Result of FASTA (omim) for pF1KE0029
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0029, 530 aa
  1>>>pF1KE0029 530 - 530 aa - 530 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3742+/-0.000429; mu= 13.9519+/- 0.027
 mean_var=99.7659+/-19.901, 0's: 0 Z-trim(113.2): 16  B-trim: 411 in 1/55
 Lambda= 0.128405
 statistics sampled from 22449 (22462) to 22449 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.263), width:  16
 Scan time: 10.570

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011513891 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hycc ( 521) 1719 329.3 1.7e-89
NP_115970 (OMIM: 610531,610532) hyccin [Homo sapie ( 521) 1719 329.3 1.7e-89
XP_011513892 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hycc ( 370) 1492 287.2   6e-77
XP_005249951 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hycc ( 419) 1488 286.5 1.1e-76
XP_005249952 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hycc ( 406) 1482 285.3 2.3e-76


>>XP_011513891 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hyccin i  (521 aa)
 initn: 1617 init1: 1539 opt: 1719  Z-score: 1727.5  bits: 329.3 E(85289): 1.7e-89
Smith-Waterman score: 1719; 52.1% identity (78.2% similar) in 537 aa overlap (1-526:1-518)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
       :. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
XP_011 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
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XP_011 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 KVLSFTIPSLSKPSIYHEPSTIGSMALTEGALCQHDLIRVVYSDLHPQRETFTAQNRFEV
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XP_011 KVLSFTIPSLSKPSVYHEPSSIGSMALTESALSQHGLSKVVYSGPHPQREMLTAQNRFEV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 LSFLMLCYNSAIVYMPASSYQSLCRMGSRVCVSGFPRQHEKHWKELCGRIVLDPEFMVQL
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XP_011 LTFLLLCYNAALTYMPSVSLQSLCQICSRICVCGYPRQHVRKYKGISSRIPVSSGFMVQM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 LTGVYYAMYNGQWDLGQEVLDDIIYRAQLELFSQPLLVANAMKNSLPFDAPDSTQEGQKV
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XP_011 LTGIYFAFYNGEWDLAQKALDDIIYRAQLELYPEPLLVANAIKASLPHGPMKSNKEGTRC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 LKVEVTPTVPRISRTAITTASIRRHRWRREGAEGVNGGEESVNLNDADEGFSSGASLSSQ
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XP_011 IQVEITPTSSRISRNAVTSMSIRGHRWKRHGNTELTGQEELMEISEVDEGFYSRAASSTS
              310       320       330       340       350       360

                370            380       390       400       410   
pF1KE0 PIGTKPSSS--SQRGSL-----RKVATGRSAKDKETASAIKSSESPRDSVVRKQYVQQPT
         : . ::   :.. :.     :. ..  ..:.:::     ..:: .:  .::: .:.  
XP_011 QSGLSNSSHNCSNKPSIGKNHRRSGGSKTGGKEKET-----TGESCKDHFARKQ-TQRAQ
              370       380       390            400        410    

           420       430       440       450       460             
pF1KE0 DLSVDSVELTPMKKHLSLPAGQVVPKINSLSLIRTASASSSKSFDYVNG----SQASTSI
       .   ...::  .:. :.: ..: .:: .: .: .::..  ::::. :.:     . :...
XP_011 S---ENLELLSLKR-LTLTTSQSLPKPSSHGLAKTAATVFSKSFEQVSGVTVPHNPSSAV
             420        430       440       450       460       470

     470       480       490       500       510       520         
pF1KE0 GVGTEGGTNLAANNANRYSTVSLQEDRLGQAGEGKELLSPGAPLTKQSRSPSFNMQLISQ
       : :       :...:::.:. ::::..:  ..:  ::  :    . :.: ::... :   
XP_011 GCG-------AGTDANRFSACSLQEEKLIYVSERTEL--PMKHQSGQQRPPSISITLSTD
                     480       490       500         510       520 

     530
pF1KE0 V

>>NP_115970 (OMIM: 610531,610532) hyccin [Homo sapiens]   (521 aa)
 initn: 1617 init1: 1539 opt: 1719  Z-score: 1727.5  bits: 329.3 E(85289): 1.7e-89
Smith-Waterman score: 1719; 52.1% identity (78.2% similar) in 537 aa overlap (1-526:1-518)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
       :. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
NP_115 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
       ::.:::.: .: .:::::::::.: :: ...::. .:.:::::::::.:::::.::.:..
NP_115 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 KVLSFTIPSLSKPSIYHEPSTIGSMALTEGALCQHDLIRVVYSDLHPQRETFTAQNRFEV
       ::::::::::::::.:::::.::::::::.:: :: : .::::  ::::: .::::::::
NP_115 KVLSFTIPSLSKPSVYHEPSSIGSMALTESALSQHGLSKVVYSGPHPQREMLTAQNRFEV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 LSFLMLCYNSAIVYMPASSYQSLCRMGSRVCVSGFPRQHEKHWKELCGRIVLDPEFMVQL
       :.::.::::.:..:::. : ::::.. ::.:: :.:::: ...: . .:: ..  ::::.
NP_115 LTFLLLCYNAALTYMPSVSLQSLCQICSRICVCGYPRQHVRKYKGISSRIPVSSGFMVQM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 LTGVYYAMYNGQWDLGQEVLDDIIYRAQLELFSQPLLVANAMKNSLPFDAPDSTQEGQKV
       :::.:.:.:::.:::.:..::::::::::::. .:::::::.: :::     :..:: . 
NP_115 LTGIYFAFYNGEWDLAQKALDDIIYRAQLELYPEPLLVANAIKASLPHGPMKSNKEGTRC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 LKVEVTPTVPRISRTAITTASIRRHRWRREGAEGVNGGEESVNLNDADEGFSSGASLSSQ
       ..::.:::  ::::.:.:. ::: :::.:.:   ..: :: ......:::: : :. :..
NP_115 IQVEITPTSSRISRNAVTSMSIRGHRWKRHGNTELTGQEELMEISEVDEGFYSRAASSTS
              310       320       330       340       350       360

