seq1 = pF1KE3613.tfa, 444 bp
seq2 = pF1KE3613/gi568815596f_237759676.tfa (gi568815596f:237759676_238011780), 252105 bp

>pF1KE3613 444
>gi568815596f:237759676_238011780 (Chr2)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-191  (117549-117687)   100% ->
192-444  (151853-152105)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGGCCCTGTGCCGCCTCCCGCGGCGCGGCCTCTGGCTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGGGCCCTGTGCCGCCTCCCGCGGCGCGGCCTCTGGCTGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         CCCATCACCTCTTCATGACCACTGCCTGCCAGGAGGCTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTG...CAGCCCATCACCTCTTCATGACCACTGCCTGCCAGGAGGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTACGGTGCCCTCCTCCGGGAGCTCTGCCTCACCCAGTTCCAGGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117588 ACTACGGTGCCCTCCTCCGGGAGCTCTGCCTCACCCAGTTCCAGGTAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGGAGGCCGTCGGGGAGACGCTGTGGTGTGACTGGGGCAGGACCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117638 ATGGAGGCCGTCGGGGAGACGCTGTGGTGTGACTGGGGCAGGACCATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GAGCTACAGGGAGCTGGCCGACTGCACCTGGCACATGGCGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117688 GTG...CAGGAGCTACAGGGAGCTGGCCGACTGCACCTGGCACATGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAAGCTGGGCTGCTTCTGGCCCAATGCAGAGGTGGACAGGTTCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151894 AGAAGCTGGGCTGCTTCTGGCCCAATGCAGAGGTGGACAGGTTCTTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGTGCATGGCCGCTACTTCAGGAGCTGCCCCATCTCAGGCAGGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151944 GCAGTGCATGGCCGCTACTTCAGGAGCTGCCCCATCTCAGGCAGGGCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGGGACCCGCCCGGCAGCATCCTCTACCCCTTCATCGTGGTCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151994 GCGGGACCCGCCCGGCAGCATCCTCTACCCCTTCATCGTGGTCCCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGTGACCCTGCTGGTGACGGCACTGGTGGTCTGGCAGAGCAAGCGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152044 CGGTGACCCTGCTGGTGACGGCACTGGTGGTCTGGCAGAGCAAGCGCACT

    450     .    :
    433 GAGGGCATTGTG
        ||||||||||||
 152094 GAGGGCATTGTG