seq1 = pF1KB3077.tfa, 786 bp
seq2 = pF1KB3077/gi568815589f_88326540.tfa (gi568815589f:88326540_88575274), 248735 bp

>pF1KB3077 786
>gi568815589f:88326540_88575274 (Chr9)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-101  (122402-122450)   100% ->
102-355  (135957-136210)   100% ->
356-589  (141833-142066)   100% ->
590-786  (148539-148735)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGACCCCATTCGGAAAGACACCTGGCCAGCGGTCCAGAGCTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGACCCCATTCGGAAAGACACCTGGCCAGCGGTCCAGAGCTGATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GCCATGCTGGAGTATCTGCCAACATGATGAAGAAGAGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTA...CAGGCCATGCTGGAGTATCTGCCAACATGATGAAGAAGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATCCCACAA         AAAACATCGGAGCAGTGTGGGTCCGAGCAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122441 CATCCCACAAGTA...CAGAAAACATCGGAGCAGTGTGGGTCCGAGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCTGTTTCCCAGCCCCGGCGGAACATCGTAGGCTGCAGGATTCAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135988 CCTGTTTCCCAGCCCCGGCGGAACATCGTAGGCTGCAGGATTCAGCATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTGGAAAGAGGGGAATGGCCCTGTTACCCAGTGGAAAGGAACCGTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136038 GTGGAAAGAGGGGAATGGCCCTGTTACCCAGTGGAAAGGAACCGTTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGGTGCCTGTAAATCCTTCTTTGTATCTTATAAAATACGATGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136088 ACCAGGTGCCTGTAAATCCTTCTTTGTATCTTATAAAATACGATGGATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTGTGTTTATGGACTAGAACTTAATAAAGATGAAAGAGTTTCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136138 GACTGTGTTTATGGACTAGAACTTAATAAAGATGAAAGAGTTTCTGCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAAGTCCTCCCTGATAGAGTTG         CGACATCTCGAATCAGCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 136188 TGAAGTCCTCCCTGATAGAGTTGGTA...CAGCGACATCTCGAATCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCACACTTGGCAGACACAATGATTGGCAAAGCAGTGGAACATATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141851 ATGCACACTTGGCAGACACAATGATTGGCAAAGCAGTGGAACATATGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGACAGAGGATGGTTCTAAAGATGAGTGGAGGGGAATGGTCTTAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141901 GAGACAGAGGATGGTTCTAAAGATGAGTGGAGGGGAATGGTCTTAGCACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCACCTGTCATGAACACATGGTTTTACATTACCTATGAGAAAGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141951 TGCACCTGTCATGAACACATGGTTTTACATTACCTATGAGAAAGACCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTGTACATGTACCAACTCTTAGATGATTACAAAGAAGGCGACCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142001 TCTTGTACATGTACCAACTCTTAGATGATTACAAAGAAGGCGACCTTCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTATGCCTGATTCCA         ATGATTCACCTCCAGCAGAAAGGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 142051 ATTATGCCTGATTCCAGTA...TAGATGATTCACCTCCAGCAGAAAGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCAGGAGAAGTTGTGGACAGCCTGGTAGGCAAACAAGTGGAATATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148564 ACCAGGAGAAGTTGTGGACAGCCTGGTAGGCAAACAAGTGGAATATGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGAAGATGGCTCGAAAAGGACTGGCATGGTCATTCATCAAGTAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148614 AAGAAGATGGCTCGAAAAGGACTGGCATGGTCATTCATCAAGTAGAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGCCCTCCGTCTATTTCATCAAGTTTGATGATGATTTCCATATTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148664 AAGCCCTCCGTCTATTTCATCAAGTTTGATGATGATTTCCATATTTATGT

    800     .    :    .    :
    765 CTACGATTTGGTGAAAACATCC
        ||||||||||||||||||||||
 148714 CTACGATTTGGTGAAAACATCC