seq1 = pF1KE1465.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KE1465/gi568815597r_203242346.tfa (gi568815597r:203242346_203448270), 205925 bp

>pF1KE1465 1128
>gi568815597r:203242346_203448270 (Chr1)

(complement)

1-979  (100001-100979)   100% ->
980-1128  (105777-105925)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTGGACCTCCCTCCTGCTGCTGGCAGGGCTCTTCTCCCTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGTGGACCTCCCTCCTGCTGCTGGCAGGGCTCTTCTCCCTCTCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCAGTATGAAGATGACCCTCATTGGTGGTTCCACTACCTCCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCAGTATGAAGATGACCCTCATTGGTGGTTCCACTACCTCCGCAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGTCCACCTACTACGATCCCTATGACCCTTACCCGTATGAGACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGTCCACCTACTACGATCCCTATGACCCTTACCCGTATGAGACCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCCTTACCCCTATGGGGTGGATGAAGGGCCAGCCTACACCTACGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCCTTACCCCTATGGGGTGGATGAAGGGCCAGCCTACACCTACGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCATCCCCTCCAGATCCCCGCGACTGCCCCCAGGAGTGCGACTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCATCCCCTCCAGATCCCCGCGACTGCCCCCAGGAGTGCGACTGCCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAACTTCCCCACGGCCATGTACTGTGACAATCGCAACCTCAAGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAACTTCCCCACGGCCATGTACTGTGACAATCGCAACCTCAAGTACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCTTCGTTCCCTCCCGCATGAAGTATGTGTACTTCCAGAACAACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCTTCGTTCCCTCCCGCATGAAGTATGTGTACTTCCAGAACAACCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCTCCATCCAGGAAGGCGTCTTTGACAATGCCACAGGGCTGCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCTCCATCCAGGAAGGCGTCTTTGACAATGCCACAGGGCTGCTCTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGCTCTCCACGGCAACCAGATCACCAGTGATAAGGTGGGCAGGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGCTCTCCACGGCAACCAGATCACCAGTGATAAGGTGGGCAGGAAGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCTCCAAGCTGAGGCACCTGGAGAGGCTGTACCTGGACCACAACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCTCCAAGCTGAGGCACCTGGAGAGGCTGTACCTGGACCACAACAACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GACCCGGATGCCCGGTCCCCTGCCTCGATCCCTGAGAGAGCTCCATCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GACCCGGATGCCCGGTCCCCTGCCTCGATCCCTGAGAGAGCTCCATCTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCACAACCAGATCTCACGGGTCCCCAACAATGCTCTGGAGGGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCACAACCAGATCTCACGGGTCCCCAACAATGCTCTGGAGGGGCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACCTCACGGCCTTGTACCTCCAACACAATGAGATCCAGGAAGTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACCTCACGGCCTTGTACCTCCAACACAATGAGATCCAGGAAGTGGGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCCATGAGGGGCCTCCGGTCACTGATCTTGCTGGACCTGAGTTATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTCCATGAGGGGCCTCCGGTCACTGATCTTGCTGGACCTGAGTTATAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCTTCGGAAGGTGCCTGATGGGCTGCCCTCAGCTCTTGAGCAGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACCTTCGGAAGGTGCCTGATGGGCTGCCCTCAGCTCTTGAGCAGCTGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATGGAGCACAACAATGTCTACACCGTCCCCGATAGCTACTTCCGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATGGAGCACAACAATGTCTACACCGTCCCCGATAGCTACTTCCGGGGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCCAAGCTGCTGTATGTGCGGCTGTCCCACAACAGTCTAACCAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCCCAAGCTGCTGTATGTGCGGCTGTCCCACAACAGTCTAACCAACAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCTGGCCTCCAACACCTTCAATTCCAGCAGCCTCCTTGAGCTAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCCTGGCCTCCAACACCTTCAATTCCAGCAGCCTCCTTGAGCTAGACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCCTACAACCAGCTGCAGAAGATCCCCCCAGTCAACACCAACCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCCTACAACCAGCTGCAGAAGATCCCCCCAGTCAACACCAACCTGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTCTACCTCCAAGGCAATAGGATCAATG         AGTTCTCCATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100951 CCTCTACCTCCAAGGCAATAGGATCAATGGTG...CAGAGTTCTCCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCAGCTTCTGCACCGTGGTGGACGTCGTGAACTTCTCCAAGCTGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105789 GCAGCTTCTGCACCGTGGTGGACGTCGTGAACTTCTCCAAGCTGCAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTGCGCCTGGACGGGAACGAGATCAAGCGCAGCGCCATGCCTGCCGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105839 CTGCGCCTGGACGGGAACGAGATCAAGCGCAGCGCCATGCCTGCCGACGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1092 GCCCCTCTGCCTGCGCCTTGCCAGCCTCATCGAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105889 GCCCCTCTGCCTGCGCCTTGCCAGCCTCATCGAGATC