Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0717
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0717, 305 aa
1>>>pF1KE0717 305 - 305 aa - 305 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0330+/-0.00146; mu= 6.3601+/- 0.088
mean_var=386.0255+/-81.984, 0's: 0 Z-trim(110.3): 134 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.065278
statistics sampled from 11398 (11519) to 11398 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.354), width: 16
Scan time: 2.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 ( 305) 2111 212.7 2.8e-55
CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 356) 1046 112.5 4.7e-25
CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 378) 1046 112.6 4.9e-25
CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 320) 1021 110.1 2.3e-24
CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 ( 320) 1006 108.7 6.1e-24
CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 372) 1004 108.6 7.5e-24
CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 341) 939 102.4 5e-22
CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 353) 939 102.4 5.1e-22
CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 420) 588 69.5 5e-12
CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 336) 585 69.1 5.4e-12
CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 355) 585 69.1 5.5e-12
CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 332) 581 68.7 6.9e-12
>>CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 (305 aa)
initn: 2111 init1: 2111 opt: 2111 Z-score: 1105.9 bits: 212.7 E(32554): 2.8e-55
Smith-Waterman score: 2111; 100.0% identity (100.0% similar) in 305 aa overlap (1-305:1-305)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFVTYSNVEE
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CCDS41 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFVTYSNVEE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGDLIEHFSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGDLIEHFSQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 FGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKAVPKEDIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKAVPKEDIY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 SGGGGGGSRSSRGGRGGRGRGGGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGGGGGGGYNAYGGGGGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SGGGGGGSRSSRGGRGGRGRGGGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGGGGGGGYNAYGGGGGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 SSYGGSDYGNGFGGFGSYSQHQSSYGPMKSGGGGGGGGSSWGGRSNSGPYRGGYGGGGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SSYGGSDYGNGFGGFGSYSQHQSSYGPMKSGGGGGGGGSSWGGRSNSGPYRGGYGGGGGY
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 GGSSF
:::::
CCDS41 GGSSF
>>CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 (356 aa)
initn: 1429 init1: 934 opt: 1046 Z-score: 563.2 bits: 112.5 E(32554): 4.7e-25
Smith-Waterman score: 1046; 54.2% identity (76.1% similar) in 306 aa overlap (2-300:8-307)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFVT
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CCDS82 MEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGTLTDCVVMRDPQTKRSRGFGFVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 YSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGDL
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CCDS82 YSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEYNL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 IEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKAV
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CCDS82 RDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTVDKIVVQKYHTINGHNCEVKKAL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PKEDIYSGGGGGGSRSSRGGRGGR--GRGGGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGGGGGGGYN
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CCDS82 SKQEMQSAG----SQRGRGGGSGNFMGRGGNFGGGGGNFGRGGNFGGRGGYGGGGGGSRG
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE0 AYGGGGGGSSYGGSDYGNGFGGFGSYSQHQSSYGPMKSG----GGGGGGGSSWGGRSNSG
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CCDS82 SYGGGDGGYNGFGGDGGN-YGGGPGYSS-RGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGGGYDGYNEGG
240 250 260 270 280 290
290 300
pF1KE0 PYRGG-YGGGGGYGGSSF
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CCDS82 NFGGGNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGGRSSGSPYGGGYGSGGGSGGYGSR
300 310 320 330 340 350
>>CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 (378 aa)
initn: 1429 init1: 934 opt: 1046 Z-score: 563.0 bits: 112.6 E(32554): 4.9e-25
Smith-Waterman score: 1046; 54.2% identity (76.1% similar) in 306 aa overlap (2-300:30-329)
10 20 30
pF1KE0 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGT
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CCDS22 MEVKPPPGRPQPDSGRRRRRRGEEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 LTDCVVVVNPQTKRSRCFGFVTYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPG
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CCDS22 LTDCVVMRDPQTKRSRGFGFVTYSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 AHAKVKKLFVGGLKGDVAEGDLIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAA
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CCDS22 AHLTVKKIFVGGIKEDTEEYNLRDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTV
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 DKAAVVKFHPIQGHRVEVKKAVPKEDIYSGGGGGGSRSSRGGRGGR--GRGGGRDQNGLS
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CCDS22 DKIVVQKYHTINGHNCEVKKALSKQEMQSAG----SQRGRGGGSGNFMGRGGNFGGGGGN
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 KGGGGGYNSYGGYGGGGGGGYNAYGGGGGGSSYGGSDYGNGFGGFGSYSQHQSSYGPMKS
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CCDS22 FGRGGNFGGRGGYGGGGGGSRGSYGGGDGGYNGFGGDGGN-YGGGPGYSS-RGGYGGGGP
240 250 260 270 280 290
280 290 300
pF1KE0 G----GGGGGGGSSWGGRSNSGPYRGG-YGGGGGYGGSSF
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CCDS22 GYGNQGGGYGGGGGYDGYNEGGNFGGGNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGGR
300 310 320 330 340 350
CCDS22 SSGSPYGGGYGSGGGSGGYGSRRF
360 370
>>CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (320 aa)
