Result of FASTA (ccds) for pF1KB5994
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5994, 609 aa
  1>>>pF1KB5994 609 - 609 aa - 609 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5991+/-0.000952; mu= 18.0120+/- 0.057
 mean_var=70.0500+/-13.769, 0's: 0 Z-trim(104.3): 29  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.153239
 statistics sampled from 7839 (7854) to 7839 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.241), width:  16
 Scan time:  2.740

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3555.1 ALB gene_id:213|Hs108|chr4              ( 609) 4118 919.9       0
CCDS3556.1 AFP gene_id:174|Hs108|chr4              ( 609) 1727 391.3  2e-108
CCDS3557.1 AFM gene_id:173|Hs108|chr4              ( 599) 1452 330.5 3.9e-90
CCDS3550.1 GC gene_id:2638|Hs108|chr4              ( 474)  593 140.5 4.7e-33
CCDS56332.1 GC gene_id:2638|Hs108|chr4             ( 493)  593 140.5 4.9e-33


>>CCDS3555.1 ALB gene_id:213|Hs108|chr4                   (609 aa)
 initn: 4118 init1: 4118 opt: 4118  Z-score: 4916.9  bits: 919.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4118; 100.0% identity (100.0% similar) in 609 aa overlap (1-609:1-609)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 ERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELLF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 FAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWAV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 ARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKLK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 ECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYAR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 RHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 QLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 LNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICTL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 SEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKLV
              550       560       570       580       590       600

                
pF1KB5 AASQAALGL
       :::::::::
CCDS35 AASQAALGL
                

>>CCDS3556.1 AFP gene_id:174|Hs108|chr4                   (609 aa)
 initn: 2021 init1: 1666 opt: 1727  Z-score: 2060.1  bits: 391.3 E(32554): 2e-108
Smith-Waterman score: 1727; 40.0% identity (71.0% similar) in 610 aa overlap (1-609:1-609)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
       ::::  : :.::.. . :: . : .   . .   ..  .: ..  :. : :::..:.  .
CCDS35 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATY
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP
       ..  :.:...    .  ..::.. .: ..    : ..::    . : ::. .:::...: 
CCDS35 KEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGH-SDCCSQSEE
               70        80        90       100       110          

              130        140       150       160       170         
pF1KB5 ERNECFLQHKDDNP-NLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELL
        :..::: ::  .: ..: .  ::  . : :.....:::..:..::::::::..::: .:
CCDS35 GRHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTIL
     120       130       140       150       160       170         

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 FFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWA
       ..: ::   .  ::.: . . :.  :   .  : . ::  ..  :: ...:: :.:.: .
CCDS35 LWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAIT
     180       190       200       210       220       230         

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB5 VARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKL
       :..:::.: :..:.:..::: :...:: .::.::.:.: .:   . .::: .::..:.:.
CCDS35 VTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKI
     240       250       260       270       280       290         

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB5 KECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYA
        :::.   ::...:: ..:::: :  :      :. ..:  .  .  :..::. :..::.
CCDS35 TECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEYS
     300       310       320       330       340       350         

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB5 RRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCELF
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CCDS35 RRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGLF
     360       370       380       390       400       410         

     420       430       440       450       460       470         
pF1KB5 EQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSV
       ..:::: .:::.:: ::::.::...  :. ..:... ... ::.  : : . :.:   ..
CCDS35 QKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAADI
     420       430       440       450       460       470         

     480       490       500       510       520       530         
pF1KB5 VLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADICT
       ....::. :: :::.  : .::: : .:::::::.: :::::::  :. . : :: :.: 
CCDS35 IIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLCQ
     480       490       500       510       520       530         

     540       550       560       570       580       590         
pF1KB5 LSEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKKL
        .    :  ::  :..:::.::. :.:::.::. ::....::::.....:.::::::.::
CCDS35 AQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQKL
     540       550       560       570       580       590         

     600         
pF1KB5 VAASQAALGL
       .. ..::::.
CCDS35 ISKTRAALGV
     600         

>>CCDS3557.1 AFM gene_id:173|Hs108|chr4                   (599 aa)
 initn: 1413 init1: 1023 opt: 1452  Z-score: 1731.6  bits: 330.5 E(32554): 3.9e-90
Smith-Waterman score: 1452; 35.5% identity (69.0% similar) in 603 aa overlap (1-599:4-597)

