Result of FASTA (ccds) for pF1KB4480
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4480, 359 aa
  1>>>pF1KB4480 359 - 359 aa - 359 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3372+/-0.00107; mu= 15.3415+/- 0.064
 mean_var=60.3787+/-12.082, 0's: 0 Z-trim(101.9): 54  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.165056
 statistics sampled from 6669 (6723) to 6669 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.575), E-opt: 0.2 (0.207), width:  16
 Scan time:  2.570

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4091.1 ST8SIA4 gene_id:7903|Hs108|chr5         ( 359) 2388 577.6 5.6e-165
CCDS81919.1 ST8SIA2 gene_id:8128|Hs108|chr15       ( 354) 1439 351.6 5.9e-97
CCDS10372.1 ST8SIA2 gene_id:8128|Hs108|chr15       ( 375) 1404 343.3   2e-94
CCDS47252.1 ST8SIA4 gene_id:7903|Hs108|chr5        ( 168) 1083 266.7   1e-71
CCDS32834.1 ST8SIA3 gene_id:51046|Hs108|chr18      ( 380)  765 191.1 1.3e-48
CCDS77183.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18      ( 345)  579 146.8 2.6e-35
CCDS11930.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18      ( 376)  578 146.6 3.3e-35
CCDS77184.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18      ( 412)  578 146.6 3.5e-35
CCDS8697.1 ST8SIA1 gene_id:6489|Hs108|chr12        ( 356)  557 141.6 9.9e-34
CCDS31158.1 ST8SIA6 gene_id:338596|Hs108|chr10     ( 398)  540 137.6 1.8e-32
CCDS8474.1 ST3GAL4 gene_id:6484|Hs108|chr11        ( 329)  251 68.7   8e-12
CCDS58194.1 ST3GAL4 gene_id:6484|Hs108|chr11       ( 332)  251 68.7   8e-12
CCDS58193.1 ST3GAL4 gene_id:6484|Hs108|chr11       ( 333)  251 68.7 8.1e-12
CCDS673.1 ST6GALNAC5 gene_id:81849|Hs108|chr1      ( 336)  238 65.6 6.9e-11


>>CCDS4091.1 ST8SIA4 gene_id:7903|Hs108|chr5              (359 aa)
 initn: 2388 init1: 2388 opt: 2388  Z-score: 3075.4  bits: 577.6 E(32554): 5.6e-165
Smith-Waterman score: 2388; 100.0% identity (100.0% similar) in 359 aa overlap (1-359:1-359)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 SSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 SHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVEFAAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVEFAAD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 VGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKHVEWV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 VGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKHVEWV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 NALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 NALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350         
pF1KB4 WPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKCVKQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 WPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKCVKQ
              310       320       330       340       350         

>>CCDS81919.1 ST8SIA2 gene_id:8128|Hs108|chr15            (354 aa)
 initn: 1352 init1: 1352 opt: 1439  Z-score: 1854.1  bits: 351.6 E(32554): 5.9e-97
Smith-Waterman score: 1439; 58.3% identity (83.4% similar) in 355 aa overlap (6-356:6-350)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
            . : . ...::..:    .:.. ::.  .... .:         .::  .. ...
CCDS81 MQLQFRSWMLAALTLLVVFLIFADISEIEEEIGAEVVING---------SSSPAVVDRSN
               10        20        30        40                 50 

               70            80        90       100       110      
pF1KB4 SSIFQHNVEG----WKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRR
        :: .::..     :. :..: :.:::.::.:::::.:.::.:...::::.:::..::  
CCDS81 ESI-KHNIQPASSKWRHNQTLSLRIRKQILKFLDAEKDISVLKGTLKPGDIIHYIFDRDS
               60        70        80        90       100       110

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB4 TLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVE
       :.:.:..:. :::..::.::..: :::.:::::.::.: ::.:::.:.:::::::::: :
CCDS81 TMNVSQNLYELLPRTSPLKNKHFGTCAIVGNSGVLLNSGCGQEIDAHSFVIRCNLAPVQE
              120       130       140       150       160       170

