aa)
 initn: 2677 init1: 2677 opt: 2677  Z-score: 3021.0  bits: 568.6 E(32554): 6e-162
Smith-Waterman score: 3337; 94.8% identity (95.7% similar) in 534 aa overlap (1-534:1-516)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 RRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
        :::. .: :: : :..::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::    
CCDS44 SRATVHDPETGKLTTAQYRVSKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQ----
              370       380       390       400       410          

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
                     ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 --------------KDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
                      420       430       440       450       460  

              490       500       510       520       530    
pF1KB4 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
            470       480       490       500       510      

>>CCDS4151.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5                (535 aa)
 initn: 2316 init1: 1303 opt: 2332  Z-score: 2631.7  bits: 496.7 E(32554): 2.9e-140
Smith-Waterman score: 2332; 62.2% identity (84.5% similar) in 537 aa overlap (1-534:10-535)

                        10        20        30        40        50 
pF1KB4          MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
                : :.    :.:   : ..  ::::::.:::::..::.:: :::.:: .:: 
CCDS41 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA
               10               20        30        40        50   

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB4 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI
       :: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.:  ::.:::.: . :::
CCDS41 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI
            60        70        80        90       100       110   

             120       130       140       150       160       170 
pF1KB4 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG
       .::..:::.::.:::..::::::.:::::: ::  :::.:.:::.:....:...::: .:
CCDS41 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG
           120       130       140       150       160       170   

             180       190       200       210       220       230 
pF1KB4 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL
       . ::.:.::::: :::::.:.::: :: .:  : .:::::::::.: ::: .:: ::..:
CCDS41 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL
           180       190       200       210       220       230   

             240       250       260       270          280        
pF1KB4 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK
       : ::: :.::.:::.::: .. .:..  :. ...   . .::  .:.    :::::::. 
CCDS41 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATP--EGIYERPVDYLPERDV
           240       250         260       270         280         

      290       300       310       320       330       340        
pF1KB4 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE
       :: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: :
CCDS41 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE
     290       300       310       320       330       340         

      350       360       370       380       390       400        
pF1KB4 IEIVKDLAKPRLRRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD
       :: .:..:::.: :::. .: :: : .. ::.:::.::   ..:::.:.: :.: .::: 
CCDS41 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT
     350       360       370       380       390       400         

      410       420       430       440       450       460        
pF1KB4 VSTAEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVF
       :.::: ::::::::::::::::::.:.:: :.::.::::::.::.: ::::: :::::::
CCDS41 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRNDERDTFKHLGTGNRVATFLNYMSDVEAGGATVF
     410       420       430       440       450       460         

      470       480       490       500       510       520        
pF1KB4 PEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPC
       :..::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: :::
CCDS41 PDLGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPC
     470       480       490       500       510       520         

      530    
pF1KB4 TLSELE
         .:..
CCDS41 GSTEVD
     530     

>>CCDS34230.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5               (533 aa)
 initn: 2252 init1: 1027 opt: 2268  Z-score: 2559.6  bits: 483.3 E(32554): 3e-136
Smith-Waterman score: 2268; 60.9% identity (83.4% similar) in 537 aa overlap (1-534:10-533)

                        10        20        30        40        50 
pF1KB4          MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
                : :.    :.:   : ..  ::::::.:::::..::.:: :::.:: .:: 
CCDS34 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA
               10               20        30        40        50   

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB4 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI
       :: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.:  ::.:::.: . :::
CCDS34 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI
            60        70        80        90       100       110   

             120       130       140       150       160       170 
pF1KB4 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG
       .::..:::.::.:::..::::::.:::::: ::  :::.:.:::.:....:...::: .:
CCDS34 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG
           120       130       140       150       160       170   

             180       190       200       210       220       230 
pF1KB4 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL
       . ::.:.::::: :::::.:.::: :: .:  : .:::::::::.: ::: .:: ::..:
CCDS34 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL
           180       190       200       210       220       230   

             240       250       260       270          280        
pF1KB4 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK
       : ::: :.::.:::.::: .. .:..  :. ...   . .::  .:.    :::::::. 
CCDS34 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATP--EGIYERPVDYLPERDV
           240       250         260       270         280         

      290       300       310       320       330       340        
pF1KB4 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE
       :: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: :
CCDS34 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE
     290       300       310       320       330       340         

