seq1 = pF1KE1525.tfa, 771 bp
seq2 = pF1KE1525/gi568815597f_159202365.tfa (gi568815597f:159202365_159407929), 205565 bp

>pF1KE1525 771
>gi568815597f:159202365_159407929 (Chr1)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-76  (100490-100510)   100% ->
77-331  (101564-101818)   100% ->
332-589  (103624-103881)   100% ->
590-771  (105384-105565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCTGCCATGGAATCCCCTACTCTACTGTGTGTAGCCTTACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCTGCCATGGAATCCCCTACTCTACTGTGTGTAGCCTTACTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCG         CTCCAGATGGCGTGTTAGCAG         TCCCTC
        |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CTTCGGTA...CAGCTCCAGATGGCGTGTTAGCAGGTG...AAGTCCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AGAAACCTAAGGTCTCCTTGAACCCTCCATGGAATAGAATATTTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101570 AGAAACCTAAGGTCTCCTTGAACCCTCCATGGAATAGAATATTTAAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGAATGTGACTCTTACATGTAATGGGAACAATTTCTTTGAAGTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101620 GAGAATGTGACTCTTACATGTAATGGGAACAATTTCTTTGAAGTCAGTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACCAAATGGTTCCACAATGGCAGCCTTTCAGAAGAGACAAATTCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101670 CACCAAATGGTTCCACAATGGCAGCCTTTCAGAAGAGACAAATTCAAGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAATATTGTGAATGCCAAATTTGAAGACAGTGGAGAATACAAATGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101720 TGAATATTGTGAATGCCAAATTTGAAGACAGTGGAGAATACAAATGTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCAACAAGTTAATGAGAGTGAACCTGTGTACCTGGAAGTCTTCAGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101770 CACCAACAAGTTAATGAGAGTGAACCTGTGTACCTGGAAGTCTTCAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         ACTGGCTGCTCCTTCAGGCCTCTGCTGAGGTGGTGATGGAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101820 TA...CAGACTGGCTGCTCCTTCAGGCCTCTGCTGAGGTGGTGATGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCAGCCCCTCTTCCTCAGGTGCCATGGTTGGAGGAACTGGGATGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103666 GCCAGCCCCTCTTCCTCAGGTGCCATGGTTGGAGGAACTGGGATGTGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGTGATCTATTATAAGGATGGTGAAGCTCTCAAGTACTGGTATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103716 AAGGTGATCTATTATAAGGATGGTGAAGCTCTCAAGTACTGGTATGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCACAACATCTCCATTACAAATGCCACAGTTGAAGACAGTGGAACCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103766 CCACAACATCTCCATTACAAATGCCACAGTTGAAGACAGTGGAACCTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTGTACGGGCAAAGTGTGGCAGCTGGACTATGAGTCTGAGCCCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103816 ACTGTACGGGCAAAGTGTGGCAGCTGGACTATGAGTCTGAGCCCCTCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTACTGTAATAAAAG         CTCCGCGTGAGAAGTACTGGCTACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103866 ATTACTGTAATAAAAGGTG...CAGCTCCGCGTGAGAAGTACTGGCTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTTTTTATCCCATTGTTGGTGGTGATTCTGTTTGCTGTGGACACAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105409 ATTTTTTATCCCATTGTTGGTGGTGATTCTGTTTGCTGTGGACACAGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TATTTATCTCAACTCAGCAGCAGGTCACATTTCTCTTGAAGATTAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105459 TATTTATCTCAACTCAGCAGCAGGTCACATTTCTCTTGAAGATTAAGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCAGGAAAGGCTTCAGACTTCTGAACCCACATCCTAAGCCAAACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105509 ACCAGGAAAGGCTTCAGACTTCTGAACCCACATCCTAAGCCAAACCCCAA

    800     .
    765 AAACAAC
        |||||||
 105559 AAACAAC