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB4 FAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKH
       .: ::: :.:..::::::.::::  . : . :::...::  :: :.:::::::..::...
CCDS81 YARDVGLKTDLVTMNPSVIQRAFEDLVNATWREKLLQRLHSLNGSILWIPAFMARGGKER
              180       190       200       210       220       230

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB4 VEWVNALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIH
       ::::: ::::....::::::::::.:::::::::::: ::::.::::::::::::: .:.
CCDS81 VEWVNELILKHHVNVRTAYPSLRLLHAVRGYWLTNKVHIKRPTTGLLMYTLATRFCKQIY
              240       250       260       270       280       290

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB4 LYGFWPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKC
       :::::::: : : . :::::::.::: : :.:::: ::::::.:. ::..::::::.:.:
CCDS81 LYGFWPFPLDQNQNPVKYHYYDSLKYGYTSQASPHTMPLEFKALKSLHEQGALKLTVGQC
              300       310       320       330       340       350

           
pF1KB4 VKQ 
           
CCDS81 DGAT
           

>>CCDS10372.1 ST8SIA2 gene_id:8128|Hs108|chr15            (375 aa)
 initn: 1352 init1: 1352 opt: 1404  Z-score: 1808.7  bits: 343.3 E(32554): 2e-94
Smith-Waterman score: 1421; 57.9% identity (82.1% similar) in 368 aa overlap (6-356:6-371)

               10        20        30        40                    
pF1KB4 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGEL-----SL-SRS-----LV
            . : . ...::..:    .:.. ::.  ..  : : .     :: :.:     ..
CCDS10 MQLQFRSWMLAALTLLVVFLIFADISEIEEEIGNSG-GRGTIRSAVNSLHSKSNRAEVVI
               10        20        30         40        50         

      50          60        70            80        90       100   
pF1KB4 N--SSDKIIRKAGSSIFQHNVEG----WKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFK
       :  ::  .. ... :: .::..     :. :..: :.:::.::.:::::.:.::.:...:
CCDS10 NGSSSPAVVDRSNESI-KHNIQPASSKWRHNQTLSLRIRKQILKFLDAEKDISVLKGTLK
      60        70         80        90       100       110        

           110       120       130       140       150       160   
pF1KB4 PGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSH
       :::.:::..::  :.:.:..:. :::..::.::..: :::.:::::.::.: ::.:::.:
CCDS10 PGDIIHYIFDRDSTMNVSQNLYELLPRTSPLKNKHFGTCAIVGNSGVLLNSGCGQEIDAH
      120       130       140       150       160       170        

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB4 NFVIRCNLAPVVEFAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVL
       .:::::::::: :.: ::: :.:..::::::.::::  . : . :::...::  :: :.:
CCDS10 SFVIRCNLAPVQEYARDVGLKTDLVTMNPSVIQRAFEDLVNATWREKLLQRLHSLNGSIL
      180       190       200       210       220       230        

           230       240       250       260       270       280   
pF1KB4 WIPAFMVKGGEKHVEWVNALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLL
       ::::::..::...::::: ::::....::::::::::.:::::::::::: ::::.::::
CCDS10 WIPAFMARGGKERVEWVNELILKHHVNVRTAYPSLRLLHAVRGYWLTNKVHIKRPTTGLL
      240       250       260       270       280       290        

           290       300       310       320       330       340   
pF1KB4 MYTLATRFCDEIHLYGFWPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVL
       ::::::::: .:.:::::::: : : . :::::::.::: : :.:::: ::::::.:. :
CCDS10 MYTLATRFCKQIYLYGFWPFPLDQNQNPVKYHYYDSLKYGYTSQASPHTMPLEFKALKSL
      300       310       320       330       340       350        

           350          
pF1KB4 HNRGALKLTTGKCVKQ 
       :..::::::.:.:    
CCDS10 HEQGALKLTVGQCDGAT
      360       370     

>>CCDS47252.1 ST8SIA4 gene_id:7903|Hs108|chr5             (168 aa)
 initn: 1083 init1: 1083 opt: 1083  Z-score: 1401.1  bits: 266.7 E(32554): 1e-71
Smith-Waterman score: 1083; 100.0% identity (100.0% similar) in 168 aa overlap (1-168:1-168)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 SSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 SHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVEFAAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::            
CCDS47 SHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIR            
              130       140       150       160                    