initn: 828 init1: 828 opt: 1021 Z-score: 550.9 bits: 110.1 E(32554): 2.3e-24
Smith-Waterman score: 1021; 52.0% identity (77.5% similar) in 306 aa overlap (2-304:9-309)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFV
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CCDS41 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGD
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CCDS41 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKA
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CCDS41 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 VPKEDIYSGGGGGGSRSSRGGRGGRGRGGGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGGG-GGGGYN
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CCDS41 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGG-GRGGGFGGND-NFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYG
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 AYGGGGGGSSYGGSDYGNG--FGGFGSYSQHQSSYGPMKSGGGGGGGGSSWGGRSNSGPY
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CCDS41 GSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGG---GGQY
240 250 260 270 280 290
300
pF1KE0 RGGYGGGGGYGGSSF
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CCDS41 FAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
300 310 320
>>CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 (320 aa)
initn: 827 init1: 827 opt: 1006 Z-score: 543.3 bits: 108.7 E(32554): 6.1e-24
Smith-Waterman score: 1006; 51.0% identity (77.1% similar) in 306 aa overlap (2-304:9-309)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFV
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CCDS31 MSKSASPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGD
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CCDS31 TYATVEEVDAAMNTTPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKA
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CCDS31 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVKGHNCEVRKA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 VPKEDIYSGGGGGGSRSSRGGRGGRGRGGGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGGG-GGGGYN
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CCDS31 LPKQEMASASSSQRGRRGSGNFGG-GRGDGFGGND-NFGRGGNFSGRGGFGGSCGGGGYG
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 AYGGGGGGSSYGGSDYGNG--FGGFGSYSQHQSSYGPMKSGGGGGGGGSSWGGRSNSGPY
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CCDS31 GSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGG---GGQY
240 250 260 270 280 290
300
pF1KE0 RGGYGGGGGYGGSSF
. . :::: ::
CCDS31 FAKPQNQGGYGVSSSSSSYGSGRRF
300 310 320
>>CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (372 aa)
initn: 1537 init1: 867 opt: 1004 Z-score: 541.7 bits: 108.6 E(32554): 7.5e-24
Smith-Waterman score: 1014; 51.2% identity (70.0% similar) in 340 aa overlap (2-302:9-343)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFV
: :: :::::::. .:.. .::.::: .::::::::. .:.::::: ::::
CCDS44 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGD
::..:::.:::: : :: ::: .:: ::::::::: ::::: :::.::::.: :. :
CCDS44 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKA
: ..: :.: .: ::..:. :::::::.:: :..::..:: .. :.: ..:: ::.::
CCDS44 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE0 VPKEDIYSGG----GGGGSRSSRGGRGGR-------GRGG---GRDQNGLSKGGGG----
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CCDS44 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 --GYNSYGGYGGGGGGGYNAYGGGGGGSSYGGSDYGN---GFGGFGSYSQHQSSYGPMKS
:::..:. :: :::: .:.::. : . ::. ::: :.:: :::...... :
CCDS44 GDGYNGFGNDGGYGGGG-PGYSGGSRGYGSGGQGYGNQGSGYGGSGSYDSYNNGGG----
250 260 270 280 290
280 290 300
pF1KE0 GGGGGGGGSSWGG-------------RSNSGPYRGGYGGG---GGYGGSSF
:: :::.::..:: :: ::..:: :: : :::
CCDS44 GGFGGGSGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQG
300 310 320 330 340 350
CCDS44 GYGGSSSSSSYGSGRRF
360 370
>>CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 (341 aa)
initn: 1368 init1: 843 opt: 939 Z-score: 508.9 bits: 102.4 E(32554): 5e-22
Smith-Waterman score: 1045; 50.4% identity (72.3% similar) in 339 aa overlap (2-304:4-339)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFVTYSNV
:. :. :::::::. .:.: .::...: .: ::::::. .: .:::: :::::.:..
CCDS53 MEREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKRSRGFGFVTFSSM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 EEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGDLIEHF
:.:::::: ::..:: .:: ::::.::.:..::::. ::::::::.: :. : : ..:
CCDS53 AEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIKEDTEEHHLRDYF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKAVPKED
..: .. :::.:.::::::::::: :..:: .:: .. :.: :.:: .::.::. ...
CCDS53 EEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGHNAEVRKALSRQE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KE0 IY------SGGGGG-GSRSSRGGRGGRGRG------GGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGG
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CCDS53 MQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGFGDGYNGYGGGPG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260
pF1KE0 GG--------GGGYNAYGGGGGG------------SSYGGSDYGNG-FGGFGSYSQHQSS
:: ::: ..::::: : ..:::..::.: .. ::.:.:. :.
CCDS53 GGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNYNDFGNYNQQPSN
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300
pF1KE0 YGPMKSG--GGGGGGGSSWGGRSNSGPYRGGYGGGGGYGGSSF
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CCDS53 YGPMKSGNFGGSRNMGGPYGG-GNYGP--GGSGGSGGYGGRSRY
310 320 330 340
>>CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 (353 aa)
initn: 1368 init1: 843 opt: 939 Z-score: 508.8 bits: 102.4 E(32554): 5.1e-22
Smith-Waterman score: 1045; 50.4% identity (72.3% similar) in 339 aa overlap (2-304:16-351)
10 20 30 40
pF1KE0 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKR
:. :. :::::::. .:.: .::...: .: ::::::. .: .::
CCDS43 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 SRCFGFVTYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLK
:: :::::.:.. :.:::::: ::..:: .:: ::::.::.:..::::. ::::::::.:
CCDS43 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 GDVAEGDLIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGH
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