Result of FASTA (ccds) for pF1KB6430
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6430, 343 aa
  1>>>pF1KB6430 343 - 343 aa - 343 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2484+/-0.000828; mu= 16.9560+/- 0.050
 mean_var=74.9563+/-14.855, 0's: 0 Z-trim(108.0): 74  B-trim: 70 in 1/49
 Lambda= 0.148139
 statistics sampled from 9852 (9927) to 9852 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.305), width:  16
 Scan time:  2.560

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6               ( 338) 2320 505.0 3.5e-143
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6              ( 365) 1968 429.8 1.6e-120
CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6              ( 362) 1891 413.4 1.5e-115
CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6              ( 366) 1856 405.9 2.6e-113
CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6              ( 346) 1841 402.7 2.3e-112
CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6              ( 442) 1841 402.8 2.8e-112
CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6              ( 358) 1812 396.5 1.8e-110
CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6              ( 254) 1033 229.9 1.8e-60
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1             ( 341)  796 179.3 3.9e-45
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6            ( 337)  718 162.7 4.1e-40
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6             ( 348)  718 162.7 4.2e-40
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6            ( 325)  677 153.9 1.7e-37
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7            ( 298)  658 149.8 2.7e-36
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6             ( 260)  558 128.4 6.5e-30
CCDS56412.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6      ( 332)  508 117.8 1.3e-26
CCDS53440.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1            ( 249)  486 113.0 2.7e-25
CCDS53441.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1            ( 214)  485 112.7 2.8e-25
CCDS43449.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6           ( 383)  464 108.4 9.9e-24
CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1            ( 296)  436 102.4 5.1e-22
CCDS75423.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6           ( 351)  433 101.8 9.1e-22
CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19         ( 365)  415 97.9 1.3e-20
CCDS75421.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6      ( 235)  363 86.7 2.1e-17
CCDS4579.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6             ( 256)  360 86.1 3.5e-17
CCDS4581.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6             ( 168)  352 84.2 8.3e-17
CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1             ( 327)  332 80.2 2.7e-15
CCDS54975.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6            ( 246)  327 79.0 4.6e-15
CCDS54974.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6            ( 334)  327 79.1 5.8e-15
CCDS47386.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6            ( 242)  319 77.3 1.5e-14
CCDS75422.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6           ( 340)  296 72.5 5.8e-13
CCDS1175.1 CD1C gene_id:911|Hs108|chr1             ( 333)  268 66.5 3.6e-11


>>CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6                    (338 aa)
 initn: 2320 init1: 2320 opt: 2320  Z-score: 2684.1  bits: 505.0 E(32554): 3.5e-143
Smith-Waterman score: 2320; 100.0% identity (100.0% similar) in 338 aa overlap (6-343:1-338)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
            :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46      MVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
         120       130       140       150       160       170     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
         180       190       200       210       220       230     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
         240       250       260       270       280       290     

              310       320       330       340   
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
         300       310       320       330        

>>CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6                   (365 aa)
 initn: 1968 init1: 1968 opt: 1968  Z-score: 2277.0  bits: 429.8 E(32554): 1.6e-120
Smith-Waterman score: 1968; 82.8% identity (95.0% similar) in 338 aa overlap (6-343:1-338)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
            :.:::::::.:::::::.::.::::::::::: ..:::::::::::::.::::::
CCDS34      MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDT
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
       ::::::::.:  ::::::::.::::::::..::::.::..::::..: :::::::::::.
CCDS34 QFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAG
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
       :::.: : :::.:::::.::::.: :::::::.::::::::::::: ::::.::: :::.
CCDS34 SHTIQIMYGCDVGSDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAH
         120       130       140       150       160       170     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
        ::: ::::.:::::::.:::::::: :::.::::::.::::. :.::::::::::::::
CCDS34 EAEQLRAYLDGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPA
         180       190       200       210       220       230     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
       :: :::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: 
CCDS34 EITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLT
         240       250       260       270       280       290     

              310       320       330       340                    
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD                 
       :::. :: :::::.::.::::.:.::.:::.::::.::.::::                 
CCDS34 LRWELSSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQG
         300       310       320       330       340       350     