                370            380       390       400       410   
pF1KE0 PIGTKPSSS--SQRGSL-----RKVATGRSAKDKETASAIKSSESPRDSVVRKQYVQQPT
         : . ::   :.. :.     :. ..  ..:.:::     ..:: .:  .::: .:.  
NP_115 QSGLSNSSHNCSNKPSIGKNHRRSGGSKTGGKEKET-----TGESCKDHFARKQ-TQRAQ
              370       380       390            400        410    

           420       430       440       450       460             
pF1KE0 DLSVDSVELTPMKKHLSLPAGQVVPKINSLSLIRTASASSSKSFDYVNG----SQASTSI
       .   ...::  .:. :.: ..: .:: .: .: .::..  ::::. :.:     . :...
NP_115 S---ENLELLSLKR-LTLTTSQSLPKPSSHGLAKTAATVFSKSFEQVSGVTVPHNPSSAV
             420        430       440       450       460       470

     470       480       490       500       510       520         
pF1KE0 GVGTEGGTNLAANNANRYSTVSLQEDRLGQAGEGKELLSPGAPLTKQSRSPSFNMQLISQ
       : :       :...:::.:. ::::..:  ..:  ::  :    . :.: ::... :   
NP_115 GCG-------AGTDANRFSACSLQEEKLIYVSERTEL--PMKHQSGQQRPPSISITLSTD
                     480       490       500         510       520 

     530
pF1KE0 V

>>XP_011513892 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hyccin i  (370 aa)
 initn: 1487 init1: 1461 opt: 1492  Z-score: 1502.4  bits: 287.2 E(85289): 6e-77
Smith-Waterman score: 1492; 62.6% identity (87.1% similar) in 348 aa overlap (1-348:1-346)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
       :. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
XP_011 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
       ::.:::.: .: .:::::::::.: :: ...::. .:.:::::::::.:::::.::.:..
XP_011 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 KVLSFTIPSLSKPSIYHEPSTIGSMALTEGALCQHDLIRVVYSDLHPQRETFTAQNRFEV
       ::::::::::::::.:::::.::::::::.:: :: : .::::  ::::: .::::::::
XP_011 KVLSFTIPSLSKPSVYHEPSSIGSMALTESALSQHGLSKVVYSGPHPQREMLTAQNRFEV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 LSFLMLCYNSAIVYMPASSYQSLCRMGSRVCVSGFPRQHEKHWKELCGRIVLDPEFMVQL
       :.::.::::.:..:::. : ::::.. ::.:: :.:::: ...: . .:: ..  ::::.
XP_011 LTFLLLCYNAALTYMPSVSLQSLCQICSRICVCGYPRQHVRKYKGISSRIPVSSGFMVQM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 LTGVYYAMYNGQWDLGQEVLDDIIYRAQLELFSQPLLVANAMKNSLPFDAPDSTQEGQKV
       :::.:.:.:::.:::.:..::::::::::::. .:::::::.: :::     :..:: . 
XP_011 LTGIYFAFYNGEWDLAQKALDDIIYRAQLELYPEPLLVANAIKASLPHGPMKSNKEGTRC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 LKVEVTPTVPRISRTAITTASIRRHRWRREGAEGVNGGEESVNLNDADEGFSSGASLSSQ
       ..::.:::  ::::.:.:. ::: :::.:.:  : .:.... . ::.:            
XP_011 IQVEITPTSSRISRNAVTSMSIRGHRWKRHG--GSKGSRQNSTSNDVDSVSCWNLQSLFK
              310       320       330         340       350        

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 PIGTKPSSSSQRGSLRKVATGRSAKDKETASAIKSSESPRDSVVRKQYVQQPTDLSVDSV
                                                                   
XP_011 YDLNCQKIVFKI                                                
      360       370                                                

>>XP_005249951 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hyccin i  (419 aa)
 initn: 1463 init1: 1463 opt: 1488  Z-score: 1497.6  bits: 286.5 E(85289): 1.1e-76
Smith-Waterman score: 1488; 54.2% identity (80.0% similar) in 421 aa overlap (1-419:1-413)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
       :. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
XP_005 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
       ::.:::.: .: .:::::::::.: :: ...::. .:.:::::::::.:::::.::.:..
XP_005 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
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