seq1 = pF1KB5147.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KB5147/gi568815584f_67519978.tfa (gi568815584f:67519978_67750917), 230940 bp

>pF1KB5147 1062
>gi568815584f:67519978_67750917 (Chr14)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-184  (100917-100989)   100% ->
185-362  (122209-122386)   100% ->
363-522  (125666-125825)   100% ->
523-617  (126667-126761)   100% ->
618-722  (126944-127048)   100% ->
723-859  (128070-128206)   100% ->
860-1062  (130738-130940)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTAAGGGGCAGCCTCTCGCGTCTCCTCCAGACGCGAGTGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCTAAGGGGCAGCCTCTCGCGTCTCCTCCAGACGCGAGTGCATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCTGAAGAAATCCGTCCACTCCGTGGCTGTGATAGGAGCCCCGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCTGAAGAAATCCGTCCACTCCGTGGCTGTGATAGGAGCCCCGTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACAAGGGCAG         AAAAGAAAAGGAGTGGAGCATGGTCCCGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACAAGGGCAGGTG...CAGAAAAGAAAAGGAGTGGAGCATGGTCCCGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCATAAGAGAAGCTGGCTTGATGAAAAGGCTCTCCAGTTTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100947 GCCATAAGAGAAGCTGGCTTGATGAAAAGGCTCTCCAGTTTGGGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   GCTGCCACCTAAAAGACTTTGGAGATTTGAGTTTTACTCCAGTCCCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122207 AGGCTGCCACCTAAAAGACTTTGGAGATTTGAGTTTTACTCCAGTCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGATGATCTCTACAACAACCTGATAGTGAATCCACGCTCAGTGGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122257 AAGATGATCTCTACAACAACCTGATAGTGAATCCACGCTCAGTGGGTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAACCAGGAACTGGCTGAGGTGGTTAGCAGAGCTGTGTCAGATGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122307 GCCAACCAGGAACTGGCTGAGGTGGTTAGCAGAGCTGTGTCAGATGGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCTGTGTCACACTGGGAGGAGACCACAG         CCTGGCAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122357 CAGCTGTGTCACACTGGGAGGAGACCACAGGTA...CAGCCTGGCAATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTACCATTAGTGGCCATGCCCGACACTGCCCAGACCTTTGTGTTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125677 GTACCATTAGTGGCCATGCCCGACACTGCCCAGACCTTTGTGTTGTCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGATGCCCATGCTGACATCAACACACCCCTTACCACTTCATCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125727 GTTGATGCCCATGCTGACATCAACACACCCCTTACCACTTCATCAGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTCCATGGACAGCCAGTTTCATTTCTCCTCAGAGAACTACAGGATAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 125777 TCTCCATGGACAGCCAGTTTCATTTCTCCTCAGAGAACTACAGGATAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         GTACCACAACTCCCAGGATTTTCCTGGATCAAACCTTGTATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125827 TC...TAGGTACCACAACTCCCAGGATTTTCCTGGATCAAACCTTGTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTTCTGCAAGTATTGTGTATATTGGTCTGAGAGACGTGGACCCTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126709 TCTTCTGCAAGTATTGTGTATATTGGTCTGAGAGACGTGGACCCTCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACA         TTTTATTTTAAAGAACTATGATATCCAGTATTTTTCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126759 ACAGTA...CAGTTTTATTTTAAAGAACTATGATATCCAGTATTTTTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAGAGATATTGATCGACTTGGTATCCAGAAGGTCATGGAACGAACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126982 TGAGAGATATTGATCGACTTGGTATCCAGAAGGTCATGGAACGAACATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATCTGCTGATTGGCAA         GAGACAAAGACCAATCCATTTGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 127032 GATCTGCTGATTGGCAAGTA...TAGGAGACAAAGACCAATCCATTTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTTGATATTGATGCATTTGACCCTACACTGGCTCCAGCCACAGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128094 TTTTGATATTGATGCATTTGACCCTACACTGGCTCCAGCCACAGGAACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGTTGTCGGGGGACTAACCTATCGAGAAGGCATGTATATTGCTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128144 CTGTTGTCGGGGGACTAACCTATCGAGAAGGCATGTATATTGCTGAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATACACAATACAG         GGTTGCTATCAGCACTGGATCTTGTTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128194 ATACACAATACAGGTA...CAGGGTTGCTATCAGCACTGGATCTTGTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTCAATCCTCAGTTGGCCACCTCAGAGGAAGAGGCGAAGACTACAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130766 AGTCAATCCTCAGTTGGCCACCTCAGAGGAAGAGGCGAAGACTACAGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCTGGCAGTAGATGTGATTGCTTCAAGCTTTGGTCAGACAAGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130816 ACCTGGCAGTAGATGTGATTGCTTCAAGCTTTGGTCAGACAAGAGAAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGCATATTGTCTATGACCAACTTCCTACTCCCAGTTCACCAGATGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130866 GGGCATATTGTCTATGACCAACTTCCTACTCCCAGTTCACCAGATGAATC

   1100     .    :    .    :    .
   1038 AGAAAATCAAGCACGTGTGAGAATT
        |||||||||||||||||||||||||
 130916 AGAAAATCAAGCACGTGTGAGAATT