Result of FASTA (ccds) for pF1KB5207
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5207, 529 aa
  1>>>pF1KB5207 529 - 529 aa - 529 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2318+/-0.000973; mu= 13.8651+/- 0.058
 mean_var=73.7808+/-14.566, 0's: 0 Z-trim(105.4): 14  B-trim: 77 in 1/49
 Lambda= 0.149315
 statistics sampled from 8412 (8420) to 8412 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.614), E-opt: 0.2 (0.259), width:  16
 Scan time:  3.360

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8924.1 ATP5B gene_id:506|Hs108|chr12           ( 529) 3376 736.7 1.5e-212
CCDS58620.1 ATP5A1 gene_id:498|Hs108|chr18         ( 503)  377 90.7 4.4e-18
CCDS11927.1 ATP5A1 gene_id:498|Hs108|chr18         ( 553)  377 90.7 4.8e-18
CCDS6014.1 ATP6V1B2 gene_id:526|Hs108|chr8         ( 511)  368 88.7 1.7e-17
CCDS1912.1 ATP6V1B1 gene_id:525|Hs108|chr2         ( 513)  361 87.2 4.9e-17
CCDS2976.1 ATP6V1A gene_id:523|Hs108|chr3          ( 617)  337 82.1 2.1e-15
CCDS59315.1 ATP5A1 gene_id:498|Hs108|chr18         ( 531)  280 69.8   9e-12


>>CCDS8924.1 ATP5B gene_id:506|Hs108|chr12                (529 aa)
 initn: 3376 init1: 3376 opt: 3376  Z-score: 3929.2  bits: 736.7 E(32554): 1.5e-212
Smith-Waterman score: 3376; 100.0% identity (100.0% similar) in 529 aa overlap (1-529:1-529)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MLGFVGRVAAAPASGALRRLTPSASLPPAQLLLRAAPTAVHPVRDYAAQTSPSPKAGAAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MLGFVGRVAAAPASGALRRLTPSASLPPAQLLLRAAPTAVHPVRDYAAQTSPSPKAGAAT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 GRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 GRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 RGQKVLDSGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAPIHAEAPEFMEMSVEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RGQKVLDSGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAPIHAEAPEFMEMSVEQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 EILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 EILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 REGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 REGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 VLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 VLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 YVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 YVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 ARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHMGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHMGK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520         
pF1KB5 LVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEHSS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEHSS
              490       500       510       520         

>>CCDS58620.1 ATP5A1 gene_id:498|Hs108|chr18              (503 aa)
 initn: 277 init1: 214 opt: 377  Z-score: 438.2  bits: 90.7 E(32554): 4.4e-18
Smith-Waterman score: 394; 25.1% identity (56.3% similar) in 435 aa overlap (115-526:70-485)

           90       100       110       120        130       140   
pF1KB5 ALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVR-GQKVLDSGAPIKIPVGPETLGR
                                     :.. :.. :. :  .:: . .::: : :::
CCDS58 VQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGR
      40        50        60        70        80        90         

           150       160       170       180       190       200   
pF1KB5 IMNVIGEPIDERGPIKTKQFAPIHAEAPEFMEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIG
       .....:. :: .::: .:    .  .:: ..     .: . ::::.:: :.: ..: .  
CCDS58 VVDALGNAIDGKGPIGSKTRRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQREL
     100       110       120       130       140       150         

           210       220              230       240       250      
pF1KB5 LFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGG-------YSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVI
       ..:   .::: . .. : :  . . :       : .....:..     .: ... ..   
CCDS58 IIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGSDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDA---
     160       170       180       190       200       210         

        260       270       280       290       300       310      
pF1KB5 NLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGS
          :: . . .: .  ..    .  .  .: ...:::::. :. .:.. :.. . . :  
CCDS58 ---DAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDN-GKHALIIYDDLSKQAVAYR
           220       230       240       250        260       270  

        320       330       340       350           360       370  
pF1KB5 EVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKK----GSITSVQAIYVPADDLTDPAP
       ..: :: : :.  .:   .    . . :: .  .     ::.:.. .: . : :..   :
CCDS58 QMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIP
            280       290       300       310       320       330  