      350       360       370       380       390       400        
pF1KB4 IEIVKDLAKPRLRRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD
       :: .:..:::.: :::. .: :: : .. ::.:::.::   ..:::.:.: :.: .::: 
CCDS34 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT
     350       360       370       380       390       400         

      410       420       430       440       450       460        
pF1KB4 VSTAEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVF
       :.::: ::::::::::::::::::.:.   ...:    :::.::.: ::::: :::::::
CCDS34 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKT--EGNRLATFLNYMSDVEAGGATVF
     410       420       430       440         450       460       

      470       480       490       500       510       520        
pF1KB4 PEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPC
       :..::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: :::
CCDS34 PDLGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPC
       470       480       490       500       510       520       

      530    
pF1KB4 TLSELE
         .:..
CCDS34 GSTEVD
       530   

>>CCDS8230.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11             (544 aa)
 initn: 786 init1: 375 opt: 987  Z-score: 1115.1  bits: 216.1 E(32554): 8.7e-56
Smith-Waterman score: 1119; 36.6% identity (65.6% similar) in 552 aa overlap (5-531:13-541)

                       10        20         30        40        50 
pF1KB4         MIWYILIIGILLPQSLAHPG-FFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
                   .: .:   :.  :  :  :... ...  .  :. :.  :. :...:: 
CCDS82 MGPGARLAALLAVLALGTGDPERAAARGDTFSALTSVARALAPERRLLGLLRRYLRGEEA
               10        20        30        40        50        60

              60        70        80        90       100           
pF1KB4 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLV-----LKDM
       .:... .. .:.  :   .:  :   :..:. :: :.:::...: .. . .     .. .
CCDS82 RLRDLTRFYDKVLSLHEDSTT-P---VANPLLAFTLIKRLQSDWRNVVHSLEASENIRAL
               70        80            90       100       110      

        110       120       130       140       150                
pF1KB4 SDGFISNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKG-----------NLPG
       .::.       .: .:  ::  :::.::.::::.: :..  ...:           .: .
CCDS82 KDGY----EKVEQDLPAFEDLEGAARALMRLQDVYMLNVKGLARGVFQRVTGSAITDLYS
        120           130       140       150       160       170  

         160       170       180       190         200          210
pF1KB4 VKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADYYHTELWMEQALRQL--DEGEISTIDKVSV---LDY
        :.   ::..:::..:::::  .::::.  :.:.:.  .  . :: .: :..:.   ::.
CCDS82 PKRLFSLTGDDCFQVGKVAYDMGDYYHAIPWLEEAVSLFRGSYGEWKTEDEASLEDALDH
            180       190       200       210       220       230  

              220       230       240       250       260       270
pF1KB4 LSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQK
       :..: .. :... :: :....:  .:...:   :.  .: ..:.    :. ...   .. 
CCDS82 LAFAYFRAGNVSCALSLSREFLLYSPDNKRMARNVLKYERLLAESP--NHVVAEAVIQRP
            240       250       260       270         280       290

              280       290       300       310       320       330
pF1KB4 TTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQED
       . :        .:  :. :: ::.  : . :  .  .:.: : . : :  ..: : ..: 
CCDS82 NIP--------HLQTRDTYEGLCQTLGSQPTLYQIPSLYCSY-ETNSNAYLLLQPIRKEV
                      300       310       320        330       340 

              340       350       360       370        380         
pF1KB4 EWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRLRRATISNPITGDLET-VHYRISKSAWLSGY
          .: :  .::..::.: . ...::.: :.:....   .:. .  :.:::::::::.  
CCDS82 IHLEPYIALYHDFVSDSEAQKIRELAEPWLQRSVVA---SGEKQLQVEYRISKSAWLKDT
             350       360       370          380       390        

     390       400       410         420       430       440       
pF1KB4 ENPVVSRINMRIQDLTGLDVST--AEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTG
        .: .  .: ::  ::::::    :: :::.:::.::.:::::: : .     .. . .:
CCDS82 VDPKLVTLNHRIAALTGLDVRPPYAEYLQVVNYGIGGHYEPHFDHATSPSSPLYR-MKSG
      400       410       420       430       440       450        

