Result of FASTA (ccds) for pF1KE0070
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0070, 560 aa
  1>>>pF1KE0070 560 - 560 aa - 560 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0192+/-0.000963; mu= 8.7389+/- 0.059
 mean_var=201.7604+/-41.489, 0's: 0 Z-trim(113.1): 194  B-trim: 133 in 1/52
 Lambda= 0.090293
 statistics sampled from 13567 (13773) to 13567 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.743), E-opt: 0.2 (0.423), width:  16
 Scan time:  3.720

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3307.1 GP5 gene_id:2814|Hs108|chr3             ( 560) 3745 500.4 2.3e-141
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3        ( 581)  925 133.1 9.1e-31
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3       ( 587)  925 133.1 9.2e-31
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3           ( 545)  564 86.0 1.2e-16
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4          (1521)  512 79.7 2.9e-14
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4           (1529)  508 79.2 4.1e-14
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10          (1534)  492 77.1 1.8e-13
CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15       ( 614)  465 73.2   1e-12
CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15       ( 620)  465 73.2   1e-12
CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1           ( 915)  468 73.7 1.1e-12
CCDS30971.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1          ( 967)  468 73.8 1.1e-12
CCDS30855.1 LINGO4 gene_id:339398|Hs108|chr1       ( 593)  438 69.7 1.2e-11
CCDS75573.1 TRIL gene_id:9865|Hs108|chr7           ( 811)  432 69.0 2.5e-11
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19       ( 713)  425 68.0 4.3e-11


>>CCDS3307.1 GP5 gene_id:2814|Hs108|chr3                  (560 aa)
 initn: 3745 init1: 3745 opt: 3745  Z-score: 2651.4  bits: 500.4 E(32554): 2.3e-141
Smith-Waterman score: 3745; 100.0% identity (100.0% similar) in 560 aa overlap (1-560:1-560)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLTHILLFGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLTHILLFGM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 GRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLPGALLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLPGALLDK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 MVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKLLDLSGN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKLLDLSGN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 NLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFDR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 LPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAELPGVLFGEMGGLQELWLNRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAELPGVLFGEMGGLQELWLNRT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 QLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLLR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 GLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLGH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE0 NSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPPP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE0 RPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDHSPFWGFYFLLLAVQAMITVIIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDHSPFWGFYFLLLAVQAMITVIIV
              490       500       510       520       530       540

              550       560
pF1KE0 FAMIKIGQLFRKLIRERALG
       ::::::::::::::::::::
CCDS33 FAMIKIGQLFRKLIRERALG
              550       560

>>CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3             (581 aa)
 initn: 1186 init1: 493 opt: 925  Z-score: 665.8  bits: 133.1 E(32554): 9.1e-31
Smith-Waterman score: 925; 34.2% identity (61.5% similar) in 535 aa overlap (21-542:25-552)

                   10        20        30        40          50    
pF1KE0     MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALG--LPTNLTH
                               ::  : :   . ..:.:   ::: :.   :: :   
CCDS33 MPLKHYLLLLVGCQAWGAGLAYHGCPSECTCSRASQVECTG---ARIVAVPTPLPWNAMS
               10        20        30        40           50       

           60        70        80        90       100       110    
pF1KE0 ILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLP
       . ...     :. . : ....:  : :  ...: ..::.: .: .:. : :. ::.  ::
CCDS33 LQILNTHITELNESPFLNISALIALRIEKNELSRITPGAFRNLGSLRYLSLANNKLQVLP
        60        70        80        90       100       110       

          120       130       140       150       160       170    
pF1KE0 GALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKL
        .:.. .  ::.:.:. : :  :.   :..  ::.:: :. :.:...: . : .: .:  
CCDS33 IGLFQGLDSLESLLLSSNQLLQIQPAHFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDHLVGLTK
       120       130       140       150       160       170       

          180       190       200       210       220       230    
pF1KE0 LDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIA
       :.:. :.:::.   ..   ..:. : :. :::...  : ...:  : :: ...:.:  ..
CCDS33 LNLGKNSLTHISPRVFQHLGNLQVLRLYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQNQIGLLS
       180       190       200       210       220       230       

