seq1 = pF1KB9960.tfa, 2067 bp
seq2 = pF1KB9960/gi568815596f_86006248.tfa (gi568815596f:86006248_86237141), 230894 bp

>pF1KB9960 2067
>gi568815596f:86006248_86237141 (Chr2)

1-104  (100001-100104)   100% ->
105-157  (102103-102155)   100% ->
158-194  (102253-102289)   100% ->
195-240  (104866-104911)   100% ->
241-309  (110283-110351)   100% ->
310-414  (110808-110912)   100% ->
415-538  (112674-112797)   100% ->
539-654  (115232-115347)   100% ->
655-716  (117454-117515)   100% ->
717-804  (118748-118835)   100% ->
805-865  (119208-119268)   100% ->
866-951  (119548-119633)   100% ->
952-1096  (120914-121058)   100% ->
1097-1147  (121694-121744)   100% ->
1148-1237  (124401-124490)   100% ->
1238-1266  (124831-124859)   100% ->
1267-1373  (126071-126177)   100% ->
1374-1452  (126931-127009)   100% ->
1453-1543  (127099-127189)   100% ->
1544-1629  (128045-128130)   100% ->
1630-1778  (128592-128740)   100% ->
1779-1820  (130274-130315)   100% ->
1821-1979  (130735-130893)   100% ->
1980-2067  (131222-131309)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTTGTATCTGCTGTTCGCTGGCTGGGCCTCCGCAGCAGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTTGTATCTGCTGTTCGCTGGCTGGGCCTCCGCAGCAGGCTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCCGCTGACGGGTCGGCGGGCGGGTTTGTGTGAACAGGCACGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCCGCTGACGGGTCGGCGGGCGGGTTTGTGTGAACAGGCACGCAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAG         ATTTTATTCTGGTAGTGCAACCCTCTCAAAGGTTGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGGTA...CAGATTTTATTCTGGTAGTGCAACCCTCTCAAAGGTTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAACTGATGTAACAG         GGATTGAAGAAGTAGTAATTCCAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102140 GGAACTGATGTAACAGGTA...TAGGGATTGAAGAAGTAGTAATTCCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAGAAAACTTG         GGATAAAGTAGCCGTTCTTCAGGCACTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102278 AAAGAAAACTTGGTA...TAGGGATAAAGTAGCCGTTCTTCAGGCACTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CATCCACAGTAAACAGG         GATACCACAGCTGTGCCTTATGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104895 CATCCACAGTAAACAGGGTA...CAGGATACCACAGCTGTGCCTTATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTTCAAGATGATCCTTACCTTATGCCAGCATCATCTTTGGAATCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110307 TTTCAAGATGATCCTTACCTTATGCCAGCATCATCTTTGGAATCTGTG..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    310     CGTTCATTTTTACTGGCAAAGAAATCCGGGGAGAATGTGGCCAAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110357 .TAGCGTTCATTTTTACTGGCAAAGAAATCCGGGGAGAATGTGGCCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTATTATTAATTCATACCCCAAATATTTTCAGAAGGACATAGCTGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110854 TTATTATTAATTCATACCCCAAATATTTTCAGAAGGACATAGCTGAACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CATATACCG         TGTTTAATGCCTGAGTACTTTGAACCTCAGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110904 CATATACCGGTA...TAGTGTTTAATGCCTGAGTACTTTGAACCTCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CAAAGACATAAGTGAAGCCGCCCTGAAGGAACGAATTGAGCTCAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112706 CAAAGACATAAGTGAAGCCGCCCTGAAGGAACGAATTGAGCTCAGAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCAAAGCCTCTGTGGACATGTTTGATCAGCTTTTGCAAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112756 TCAAAGCCTCTGTGGACATGTTTGATCAGCTTTTGCAAGCAGGTG...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539  GAACCACTGTGTCTCTTGAAACAACAAATAGTCTCTTGGATTTATTGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115231 GGAACCACTGTGTCTCTTGAAACAACAAATAGTCTCTTGGATTTATTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TTACTATGGTGACCAGGAGCCCTCAACTGATTACCATTTTCAACAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115281 TTACTATGGTGACCAGGAGCCCTCAACTGATTACCATTTTCAACAAACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GACAGTCAGAAGCATTG         GAAGAGGAAAATGATGAGACATCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115331 GACAGTCAGAAGCATTGGTA...CAGGAAGAGGAAAATGATGAGACATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGGAGGAAAGCTGGTCATCAGTTTGGAGTTACATGGCG         AGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117478 AGGAGGAAAGCTGGTCATCAGTTTGGAGTTACATGGCGGTA...TAGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AAAAAACAACGCTGAGAGAATCTTTTCTCTAATGCCAGAGAAAAATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118751 AAAAAACAACGCTGAGAGAATCTTTTCTCTAATGCCAGAGAAAAATGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ATTCCTATTGCACAATGATCCGAGGAATGGTGAAG         CACCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 118801 ATTCCTATTGCACAATGATCCGAGGAATGGTGAAGGTA...CAGCACCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GCTTATGAGCAGGCATTAAACTTGTACACTGAGTTACTAAACAACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119214 GCTTATGAGCAGGCATTAAACTTGTACACTGAGTTACTAAACAACAGACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CCATG         CTGATGTATACACATTTAATGCATTGATTGAAGCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119264 CCATGGTG...CAGCTGATGTATACACATTTAATGCATTGATTGAAGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 CAGTATGTGCGATAAATGAGAAATTTGAGGAAAAATGGAGTAAAATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119584 