Result of FASTA (ccds) for pF1KB4697
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4697, 327 aa
  1>>>pF1KB4697 327 - 327 aa - 327 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5861+/-0.000809; mu= 14.5998+/- 0.049
 mean_var=75.2702+/-14.810, 0's: 0 Z-trim(108.0): 36  B-trim: 3 in 1/50
 Lambda= 0.147830
 statistics sampled from 9913 (9942) to 9913 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.68), E-opt: 0.2 (0.305), width:  16
 Scan time:  2.690

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11667.1 CACNG4 gene_id:27092|Hs108|chr17       ( 327) 2171 472.3 2.4e-133
CCDS13931.1 CACNG2 gene_id:10369|Hs108|chr22       ( 323) 1271 280.3 1.4e-75
CCDS10620.1 CACNG3 gene_id:10368|Hs108|chr16       ( 315) 1061 235.5 4.3e-62
CCDS33104.1 CACNG8 gene_id:59283|Hs108|chr19       ( 425)  900 201.3 1.2e-51
CCDS11665.1 CACNG5 gene_id:27091|Hs108|chr17       ( 275)  450 105.2 6.4e-23
CCDS12868.1 CACNG7 gene_id:59284|Hs108|chr19       ( 275)  409 96.4 2.8e-20


>>CCDS11667.1 CACNG4 gene_id:27092|Hs108|chr17            (327 aa)
 initn: 2171 init1: 2171 opt: 2171  Z-score: 2507.5  bits: 472.3 E(32554): 2.4e-133
Smith-Waterman score: 2171; 100.0% identity (100.0% similar) in 327 aa overlap (1-327:1-327)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       
pF1KB4 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
       :::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
              310       320       

>>CCDS13931.1 CACNG2 gene_id:10369|Hs108|chr22            (323 aa)
 initn: 971 init1: 551 opt: 1271  Z-score: 1470.2  bits: 280.3 E(32554): 1.4e-75
Smith-Waterman score: 1271; 59.3% identity (85.6% similar) in 327 aa overlap (5-327:5-323)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
           :::.::::::.:::::::::.::.:::::::: . .:.  ... ..    .. .  
CCDS13 MGLFDRGVQMLLTTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRG-VCKTKSVSENE--TSKKNEEV
               10        20        30         40          50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
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CCDS13 MTHSGLWRTCCLEGNFKGLCKQIDHFPEDADYEADTAEYFLRAVRASSIFPILSVILLFM
        60        70        80        90       100       110       

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
       :::::.:...:. ..::.:::::.::.::::::::::::::.:.::::  ....::: :.
CCDS13 GGLCIAASEFYKTRHNIILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPS--KSDSKKNSYS
       120       130       140       150       160         170     

              190       200       210        220       230         
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTK-REFLKASSSSPYARMPSYRYR
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CCDS13 YGWSFYFGALSFIIAEMVGVLAVHMFIDRHKQLRATARATDYLQASA---ITRIPSYRYR
         180       190       200       210       220          230  

      240       250       260       270       280         290      
pF1KB4 -RRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTA--ASYSPDQ
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CCDS13 YQRRSRSSSRSTEPSHSRDASPVGIKGFNTLPSTEISMYTLSRDPLKAATTPTATYNSDR
            240       250       260       270       280       290  

        300       310       320       
pF1KB4 EASFLQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
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CCDS13 DNSFLQVHNCIQKENKDSLHSNTANRRTTPV
            300       310       320   

>>CCDS10620.1 CACNG3 gene_id:10368|Hs108|chr16            (315 aa)
 initn: 1222 init1: 529 opt: 1061  Z-score: 1228.3  bits: 235.5 E(32554): 4.3e-62
Smith-Waterman score: 1221; 57.2% identity (81.7% similar) in 327 aa overlap (1-327:1-315)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
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CCDS10 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRG-VCRTKSTS--DNETSRKNEEV
               10        20        30         40          50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
       .:::::::.::.:: ..: : .:.::::: ::..:..::::: :::::::::::. ::..
CCDS10 MTHSGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPEDADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFF
        60        70        80        90       100       110       

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
       ::::..:....  ..:..:::::.::.::::::::::::::.:.:::...   :.:. :.
CCDS10 GGLCVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQR---DSKKSYS
       120       130       140       150       160          170    

