Result of FASTA (omim) for pF1KB8844
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8844, 522 aa
  1>>>pF1KB8844 522 - 522 aa - 522 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4405+/-0.000462; mu= 18.4671+/- 0.028
 mean_var=119.7195+/-25.558, 0's: 0 Z-trim(113.3): 430  B-trim: 851 in 1/50
 Lambda= 0.117217
 statistics sampled from 21976 (22547) to 21976 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.264), width:  16
 Scan time:  9.980

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_016859475 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-ric ( 522) 3549 612.1 1.3e-174
NP_849161 (OMIM: 610867) leucine-rich repeat trans ( 522) 3549 612.1 1.3e-174
XP_016859476 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-ric ( 522) 3549 612.1 1.3e-174
NP_056379 (OMIM: 610868) leucine-rich repeat trans ( 516) 1667 293.8 8.1e-79
NP_821079 (OMIM: 610869) leucine-rich repeat trans ( 581) 1647 290.5 9.2e-78
NP_079269 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat trans ( 518) 1631 287.7 5.6e-77
NP_001269857 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 519) 1628 287.2 7.9e-77
NP_001128217 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 1627 287.1 9.6e-77
NP_001269853 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 1627 287.1 9.6e-77
NP_001317299 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 591) 1624 286.6 1.4e-76
NP_612490 (OMIM: 616236) chondroadherin-like prote ( 762)  496 96.0 4.3e-19
XP_005261427 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 771)  496 96.0 4.3e-19
XP_011528236 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 825)  416 82.5 5.3e-15
XP_011528235 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 830)  416 82.5 5.3e-15
XP_011528234 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 839)  416 82.5 5.4e-15
NP_001017403 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 967)  410 81.6 1.2e-14
NP_055632 (OMIM: 613356) TLR4 interactor with leuc ( 811)  406 80.8 1.7e-14
NP_001264155 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-co ( 883)  403 80.4 2.5e-14
NP_003658 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-conta ( 907)  389 78.0 1.3e-13
NP_612449 (OMIM: 608843) vasorin precursor [Homo s ( 673)  369 74.5 1.2e-12
XP_011530477 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 760)  369 74.5 1.2e-12
XP_016864008 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703)  362 73.3 2.7e-12
XP_016864009 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703)  362 73.3 2.7e-12
NP_001240656 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 784)  362 73.4 2.9e-12
NP_001073982 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545)  358 72.5 3.7e-12
XP_005269337 (OMIM: 603104) PREDICTED: carboxypept ( 545)  358 72.5 3.7e-12
NP_001278917 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545)  358 72.5 3.7e-12
XP_011530481 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 412)  355 71.8 4.3e-12
XP_011530478 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 733)  357 72.5   5e-12
XP_016864006 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 759)  357 72.5 5.1e-12
XP_016885213 (OMIM: 300106,301870) PREDICTED: bigl ( 368)  351 71.1 6.5e-12
NP_001702 (OMIM: 300106,301870) biglycan prepropro ( 368)  351 71.1 6.5e-12
NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo s ( 338)  349 70.7 7.7e-12
NP_001240657 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 724)  351 71.5   1e-11
XP_016864010 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 676)  350 71.3 1.1e-11
NP_067647 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 isofor ( 757)  350 71.3 1.2e-11
XP_011530476 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 783)  350 71.3 1.2e-11
XP_016864014 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 352)  344 69.9 1.4e-11
NP_963924 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuro ( 713)  347 70.8 1.6e-11
XP_016855539 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713)  347 70.8 1.6e-11
XP_005244884 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713)  347 70.8 1.6e-11
NP_006329 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuro ( 713)  347 70.8 1.6e-11
XP_011507368 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713)  347 70.8 1.6e-11
XP_016864012 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 385)  343 69.8 1.7e-11
NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605)  343 70.0 2.3e-11
NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643)  343 70.0 2.4e-11
NP_060150 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin iso ( 379)  340 69.3 2.4e-11
XP_016864013 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 361)  339 69.1 2.6e-11
XP_016864011 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 675)  338 69.2 4.4e-11
XP_016864007 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 756)  338 69.3 4.7e-11


>>XP_016859475 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-rich re  (522 aa)
 initn: 3549 init1: 3549 opt: 3549  Z-score: 3256.0  bits: 612.1 E(85289): 1.3e-174
Smith-Waterman score: 3549; 100.0% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 PHNLSGLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PHNLSGLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVRI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 FQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLCL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 RRNKVAIVVSSLDWVWNLEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPRIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RRNKVAIVVSSLDWVWNLEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPRIL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 NSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVYAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVYAF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 HLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFEPATVALPGGEHAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFEPATVALPGGEHAE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 NAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQKQKQTMHQM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQKQKQTMHQM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KB8 AAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
              490       500       510       520  