          240       250       260       270       280        290   
pF1KE0 PGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAEL-PGVLFGEMGGLQ
       :: :    ::. : :: ::.. :: ..:..  .:. :::: : : :: ::. :: : .:.
CCDS33 PGLFHNNHNLQRLYLSNNHISQLPPSVFMQLPQLNRLTLFGNSLKELSPGI-FGPMPNLR
       240       250       260       270       280        290      

           300       310       320       330       340       350   
pF1KE0 ELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTA
       ::::  ... .::  .: :: .:. : .    ..: .  :::.:: ::. :.::.:.:  
CCDS33 ELWLYDNHISSLPDNVFSNLRQLQVL-ILSRNQISFISPGAFNGLTELRELSLHTNALQD
        300       310       320        330       340       350     

           360       370       380       390       400       410   
pF1KE0 LPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRL
       :  ...: :..:...::. :::: ::  .: :...: ..::..::::.::  .:  : .:
CCDS33 LDGNVFRMLANLQNISLQNNRLRQLPGNIFANVNGLMAIQLQNNQLENLPLGIFDHLGKL
         360       370       380       390       400       410     

           420       430       440       450       460       470   
pF1KE0 TEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECP
        :. :  : ::::  . :. .::  .   .: .  : : .:.   :  :  . . ..  :
CCDS33 CELRLYDNPWRCDSDILPLRNWLLLNQPRLGTDTVPVCFSPANVRGQSL-IIINVNVAVP
         420       430       440       450       460        470    

             480       490       500       510             520     
pF1KE0 GPRGP--PPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPV------TTGKGQDHSPFWGFY
       . . :  :  : .    ..: .:  .  ::   . ..::      :: .  :    ::. 
CCDS33 SVHVPEVPSYPETPWYPDTPSYPDTTSVSSTTEL-TSPVEDYTDLTTIQVTDDRSVWGMT
          480       490       500        510       520       530   

           530       540       550       560           
pF1KE0 FLL--LAVQAMITVIIVFAMIKIGQLFRKLIRERALG           
            ::. :..  :...:                             
CCDS33 QAQSGLAIAAIVIGIVALACSLAACVGCCCCKKRSQAVLMQMKAPNEC
           540       550       560       570       580 

>>CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3            (587 aa)
 initn: 1186 init1: 493 opt: 925  Z-score: 665.8  bits: 133.1 E(32554): 9.2e-31
Smith-Waterman score: 925; 34.2% identity (61.5% similar) in 535 aa overlap (21-542:31-558)

                         10        20        30        40          
pF1KE0           MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALG--L
                                     ::  : :   . ..:.:   ::: :.   :
CCDS46 MPLDKAMPLKHYLLLLVGCQAWGAGLAYHGCPSECTCSRASQVECTG---ARIVAVPTPL
               10        20        30        40           50       

       50        60        70        80        90       100        
pF1KE0 PTNLTHILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRN
       : :   . ...     :. . : ....:  : :  ...: ..::.: .: .:. : :. :
CCDS46 PWNAMSLQILNTHITELNESPFLNISALIALRIEKNELSRITPGAFRNLGSLRYLSLANN
        60        70        80        90       100       110       

      110       120       130       140       150       160        
pF1KE0 KITHLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTN
       :.  :: .:.. .  ::.:.:. : :  :.   :..  ::.:: :. :.:...: . : .
CCDS46 KLQVLPIGLFQGLDSLESLLLSSNQLLQIQPAHFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDH
       120       130       140       150       160       170       

      170       180       190       200       210       220        
pF1KE0 LENLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRN
       : .:  :.:. :.:::.   ..   ..:. : :. :::...  : ...:  : :: ...:
CCDS46 LVGLTKLNLGKNSLTHISPRVFQHLGNLQVLRLYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQN
       180       190       200       210       220       230       

