Result of FASTA (omim) for pF1KB3684
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3684, 597 aa
  1>>>pF1KB3684 597 - 597 aa - 597 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0131+/-0.000441; mu= 2.1984+/- 0.028
 mean_var=256.5290+/-52.365, 0's: 0 Z-trim(118.4): 35  B-trim: 146 in 1/55
 Lambda= 0.080077
 statistics sampled from 31371 (31406) to 31371 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.706), E-opt: 0.2 (0.368), width:  16
 Scan time:  9.260

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_056541 (OMIM: 610100,615820) DDB1- and CUL4-ass ( 597) 4047 481.3 3.8e-135
NP_001017977 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associa ( 860)  461 67.2 2.6e-10
XP_005245390 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 874)  461 67.2 2.6e-10
NP_060912 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associated ( 880)  461 67.2 2.6e-10
XP_005245389 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 894)  461 67.2 2.6e-10
XP_005245388 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 937)  461 67.2 2.7e-10
NP_001185885 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associa ( 951)  461 67.3 2.8e-10
XP_016857270 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 713)  366 56.2 4.5e-07
XP_016857269 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 733)  366 56.2 4.6e-07
XP_016857268 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and C ( 804)  366 56.2 4.9e-07
NP_001185886 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associa ( 920)  293 47.8 0.00019
NP_001271137 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associa ( 326)  238 41.1  0.0072


>>NP_056541 (OMIM: 610100,615820) DDB1- and CUL4-associa  (597 aa)
 initn: 4047 init1: 4047 opt: 4047  Z-score: 2547.2  bits: 481.3 E(85289): 3.8e-135
Smith-Waterman score: 4047; 100.0% identity (100.0% similar) in 597 aa overlap (1-597:1-597)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSSKGSSTDGRTDLANGSLSSSPEEMSGAEEGRETSSGIEVEASDLSLSLTGDDGGPNRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MSSKGSSTDGRTDLANGSLSSSPEEMSGAEEGRETSSGIEVEASDLSLSLTGDDGGPNRT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 STESRGTDTESSGEDKDSDSMEDTGHYSINDENRVHDRSEEEEEEEEEEEEEQPRRRVQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 STESRGTDTESSGEDKDSDSMEDTGHYSINDENRVHDRSEEEEEEEEEEEEEQPRRRVQR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 KRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYEACGARVFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYEACGARVFV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 QRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 QAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPDSPCTFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPDSPCTFL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 SAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQFVRIYD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQFVRIYD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 QRKIDENENNGVLKKFCPHHLVNSESKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QRKIDENENNGVLKKFCPHHLVNSESKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 GAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 VNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELTGLKDVIKKNKRERDEDSLHQTDLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELTGLKDVIKKNKRERDEDSLHQTDLF
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       
pF1KB3 DSHMLWFLMHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADSDESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DSHMLWFLMHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADSDESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
              550       560       570       580       590       

>>NP_001017977 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associated   (860 aa)
 initn: 732 init1: 312 opt: 461  Z-score: 306.2  bits: 67.2 E(85289): 2.6e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)

             120       130       140       150       160           
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
                                     :. .. :.  :.    .:.: ::  . .:.
NP_001                              MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
                                            10            20       

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
         .  : : :.::..:.  :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. .   :. . 
NP_001 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
        30        40        50        60        70        80       

     230       240       250       260       270       280         
pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
        ..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: .  ...      .   . . : :.....
NP_001 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
        90       100       110       120       130       140       

     290       300       310       320       330              340  
pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
          :..: :::: :::..:  .: :      :   :::  :       . .  .. . : 
NP_001 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
       150       160       170            180       190       200  

            350       360       370               380       390    
pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
         . .:::  :. :::::.: .    ..        :.. .: : :: :.  .  .: : 
NP_001 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
            210       220       230       240       250         260

          400       410       420       430       440       450    
pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
       ::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:                            
NP_001 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
              270       280        290       300       310         

          460       470       480       490       500       510    
pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
                                                                   
NP_001 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
     320       330       340       350       360       370         

>--
 initn: 363 init1: 172 opt: 366  Z-score: 246.9  bits: 56.2 E(85289): 5.2e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:713-859)