                  10        20        30        40        50       
pF1KB5    MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQ
          .: . :: .::... . .  .  :: .. . ...:    :.:.. ...::::::.:.
CCDS35 MKLLKLTGFIFFLFFLTESLTLPTQPRDIENFNSTQKFI---EDNIEYITIIAFAQYVQE
               10        20        30           40        50       

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB5 CPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAK
         ::.  :::....:.   :.::..  .:.:  .... .:.:..  : . .. .. ::.:
CCDS35 ATFEEMEKLVKDMVEYKDRCMADKTLPECSKLPNNVLQEKICAMEGLPQKHN-FSHCCSK
        60        70        80        90       100        110      

       120       130           140       150       160       170   
pF1KB5 QEPERNECFLQHKDDN----PNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYF
        . .:  ::. .: ..    : .: :  ::    : :...:.:..:...:::.:::.:. 
CCDS35 VDAQRRLCFFYNKKSDVGFLPPFPTL-DPEEK--CQAYESNRESLLNHFLYEVARRNPFV
        120       130       140          150       160       170   

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB5 YAPELLFFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGER
       .:: ::  : ... .   ::.  .:. ::  .   . .  :: :. :.  :..: ::: .
CCDS35 FAPTLLTVAVHFEEVAKSCCEEQNKVNCLQTRAIPVTQYLKAFSSYQKHVCGALLKFGTK
           180       190       200       210       220       230   

           240       250       260       270       280       290   
pF1KB5 AFKAWAVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQD
       . .   .: :::.::: :: :. .:: :... .  ::.::...:  : . . ..:: .::
CCDS35 VVHFIYIAILSQKFPKIEFKELISLVEDVSSNYDGCCEGDVVQCIRDTSKVMNHICSKQD
           240       250       260       270       280       290   

           300       310       320       330       340       350   
pF1KB5 SISSKLKECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGM
       :::::.:::::: . :...:: . ..:. : ::    . :..:..::..     :.:.. 
CCDS35 SISSKIKECCEKKIPERGQCIINSNKDDRPKDLSLREGKFTDSENVCQERDADPDTFFAK
           300       310       320       330       340       350   

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB5 FLYEYARRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIK
       : .::.::::: :.  :::... :.  :..:: . .:  ::  . :.:.  .:.  ....
CCDS35 FTFEYSRRHPDLSIPELLRIVQIYKDLLRNCCNTENPPGCYRYAEDKFNETTEKSLKMVQ
           360       370       380       390       400       410   

           420       430       440       450       460       470   
pF1KB5 QNCELFEQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCA
       :.:. :..::.  ..   :.: :: .::.::  :: .....  . . ::   :  .. :.
CCDS35 QECKHFQNLGKDGLKYHYLIRLTKIAPQLSTEELVSLGEKMVTAFTTCCTLSE--EFACV
           420       430       440       450       460         470 

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pF1KB5 EDYLSVVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTF
       ..  ..:...:: ..:.  ..  : .::  ... ::::: .:..:.::::  :. . :::
CCDS35 DNLADLVFGELCGVNENRTINPAVDHCCKTNFAFRRPCFESLKADKTYVPPPFSQDLFTF
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pF1KB5 HADICTLSEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFA
       :::.:  ...: : : .  ::.::: : . : :.:.... .::  :.:::::.. :.:: 
CCDS35 HADMCQSQNEELQRKTDRFLVNLVKLKHELTDEELQSLFTNFANVVDKCCKAESPEVCFN
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           600         
pF1KB5 EEGKKLVAASQAALGL
       ::. :.          
CCDS35 EESPKIGN        
                       