            380       390       400       410       420        430 
pF1KB5 ATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKI-LQDY
       .....  :.   :   .   :: ::..   :.::.   . . .. .  . :..:. : .:
CCDS58 TNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRV--GSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQY
            340       350       360         370       380       390

             440       450       460               470       480   
pF1KB5 KSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQ----PF----QVAEVFTGHMGKLVP
       . .   .: .: : :.   .  .::. .. ..:.:    :.    ::: ...:  : :  
CCDS58 REVA-AFAQFGSD-LDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDK
               400        410       420       430       440        

            490       500       510       520                      
pF1KB5 LKET-IKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKAD-KLAEEHSS            
       :. . :  :.. .    .:.  :   ..: :     .:: :..:.               
CCDS58 LEPSKITKFENAF---LSHVVSQHQALLGTI-----RADGKISEQSDAKLKEIVTNFLAG
      450       460          470            480       490       500

CCDS58 FEA
          

>>CCDS11927.1 ATP5A1 gene_id:498|Hs108|chr18              (553 aa)
 initn: 277 init1: 214 opt: 377  Z-score: 437.5  bits: 90.7 E(32554): 4.8e-18
Smith-Waterman score: 397; 24.1% identity (55.2% similar) in 560 aa overlap (7-526:5-535)

               10        20        30         40        50         
pF1KB5 MLGFVGRVAAAPASGALRRLTPSASLPPAQLLLRAA-PTAVHPVRDYAAQTSPSPKAGAA
             ::::: . .  ::         : :. : :  ..   .:.. :...   :.:.:
CCDS11   MLSVRVAAAVVRALPRR---------AGLVSRNALGSSFIAARNFHASNTHLQKTGTA
                 10                 20        30        40         

      60           70                 80        90           100   
pF1KB5 TGRIVA---VIGAVVDVQFDE---------GLPPILNALEVQGRE----TRLVLEVAQHL
           .    ..:: ..:...:         :.  . .  .::..:    .  .  .. .:
CCDS11 EMSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNL
      50        60        70        80        90       100         

           110       120        130       140       150       160  
pF1KB5 GESTVRTIAMDGTEGLVR-GQKVLDSGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQ
         ..: .... :.. :.. :. :  .:: . .::: : :::.....:. :: .::: .: 
CCDS11 EPDNVGVVVF-GNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDGKGPIGSKT
     110        120       130       140       150       160        

            170       180       190       200       210       220  
pF1KB5 FAPIHAEAPEFMEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINN
          .  .:: ..     .: . ::::.:: :.: ..: .  ..:   .::: . .. : :
CCDS11 RRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIIN
      170       180       190       200       210       220        

                   230       240       250       260       270     
pF1KB5 VAKAHGG-------YSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEP
         . . :       : .....:..     .: ... ..      :: . . .: .  .. 
CCDS11 QKRFNDGSDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDA------DAMKYTIVVSATASDA
      230       240       250       260             270       280  

         280       290       300       310       320       330     
pF1KB5 PGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTL
          .  .  .: ...:::::. :. .:.. :.. . . :  ..: :: : :.  .:   .
CCDS11 APLQYLAPYSGCSMGEYFRDN-GKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDV
            290       300        310       320       330       340 

         340       350           360       370       380       390 
pF1KB5 ATDMGTMQERITTTKK----GSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAE
           . . :: .  .     ::.:.. .: . : :..   :.....  :.   :   .  
CCDS11 FYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFY
             350       360       370       380       390       400 

             400       410       420        430       440       450
pF1KB5 LGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKI-LQDYKSLQDIIAILGMDELSEED
        :: ::..   :.::.   . . .. .  . :..:. : .:. .   .: .: : :.   
CCDS11 KGIRPAINVGLSVSRV--GSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVA-AFAQFGSD-LDAAT
             410         420       430       440        450        