      230       240       250       260       270       280        
pF1KE0 HIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAEL-PGVLFG
       .:  ..:: :    ::. : :: ::.. :: ..:..  .:. :::: : : :: ::. ::
CCDS46 QIGLLSPGLFHNNHNLQRLYLSNNHISQLPPSVFMQLPQLNRLTLFGNSLKELSPGI-FG
       240       250       260       270       280       290       

       290       300       310       320       330       340       
pF1KE0 EMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALH
        : .:.::::  ... .::  .: :: .:. : .    ..: .  :::.:: ::. :.::
CCDS46 PMPNLRELWLYDNHISSLPDNVFSNLRQLQVL-ILSRNQISFISPGAFNGLTELRELSLH
        300       310       320        330       340       350     

       350       360       370       380       390       400       
pF1KE0 SNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVF
       .:.:  :  ...: :..:...::. :::: ::  .: :...: ..::..::::.::  .:
CCDS46 TNALQDLDGNVFRMLANLQNISLQNNRLRQLPGNIFANVNGLMAIQLQNNQLENLPLGIF
         360       370       380       390       400       410     

       410       420       430       440       450       460       
pF1KE0 GALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPG
         : .: :. :  : ::::  . :. .::  .   .: .  : : .:.   :  :  . .
CCDS46 DHLGKLCELRLYDNPWRCDSDILPLRNWLLLNQPRLGTDTVPVCFSPANVRGQSL-IIIN
         420       430       440       450       460       470     

       470         480       490       500       510               
pF1KE0 GDAECPGPRGP--PPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPV------TTGKGQDHS
        ..  :. . :  :  : .    ..: .:  .  ::   . ..::      :: .  :  
CCDS46 VNVAVPSVHVPEVPSYPETPWYPDTPSYPDTTSVSSTTEL-TSPVEDYTDLTTIQVTDDR
          480       490       500       510        520       530   

     520         530       540       550       560           
pF1KE0 PFWGFYFLL--LAVQAMITVIIVFAMIKIGQLFRKLIRERALG           
         ::.      ::. :..  :...:                             
CCDS46 SVWGMTQAQSGLAIAAIVIGIVALACSLAACVGCCCCKKRSQAVLMQMKAPNEC
           540       550       560       570       580       

>>CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3                (545 aa)
 initn: 423 init1: 423 opt: 564  Z-score: 412.0  bits: 86.0 E(32554): 1.2e-16
Smith-Waterman score: 720; 32.7% identity (60.2% similar) in 477 aa overlap (1-476:1-449)

               10         20        30        40        50         
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLLRAQPF-PCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLTHILLFG
       :: :. :  .  :: :.:  ::: .: : : . . ::  ..: .  : .:    .:..  
CCDS33 MLPGAWLLWTSLLLLARPAQPCPMGCDC-FVQEVFCSDEELATVP-LDIPPYTKNIIFVE
               10        20         30        40         50        

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE0 MGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLPGALLD
        .  .:....:..   : .... ....    : .:. : .:. :... ... .:   ...
CCDS33 TSFTTLETRAFGSNPNLTKVVFLNTQLCQFRPDAFGGLPRLEDLEVTGSSFLNLSTNIFS
       60        70        80        90       100       110        

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 KMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKLLDLSG
       ... : .: :. : :... ...::.:. :. : :. :::. ::  ::  : .:: :.:. 
CCDS33 NLTSLGKLTLNFNMLEALPEGLFQHLAALESLHLQGNQLQALPRRLFQPLTHLKTLNLAQ
      120       130       140       150       160       170        

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE0 NNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFD
       : :..::. :.   ..:. : : .: : .: .:....::.: :: .  :.:  . : .:.
CCDS33 NLLAQLPEELFHPLTSLQTLKLSNNALSGLPQGVFGKLGSLQELFLDSNNISELPPQVFS
      180       190       200       210       220       230        