CCDS34 SDVSLTACKV
         360     

>>CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6                   (362 aa)
 initn: 1891 init1: 1891 opt: 1891  Z-score: 2188.1  bits: 413.4 E(32554): 1.5e-115
Smith-Waterman score: 1891; 81.0% identity (93.2% similar) in 337 aa overlap (6-342:1-337)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
            :.::::::..::::.::.:::::::::::::: ..::::::::::::..::::::
CCDS34      MLVMAPRTVLLLLSAALALTETWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDT
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
       ::::::::.: :: ::::::.::::::::...:.  ::.::::: .:..::::::::::.
CCDS34 QFVRFDSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSEAG
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
       ::::: : :::.: :::::::..:::::::::.::::::::::::::::::..:: ::: 
CCDS34 SHTLQSMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAAR
         120       130       140       150       160       170     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
        :::::::::: :::::.:::::::. :.:::::::::::::. :.::::::::::::::
CCDS34 EAEQRRAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPA
         180       190       200       210       220       230     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
       :: :::::::::::::.:::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::.:: 
CCDS34 EITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLT
         240       250       260       270       280       290     

              310       320       330       340                    
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD                 
       :::. ::  :.::.::::::.:::.:: ::.::::. :.:::                  
CCDS34 LRWEPSSQSTVPIVGIVAGLAVLAVVVIGAVVAAVMCRRKSSGGKGGSYSQAACSDSAQG
         300       310       320       330       340       350     

CCDS34 SDVSLTA
         360  

>>CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6                   (366 aa)
 initn: 1898 init1: 1821 opt: 1856  Z-score: 2147.6  bits: 405.9 E(32554): 2.6e-113
Smith-Waterman score: 1856; 80.2% identity (92.6% similar) in 338 aa overlap (6-342:1-338)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
            : :::::.:.:::::.:.:::::: :::::::..:::::::::::::..::::::
CCDS34      MRVMAPRALLLLLSGGLALTETWACSHSMRYFDTAVSRPGRGEPRFISVGYVDDT
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
       ::::::::.: :: :::::::::::::::..::.. : .::.::..:..::::::::: .
CCDS34 QFVRFDSDAASPRGEPRAPWVEQEGPEYWDRETQKYKRQAQADRVSLRNLRGYYNQSEDG
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
       ::::: : ::::: ::::::::.: :::::::.::::::::::::::::::..:: ::: 
CCDS34 SHTLQRMSGCDLGPDGRLLRGYDQSAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKLEAAR
         120       130       140       150       160       170     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
       .::: ::::::::::::.:::::::: ::::.::::::::::. :.::::::::::::::
CCDS34 AAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRAEPPKTHVTHHPLSDHEATLRCWALGFYPA
         180       190       200       210       220       230     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
       :: :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.::::: ::: 
CCDS34 EITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHMQHEGLQEPLT
         240       250       260       270       280       290     

              310       320        330       340                   
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAV-VTGAAVAAVLWRKKSSD                
       : :. :: ::::::::::::.::... : ::.:.:.. :.:::                 
CCDS34 LSWEPSSQPTIPIMGIVAGLAVLVVLAVLGAVVTAMMCRRKSSGGKGGSCSQAACSNSAQ
         300       310       320       330       340       350     

CCDS34 GSDESLITCKA
         360      

>>CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6                   (346 aa)
 initn: 1841 init1: 1841 opt: 1841  Z-score: 2130.7  bits: 402.7 E(32554): 2.3e-112
Smith-Waterman score: 1841; 79.1% identity (91.9% similar) in 335 aa overlap (9-343:1-335)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
               ::::.:.:::::::.::.:::::::.::::.:::::::::::.::. :::::
CCDS43         MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDT
                       10        20        30        40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
       ::.:::::.: :::::: ::::::::.:::  :  .::.:::::. :..:   ::::::.
CCDS43 QFLRFDSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAG
             60        70        80        90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
       ::::: : :::.: ::::::::.:.:::::::..:::::::::::::.:::..:  :: .
CCDS43 SHTLQGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEE
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
        ::. :.:::: :.: :.:::::::: ::::::::.::.:::. :.::::::::::::::
CCDS43 YAEEFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPA
            180       190       200       210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
       :: ::::::::.::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::.::.
CCDS43 EITLTWQRDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEGLPQPLI
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340              
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD           
       :::.::  :::::.:::::::::.::::::.::::.:::::::           
CCDS43 LRWEQSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
            300       310       320       330       340      