>>NP_849161 (OMIM: 610867) leucine-rich repeat transmemb  (522 aa)
 initn: 3549 init1: 3549 opt: 3549  Z-score: 3256.0  bits: 612.1 E(85289): 1.3e-174
Smith-Waterman score: 3549; 100.0% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 PHNLSGLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 PHNLSGLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 SSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVRI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 FQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 FQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLCL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 RRNKVAIVVSSLDWVWNLEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPRIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 RRNKVAIVVSSLDWVWNLEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPRIL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 NSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVYAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 NSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVYAF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 HLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFEPATVALPGGEHAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 HLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFEPATVALPGGEHAE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 NAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQKQKQTMHQM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 NAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQKQKQTMHQM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KB8 AAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_849 AAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
              490       500       510       520  

>>XP_016859476 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-rich re  (522 aa)
 initn: 3549 init1: 3549 opt: 3549  Z-score: 3256.0  bits: 612.1 E(85289): 1.3e-174
Smith-Waterman score: 3549; 100.0% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 PHNLSGLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PHNLSGLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELTL
               70        80        90       100       110       120

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_016 NAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQKQKQTMHQM
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
              490       500       510       520  

>>NP_056379 (OMIM: 610868) leucine-rich repeat transmemb  (516 aa)
 initn: 1959 init1: 776 opt: 1667  Z-score: 1536.0  bits: 293.8 E(85289): 8.1e-79
Smith-Waterman score: 1667; 47.6% identity (77.1% similar) in 525 aa overlap (6-522:1-516)

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pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
            .:: . : :  :  ...  ..  ..::::   .::  ::::  :.::.. ..  .
NP_056      MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSV
                    10        20        30        40        50     

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pF1KB8 PHNLS-GLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELT
       :.  . : ::::::.: ..::.  ::... :::::.::::.: .:. :::: : ..::: 
NP_056 PNATDKGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELI
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pF1KB8 LSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVR
       ::::.:  ::::::  . ::...:::.:.:..: :.::.::::: :::.:.:... .:::
NP_056 LSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTIPVR
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pF1KB8 IFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLC
       .: :::::.:::.. :.:.:::::.::::.:: :::::::.:.:.::::: :: :::.: 
NP_056 LFWDCRSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLF
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pF1KB8 LRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPR
       :. ::.. .. ...:.:. :::.::.::::. ..  ::::.:.:. : .:.:.:. .. .
NP_056 LQWNKISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSK
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pF1KB8 ILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVY
       :::: .:::.. :.::::.:.  .:::::::..::::.. .. : ::...::::.::::.
NP_056 ILNSLRSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVH
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pF1KB8 AFHLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFE-PAT--VALPG
       .:.:: . .  ..   . :.: :.    :..  :   ... . : :  : :.:  .:.  
NP_056 GFQLCWNLSTTVT---VMATTYRD----PTTEYTKRISSS-SYHVGDKEIPTTAGIAVTT
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pF1KB8 GEH---AENAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQK
        ::    .::.  ..:.::::::.:::.........: :: : .::..::: ..: ..: 
NP_056 EEHFPEPDNAIFTQRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQL
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pF1KB8 QKQTMHQMAAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
       ..::  .:. :: :  : .:.:.: :: ..::: ::.: :.: : .::::
NP_056 RSQTRLHMSNMSDQGPYNEYEPTH-EGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
       470       480       490        500       510      

>>NP_821079 (OMIM: 610869) leucine-rich repeat transmemb  (581 aa)
 initn: 1625 init1: 799 opt: 1647  Z-score: 1517.1  bits: 290.5 E(85289): 9.2e-78
Smith-Waterman score: 1647; 47.4% identity (78.3% similar) in 521 aa overlap (13-522:5-513)