     240       250       260       270       280       290         
pF1KE0 RLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAELPGVLFGEMGGLQELWLNR
       .:  :  : :.:: .. :: ..:    :::.:.:  : :  ::. ::..   :  : :..
CCDS33 QLFCLERLWLQRNAITHLPLSIFASLGNLTFLSLQWNMLRVLPAGLFAHTPCLVGLSLTH
      240       250       260       270       280       290        

     300       310       320       330       340       350         
pF1KE0 TQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLL
       .::.:.  ..: .:: :: :                          :  :..: :: :..
CCDS33 NQLETVAEGTFAHLSNLRSL-------------------------MLSYNAITHLPAGIF
      300       310                                320       330   

     360       370       380       390       400       410         
pF1KE0 RGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLG
       : : .: .. :  : : ::  :::.:::.:: ..:..::: :::  .: .   : .. : 
CCDS33 RDLEELVKLYLGSNNLTALHPALFQNLSKLELLSLSKNQLTTLPEGIFDTNYNLFNLALH
           340       350       360       370       380       390   

     420       430       440       450       460       470         
pF1KE0 HNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPP
        : :.::: :. ...::.:.   . . .   ::::.   :  . ::   .  ::  :   
CCDS33 GNPWQCDCHLAYLFNWLQQYTDRLLNIQT-YCAGPAYLKGQVVPALNEKQLVCPVTRDHL
           400       410       420        430       440       450  

     480       490       500       510       520       530         
pF1KE0 PRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDHSPFWGFYFLLLAVQAMITVII
                                                                   
CCDS33 GFQVTWPDESKAGGSWDLAVQERAARSQCTYSNPEGTVVLACDQAQCRWLNVQLSPQQGS
            460       470       480       490       500       510  

>>CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4               (1521 aa)
 initn: 694 init1: 219 opt: 512  Z-score: 369.6  bits: 79.7 E(32554): 2.9e-14
Smith-Waterman score: 512; 27.0% identity (58.8% similar) in 481 aa overlap (10-474:16-480)

                     10         20        30        40        50   
pF1KE0       MLRGTLLCAVLGLL-RAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLT
                      ::..: .. :  ::  :.:   ....: :  .  .   ..: :  
CCDS75 MRGVGWQMLSLSLGLVLAILNKVAPQACPAQCSCS-GSTVDCHGLALRSVPR-NIPRNTE
               10        20        30         40        50         

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE0 HILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHL
       .. : : .   . . .:.:.  :. :.. ...::..  :.:.:: .:. :::.::..  .
CCDS75 RLDLNGNNITRITKTDFAGLRHLRVLQLMENKISTIERGAFQDLKELERLRLNRNHLQLF
       60        70        80        90       100       110        

           120       130       140       150       160       170   
pF1KE0 PGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLK
       :  :.   . : .: :..: ...: .. :.  :....: :. ::.. .  . :  :..:.
CCDS75 PELLFLGTAKLYRLDLSENQIQAIPRKAFRGAVDIKNLQLDYNQISCIEDGAFRALRDLE
      120       130       140       150       160       170        

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE0 LLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHI---
       .: :..::.:.:  . .. . ::. . :::: :   :      :. :..   .: ..   
CCDS75 VLTLNNNNITRLSVASFNHMPKLRTFRLHSNNLYC-DC----HLAWLSDWLRQRPRVGLY
      180       190       200       210            220       230   

               240           250        260            270         
pF1KE0 -RSIAPGAFDRLPNLSSLT----LSRNHLAFL-PSALFLH-----SHNLTLLTLFENPLA
        . ..:. . :  :.. .     .  .: .:. ::   ::     . . ...    . :.
CCDS75 TQCMGPSHL-RGHNVAEVQKREFVCSGHQSFMAPSCSVLHCPAACTCSNNIVDCRGKGLT
           240        250       260       270       280       290  

     280       290       300       310       320       330         
pF1KE0 ELPGVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLG
       :.:  :  :   . :. :... ....: .::   ..:: . .. . ..: :   ::::: 
CCDS75 EIPTNL-PET--ITEIRLEQNTIKVIPPGAFSPYKKLRRIDLS-NNQISELAPDAFQGLR
             300         310       320       330        340        

