seq1 = pF1KB5859.tfa, 1380 bp
seq2 = pF1KB5859/gi568815586f_43668112.tfa (gi568815586f:43668112_43886559), 218448 bp

>pF1KB5859 1380
>gi568815586f:43668112_43886559 (Chr12)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-307  (103109-103254)   99% ->
308-490  (104069-104251)   100% ->
491-651  (104801-104961)   100% ->
652-716  (105854-105918)   100% ->
717-831  (109519-109633)   100% ->
832-941  (110082-110191)   100% ->
942-1125  (114196-114379)   100% ->
1126-1188  (115551-115613)   100% ->
1189-1347  (118288-118446)   100% ->
1348-1380  (118569-118601)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAAACCCATAACACCATCAACATATGTGCGCTGCCTCAATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACAAACCCATAACACCATCAACATATGTGCGCTGCCTCAATGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTAATTAGGAAGCTGTCAGATTTTATTGATCCTCAAGAAGGATGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTAATTAGGAAGCTGTCAGATTTTATTGATCCTCAAGAAGGATGGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTAGCTGTAGCTATTAAAAAACCATCTGGTGATGATAGATACAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTAGCTGTAGCTATTAAAAAACCATCTGGTGATGATAGATACAATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTCACATAAG         GAGATTTGAAGCATTACTTCAAACTGGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTCACATAAGGTA...AAGGAGATTTGAAGCATTACTTCAAACTGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTCCCACTTCTGAATTACTGTTTGACTGGGGCACCACAAATTGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103139 AAGTCCCACTTCTGAATTACTGTTTGACTGGGGCACCACAAATTGCACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGTGATCTTGTGGATCTTTTGATCCAAAATGAATTTTTTGCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 103189 TTGGTGATCTTGTGGATCTTTTGATCCAAAATGAATTTTTTGCTCCTGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGTCTTTTGCTCCCAG         ATGCTGTTCCCAAAACTGCTAATAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103239 AGTCTTTTGCTCCCAGGTA...TAGATGCTGTTCCCAAAACTGCTAATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTACCTTCTAAAGAAGCTATAACAGTTCAGCAAAAACAGATGCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104094 ACTACCTTCTAAAGAAGCTATAACAGTTCAGCAAAAACAGATGCCTTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGACAAAGACAGGACATTGATGACACCTGTGCAGAATCTTGAACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104144 GTGACAAAGACAGGACATTGATGACACCTGTGCAGAATCTTGAACAAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATATGCCACCTGACTCCTCAAGTCCAGAAAATAAAAGTTTAGAAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104194 TATATGCCACCTGACTCCTCAAGTCCAGAAAATAAAAGTTTAGAAGTTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGATACAC         GTTTTCACAGTTTTTCATTTTATGAATTGAAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104244 TGATACACGTA...TAGGTTTTCACAGTTTTTCATTTTATGAATTGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGTCACAAATAACTTTGATGAACGACCCATTTCTGTTGGTGGTAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 ATGTCACAAATAACTTTGATGAACGACCCATTTCTGTTGGTGGTAATAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGGGAGAGGGAGGATTTGGAGTTGTATATAAAGGCTACGTAAATAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 ATGGGAGAGGGAGGATTTGGAGTTGTATATAAAGGCTACGTAAATAACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AACTGTGGCAGTGAAGAAGCTTGCAGCA         ATGGTTGACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104934 AACTGTGGCAGTGAAGAAGCTTGCAGCAGTA...CAGATGGTTGACATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTACTGAAGAACTGAAACAGCAGTTTGATCAAGAAATAAAAGTAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105867 CTACTGAAGAACTGAAACAGCAGTTTGATCAAGAAATAAAAGTAATGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AA         GTGTCAACATGAAAACTTAGTAGAACTACTTGGTTTCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105917 AAGTA...CAGGTGTCAACATGAAAACTTAGTAGAACTACTTGGTTTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAGTGATGGAGATGACCTCTGCTTAGTATATGTTTACATGCCTAATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109558 AAGTGATGGAGATGACCTCTGCTTAGTATATGTTTACATGCCTAATGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CATTGCTAGACAGACTCTCTTGCTTG         GATGGTACTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109608 CATTGCTAGACAGACTCTCTTGCTTGGTA...AAGGATGGTACTCCACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTTCTTGGCACATGAGATGCAAGATTGCTCAGGGTGCAGCTAATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110097 CTTTCTTGGCACATGAGATGCAAGATTGCTCAGGGTGCAGCTAATGGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAATTTTCTACATGAAAATCATCATATTCATAGAGATATTAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110147 CAATTTTCTACATGAAAATCATCATATTCATAGAGATATTAAAAGGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942     TGCAAATATCTTACTGGATGAAGCTTTTACTGCTAAAATATCTGAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110197 .CAGTGCAAATATCTTACTGGATGAAGCTTTTACTGCTAAAATATCTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTGGCCTTGCACGGGCTTCTGAGAAGTTTGCCCAGACAGTCATGACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114242 TTTGGCCTTGCACGGGCTTCTGAGAAGTTTGCCCAGACAGTCATGACTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGAATTGTGGGAACAACAGCTTATATGGCACCAGAAGCTTTGCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114292 CAGAATTGTGGGAACAACAGCTTATATGGCACCAGAAGCTTTGCGTGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAATAACACCCAAATCTGATATTTACAGCTTTGGTGTG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114342 AAATAACACCCAAATCTGATATTTACAGCTTTGGTGTGGTA...TAGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTACTAGAAATAATAACTGGACTTCCAGCTGTGGATGAACACCGTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115554 TTACTAGAAATAATAACTGGACTTCCAGCTGTGGATGAACACCGTGAACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCAGTTATTG         CTAGATATTAAAGAAGAAATTGAAGATGAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115604 TCAGTTATTGGTA...AAGCTAGATATTAAAGAAGAAATTGAAGATGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAAAGACAATTGAAGATTATATTGATAAAAAGATGAATGATGCTGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118319 AAAAGACAATTGAAGATTATATTGATAAAAAGATGAATGATGCTGATTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACTTCAGTTGAAGCTATGTACTCTGTTGCTAGTCAATGTCTGCATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118369 ACTTCAGTTGAAGCTATGTACTCTGTTGCTAGTCAATGTCTGCATGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAAAAATAAGAGACCAGACATTAAGAAG         GTTCAACAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118419 GAAAAATAAGAGACCAGACATTAAGAAGGTA...AAGGTTCAACAGCTGC

   1450     .    :    .    :
   1361 TGCAAGAGATGACAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||
 118582 TGCAAGAGATGACAGCTTCT