seq1 = pF1KE6334.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE6334/gi568815594r_122792831.tfa (gi568815594r:122792831_123022572), 229742 bp

>pF1KE6334 948
>gi568815594r:122792831_123022572 (Chr4)

(complement)

1-244  (100001-100242)   98% ->
245-442  (104875-105072)   100% ->
443-498  (109950-110005)   100% ->
499-553  (124895-124949)   100% ->
554-948  (129348-129742)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCAGCCGCTGAGCTGGGGCCGCTGGCGCGCGATGCTTGCCCGAAC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCAGCCACTGAGCTGGGGCCGCTGGCGCGCGATGCTTGCCCGAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACGGCCCCGGGCCTTCGGCGGGTTACCGCTGGGCCTCGGGCGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACGGCCCCGGGCCTTCGGCGGGTTACCGCTGGGCCTCGGGCGCACAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTACGTGCGGAATCCGCCAGTTGGAGCGTGCGATCTGCAGGGCGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTACGTGCGGAATCCGCCAGTTGGAGCGTGCGATCTGCAGGGCGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAGATTCGGGGGCATCTCGGTGCGCCTGGCGCGGCTCGATGCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACAGATTCGGGGGCATCTCGGTGCGCCTGGCGCGGCTCGATGCGCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCCTGGACGCTGCCGCCTTCCAGAAGGGCTTGCAGGCTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--||| >>>...
 100201 CCGCCTGGACGCTGCCGCCTTCCAGAAGGGCTTGCAGG  GCAAGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245    TACAGCAATGGCGATCAGAAGGTAGAACAGCTGTATGGCTGCACATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104872 CAGTACAGCAATGGCGATCAGAAGGTAGAACAGCTGTATGGCTGCACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCATCCTCCAAAGCCGATTTATTGCCCCTGCTGCTTCCCTGGGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104922 CCCATCCTCCAAAGCCGATTTATTGCCCCTGCTGCTTCCCTGGGCTTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTTCACCACGCAGAATCGGATTCATCAACGTTGACTCTGTGGCTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104972 CTTTCACCACGCAGAATCGGATTCATCAACGTTGACTCTGTGGCTGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGGGCCCAGCAGATTACCAGGATATGCTTCACATCAAGTAGGAGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105022 AAGGGCCCAGCAGATTACCAGGATATGCTTCACATCAAGTAGGAGTTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 G         GAGCTGTATTTGATGAAAGTACTAGAAAAATACTGGTTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105072 GGTC...TAGGAGCTGTATTTGATGAAAGTACTAGAAAAATACTGGTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACAAGATCGAAATAAA         TTGAAAAATATGTGGAAGTTTCCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109990 ACAAGATCGAAATAAAGTA...CAGTTGAAAAATATGTGGAAGTTTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGGCCTGTCAGAGCCTGAAGAAGATATTG         GAGACACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 124920 GAGGCCTGTCAGAGCCTGAAGAAGATATTGGTG...TAGGAGACACAGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTCGAGAAGTTTTTGAAGAGACTGGTATAAAATCAGAATTCAGGTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129359 GTTCGAGAAGTTTTTGAAGAGACTGGTATAAAATCAGAATTCAGGTCCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGAGTATTCGGCAACAGCACACAAATCCTGGAGCTTTTGGGAAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129409 CCTGAGTATTCGGCAACAGCACACAAATCCTGGAGCTTTTGGGAAGTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATATGTATATCATCTGCCGCCTAAAGCCATATTCATTCACCATAAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129459 ATATGTATATCATCTGCCGCCTAAAGCCATATTCATTCACCATAAATTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCCAGGAAGAATGCTTAAGATGTGAGTGGATGGATCTCAATGACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129509 TGCCAGGAAGAATGCTTAAGATGTGAGTGGATGGATCTCAATGACCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAAGACTGAAAATACAACTCCCATCACCAGCAGAGTTGCTAGGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129559 GAAGACTGAAAATACAACTCCCATCACCAGCAGAGTTGCTAGGCTGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGTATGGGTACAGAGAAGGGTTTGACAAAATTGACCTGACTGTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129609 TGTATGGGTACAGAGAAGGGTTTGACAAAATTGACCTGACTGTGGAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTTCCAGCAGTTTACACAGGACTGTTTTATAAACTCTATCATAAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129659 CTTCCAGCAGTTTACACAGGACTGTTTTATAAACTCTATCATAAGGAACT

    950     .    :    .    :    .    :
    915 GCCAGAGAATTATAAAACTATGAAAGGAATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129709 GCCAGAGAATTATAAAACTATGAAAGGAATTGAT