CAGTATGTGCGATAAATGAGAAATTTGAGGAAAAATGGAGTAAAATACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952          GAGCTGCTAAGACACATGGTTGCACAGAAGGTGAAACCAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119634 GTA...TAGGAGCTGCTAAGACACATGGTTGCACAGAAGGTGAAACCAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TCTTCAGACTTTTAATACCATTCTGAAATGTCTCCGAAGATTTCATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120955 TCTTCAGACTTTTAATACCATTCTGAAATGTCTCCGAAGATTTCATGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TTGCAAGATCGCCAGCCTTACAGGTTTTACGTGAAATGAAAGCCATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121005 TTGCAAGATCGCCAGCCTTACAGGTTTTACGTGAAATGAAAGCCATTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ATAG         AACCCTCGCTTGCAACATATCACCATATTATTCGCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121055 ATAGGTG...GAGAACCCTCGCTTGCAACATATCACCATATTATTCGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GTTTGATCAACCTG         GAGACCCTTTAAAGAGATCATCCTTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 121731 GTTTGATCAACCTGGTA...CAGGAGACCCTTTAAAGAGATCATCCTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 TCATTTATGATATAATGAATGAATTAATGGGAAAGAGATTTTCTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124428 TCATTTATGATATAATGAATGAATTAATGGGAAAGAGATTTTCTCCAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GACCCGGATGATG         ATAAGTTTTTTCAGTCAGCCATGAGCAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124478 GACCCGGATGATGGCA...CAGATAAGTTTTTTCAGTCAGCCATGAGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 A         TGCTCATCTCTCAGAGATCTAGAACTTGCCTACCAAGTAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124859 AGTA...CAGTGCTCATCTCTCAGAGATCTAGAACTTGCCTACCAAGTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 ATGGCCTTTTAAAAACCGGAGACAACTGGAAATTCATTGGACCTGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126111 ATGGCCTTTTAAAAACCGGAGACAACTGGAAATTCATTGGACCTGATCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 CATCGTAATTTCTATTA         TTCCAAGTTCTTCGATTTGATTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 126161 CATCGTAATTTCTATTAGTA...CAGTTCCAAGTTCTTCGATTTGATTTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1398 TCTAATGGAACAAATTGATGTTACCTTGAAGTGGTATGAGGACCTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126955 TCTAATGGAACAAATTGATGTTACCTTGAAGTGGTATGAGGACCTGATAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1448 CTTCA         GCCTACTTTCCCCACTCCCAAACAATGATACATCTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127005 CTTCAGTA...CAGGCCTACTTTCCCCACTCCCAAACAATGATACATCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489 CTCCAAGCATTGGATGTGGCCAATCGGCTAGAAGTGATTCCTAAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127135 CTCCAAGCATTGGATGTGGCCAATCGGCTAGAAGTGATTCCTAAAATTTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1539 GAAAG         ATAGTAAAGAATATGGTCATACTTTCCGCAGTGACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127185 GAAAGGTC...AAGATAGTAAAGAATATGGTCATACTTTCCGCAGTGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1580 TGAGAGAAGAGATCCTGATGCTCATGGCAAGGGACAAGCACCCACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128081 TGAGAGAAGAGATCCTGATGCTCATGGCAAGGGACAAGCACCCACCAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630          CTTCAGGTGGCATTTGCTGACTGTGCTGCTGATATCAAATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128131 GTA...CAGCTTCAGGTGGCATTTGCTGACTGTGCTGCTGATATCAAATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1671 TGCGTATGAAAGCCAACCCATCAGACAGACTGCTCAGGATTGGCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128633 TGCGTATGAAAGCCAACCCATCAGACAGACTGCTCAGGATTGGCCAGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1721 CCTCTCTCAACTGTATAGCTATCCTCTTTTTAAGGGCTGGGAGAACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128683 CCTCTCTCAACTGTATAGCTATCCTCTTTTTAAGGGCTGGGAGAACTCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1771 GAAGCCTG         GAAAATGTTGGGGCTTTTCAGGAAGCATAATAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128733 GAAGCCTGGTG...CAGGAAAATGTTGGGGCTTTTCAGGAAGCATAATAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1812 GATTCCTAG         AAGTGAGTTGCTGAATGAGCTTATGGACAGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 130307 GATTCCTAGGTA...CAGAAGTGAGTTGCTGAATGAGCTTATGGACAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1853 CAAAAGTGTCTAACAGCCCTTCCCAGGCCATTGAAGTAGTAGAGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130767 CAAAAGTGTCTAACAGCCCTTCCCAGGCCATTGAAGTAGTAGAGCTGGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1903 AGTGCCTTCAGCTTACCTATTTGTGAGGGCCTCACCCAGAGAGTAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130817 AGTGCCTTCAGCTTACCTATTTGTGAGGGCCTCACCCAGAGAGTAATGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1953 TGATTTTGCAATCAACCAGGAACAAAA         GGAAGCCCTAAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 130867 TGATTTTGCAATCAACCAGGAACAAAAGTA...CAGGGAAGCCCTAAGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1994 ATCTAACTGCATTGACCAGTGACAGTGATACTGACAGCAGCAGTGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131236 ATCTAACTGCATTGACCAGTGACAGTGATACTGACAGCAGCAGTGACAGC

   2250     .    :    .    :
   2044 GACAGTGACACCAGTGAAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||
 131286 GACAGTGACACCAGTGAAGGCAAA