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 VGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKHVEWV

>>CCDS32834.1 ST8SIA3 gene_id:51046|Hs108|chr18           (380 aa)
 initn: 677 init1: 392 opt: 765  Z-score: 986.3  bits: 191.1 E(32554): 1.3e-48
Smith-Waterman score: 765; 39.3% identity (73.5% similar) in 298 aa overlap (64-356:83-379)

            40        50        60        70        80        90   
pF1KB4 TQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAGSSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAER
                                     .:..   ::.: .  :. :..::. .:. .
CCDS32 YMFHAGFRSQFALKFLDPSFVPITNSLTQELQEKPSKWKFNRTAFLHQRQEILQHVDVIK
             60        70        80        90       100       110  

           100       110        120       130       140       150  
pF1KB4 DVSVVKSSFKPGDVIHY-VLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILL
       . :..:.: . :...::   ... ...::....::::.:::. :.... :::::::::: 
CCDS32 NFSLTKNSVRIGQLMHYDYSSHKYVFSISNNFRSLLPDVSPIMNKHYNICAVVGNSGILT
            120       130       140       150       160       170  

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB4 DSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVEFAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFV
        :.::.:::. .::.:::.::.  :  ::: :... :.:::.... .... . .::..: 
CCDS32 GSQCGQEIDKSDFVFRCNFAPTEAFQRDVGRKTNLTTFNPSILEKYYNNLLTIQDRNNFF
            180       190       200       210       220       230  

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       ...  :: :::.::::::. .:.::::::::::  : : .  . :::::    .. ..  
CCDS32 KHLSPKRLSTGILMYTLASAICEEIHLYGFWPFGFDPNTREDLPYHYYDKKGTKFTTKWQ
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>>CCDS77183.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18           (345 aa)
 initn: 514 init1: 215 opt: 579  Z-score: 747.6  bits: 146.8 E(32554): 2.6e-35
Smith-Waterman score: 579; 32.0% identity (64.9% similar) in 322 aa overlap (42-356:29-342)

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                                     ..: .... . . : :   : .:..    .
CCDS77   MRYADPSANRDLLGSRTLLFIFICAFALVTLLQQILYGRNYIKRVKQSELFDRWKSLQ
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       .  : .: : . ...... :  .:   . .....   :  ..: .:     .:....  .
CCDS77 MCKWAMNISEANQFKSTLSRCCNAPAFLFTTQKNTPLGTKLKYEVDTSGIYHINQEIFRM
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        .:.:::.. . :   . :. :. : . :.. ... . .:::. ... .  ..   .:  
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>>CCDS11930.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18           (376 aa)
 initn: 541 init1: 215 opt: 578  Z-score: 745.7  bits: 146.6 E(32554): 3.3e-35
Smith-Waterman score: 578; 33.9% identity (66.1% similar) in 289 aa overlap (71-356:93-373)

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pF1KB4 SFKPGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEI
       .   :  ..: .:     .:....  ..:.  :.   .:: ::::::.::: .:.::.::
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pF1KB4 DSHNFVIRCNLAPVVE-FAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLN
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CCDS11 NSADFVFRCNLPPISEKYTMDVGVKTDVVTVNPSIITERF--HKLEKWRRPFYRVLQVYE
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pF1KB4 DSVLWIPAFM-VKGGEKHVEWVNALI-LKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKR
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CCDS11 NASVLLPAFYNTRNTDVSIRVKYVLDDFESPQAVYYFHPQY-LVNVSR-YWLSLGVRAKR
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        ::::.. : : ..:.:.::.::: :: . .:  . .::::..: :     . : :: :.
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        ..  ::.:: :.. :: :   
CCDS11 FNFLHLHSRGILRVHTGTCSCC
          360       370      