     340       350       360       370       380       390         
pF1KE0 ELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQL
        :. :.:..: .: :: .:..:: .:. . :  :..  :    :..: .:. ..:  :.:
CCDS75 SLNSLVLYGNKITELPKSLFEGLFSLQLLLLNANKINCLRVDAFQDLHNLNLLSLYDNKL
      350       360       370       380       390       400        

     400       410       420       430       440        450        
pF1KE0 ETLPGDVFGALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEP-PRCAGPGAHA
       .:.   .:. :  .  . :..: . :::     : :: ..:     :    ::..:   :
CCDS75 QTIAKGTFSPLRAIQTMHLAQNPFICDC----HLKWLADYLHTNPIETSGARCTSPRRLA
      410       420       430           440       450       460    

      460       470       480       490       500       510        
pF1KE0 GLPLWALPGGDAECPGPRGPPPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDH
       .  .  . .   .: :                                            
CCDS75 NKRIGQIKSKKFRCSGTEDYRSKLSGDCFADLACPEKCRCEGTTVDCSNQKLNKIPEHIP
          470       480       490       500       510       520    

>>CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4                (1529 aa)
 initn: 694 init1: 219 opt: 508  Z-score: 366.8  bits: 79.2 E(32554): 4.1e-14
Smith-Waterman score: 508; 27.8% identity (59.7% similar) in 461 aa overlap (10-454:16-460)

                     10         20        30        40        50   
pF1KE0       MLRGTLLCAVLGLL-RAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLT
                      ::..: .. :  ::  :.:   ....: :  . :    ..: :  
CCDS34 MRGVGWQMLSLSLGLVLAILNKVAPQACPAQCSCS-GSTVDCHGLAL-RSVPRNIPRNTE
               10        20        30         40         50        

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE0 HILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHL
       .. : : .   . . .:.:.  :. :.. ...::..  :.:.:: .:. :::.::..  .
CCDS34 RLDLNGNNITRITKTDFAGLRHLRVLQLMENKISTIERGAFQDLKELERLRLNRNHLQLF
       60        70        80        90       100       110        

           120       130       140       150       160       170   
pF1KE0 PGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLK
       :  :.   . : .: :..: ...: .. :.  :....: :. ::.. .  . :  :..:.
CCDS34 PELLFLGTAKLYRLDLSENQIQAIPRKAFRGAVDIKNLQLDYNQISCIEDGAFRALRDLE
      120       130       140       150       160       170        

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE0 LLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHI---
       .: :..::.:.:  . .. . ::. . :::: :   :      :. :..   .: ..   
CCDS34 VLTLNNNNITRLSVASFNHMPKLRTFRLHSNNLYC-DC----HLAWLSDWLRQRPRVGLY
      180       190       200       210            220       230   

               240           250        260            270         
pF1KE0 -RSIAPGAFDRLPNLSSLT----LSRNHLAFL-PSALFLH-----SHNLTLLTLFENPLA
        . ..:. . :  :.. .     .  .: .:. ::   ::     . . ...    . :.
CCDS34 TQCMGPSHL-RGHNVAEVQKREFVCSGHQSFMAPSCSVLHCPAACTCSNNIVDCRGKGLT
           240        250       260       270       280       290  

     280       290       300       310       320       330         
pF1KE0 ELPGVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLG
       :.:  :  :   . :. :... ....: .::   ..:: . .. . ..: :   ::::: 
CCDS34 EIPTNL-PET--ITEIRLEQNTIKVIPPGAFSPYKKLRRIDLS-NNQISELAPDAFQGLR
             300         310       320       330        340        

     340       350       360       370       380       390         
pF1KE0 ELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQL
        :. :.:..: .: :: .:..:: .:. . :  :..  :    :..: .:. ..:  :.:
CCDS34 SLNSLVLYGNKITELPKSLFEGLFSLQLLLLNANKINCLRVDAFQDLHNLNLLSLYDNKL
      350       360       370       380       390       400        