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
       :::::::::.:::.:: :::.::.:::::...:: :.. :::: :.   .::.: :::: 
CCDS10 YGWSFYFGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSHSEFLKKST---FARLPPYRYRF
          180       190       200       210       220          230 

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
       :: ::::::::   :::.::.. :   .::  ..::.::::.: :.: ..  . :.. .:
CCDS10 RR-RSSSRSTEPR-SRDLSPIS-KGFHTIPSTDISMFTLSRDPSKITMGTLLNSDRDHAF
              240        250        260       270       280        

              310       320       
pF1KB4 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
       :: :.   ...::..: .  :::::::
CCDS10 LQFHNSTPKEFKESLHNNPANRRTTPV
      290       300       310     

>>CCDS33104.1 CACNG8 gene_id:59283|Hs108|chr19            (425 aa)
 initn: 1246 init1: 868 opt: 900  Z-score: 1040.8  bits: 201.3 E(32554): 1.2e-51
Smith-Waterman score: 1262; 63.5% identity (83.4% similar) in 307 aa overlap (4-290:15-320)

                          10        20        30        40         
pF1KB4            MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTM-
                     :..:.:.::::.::::::.::.:::.::::::. : ::: ::::  
CCDS33 MESLKRWNEERGLWCEKGVQVLLTTVGAFAAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAG
               10        20        30        40        50        60

        50                60        70        80        90         
pF1KB4 -DDGPPPR--------RARGDLTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEY
        ::: : :        .  : ::::::::.::.::. .: : .:::::::.::::::.::
CCDS33 GDDGTPHRGGGGASEKKDPGGLTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEY
               70        80        90       100       110       120

     100       110       120       130       140       150         
pF1KB4 LLRIVRASSVFPILSTILLLLGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVY
       :::.:::::.:::::.:::::::.:..:.:.:. : ::.:.:::::::::::::::.:::
CCDS33 LLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILGAGILFVAAGLSNIIGVIVY
              130       140       150       160       170       180

     160       170       180       190       200       210         
pF1KB4 ISSNTGDPSDKRDEDKKNHYNYGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKR
       ::.:.:.:. ::::.:::::.::::::::.::::.::..::::::::::...: . ... 
CCDS33 ISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREAHCQSRS
              190       200       210       220       230       240

     220              230          240       250       260         
pF1KB4 EFLKASS-------SSPYA--RMPSYRYR-RRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAI
       ..:::..       :.: :  :.::::.: ::::::::::.: :::::.:: :    : .
CCDS33 DLLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRSSEPSPSRDASPGGPGGPG-F
              250       260       270       280       290          

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB4 PMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASFLQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV  
          ..:::::::.: : ..::                                       
CCDS33 ASTDISMYTLSRDPSKGSVAAGLAGAGGGGGGAVGAFGGAAGGAGGGGGGGGGAGAERDR
     300       310       320       330       340       350         

>>CCDS11665.1 CACNG5 gene_id:27091|Hs108|chr17            (275 aa)
 initn: 435 init1: 153 opt: 450  Z-score: 524.9  bits: 105.2 E(32554): 6.4e-23
Smith-Waterman score: 450; 30.8% identity (67.3% similar) in 260 aa overlap (1-253:1-251)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
       :  : :    ::... :  ...:..::..::::::    . .:. . ....   . .   
CCDS11 MSACGRKALTLLSSVFAVCGLGLLGIAVSTDYWLY----LEEGVIVPQNQSTEIKMS---
               10        20        30            40        50      

               70        80         90       100       110         
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINH-FPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLL
         :::::::: . :  .:.:: :.. .: ...   .:.  .:...:... ::..: ....
CCDS11 -LHSGLWRVCFLAGEERGRCFTIEYVMPMNTQLTSESTVNVLKMIRSATPFPLVSLFFMF
             60        70        80        90       100       110  

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB4 LGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHY
       .: .  . :.:  ... ... .::.:. .::: ..:...::::  .:   .: .: ....
CCDS11 IGFILNNIGHIRPHRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISS-INDEMLNRTKDAETYF
            120       130       140       150        160       170 

     180         190       200        210       220         230    
pF1KB4 NY--GWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEK-NKELRFKTKREFLKA--SSSSPYARMP
       ::  :::: :.:.::...:..::..: ..... . :  .. .  : .   :. : :. . 
CCDS11 NYKYGWSFAFAAISFLLTESAGVMSVYLFMKRYTAEDMYRPHPGFYRPRLSNCSDYSGQF
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