seq1 = pF1KB4540.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KB4540/gi568815593f_141878375.tfa (gi568815593f:141878375_142087787), 209413 bp

>pF1KB4540 1044
>gi568815593f:141878375_142087787 (Chr5)

1-456  (100001-100456)   100% ->
457-685  (101749-101977)   100% ->
686-858  (105006-105178)   100% ->
859-989  (106429-106559)   100% ->
990-1044  (109359-109413)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAATTTCTTAAGGAAGAGACCCTAGCATACTTGAATATTGTCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAATTTCTTAAGGAAGAGACCCTAGCATACTTGAATATTGTCTCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTTGAGCTCAAGATTGGTTCTCAGAAAAAAGTGCAGAGAAGGACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTTGAGCTCAAGATTGGTTCTCAGAAAAAAGTGCAGAGAAGGACAGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCTTCTCCCAACACAGAGCTAGATTTTGGAGGAGCTGCTGGATCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCTTCTCCCAACACAGAGCTAGATTTTGGAGGAGCTGCTGGATCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTAGACCAAGAGGAAATTGTGGATGAGAGAGCAGTGCAGGATGTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTAGACCAAGAGGAAATTGTGGATGAGAGAGCAGTGCAGGATGTGGAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTGTCAAATCTGATCCAGGAAATCTTGGACTTTGATCAAGCTCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTGTCAAATCTGATCCAGGAAATCTTGGACTTTGATCAAGCTCAGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAAAATGCTTTAATAGTAAATTGTTCCTGTGCAGTATCTGTTTCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAAAATGCTTTAATAGTAAATTGTTCCTGTGCAGTATCTGTTTCTGTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGCTGGGTAGTGAATGCATGTACTTCTTGGAGTGCAGGCATGTGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGCTGGGTAGTGAATGCATGTACTTCTTGGAGTGCAGGCATGTGTACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAAGCCTGTCTGAAGGACTACTTTGAAATCCAGATCAGAGATGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAAGCCTGTCTGAAGGACTACTTTGAAATCCAGATCAGAGATGGCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTCAATGCCTCAACTGCCCAGAACCAAAGTGCCCTTCGGTGGCCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTCAATGCCTCAACTGCCCAGAACCAAAGTGCCCTTCGGTGGCCACTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTCAG         GTCAAAGAGTTAGTGGAAGCAGAGTTATTTGCCCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTCAGGTA...CAGGTCAAAGAGTTAGTGGAAGCAGAGTTATTTGCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTATGACCGCCTTCTCCTCCAGTCCTCCTTGGACCTGATGGCAGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101784 TTATGACCGCCTTCTCCTCCAGTCCTCCTTGGACCTGATGGCAGATGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGTACTGCCCCCGGCCGTGCTGCCAGCTGCCTGTGATGCAGGAACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101834 TGTACTGCCCCCGGCCGTGCTGCCAGCTGCCTGTGATGCAGGAACCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGCACCATGGGTATCTGCTCCAGCTGCAATTTTGCCTTCTGTACTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101884 TGCACCATGGGTATCTGCTCCAGCTGCAATTTTGCCTTCTGTACTTTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAGGTTGACCTACCATGGGGTCTCCCCATGTAAGGTGACTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101934 CAGGTTGACCTACCATGGGGTCTCCCCATGTAAGGTGACTGCAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686    AGAAATTAATGGACTTACGAAATGAATACCTGCAAGCGGATGAGGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105003 TAGAGAAATTAATGGACTTACGAAATGAATACCTGCAAGCGGATGAGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AATAAAAGACTTTTGGATCAAAGGTATGGTAAGAGAGTGATTCAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105053 AATAAAAGACTTTTGGATCAAAGGTATGGTAAGAGAGTGATTCAGAAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACTGGAAGAGATGGAAAGTAAGGAGTGGCTAGAGAAGAACTCAAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105103 ACTGGAAGAGATGGAAAGTAAGGAGTGGCTAGAGAAGAACTCAAAGAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCCCATGTTGTGGAACTCCCATAGAG         AAATTAGACGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105153 GCCCATGTTGTGGAACTCCCATAGAGGTA...CAGAAATTAGACGGATGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AACAAGATGACATGTACTGGCTGTATGCAATATTTCTGTTGGATTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106444 AACAAGATGACATGTACTGGCTGTATGCAATATTTCTGTTGGATTTGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGGTTCTCTCTCTAGAGCAAACCCTTACAAACATTTCAATGACCCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106494 GGGTTCTCTCTCTAGAGCAAACCCTTACAAACATTTCAATGACCCTGGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CACCATGTTTTAACCG         GCTGTTTTATGCTGTGGATGTTGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106544 CACCATGTTTTAACCGGTA...CAGGCTGTTTTATGCTGTGGATGTTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :
   1015 GACGATATTTGGGAAGATGAGGTAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 109384 GACGATATTTGGGAAGATGAGGTAGAAGAC