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pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGA---CFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNL
                   ..:  :: .. :. :    . :: .:  :::. :::::...:::. .:
NP_821         MGFNVIRLLSGSAVALVIAPTVLLTMLSSAERGCPKGCRCEGKMVYCESQKL
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pF1KB8 TEAPHNLS-GLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVK
        : : ..: : ::::::::::..:. .:: :: :::::::::::: ... .::. .::.:
NP_821 QEIPSSISAGCLGLSLRYNSLQKLKYNQFKGLNQLTWLYLDHNHISNIDENAFNGIRRLK
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pF1KB8 ELTLSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFV
       :: ::::.:. . :.::::. :::..:::::.:..:. . :.::::: .::.:.:... .
NP_821 ELILSSNRISYFLNNTFRPVTNLRNLDLSYNQLHSLGSEQFRGLRKLLSLHLRSNSLRTI
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pF1KB8 PVRIFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLH
       :::::::::.:..::.:::...::::: :::...: :::::::.. :.:.: ::::.::.
NP_821 PVRIFQDCRNLELLDLGYNRIRSLARNVFAGMIRLKELHLEHNQFSKLNLALFPRLVSLQ
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pF1KB8 SLCLRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIE-YMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTY
       .: :. ::.... ....:.:. :...:::::::: .  : ::. ::.:: :.::::.::.
NP_821 NLYLQWNKISVIGQTMSWTWSSLQRLDLSGNEIEAFSGPSVFQCVPNLQRLNLDSNKLTF
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pF1KB8 IEPRILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVL
       :  .::.:: ::..:.::::.:.:.::.:.:..::..:.:  .... ::::.  :: .:.
NP_821 IGQEILDSWISLNDISLAGNIWECSRNICSLVNWLKSFKGLRENTIICASPKELQGVNVI
            300       310       320       330       340       350  

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pF1KB8 DAVYAFHLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFE-PATVAL
       :::  . .:  :         ...:.: ::.    . :      . .:..    : ::. 
NP_821 DAVKNYSIC--G---------KSTTERFDLARALPKPTFKPKLPRPKHESKPPLPPTVGA
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pF1KB8 --PGGEHAENA--VQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRR
         :: :   .:  ...::...:..::..: :...::.::::: .:::..::.:  . .:.
NP_821 TEPGPETDADAEHISFHKIIAGSVALFLSVLVILLVIYVSWKRYPASMKQLQQRSLMRRH
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pF1KB8 KQKQKQTMHQMAAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV       
       ..:..:...::.  :.::.::::::.. : . ...:  : :: ... .::::.       
NP_821 RKKKRQSLKQMTP-STQEFYVDYKPTNTETSEMLLNGTGPCTYNKSGSRECEIPLSMNVS
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NP_821 TFLAYDQPTISYCGVHHELLSHKSFETNAQEDTMETHLETELDLSTITTAGRISDHKQQL
              530       540       550       560       570       580

>>NP_079269 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat transmemb  (518 aa)
 initn: 950 init1: 822 opt: 1631  Z-score: 1503.1  bits: 287.7 E(85289): 5.6e-77
Smith-Waterman score: 1631; 46.7% identity (75.7% similar) in 522 aa overlap (6-522:1-518)

               10        20        30         40        50         
pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQ-MLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTE
            .:. :   :.  : ::: :: . .  :: .:  .::. :::.:...:::.  ...
NP_079      MGFHLITQLKGMS-VVLVLLPTLLLVMLTGAQRACPKNCRCDGKIVYCESHAFAD
                    10         20        30        40        50    

      60         70        80        90       100       110        
pF1KB8 APHNLSG-LLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKEL
        :.:.::   :::::.::...:...::.:: :: :::::::.: ::. :::: .::.:::
NP_079 IPENISGGSQGLSLRFNSIQKLKSNQFAGLNQLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRLKEL
           60        70        80        90       100       110    

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB8 TLSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPV
        ::::.:: : : ::.:.::::..::::::::.:  . :.:::::  ::.:.:... ::.
NP_079 ILSSNKITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKTVPI
          120       130       140       150       160       170    

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pF1KB8 RIFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSL
       :.:::::.: :::.:::.:.::.::.::::.:: :::::::.. :.::::::::..:.:.
NP_079 RVFQDCRNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAHFPRLFNLRSI
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pF1KB8 CLRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEP
        :. :..  . ..: :.:. :...:::::.:. .:: .:. .:.::.:.::::.:: :  
NP_079 YLQWNRIRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCLPNLQKLNLDSNKLTNISQ
          240       250       260       270       280       290    

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pF1KB8 RILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAV
       . .:.: :: ::::.::.:.:.:..: :  ::.::.:  .... ::.:.. ::: : :::
NP_079 ETVNAWISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGNKESTMICAGPKHIQGEKVSDAV
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NP_001 AEQEYEHVSFHKIIAGSVALFLSVAMILLVIYVSWKRYPASMKQLQQHSLMKRRRKKARE
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pF1KB8 TMHQMAAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV             
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