       400       410       420       430        440       450      
pF1KB3 DGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDC
                                     ::::::. : .: .::.:  ..::.:::::
NP_001 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
            690       700       710       720       730         740

        460       470       480       490       500       510      
pF1KB3 GHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELT
       ::::.:.. . . ....:.:.  :::::.:::  :.::.::.:.:.:::.:  :.     
NP_001 GHIFIWDRHTAEHLMLLEADNH-VVNCLQPHPFDPILASSGIDYDIKIWSPLEESRIFNR
              750       760        770       780       790         

        520        530       540         550       560       570   
pF1KB3 GLKD-VIKKNKRERDEDSLHQTDLFDSHMLWFL--MHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADS
        : : :: .:.    :.. .   .  : :: .:  ..:.:  : .   :  : :  . . 
NP_001 KLADEVITRNELML-EETRNTITVPASFMLRMLASLNHIRADRLEGD-RSEGSGQENENE
     800       810        820       830       840        850       

           580       590       
pF1KB3 DESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
       ::                      
NP_001 DEE                     
       860                     

>>XP_005245390 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (874 aa)
 initn: 732 init1: 312 opt: 461  Z-score: 306.1  bits: 67.2 E(85289): 2.6e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)

             120       130       140       150       160           
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
                                     :. .. :.  :.    .:.: ::  . .:.
XP_005                              MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
                                            10            20       

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
         .  : : :.::..:.  :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. .   :. . 
XP_005 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
        30        40        50        60        70        80       

     230       240       250       260       270       280         
pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
        ..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: .  ...      .   . . : :.....
XP_005 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
        90       100       110       120       130       140       

     290       300       310       320       330              340  
pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
          :..: :::: :::..:  .: :      :   :::  :       . .  .. . : 
XP_005 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
       150       160       170            180       190       200  

            350       360       370               380       390    
pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
         . .:::  :. :::::.: .    ..        :.. .: : :: :.  .  .: : 
XP_005 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
            210       220       230       240       250         260

          400       410       420       430       440       450    
pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
       ::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:                            
XP_005 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
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pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
                                                                   
XP_005 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
     320       330       340       350       360       370         

>--
 initn: 363 init1: 172 opt: 366  Z-score: 246.8  bits: 56.2 E(85289): 5.2e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:727-873)

       400       410       420       430        440       450      
pF1KB3 DGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDC
                                     ::::::. : .: .::.:  ..::.:::::
XP_005 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
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pF1KB3 GHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELT
       ::::.:.. . . ....:.:.  :::::.:::  :.::.::.:.:.:::.:  :.     
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pF1KB3 GLKD-VIKKNKRERDEDSLHQTDLFDSHMLWFL--MHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADS
        : : :: .:.    :.. .   .  : :: .:  ..:.:  : .   :  : :  . . 
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pF1KB3 DESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
       ::                      
XP_005 DEE                     
                               

>>NP_060912 (OMIM: 610494) DDB1- and CUL4-associated fac  (880 aa)
 initn: 732 init1: 312 opt: 461  Z-score: 306.1  bits: 67.2 E(85289): 2.6e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)

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NP_060                              MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
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pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
         .  : : :.::..:.  :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. .   :. . 
NP_060 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
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pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
        ..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: .  ...      .   . . : :.....
NP_060 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
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pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
          :..: :::: :::..:  .: :      :   :::  :       . .  .. . : 
NP_060 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
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pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
         . .:::  :. :::::.: .    ..        :.. .: : :: :.  .  .: : 
NP_060 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
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          400       410       420       430       440       450    
pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
       ::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:                            
NP_060 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
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pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
                                                                   
NP_060 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
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>--
 initn: 363 init1: 172 opt: 366  Z-score: 246.8  bits: 56.2 E(85289): 5.2e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:733-879)

       400       410       420       430        440       450      
pF1KB3 DGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDC
                                     ::::::. : .: .::.:  ..::.:::::
NP_060 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
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pF1KB3 GHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELT
       ::::.:.. . . ....:.:.  :::::.:::  :.::.::.:.:.:::.:  :.     
NP_060 GHIFIWDRHTAEHLMLLEADNH-VVNCLQPHPFDPILASSGIDYDIKIWSPLEESRIFNR
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pF1KB3 GLKD-VIKKNKRERDEDSLHQTDLFDSHMLWFL--MHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADS
        : : :: .:.    :.. .   .  : :: .:  ..:.:  : .   :  : :  . . 
NP_060 KLADEVITRNELML-EETRNTITVPASFMLRMLASLNHIRADRLEGD-RSEGSGQENENE
     820       830        840       850       860        870       