>>CCDS3550.1 GC gene_id:2638|Hs108|chr4                   (474 aa)
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pF1KB5 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
       :: :  . :   :. :  ::   :: .:..: ..:. ::.:.: .: :. ... . .  :
CCDS35 MKRVLVLLLAVAFGHALERG---RDYEKNKVCKEFSHLGKEDFTSLSLVLYSRKFPSGTF
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       :.  .::.::. ....: :. .  .:  .  . .. : :   .   ..   :.::.:.  
CCDS35 EQVSQLVKEVVSLTEACCAEGADPDCYDTRTSALSAKSCESNSPFPVHPGTAECCTKEGL
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       ::. :.   : .  ..:  :.:  : .: ::. . . . .....: .    :  ::  :.
CCDS35 ERKLCMAALKHQPQEFPTYVEPTNDEICEAFRKDPKEYANQFMWEYSTN--YGQAPLSLL
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pF1KB5 --FAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAW
         ..: : .    :: .:. ..:.: .  .:.  .  .. ..:. :..   .::.  .  
CCDS35 VSYTKSYLSMVGSCCTSASPTVCFLKERLQLKHLSLLTTLSNRV-CSQYAAYGEKKSRLS
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pF1KB5 AVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLEC-ADDRADLAKYICENQDSISS
        . .:.:. : :.. .:  :. :.:.. ..::..   .: : .  . .  .:.: .. .:
CCDS35 NLIKLAQKVPTADLEDVLPLAEDITNILSKCCESASEDCMAKELPEHTVKLCDNLSTKNS
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pF1KB5 KLKECC-EKPLLEKSHCIAEVENDEMPADLPSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLY
       :...:: ::  ..   :   .   ..: .::..  ..  .:::: . ...:   .  . .
CCDS35 KFEDCCQEKTAMDVFVCTYFMPAAQLP-ELPDV--ELPTNKDVC-DPGNTK--VMDKYTF
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pF1KB5 EYARR-H-PDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVE-EPQNLIK
       : .:: : :.   :.: .. .    .: .:: . :   :    :.   ::.. : ...: 
CCDS35 ELSRRTHLPE---VFLSKVLEPTLKSLGECCDVEDSTTC----FNAKGPLLKKELSSFID
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pF1KB5 QNCELFEQLGEYKF---QNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRM
       .. ::  . .:  :   .. :  :   :.:...   :...  . .  .:.::        
CCDS35 KGQELCADYSENTFTEYKKKLAERLKAKLPDATPTELAKLVNKHSDFASNCCSINSPPLY
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pF1KB5 PCAEDYLSVVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAET
                                                                   
CCDS35 CDSEIDAELKNIL                                               
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>>CCDS56332.1 GC gene_id:2638|Hs108|chr4                  (493 aa)
 initn: 424 init1: 302 opt: 593  Z-score: 706.6  bits: 140.5 E(32554): 4.9e-33
Smith-Waterman score: 596; 25.4% identity (58.3% similar) in 472 aa overlap (1-462:20-472)

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pF1KB5                    MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEE
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CCDS56 MLWSWSEERGGAARLSGRKMKRVLVLLLAVAFGHALERG---RDYEKNKVCKEFSHLGKE
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pF1KB5 NFKALVLIAFAQYLQQCPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTV
       .: .: :. ... . .  ::.  .::.::. ....: :. .  .:  .  . .. : :  
CCDS56 DFTSLSLVLYSRKFPSGTFEQVSQLVKEVVSLTEACCAEGADPDCYDTRTSALSAKSCES
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pF1KB5 ATLRETYGEMADCCAKQEPERNECFLQHKDDNPNLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKK
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CCDS56 NSPFPVHPGTAECCTKEGLERKLCMAALKHQPQEFPTYVEPTNDEICEAFRKDPKEYANQ
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pF1KB5 YLYEIARRHPYFYAPELLF--FAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAK
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CCDS56 FMWEYSTN--YGQAPLSLLVSYTKSYLSMVGSCCTSASPTVCFLKERLQLKHLSLLTTLS
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pF1KB5 QRLKCASLQKFGERAFKAWAVARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLEC-A
       .:. :..   .::.  .   . .:.:. : :.. .:  :. :.:.. ..::..   .: :
CCDS56 NRV-CSQYAAYGEKKSRLSNLIKLAQKVPTADLEDVLPLAEDITNILSKCCESASEDCMA
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CCDS56 KELPEHTVKLCDNLSTKNSKFEDCCQEKTAMDVFVCTYFMPAAQLP-ELPDV--ELPTNK
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pF1KB5 DVCKNYAEAKDVFLGMFLYEYARR-H-PDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYA
       ::: . ...:   .  . .: .:: : :.   :.: .. .    .: .:: . :   :  
CCDS56 DVC-DPGNTK--VMDKYTFELSRRTHLPE---VFLSKVLEPTLKSLGECCDVEDSTTC--
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pF1KB5 RNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLSVVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPC
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CCDS56 NKHSDFASNCCSINSPPLYCDSEIDAELKNIL                            
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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