>>CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6                   (442 aa)
 initn: 1841 init1: 1841 opt: 1841  Z-score: 2129.2  bits: 402.8 E(32554): 2.8e-112
Smith-Waterman score: 1841; 79.1% identity (91.9% similar) in 335 aa overlap (9-343:1-335)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
               ::::.:.:::::::.::.:::::::.::::.:::::::::::.::. :::::
CCDS43         MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDT
                       10        20        30        40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
       ::.:::::.: :::::: ::::::::.:::  :  .::.:::::. :..:   ::::::.
CCDS43 QFLRFDSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAG
             60        70        80        90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
       ::::: : :::.: ::::::::.:.:::::::..:::::::::::::.:::..:  :: .
CCDS43 SHTLQGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEE
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
        ::. :.:::: :.: :.:::::::: ::::::::.::.:::. :.::::::::::::::
CCDS43 YAEEFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPA
            180       190       200       210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
       :: ::::::::.::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::.::.
CCDS43 EITLTWQRDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEGLPQPLI
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340                    
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD                 
       :::.::  :::::.:::::::::.::::::.::::.:::::::                 
CCDS43 LRWEQSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAAYSVVSG
            300       310       320       330       340       350  

CCDS43 NLMITWWSSLFLLGVLFQGYLGCLRSHSVLGRRKVGDMWILFFLWLWTSFNTAFLALQSL
            360       370       380       390       400       410  

>>CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6                   (358 aa)
 initn: 1812 init1: 1812 opt: 1812  Z-score: 2097.0  bits: 396.5 E(32554): 1.8e-110
Smith-Waterman score: 1812; 76.9% identity (92.2% similar) in 334 aa overlap (9-342:1-334)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
               :.  ::.:::: ::.::.:::::::..:: ..::::::::::::..::::::
CCDS34         MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDT
                       10        20        30        40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
       ::::::.:.: ::: :::::.:::: :::..:::...  ::  :.::.:::::::::::.
CCDS34 QFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAG
             60        70        80        90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
       ::::::: ::.:: :::.::::::.::::::::.::::::::::.:::::::..: . :.
CCDS34 SHTLQWMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDAS
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
        ::..::::: :::::::.:::.::: : . .::::::::::. :.::::::::::::::
CCDS34 EAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPA
            180       190       200       210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
       :: ::::.::: .:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. 
CCDS34 EITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVT
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340                    
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD                 
       :::: .: :::::.::.::::.:..::.::.::::.::::::                  
CCDS34 LRWKPASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQG
            300       310       320       330       340       350  

CCDS34 SESHSL
             

>>CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6                   (254 aa)
 initn: 1071 init1: 1028 opt: 1033  Z-score: 1199.3  bits: 229.9 E(32554): 1.8e-60
Smith-Waterman score: 1038; 54.9% identity (65.4% similar) in 335 aa overlap (9-343:1-243)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
               ::::.:.:::::::.::.:::::::.::::.:::::::::::.::. :::::
CCDS43         MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDT
                       10        20        30        40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEAS
       ::.:::::.: :::::: ::::::::.:::  :  .::.:::::. :..:   ::::::.
CCDS43 QFLRFDSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAG
             60        70        80        90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAAN
       ::::: : :::.: ::::::::.:.:::::::..:::::::::::::.:::..:  :: .
CCDS43 SHTLQGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEE
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VAEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPA
        ::. :.:::: :.: :.:::::::: ::::.                            
CCDS43 YAEEFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRAE----------------------------
            180       190       200                                

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 EIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLM
                                                                   
CCDS43 ------------------------------------------------------------
                                                                   

              310       320       330       340              
pF1KB6 LRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD           
           ::  :::::.:::::::::.::::::.::::.:::::::           
CCDS43 ----QSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
              210       220       230       240       250    

>>CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1                  (341 aa)
 initn: 703 init1: 383 opt: 796  Z-score: 923.7  bits: 179.3 E(32554): 3.9e-45
Smith-Waterman score: 796; 40.2% identity (69.5% similar) in 331 aa overlap (15-340:7-326)

               10         20        30        40        50         
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLL-LSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDD
                     ::: :  .: . .. . .::.:::  .:: : .: :.::..::::.
CCDS13         MGELMAFLLPLIIVLMVKHSDSRTHSLRYFRLGVSDPIHGVPEFISVGYVDS
                       10        20        30        40        50  