           580       590       
pF1KB3 DESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
       ::                      
NP_060 DEE                     
       880                     

>>XP_005245389 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (894 aa)
 initn: 732 init1: 312 opt: 461  Z-score: 306.0  bits: 67.2 E(85289): 2.6e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)

             120       130       140       150       160           
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
                                     :. .. :.  :.    .:.: ::  . .:.
XP_005                              MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
                                            10            20       

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
         .  : : :.::..:.  :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. .   :. . 
XP_005 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
        30        40        50        60        70        80       

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pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
        ..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: .  ...      .   . . : :.....
XP_005 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
        90       100       110       120       130       140       

     290       300       310       320       330              340  
pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
          :..: :::: :::..:  .: :      :   :::  :       . .  .. . : 
XP_005 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
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            350       360       370               380       390    
pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
         . .:::  :. :::::.: .    ..        :.. .: : :: :.  .  .: : 
XP_005 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
            210       220       230       240       250         260

          400       410       420       430       440       450    
pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
       ::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:                            
XP_005 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
              270       280        290       300       310         

          460       470       480       490       500       510    
pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
                                                                   
XP_005 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
     320       330       340       350       360       370         

>--
 initn: 363 init1: 172 opt: 366  Z-score: 246.7  bits: 56.3 E(85289): 5.3e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:747-893)

       400       410       420       430        440       450      
pF1KB3 DGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDC
                                     ::::::. : .: .::.:  ..::.:::::
XP_005 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
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pF1KB3 GHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELT
       ::::.:.. . . ....:.:.  :::::.:::  :.::.::.:.:.:::.:  :.     
XP_005 GHIFIWDRHTAEHLMLLEADNH-VVNCLQPHPFDPILASSGIDYDIKIWSPLEESRIFNR
          780       790        800       810       820       830   

        520        530       540         550       560       570   
pF1KB3 GLKD-VIKKNKRERDEDSLHQTDLFDSHMLWFL--MHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADS
        : : :: .:.    :.. .   .  : :: .:  ..:.:  : .   :  : :  . . 
XP_005 KLADEVITRNELML-EETRNTITVPASFMLRMLASLNHIRADRLEGD-RSEGSGQENENE
           840        850       860       870        880       890 

           580       590       
pF1KB3 DESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
       ::                      
XP_005 DEE                     
                               

>>XP_005245388 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (937 aa)
 initn: 732 init1: 312 opt: 461  Z-score: 305.7  bits: 67.2 E(85289): 2.7e-10
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)

             120       130       140       150       160           
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
                                     :. .. :.  :.    .:.: ::  . .:.
XP_005                              MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
                                            10            20       

