seq1 = pF1KE3982.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE3982/gi568815594r_176115603.tfa (gi568815594r:176115603_176369108), 253506 bp

>pF1KE3982 987
>gi568815594r:176115603_176369108 (Chr4)

(complement)

1-196  (100001-100196)   100% ->
197-276  (143768-143847)   100% ->
277-384  (146689-146796)   100% ->
385-535  (147509-147659)   100% ->
536-670  (147820-147954)   100% ->
671-862  (152100-152291)   99% ->
863-987  (153382-153506)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGTGTTAGAAGAAAATCGGCCGTTTGCTCAACAATTATCCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGTGTTAGAAGAAAATCGGCCGTTTGCTCAACAATTATCCAATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACTTTACAATACTTTCGCTGTTCTGTTTTAAGCTTTTTGTGAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACTTTACAATACTTTCGCTGTTCTGTTTTAAGCTTTTTGTGAAAATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTTGCCATCCTCAGTCATTTCTACATAGTGAAAGGCAACCGCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTTGCCATCCTCAGTCATTTCTACATAGTGAAAGGCAACCGCAAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGCAAGGATAGCAGCTGAATTTTATGGAGTAACCCAAGGACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100151 GCGGCAAGGATAGCAGCTGAATTTTATGGAGTAACCCAAGGACAAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      GTTCCTGGGCAGATCGATCACCACTACATGAAGCAGCAAGTCAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ..CAGGTTCCTGGGCAGATCGATCACCACTACATGAAGCAGCAAGTCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCGCCTTCTTGCTCTGAGAACATTATTATCACAG         GGTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 143813 GTCGCCTTCTTGCTCTGAGAACATTATTATCACAGGTA...TAGGGTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGTAAATGCAGTAACCTTAGACCATGTCACCCCATTGCACGAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146695 AATGTAAATGCAGTAACCTTAGACCATGTCACCCCATTGCACGAAGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTTGGAGATCACGTGGCATGTGCCAGAACTCTGCTGGAAGCAGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146745 CCTTGGAGATCACGTGGCATGTGCCAGAACTCTGCTGGAAGCAGGAGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AT         GTAAATGCAATCACGATAGATGGCGTGACTCCGTTATTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146795 ATGTA...TAGGTAAATGCAATCACGATAGATGGCGTGACTCCGTTATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACGCATGCTCCCAAGGCAGTCCAAGCTGTGCAGAGCTGCTTCTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147548 AACGCATGCTCCCAAGGCAGTCCAAGCTGTGCAGAGCTGCTTCTGGAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGTGCCAAAGCCCAGCTGGAGTCATGTCTTCCATCCCCAACGCATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147598 TGGTGCCAAAGCCCAGCTGGAGTCATGTCTTCCATCCCCAACGCATGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGCCAGTAAAG         GTCACCATGAATGTCTTGACATCCTGATA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 147648 CCGCCAGTAAAGGTA...CAGGTCACCATGAATGTCTTGACATCCTGATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCTGGGGCATAGATGTTGACCAAGAAATTCCTCATTTGGGAACTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147849 TCCTGGGGCATAGATGTTGACCAAGAAATTCCTCATTTGGGAACTCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTATGTAGCTTGTATGTCACAGCAATTCCATTGCATCTGGAAGCTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147899 CTATGTAGCTTGTATGTCACAGCAATTCCATTGCATCTGGAAGCTTCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGCTG         GTGCTGACGTACAGAAAGGCAAATATTGGGATACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147949 ATGCTGGTA...TAGGTGCTGACGTACAGAAAGGCAAATATTGGGATACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCATTACATGCTGCTGCTCAACAATCCAGCACAGAAATTGTAAACTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152135 CCATTACATGCTGCTGCTCAACAATCCAGCACAGAAATTGTAAACTTACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTAGAATTTGGAGCAGATATCAATGCCAAAAATACAGAGCTTCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152185 GCTAGAATTTGGAGCAGATATCAATGCCAAAAATACAGAGCTTCTGCGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTATAGATGTAGCTACGTCTAGCAGTATGGTGGAAAGAATATTGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 152235 CTATAGATGTAGCTACGTCTAGCAGTATGGTGGAAAGGATATTGCTTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATGAAG         CTACTCCAAGCTCTCTTTACCAACTTTGCCGACT
        |||||||>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||||||||||||
 152285 CATGAAGGTA...TAGCTACCCCAAGCTCTCTTTACCAACTTTGCCGACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGTATCCGAAGCTACATAGGAAAACCAAGATTGCACCTTATCCCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153416 CTGTATCCGAAGCTACATAGGAAAACCAAGATTGCACCTTATCCCACAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCAGCTGCCAACGTTACTGAAGAATTTCTTACAGTATCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153466 TCCAGCTGCCAACGTTACTGAAGAATTTCTTACAGTATCGA