      60        70        80         90       100       110        
pF1KB6 TQFVRFDSDSACPRMEPRAPWV-EQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSE
         .. .::  .  . ::::::. :. .:..::. :.  ..  :  ...:. :. .::.: 
CCDS13 HPITTYDS--VTRQKEPRAPWMAENLAPDHWERYTQLLRGWQQMFKVELKRLQRHYNHS-
             60          70        80        90       100          

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB6 ASSHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEA
        .::: : ::::.:  ::    :. ::::::.:.: .:.:  :: :.:..:.  :.  ::
CCDS13 -GSHTYQRMIGCELLEDGSTT-GFLQYAYDGQDFLIFNKDTLSWLAVDNVAHTIKQAWEA
      110       120        130       140       150       160       

      180         190       200       210       220       230      
pF1KB6 ANVAE--QRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALG
        :  :   .. .::  :. ::.:.:: ::. :::..:: ..:... .:   ..: : : :
CCDS13 -NQHELLYQKNWLEEECIAWLKRFLEYGKDTLQRTEPPLVRVNRKETFPGVTALFCKAHG
        170       180       190       200       210       220      

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB6 FYPAEIILTWQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLP
       ::: :: .::...::. .:...  .  :.::::.: ::.. .     . :.:::.: :. 
CCDS13 FYPPEIYMTWMKNGEEIVQEIDYGDILPSGDGTYQAWASIELDPQSSNLYSCHVEHCGVH
        230       240       250       260       270       280      

        300       310        320       330       340               
pF1KB6 EPLMLRWKQSSLPTIP-IMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD            
         ..:.  : :  ::: .:  :.: .::. :..:  :....::..               
CCDS13 --MVLQVPQES-ETIPLVMKAVSGSIVLVIVLAG--VGVLVWRRRPREQNGAIYLPTPDR
          290        300       310         320       330       340 

>>CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6                 (337 aa)
 initn: 377 init1: 288 opt: 718  Z-score: 833.7  bits: 162.7 E(32554): 4.1e-40
Smith-Waterman score: 718; 36.2% identity (65.9% similar) in 337 aa overlap (11-342:7-335)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKTPRMVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDT
                 :  :.:.:  . .:      :::..:.  ..:.   :   : :.::::: 
CCDS75     MGPRARPALLLLMLLQTAVLQGRLLRSHSLHYLFMGASEQDLGLSLFEALGYVDDQ
                   10        20        30        40        50      

               70        80         90       100       110         
pF1KB6 QFVRFDSDSACPRMEPRAPWVEQE-GPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEA
        :: .: .:   :.:::.::: .. . ..: . ... :.  .   ... :.   .:.:. 
CCDS75 LFVFYDHESR--RVEPRTPWVSSRISSQMWLQLSQSLKGWDHMFTVDFWTIMENHNHSKE
         60          70        80        90       100       110    

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 SSHTLQWMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAA
       : :::: ..::..  :.   .:: .:.:::.:.: .  :  .: ::.  :  .: . :  
CCDS75 S-HTLQVILGCEMQEDNST-EGYWKYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERH
           120       130        140       150       160       170  

     180        190       200       210       220       230        
pF1KB6 NV-AEQRRAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFY
       .. :.: :::::  :   :.. :: :. .:..  :: ..:::: : .  .:::: ::..:
CCDS75 KIRARQNRAYLERDCPAQLQQLLELGRGVLDQQVPPLVKVTHH-VTSSVTTLRCRALNYY
            180       190       200       210        220       230 

      240       250       260          270       280       290     
pF1KB6 PAEIILTWQRDGEDQTQDVELVETR---PAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGL
       : .: . : .:   : .:..  : .   : ::::.: : ...:: ::::::::.:.: ::
CCDS75 PQNITMKWLKD--KQPMDAKEFEPKDVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVEHPGL
             240         250       260       270       280         

         300       310       320       330       340    
pF1KB6 PEPLMLRWKQSSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD 
        .::.. :. :   :. ..:...:..:.....  . .  .: ....:  
CCDS75 DQPLIVIWEPSPSGTL-VIGVISGIAVFVVILFIGILFIILRKRQGSSF
     290       300        310       320       330       




343 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 16:45:26 2016 done: Fri Nov  4 16:45:26 2016
 Total Scan time:  2.560 Total Display time:  0.040

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com