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
         .  : : :.::..:.  :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. .   :. . 
XP_005 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
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pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
        ..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: .  ...      .   . . : :.....
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pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
          :..: :::: :::..:  .: :      :   :::  :       . .  .. . : 
XP_005 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
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pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
         . .:::  :. :::::.: .    ..        :.. .: : :: :.  .  .: : 
XP_005 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
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pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
       ::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:                            
XP_005 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
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>--
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pF1KB3                             MSSKGSSTDGRTDLAN-GSLSSSPEEMSGAEE
                                     :.  .  ...:...  .. :::. .  .: 
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pF1KB3 GRETSSGIEVEASDLSLSLTGDDGGPNRTSTES-RGTDTESSGEDKDSDSMEDTGHYSIN
       . :...  :   .  . :  . ..  . . ::: ..:   :: .... .:.: .::.. .
XP_005 AMEVDTPAEQFLQPSTSSTMSAQAHSTSSPTESPHSTPLLSSPDSEQRQSVEASGHHTHH
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pF1KB3 D-------ENRVHDRSEEEEEEEEEEEEEQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSE
       .       :  .  .  .. . .. :...: .  .. ..    .:.:. : . .:  .:.
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pF1KB3 TSALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYE-ACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFN
       . .    .  .  .: :.. ... ..  . . :  :.     :... :: :  .  :.:.
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pF1KB3 QRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQ-
       .. . .::.:  .     .          :. ..: : :..  :  :::      .... 
XP_005 DEWSSIASSSRGIGSHCKS----------EGQEESFVPQSSVQPPEGDSETKAPEESSED
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pF1KB3 -VRVAE-LSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEP-DSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDR-
        ..  : .:: .  .:   ..:    : :.. .: ::     ..::       ::  :: 
XP_005 VTKYQEGVSAENPVENHINITQ----SDKFTAKPLDS-----NSGERN-----DLNLDRS
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pF1KB3 ---PASKLVVTKEKEKKVGLYTIY---VNPANTH---QF---AVGG---RDQFVRIYDQR
          :  .    : :: ...  :     .:  ::.   ::   :.:    ..  .:    .
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pF1KB3 KIDENENNGVLKKFCPHHLVNSESKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGA
         :..... ::     ..   .. .. .. .       :..   ...  .   .. .   
XP_005 DTDDSDDDPVLIPGARYRAGPGDRRSAVARI------QEFFRRRKERKEMEELDTLNIRR
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pF1KB3 QYVKR-YKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGV
         ::  ::::::. : .: .::.:  ..::.:::::::::.:.. . . ....:.:.  :
XP_005 PLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDCGHIFIWDRHTAEHLMLLEADNH-V
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pF1KB3 VNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELTGLKD-VIKKNKRERDEDSLHQTDL
       ::::.:::  :.::.::.:.:.:::.:  :.      : : :: .:.    :.. .   .
XP_005 VNCLQPHPFDPILASSGIDYDIKIWSPLEESRIFNRKLADEVITRNELML-EETRNTITV
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pF1KB3 FDSHMLWFL--MHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADSDESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
         : :: .:  ..:.:  : .   :  : :  . . ::                      
XP_005 PASFMLRMLASLNHIRADRLEGD-RSEGSGQENENEDEE                     
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NP_001                              MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
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pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
         .  : : :.::..:.  :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. .   :. . 
NP_001 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
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pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
        ..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: .  ...      .   . . : :.....
NP_001 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
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pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
          :..: :::: :::..:  .: :      :   :::  :       . .  .. . : 
NP_001 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
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pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
         . .:::  :. :::::.: .    ..        :.. .: : :: :.  .  .: : 
NP_001 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
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pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
       ::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:                            
NP_001 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
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pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
                                                                   
NP_001 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
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>--
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Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:804-950)

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NP_001 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
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pF1KB3 GHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELT
       ::::.:.. . . ....:.:.  :::::.:::  :.::.::.:.:.:::.:  :.     
NP_001 GHIFIWDRHTAEHLMLLEADNH-VVNCLQPHPFDPILASSGIDYDIKIWSPLEESRIFNR
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pF1KB3 GLKD-VIKKNKRERDEDSLHQTDLFDSHMLWFL--MHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADS
        : : :: .:.    :.. .   .  : :: .:  ..:.:  : .   :  : :  . . 
NP_001 KLADEVITRNELML-EETRNTITVPASFMLRMLASLNHIRADRLEGD-RSEGSGQENENE
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pF1KB3 DESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
       ::                      
NP_001 DEE                     
      950                      

>>XP_016857270 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (713 aa)
 initn: 469 init1: 172 opt: 366  Z-score: 248.0  bits: 56.2 E(85289): 4.5e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:566-712)

       400       410       420       430        440       450      
pF1KB3 DGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNAT-VKGVNFYGPKSEFVVSGSDC
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XP_016 IQEFFRRRKERKEMEELDTLNIRRPLVKMVYKGHRNSRTMIKEANFWG--ANFVMSGSDC
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pF1KB3 GHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELT
       ::::.:.. . . ....:.:.  :::::.:::  :.::.::.:.:.:::.:  :.     
XP_016 GHIFIWDRHTAEHLMLLEADNH-VVNCLQPHPFDPILASSGIDYDIKIWSPLEESRIFNR
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>>XP_016857268 (OMIM: 610494) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (804 aa)
 initn: 469 init1: 172 opt: 366  Z-score: 247.3  bits: 56.2 E(85289): 4.9e-07
Smith-Waterman score: 366; 41.4% identity (67.1% similar) in 152 aa overlap (428-575:657-803)

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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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