seq1 = pF1KE6414.tfa, 1434 bp
seq2 = pF1KE6414/gi568815586f_59604802.tfa (gi568815586f:59604802_59879676), 274875 bp

>pF1KE6414 1434
>gi568815586f:59604802_59879676 (Chr12)

1-217  (100001-100217)   100% ->
218-361  (166418-166561)   100% ->
362-1180  (169856-170674)   100% ->
1181-1434  (174622-174875)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACCAATGCCAAGTGCCCCACCTGTGCATCCACCTCCAGATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCACCAATGCCAAGTGCCCCACCTGTGCATCCACCTCCAGATGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGGGGTTGGATTGTGGTTGGAGCAGCTTTTATCTCCATTGGATTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGGGGTTGGATTGTGGTTGGAGCAGCTTTTATCTCCATTGGATTTTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCATTCCCCAAAGCTGTCACCGTATTCTTCAAAGAAATTCAGCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGCATTCCCCAAAGCTGTCACCGTATTCTTCAAAGAAATTCAGCAAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCACACTACCTACAGTGAAATAGCATGGATTTCATCCATTATGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCACACTACCTACAGTGAAATAGCATGGATTTCATCCATTATGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTTATGTACGCAGGAG         GTCCTGTAAGTAGTGTTTTGGTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTTATGTACGCAGGAGGTA...TAGGTCCTGTAAGTAGTGTTTTGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATAAATACGGCAGCCGGCCGGTGGTGATAGCAGGAGGCTTATTATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166442 ATAAATACGGCAGCCGGCCGGTGGTGATAGCAGGAGGCTTATTATGCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTGGAATGGTGTTGGCCTCCTTTAGTAGCAGCGTGGTACAGCTGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166492 CTTGGAATGGTGTTGGCCTCCTTTAGTAGCAGCGTGGTACAGCTGTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACTATGGGATTCATTACAG         GTTTAGGTTTAGCCTTCAACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 166542 CACTATGGGATTCATTACAGGTA...TAGGTTTAGGTTTAGCCTTCAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCAACCCGCCTTAACCATAATTGGCAAATACTTCTATAGGAAGCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169877 TGCAACCCGCCTTAACCATAATTGGCAAATACTTCTATAGGAAGCGACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGGCAAATGGATTGGCCATGGCAGGAAGTCCTGTTTTCTTAAGTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169927 ATGGCAAATGGATTGGCCATGGCAGGAAGTCCTGTTTTCTTAAGTTCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCTCCTTTCAATCAGTACCTTTTTAATACTTTTGGCTGGAAAGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169977 GGCTCCTTTCAATCAGTACCTTTTTAATACTTTTGGCTGGAAAGGAAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTGATTTTGGGAAGTCTACTTTTGAATGCCTGTGTGGCTGGTTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170027 TCCTGATTTTGGGAAGTCTACTTTTGAATGCCTGTGTGGCTGGTTCCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATGAGACCCCTTGGACCCAATCAAACCACTTCTAAGTCTAAAAATAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170077 ATGAGACCCCTTGGACCCAATCAAACCACTTCTAAGTCTAAAAATAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGGCAAAACAGAAGATGATTCAAGCCCAAAGAAAATCAAAACGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170127 TGGCAAAACAGAAGATGATTCAAGCCCAAAGAAAATCAAAACGAAGAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAACTTGGGAAAAAGTTAATAAGTATTTAGATTTCTCCCTTTTTAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170177 CAACTTGGGAAAAAGTTAATAAGTATTTAGATTTCTCCCTTTTTAAGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGAGGATTTCTGATATATCTGTCTGGAAATGTCATTATGTTCCTAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170227 AGAGGATTTCTGATATATCTGTCTGGAAATGTCATTATGTTCCTAGGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTTTGCCCCCATTATATTCTTGGCTCCATATGCTAAAGACCAAGGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170277 TTTTGCCCCCATTATATTCTTGGCTCCATATGCTAAAGACCAAGGAATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATGAGTACTCGGCAGCTTTTCTGCTATCTGTTATGGCTTTCGTTGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170327 ATGAGTACTCGGCAGCTTTTCTGCTATCTGTTATGGCTTTCGTTGATATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTTGCTAGGCCTTCTGTAGGATTAATTGCAAACTCCAAATATATTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170377 TTTGCTAGGCCTTCTGTAGGATTAATTGCAAACTCCAAATATATTCGACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCGAATTCAGTACTTCTTCAGTTTTGCAATCATGTTCAATGGAGTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170427 TCGAATTCAGTACTTCTTCAGTTTTGCAATCATGTTCAATGGAGTGTGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACCTCTTGTGCCCACTGGCACAGGACTACACAAGCCTGGTATTATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170477 ACCTCTTGTGCCCACTGGCACAGGACTACACAAGCCTGGTATTATATGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GTATTTTTTGGCCTTGGATTTGGGAGTGTTAGCAGTGTTCTCTTTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170527 GTATTTTTTGGCCTTGGATTTGGGAGTGTTAGCAGTGTTCTCTTTGAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCTCATGGACCTCGTGGGTGCACCAAGATTTTCCAGTGCCGTCGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170577 TCTCATGGACCTCGTGGGTGCACCAAGATTTTCCAGTGCCGTCGGACTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TCACAATTGTGGAGTGTGGCCCAGTTCTTCTTGGCCCTCCTCTTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 170627 TCACAATTGTGGAGTGTGGCCCAGTTCTTCTTGGCCCTCCTCTTGCAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1181        GTAAATTGGTGGATTTAACTGGAGAATATAAATACATGTACAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170677 A...TAGGTAAATTGGTGGATTTAACTGGAGAATATAAATACATGTACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GTCCTGTGGGGCTATTGTGGTAGCAGCAAGCGTGTGGCTGCTCATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174665 GTCCTGTGGGGCTATTGTGGTAGCAGCAAGCGTGTGGCTGCTCATTGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ATGCTATCAACTATAGATTGCTTGCAAAGGAAAGGAAGGAGGAAAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174715 ATGCTATCAACTATAGATTGCTTGCAAAGGAAAGGAAGGAGGAAAATGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AGGCAGAAGACCAGAGAATCTGAACCCTTGAGCAAATCTAAACATTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174765 AGGCAGAAGACCAGAGAATCTGAACCCTTGAGCAAATCTAAACATTCGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGATGTTAACGTCAAAGTTTCAAATGCACAGAGTGTAACCTCAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174815 AGATGTTAACGTCAAAGTTTCAAATGCACAGAGTGTAACCTCAGAAAGAG

   1450     .    :
   1424 AAACTAACATT
        |||||||||||
 174865 AAACTAACATT