       450       460       470       480       490       500       
pF1KB4 NRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLV
       ::.::...:.:.: :::::.:  .. ::   ...:.::.::  ::::: .: ::.:::::
CCDS82 NRVATFMIYLSSVEAGGATAFIYANLSVPVVRNAALFWWNLHRSGEGDSDTLHAGCPVLV
       460       470       480       490       500       510       

       510       520       530    
pF1KB4 GNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
       :.:::.:::.:: ::::::::. :   
CCDS82 GDKWVANKWIHEYGQEFRRPCSSSPED
       520       530       540    

>>CCDS73347.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11            (604 aa)
 initn: 452 init1: 161 opt: 755  Z-score: 852.8  bits: 167.7 E(32554): 3.5e-41
Smith-Waterman score: 846; 33.5% identity (63.7% similar) in 496 aa overlap (5-475:13-485)

                       10        20         30        40        50 
pF1KB4         MIWYILIIGILLPQSLAHPG-FFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
                   .: .:   :.  :  :  :... ...  .  :. :.  :. :...:: 
CCDS73 MGPGARLAALLAVLALGTGDPERAAARGDTFSALTSVARALAPERRLLGLLRRYLRGEEA
               10        20        30        40        50        60

              60        70        80        90       100           
pF1KB4 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLV-----LKDM
       .:... .. .:.  :   .:  :   :..:. :: :.:::...: .. . .     .. .
CCDS73 RLRDLTRFYDKVLSLHEDSTT-P---VANPLLAFTLIKRLQSDWRNVVHSLEASENIRAL
               70        80            90       100       110      

        110       120       130       140       150                
pF1KB4 SDGFISNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKG-----------NLPG
       .::. .     .: .:  ::  :::.::.::::.: :..  ...:           .: .
CCDS73 KDGYEKV----EQDLPAFEDLEGAARALMRLQDVYMLNVKGLARGVFQRVTGSAITDLYS
        120           130       140       150       160       170  

         160       170       180       190         200          210
pF1KB4 VKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADYYHTELWMEQALRQL--DEGEISTIDKVSV---LDY
        :.   ::..:::..:::::  .::::.  :.:.:.  .  . :: .: :..:.   ::.
CCDS73 PKRLFSLTGDDCFQVGKVAYDMGDYYHAIPWLEEAVSLFRGSYGEWKTEDEASLEDALDH
            180       190       200       210       220       230  

              220       230       240       250       260       270
pF1KB4 LSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQK
       :..: .. :... :: :....:  .:...:   :.  .: ..:.    :. ...   .. 
CCDS73 LAFAYFRAGNVSCALSLSREFLLYSPDNKRMARNVLKYERLLAESP--NHVVAEAVIQRP
            240       250       260       270         280       290

              280       290       300       310       320       330
pF1KB4 TTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQED
       . :        .:  :. :: ::.  : . :  .  .:.: : . : :  ..: : ..: 
CCDS73 NIP--------HLQTRDTYEGLCQTLGSQPTLYQIPSLYCSY-ETNSNAYLLLQPIRKEV
                      300       310       320        330       340 

              340       350       360       370        380         
pF1KB4 EWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRLRRATISNPITGDLET-VHYRISKSAWLSGY
          .: :  .::..::.: . ...::.: :.:....   .:. .  :.:::::::::.  
CCDS73 IHLEPYIALYHDFVSDSEAQKIRELAEPWLQRSVVA---SGEKQLQVEYRISKSAWLKDT
             350       360       370          380       390        

     390       400       410         420       430       440       
pF1KB4 ENPVVSRINMRIQDLTGLDVST--AEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTG
        .: .  .: ::  ::::::    :: :::.:::.::.:::::: : .     .. . .:
CCDS73 VDPKLVTLNHRIAALTGLDVRPPYAEYLQVVNYGIGGHYEPHFDHATSPSSPLYR-MKSG
      400       410       420       430       440       450        

       450       460       470       480       490       500       
pF1KB4 NRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLV
       ::.::...:.:.: :::::.:  .. ::                                
CCDS73 NRVATFMIYLSSVEAGGATAFIYANLSVPVVRHCFGGTCTGVVKGTVTHFMLAVLSWWEI
       460       470       480       490       500       510       




534 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 06:08:49 2016 done: Sat Nov  5 06:08:49 2016
 Total Scan time:  3.190 Total Display time:  0.090

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com