>>CCDS77184.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18           (412 aa)
 initn: 541 init1: 215 opt: 578  Z-score: 745.0  bits: 146.6 E(32554): 3.5e-35
Smith-Waterman score: 578; 33.9% identity (66.1% similar) in 289 aa overlap (71-356:129-409)

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CCDS77 LRHEILEVKVLSMVKQSELFDRWKSLQMCKWAMNISEANQFKSTLSRCCNAPAFLFTTQK
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pF1KB4 SFKPGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEI
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CCDS77 NTPLGTKLKYEVDTSGIYHINQEIFRMFPKDMPYYRSQFKKCAVVGNGGILKNSRCGREI
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pF1KB4 DSHNFVIRCNLAPVVE-FAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLN
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CCDS77 NSADFVFRCNLPPISEKYTMDVGVKTDVVTVNPSIITERF--HKLEKWRRPFYRVLQVYE
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pF1KB4 DSVLWIPAFM-VKGGEKHVEWVNALI-LKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKR
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CCDS77 NASVLLPAFYNTRNTDVSIRVKYVLDDFESPQAVYYFHPQY-LVNVSR-YWLSLGVRAKR
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pF1KB4 PSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGFWPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEF
        ::::.. : : ..:.:.::.::: :: . .:  . .::::..: :     . : :: :.
CCDS77 ISTGLILVTAALELCEEVHLFGFWAFPMNPSGLYITHHYYDNVKPR----PGFHAMPSEI
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CCDS77 FNFLHLHSRGILRVHTGTCSCC
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>>CCDS8697.1 ST8SIA1 gene_id:6489|Hs108|chr12             (356 aa)
 initn: 509 init1: 220 opt: 557  Z-score: 719.0  bits: 141.6 E(32554): 9.9e-34
Smith-Waterman score: 557; 32.4% identity (64.2% similar) in 299 aa overlap (63-356:61-347)

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CCDS86 GASALCVVVLCWLYIFPVYRLPNEKEIVQGVLQQGT-AWRRNQTAARAFRKQMEDCCDPA
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pF1KB4 RDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILL
       .  ...: .   :  . :  .   ...:... .::.:...:..   .: ::::::.::: 
CCDS86 HLFAMTKMNSPMGKSMWYDGEFLYSFTIDNSTYSLFPQATPFQ-LPLKKCAVVGNGGILK
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pF1KB4 DSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVV-EFAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKF
        : ::..::  :::.:::: :.  :.. :::.::...: :::.... : ..    .:. :
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pF1KB4 VHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEK---HVEWVNALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYW
       :  ... : : ...::: .: : .   .: .. . .  :.  :  : :..  ....  .:
CCDS86 VDNMKIYNHSYIYMPAFSMKTGTEPSLRVYYTLSDVGANQT-VLFANPNF--LRSIGKFW
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pF1KB4 LTNKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGFWPFPKDLNGKAVKYHYYDD-LKYRYFSN
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CCDS86 KSRGIHAKRLSTGLFLVSAALGLCEEVAIYGFWPFSVNMHEQPISHHYYDNVLPFSGF--
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pF1KB4 ASPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKCVKQ      
          : :: ::  :  ::. :::..    :         
CCDS86 ---HAMPEEFLQLWYLHKIGALRMQLDPCEDTSLQPTS
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>>CCDS31158.1 ST8SIA6 gene_id:338596|Hs108|chr10          (398 aa)
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Smith-Waterman score: 540; 29.9% identity (63.5% similar) in 288 aa overlap (71-356:115-395)

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CCDS31 QYGIESFSNKTKGYSENDYLQIITDIQSCPWKRQAEEYANFRAKLASCCDAVQNFVVSQN
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pF1KB4 SFKPGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEI
       .   :  . : .. .. . :....  ..:  .:. .  .. ::::::.:::  : :: ::
CCDS31 NTPVGTNMSYEVESKKEIPIKKNIFHMFPVSQPFVDYPYNQCAVVGNGGILNKSLCGTEI
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pF1KB4 DSHNFVIRCNLAPVV-EFAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLN
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CCDS31 DKSDFVFRCNLPPTTGDVSKDVGSKTNLVTINPSIITLKYGNLKEK--KALFLEDIATYG
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