seq1 = pF1KB3778.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KB3778/gi568815597r_205618283.tfa (gi568815597r:205618283_205829624), 211342 bp

>pF1KB3778 729
>gi568815597r:205618283_205829624 (Chr1)

(complement)

1-17  (79652-79668)   100% ->
18-67  (100004-100053)   100% ->
68-173  (101820-101925)   100% ->
174-229  (105644-105699)   100% ->
230-382  (108972-109124)   100% ->
383-532  (109949-110098)   100% ->
533-729  (111146-111342)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCGGCCTGTCAG         AAATAGGAAGGTTGTTGATTACTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  79652 ATGTCGCGGCCTGTCAGGTC...CAGAAATAGGAAGGTTGTTGATTACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACAGTTTCAGGAATCTGATGATGCAG         ATGAAGATTATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100028 ACAGTTTCAGGAATCTGATGATGCAGGTA...TAGATGAAGATTATGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GAGATTCGGGCCCTCCCACTAAGAAAATTCGATCATCTCCCCGAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101835 GAGATTCGGGCCCTCCCACTAAGAAAATTCGATCATCTCCCCGAGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAAATAAGAGGCGATCTGGAAAGAATTCACAGGAAGATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101885 AAAAATAAGAGGCGATCTGGAAAGAATTCACAGGAAGATAGGTA...TAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TGAGGACTCAGAAGACAAAGATGTGAAGACCAAGAAGGATGATTCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105644 TGAGGACTCAGAAGACAAAGATGTGAAGACCAAGAAGGATGATTCTCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGCAG         AGGATAGTGAAGATGAAAAAGAAGATCATAAAAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105694 CAGCAGGTA...CAGAGGATAGTGAAGATGAAAAAGAAGATCATAAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GTGCGCCAACAACGGCAGGCGGCATCTAAAGCAGCTTCTAAACAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109007 GTGCGCCAACAACGGCAGGCGGCATCTAAAGCAGCTTCTAAACAGAGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GATGCTCATGGAAGATGTGGGCAGTGAGGAAGAACAAGAAGAGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109057 GATGCTCATGGAAGATGTGGGCAGTGAGGAAGAACAAGAAGAGGAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGCACCATTCCAGGAGA         AAGATTCCGGCAGCGATGAAGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109107 AGGCACCATTCCAGGAGAGTA...CAGAAGATTCCGGCAGCGATGAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTCCTAATGGAAGATGATGACGATAGTGACTATGGCAGTTCGAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109972 TTCCTAATGGAAGATGATGACGATAGTGACTATGGCAGTTCGAAAAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAACAAAAAGATGGTTAAGAAGTCCAAACCTGAAAGAAAAGAAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110022 AAACAAAAAGATGGTTAAGAAGTCCAAACCTGAAAGAAAAGAAAAGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCCCAAACCCAGACTAAAGGCTACAG         TGACGCCAAGTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110072 TGCCCAAACCCAGACTAAAGGCTACAGGTA...CAGTGACGCCAAGTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGAAAGGCAAAGGGAAAGTGGGTCGCCCCACAGCTTCAAAGGCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111160 GTGAAAGGCAAAGGGAAAGTGGGTCGCCCCACAGCTTCAAAGGCATCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGAAAAGACTCCTTCTCCCAAAGAAGAAGATGAGGAACCGGAAAGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111210 GGAAAAGACTCCTTCTCCCAAAGAAGAAGATGAGGAACCGGAAAGCCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGAAAAGAAAACATCTACAAGCCCCCCACCCGAGAAATCTGGGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111260 CAGAAAAGAAAACATCTACAAGCCCCCCACCCGAGAAATCTGGGGATGAA

    750     .    :    .    :    .    :
    697 GGGTCTGAAGATGAAGCCCCTTCTGGGGAGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 111310 GGGTCTGAAGATGAAGCCCCTTCTGGGGAGGAT