     400       410       420       430       440        450        
pF1KE0 ETLPGDVFGALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEP-PRCAGPGAHA
       .:.   .:. :  .  . :..: . :::     : :: ..:     :    ::..:    
CCDS34 QTIAKGTFSPLRAIQTMHLAQNPFICDC----HLKWLADYLHTNPIETSGARCTSPRRLA
      410       420       430           440       450       460    

      460       470       480       490       500       510        
pF1KE0 GLPLWALPGGDAECPGPRGPPPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDH
                                                                   
CCDS34 NKRIGQIKSKKFRCSAKEQYFIPGTEDYRSKLSGDCFADLACPEKCRCEGTTVDCSNQKL
          470       480       490       500       510       520    

>>CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10               (1534 aa)
 initn: 667 init1: 237 opt: 492  Z-score: 355.5  bits: 77.1 E(32554): 1.8e-13
Smith-Waterman score: 495; 27.1% identity (59.5% similar) in 454 aa overlap (21-454:34-469)

                         10        20        30        40        50
pF1KE0           MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPT
                                     ::  : :.   ...: :  .  :   ..: 
CCDS74 TPGWGSSAGPVRPELWLLLWAAAWRLGASACPALCTCT-GTTVDCHGTGLQAIPK-NIPR
            10        20        30        40         50         60 

               60        70        80        90       100       110
pF1KE0 NLTHILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKI
       :  .. : : .   .....:.:.  :. :.. ...:.::  :.:.:. .:. :::.::..
CCDS74 NTERLELNGNNITRIHKNDFAGLKQLRVLQLMENQIGAVERGAFDDMKELERLRLNRNQL
              70        80        90       100       110       120 

              120       130       140       150       160       170
pF1KE0 THLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLE
         ::  :...   : .: :..::...: .. :.  ..:..: :..::.. .  . :  :.
CCDS74 HMLPELLFQNNQALSRLDLSENAIQAIPRKAFRGATDLKNLQLDKNQISCIEEGAFRALR
             130       140       150       160       170       180 

              180       190       200             210              
pF1KE0 NLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVS------LDS--------GLLN-
       .:..: :..::.: .: . .. . ::. . ::::.:        :..        ::.. 
CCDS74 GLEVLTLNNNNITTIPVSSFNHMPKLRTFRLHSNHLFCDCHLAWLSQWLRQRPTIGLFTQ
             190       200       210       220       230       240 

              220       230       240       250       260       270
pF1KE0 -----SLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTL
            :: .:.  . .....   . :   :.:   . ::: .     : :.   :..  .
CCDS74 CSGPASLRGLNVAEVQKSEFSCSGQGEAGRVP---TCTLSSGS---CP-AMCTCSNG--I
             250       260       270          280           290    

              280       290       300       310       320       330
pF1KE0 LTLFENPLAELPGVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSAL
       .    . :. .:. :   :    :. :. . ....: .::    .:: . .. . ... .
CCDS74 VDCRGKGLTAIPANLPETM---TEIRLELNGIKSIPPGAFSPYRKLRRIDLS-NNQIAEI
            300       310          320       330       340         

              340       350       360       370       380       390
pF1KE0 PQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLE
          :::::  :. :.:..: .: :: :.. ::  :. . :  :..  .    :..:..: 
CCDS74 APDAFQGLRSLNSLVLYGNKITDLPRGVFGGLYTLQLLLLNANKINCIRPDAFQDLQNLS
      350       360       370       380       390       400        

              400       410       420       430       440       450
pF1KE0 SVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPR
        ..:  :....:   .: .:  .  . :..: . :::.:  .  .:: .   ..:    :
CCDS74 LLSLYDNKIQSLAKGTFTSLRAIQTLHLAQNPFICDCNLKWLADFLRTNPIETSGA---R
      410       420       430       440       450       460        

