seq1 = pF1KB5903.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KB5903/gi568815596f_154598776.tfa (gi568815596f:154598776_154955310), 356535 bp

>pF1KB5903 1503
>gi568815596f:154598776_154955310 (Chr2)

1-702  (100001-100702)   100% ->
703-919  (110828-111044)   100% ->
920-1503  (255952-256535)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCACTCCGAAGGAAATTTGGGGACGATTATCAGGTAGTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGCACTCCGAAGGAAATTTGGGGACGATTATCAGGTAGTGACCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCGTCCAGCGGCTCGGGCTTGCAGCCCCAGGGGCCAGGCCAGGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCGTCCAGCGGCTCGGGCTTGCAGCCCCAGGGGCCAGGCCAGGACCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGCAGCTTGTGCCCAAGAAGAAGCGGCAGCGGTTCGTGGACAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGCAGCTTGTGCCCAAGAAGAAGCGGCAGCGGTTCGTGGACAAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCGGTGCAATGTACAGCACGGCAACCTGGGCAGCGAGACAAGCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCGGTGCAATGTACAGCACGGCAACCTGGGCAGCGAGACAAGCCGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTCGGACCTCTTCACCACGCTGGTGGACCTCAAGTGGCGCTGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTCGGACCTCTTCACCACGCTGGTGGACCTCAAGTGGCGCTGGAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTCATCTTCATTCTCACCTACACCGTGGCCTGGCTTTTCATGGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTCATCTTCATTCTCACCTACACCGTGGCCTGGCTTTTCATGGCGTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTGGTGGGTGATCGCCTACACTCGGGGCGACCTGAACAAAGCCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTGGTGGGTGATCGCCTACACTCGGGGCGACCTGAACAAAGCCCACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGTAACTACACGCCTTGCGTGGCCAATGTCTATAACTTCCCTTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGTAACTACACGCCTTGCGTGGCCAATGTCTATAACTTCCCTTCTGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCTCTTCTTCATCGAGACGGAGGCCACCATCGGCTATGGCTACCGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCTCTTCTTCATCGAGACGGAGGCCACCATCGGCTATGGCTACCGATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCACAGACAAGTGCCCCGAGGGCATCATCCTCTTCCTCTTCCAGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCACAGACAAGTGCCCCGAGGGCATCATCCTCTTCCTCTTCCAGTCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGGGCTCCATCGTGGACGCCTTCCTCATCGGCTGCATGTTCATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGGGCTCCATCGTGGACGCCTTCCTCATCGGCTGCATGTTCATCAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTCCCAGCCCAAGAAGCGCGCCGAGACCCTCATGTTCAGCGAGCACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTCCCAGCCCAAGAAGCGCGCCGAGACCCTCATGTTCAGCGAGCACGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGATCTCCATGAGGGACGGAAAACTCACGCTTATGTTCCGGGTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGATCTCCATGAGGGACGGAAAACTCACGCTTATGTTCCGGGTGGGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTGCGCAACAGCCACATGGTCTCCGCGCAGATTCGCTGCAAGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTGCGCAACAGCCACATGGTCTCCGCGCAGATTCGCTGCAAGCTGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AA         TCTCGGCAGACACCTGAGGGTGAGTTCCTTCCCCTTGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGTA...TAGTCTCGGCAGACACCTGAGGGTGAGTTCCTTCCCCTTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAACTTGAACTGGATGTAGGTTTTAGTACAGGGGCAGATCAACTTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110867 CAACTTGAACTGGATGTAGGTTTTAGTACAGGGGCAGATCAACTTTTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGTGTCCCCCCTCACAATTTGCCACGTGATCGATGCCAAAAGCCCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110917 TGTGTCCCCCCTCACAATTTGCCACGTGATCGATGCCAAAAGCCCCTTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATGACCTATCCCAGCGAAGCATGCAAACTGAACAGTTCGAGATTGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110967 ATGACCTATCCCAGCGAAGCATGCAAACTGAACAGTTCGAGATTGTCGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATCCTAGAAGGCATTGTGGAAACAACTG         GGATGACTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111017 ATCCTAGAAGGCATTGTGGAAACAACTGGTG...TAGGGATGACTTGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGCTCGAACATCATATACTGAAGATGAAGTTCTTTGGGGTCATCGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255965 AGCTCGAACATCATATACTGAAGATGAAGTTCTTTGGGGTCATCGTTTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTCCTGTAATTTCCTTAGAAGAGGGATTCTTTAAAGTTGATTACTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256015 TTCCTGTAATTTCCTTAGAAGAGGGATTCTTTAAAGTTGATTACTCCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TTCCACGCAACATTTGAAGTCCCCACCCCACCTTACAGTGTGAAAGAGCA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256065 TTCCATGCAACATTTGAAGTCCCCACCCCACCTTACAGTGTGAAAGAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGAGGAAATGCTTCTCATGTCGTCCCCTTTAATAGCACCAGCCATAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256115 GGAGGAAATGCTTCTCATGTCGTCCCCTTTAATAGCACCAGCCATAACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACAGCAAAGAAAGACATAATTCTGTGGAATGCTTAGATGGACTAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256165 ACAGCAAAGAAAGACATAATTCTGTGGAATGCTTAGATGGACTAGATGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ATTACTACAAAACTACCATCTAAGCTGCAGAAAATTACTGGAAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256215 ATTACTACAAAACTACCATCTAAGCTGCAGAAAATTACTGGAAGAGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTTTCCCAAAAAACTCTTGAGGATGAGTTCTACAACTTCAGAAAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256265 CTTTCCCAAAAAACTCTTGAGGATGAGTTCTACAACTTCAGAAAAAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACAGCTTGGGAGACTTGCCCATGAAACTTCAACGAATAAGTTCAGTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256315 ACAGCTTGGGAGACTTGCCCATGAAACTTCAACGAATAAGTTCAGTTCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GGCAACTCAGAAGAAAAACTGGTATCTAAAACCACCAAGATGTTATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256365 GGCAACTCAGAAGAAAAACTGGTATCTAAAACCACCAAGATGTTATCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TCCCATGAGCCAGTCTGTGGCTGATTTGCCACCAAAGCTTCAAAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256415 TCCCATGAGCCAGTCTGTGGCTGATTTGCCACCAAAGCTTCAAAAGATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CTGGAGGAGCAGCTAGGATGGAAGGGAACCTTCCAGCCAAATTAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256465 CTGGAGGAGCAGCTAGGATGGAAGGGAACCTTCCAGCCAAATTAAGAAAA

   1500     .    :    .    :
   1483 ATGAACTCTGATCGCTTCACA
        |||||||||||||||||||||
 256515 ATGAACTCTGATCGCTTCACA