              460       470       480       490       500       510
pF1KE0 CAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPPPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPV
       ::.:                                                        
CCDS74 CASPRRLANKRIGQIKSKKFRCSAKEQYFIPGTEDYQLNSECNSDVVCPHKCRCEANVVE
         470       480       490       500       510       520     

>>CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15            (614 aa)
 initn: 535 init1: 362 opt: 465  Z-score: 341.7  bits: 73.2 E(32554): 1e-12
Smith-Waterman score: 465; 30.3% identity (63.1% similar) in 350 aa overlap (6-351:20-365)

                             10         20        30         40    
pF1KE0               MLRGTLLCAVLG-LLRAQPFPCPPACKCVFRD-AAQCSGGDVARIS
                          .:  ::: .: ..   ::: :.:  .: :. :     . . 
CCDS73 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDRAVLCHRKRFVAVP
               10        20        30        40        50        60

           50        60         70        80        90       100   
pF1KE0 ALGLPTNLTHILLFGMGR-GVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTL
         :.::. :..: .: .:  .:... :...  :..: .... .::: ::.:..:..:.::
CCDS73 E-GIPTE-TRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPGAFNNLFNLRTL
                 70        80        90       100       110        

           110       120       130       140       150       160   
pF1KE0 RLSRNKITHLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPA
        :  :..  .: ...  .  : .: ...: .  . . ::: : ::. : ...:.: ..  
CCDS73 GLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLEVGDNDLVYISH
      120       130       140       150       160       170        

           170       180       190       200       210       220   
pF1KE0 SLFTNLENLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTEL
         :..:..:. : :   ::: .:   :.    :  : :.   . .. .  .. :  :  :
CCDS73 RAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRDYSFKRLYRLKVL
      180       190       200       210       220       230        

            230       240       250       260       270       280  
pF1KE0 QF-HRNHIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAELP
       .. :  .. ...:. .  : ::.::.... .:. .:     :   : .:.:  ::.. . 
CCDS73 EISHWPYLDTMTPNCLYGL-NLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFLNLSYNPISTIE
      240       250        260       270       280       290       

            290       300       310       320       330       340  
pF1KE0 GVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQ
       : .. :.  :::. :   :: ..   :::.:. :: :.:. . .:..: ...:...:.:.
CCDS73 GSMLHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVS-GNQLTTLEESVFHSVGNLE
       300       310       320       330        340       350      

            350       360       370       380       390       400  
pF1KE0 VLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETL
       .: : :: :                                                   
CCDS73 TLILDSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPTCATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCR
        360       370       380       390       400       410      

>>CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15            (620 aa)
 initn: 535 init1: 362 opt: 465  Z-score: 341.6  bits: 73.2 E(32554): 1e-12
Smith-Waterman score: 465; 30.3% identity (63.1% similar) in 350 aa overlap (6-351:26-371)

                                   10         20        30         
pF1KE0                     MLRGTLLCAVLG-LLRAQPFPCPPACKCVFRD-AAQCSGG
                                .:  ::: .: ..   ::: :.:  .: :. :   
CCDS45 MQVSKRMLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDRAVLCHRK
               10        20        30        40        50        60

       40        50        60         70        80        90       
pF1KE0 DVARISALGLPTNLTHILLFGMGR-GVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDL
         . .   :.::. :..: .: .:  .:... :...  :..: .... .::: ::.:..:
CCDS45 RFVAVPE-GIPTE-TRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPGAFNNL
                70         80        90       100       110        

       100       110       120       130       140       150       
pF1KE0 IKLKTLRLSRNKITHLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQ
       ..:.:: :  :..  .: ...  .  : .: ...: .  . . ::: : ::. : ...:.
CCDS45 FNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLEVGDND
      120       130       140       150       160       170        

       160       170       180       190       200       210       
pF1KE0 LDFLPASLFTNLENLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSL
       : ..    :..:..:. : :   ::: .:   :.    :  : :.   . .. .  .. :
CCDS45 LVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRDYSFKRL
      180       190       200       210       220       230        

       220        230       240       250       260       270      
pF1KE0 GALTELQF-HRNHIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFEN
         :  :.. :  .. ...:. .  : ::.::.... .:. .:     :   : .:.:  :
CCDS45 YRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGL-NLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFLNLSYN
      240       250       260        270       280       290       

        280       290       300       310       320       330      
pF1KE0 PLAELPGVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQ
       :.. . : .. :.  :::. :   :: ..   :::.:. :: :.:. . .:..: ...:.
CCDS45 PISTIEGSMLHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVS-GNQLTTLEESVFH
       300       310       320       330       340        350      

        340       350       360       370       380       390      
pF1KE0 GLGELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDH
       ..:.:..: : :: :                                             
CCDS45 SVGNLETLILDSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPTCATPEFVQGKEFKDFPDVLLP
        360       370       380       390       400       410      

>>CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1                (915 aa)
 initn: 627 init1: 299 opt: 468  Z-score: 341.5  bits: 73.7 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 468; 29.2% identity (60.2% similar) in 367 aa overlap (60-424:1-359)

      30        40        50        60        70        80         
pF1KE0 RDAAQCSGGDVARISALGLPTNLTHILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAV
                                     :::  :      .. .  : . : .... .
CCDS14                               MGRPRLTLVCQVSIIISARDL-SMNNLTEL
                                             10        20          

      90       100       110       120       130       140         
pF1KE0 APGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQ
        :: :  :  :. :::: :...:.::  .. .  :. :.:..: : ::  . . .: .::
CCDS14 QPGLFHHLRFLEELRLSGNHLSHIPGQAFSGLYSLKILMLQNNQLGGIPAEALWELPSLQ
      30        40        50        60        70        80         

     150       160       170       180       190       200         
pF1KE0 ELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSL
        : :. : ....:   : .: .:. : :. : ::..:   :.    :. . :  ::.  .
CCDS14 SLRLDANLISLVPERSFEGLSSLRHLWLDDNALTEIPVRALNNLPALQAMTLALNRISHI
      90       100       110       120       130       140         

     210       220       230       240       250       260         
pF1KE0 DSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLT
        .  ...: .:. :..: :.:. ..  .:. : :: .: :. :.:  .: :.   .. : 
CCDS14 PDYAFQNLTSLVVLHLHNNRIQHLGTHSFEGLHNLETLDLNYNKLQEFPVAIRTLGR-LQ
     150       160       170       180       190       200         

     270       280       290         300       310       320       
pF1KE0 LLTLFENPLAELPGVLFGEMGG--LQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRL
        : . .: .  .:   :  ::.  :: . .  . .. .  .::. : .:. :... .  .
CCDS14 ELGFHNNNIKAIPEKAF--MGNPLLQTIHFYDNPIQFVGRSAFQYLPKLHTLSLNGAMDI
      210       220         230       240       250       260      

       330       340       350       360       370       380       
pF1KE0 SALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLS
       . .:.  ..:   :..:.:   :.  ::.:. . : .:: . : .:... :: .: :  .
CCDS14 QEFPD--LKGTTSLEILTLTRAGIRLLPSGMCQQLPRLRVLELSHNQIEELP-SLHRC-Q
        270         280       290       300       310        320   

       390       400       410       420       430       440       
pF1KE0 SLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEE
       .:: . :.::..  . .:.:. :  :  . :. :. :                       
CCDS14 KLEEIGLQHNRIWEIGADTFSQLSSLQALDLSWNAIRSIHPEAFSTLHSLVKLDLTDNQL
            330       340       350       360       370       380  

       450       460       470       480       490       500       
pF1KE0 PPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPPPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWA
                                                                   
CCDS14 TTLPLAGLGGLMHLKLKGNLALSQAFSKDSFPKLRILEVPYAYQCCPYGMCASFFKASGQ
            390       400       410       420       430       440  




560 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 04:30:18 2016 done: Fri Nov  4 04:30:19 2016
 Total Scan time:  3.720 Total Display time:  0.110

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com