              460               470       480        490       500 
pF1KB5 KLTVSRARKIQRFLSQ----PF----QVAEVFTGHMGKLVPLKET-IKGFQQILAGEYDH
       .  .::. .. ..:.:    :.    ::: ...:  : :  :. . :  :.. .    .:
CCDS11 QQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAF---LSH
       460       470       480       490       500       510       

             510       520                         
pF1KB5 LPEQAFYMVGPIEEAVAKAD-KLAEEHSS               
       .  :   ..: :     .:: :..:.                  
CCDS11 VVSQHQALLGTI-----RADGKISEQSDAKLKEIVTNFLAGFEA
          520            530       540       550   

>>CCDS6014.1 ATP6V1B2 gene_id:526|Hs108|chr8              (511 aa)
 initn: 384 init1: 140 opt: 368  Z-score: 427.6  bits: 88.7 E(32554): 1.7e-17
Smith-Waterman score: 445; 25.7% identity (54.8% similar) in 513 aa overlap (15-499:8-503)

               10        20        30        40        50          
pF1KB5 MLGFVGRVAAAPASGALRRLTPSASLPPAQLLLRAAPTAVHPVRDYAAQTSPSPKA-GAA
                     : .   .:   .: .   . :   :.   :.: .:   . :. ...
CCDS60        MALRAMRGIVNGAAPELPVPTGGPAVGAREQALAVSRNYLSQPRLTYKTVSGV
                      10        20        30        40        50   

      60        70         80        90       100       110        
pF1KB5 TGRIVAVIGAVVD-VQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEG
       .: .:     ..: :.: .    .  .:    ...  ::::.   : ..:  . ..:: :
CCDS60 NGPLV-----ILDHVKFPRYAEIVHLTLPDGTKRSGQVLEVS---GSKAVVQV-FEGTSG
                 60        70        80        90           100    

      120        130       140       150        160       170      
pF1KB5 LVRGQKVLD-SGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIK-TKQFAPIHAEAPEFMEM
       .   .   . .:  .. ::. . :::..:  :.::: :::.  ...:  : ..  . .  
CCDS60 IDAKKTSCEFTGDILRTPVSEDMLGRVFNGSGKPID-RGPVVLAEDFLDIMGQPINPQCR
          110       120       130       140        150       160   

        180       190       200       210       220            230 
pF1KB5 SVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINN---VAKAHG--GYS
          .:.. :::...: .   :.: :: .:..::. .. .  ..  .   : :..    ::
CCDS60 IYPEEMIQTGISAIDGMNSIARGQKIPIFSAAGLPHNEIAAQICRQAGLVKKSKDVVDYS
           170       180       190       200       210       220   

                   240       250       260       270       280     
pF1KB5 ------VFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALT
             :::..:   . .  .  .. :.: ..      .: :  .  :.:   :  .   
CCDS60 EENFAIVFAAMGVNMETARFFKSDFEENGSMD------NVCLFLNLANDPTIERIITPRL
           230       240       250             260       270       

         290       300       310       320       330       340     
pF1KB5 GLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQER
       .::.::..  :  . ::... ..  ...:  ::::   ..:.  :.   . ::..:. ::
CCDS60 ALTTAEFLAYQCEKHVLVILTDMSSYAEALREVSAAREEVPGRRGFPGYMYTDLATIYER
       280       290       300       310       320       330       

           350       360       370       380       390       400   
pF1KB5 ITTT--KKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDS
          .  ..::::..  . .: ::.: : :  :    ..   ..: . .  ::: .. : :
CCDS60 AGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIYVDRQLHNRQIYPPINVLPS
       340       350       360       370       380       390       

           410           420       430       440       450         
pF1KB5 TSRIMDPNI----VGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARK
        ::.:   :    . ..: ::.  .       :..: . :..: . :. .: : .   .:
CCDS60 LSRLMKSAIGEGMTRKDHADVSNQLYACYAIGKDVQAMKAVVGEEALTSDDLLYLEFLQK
       400       410       420       430       440       450       

     460         470            480       490       500       510  
pF1KB5 IQR-FLSQ-PFQVAEVF-TGHMG----KLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGP
       ..: :..: :..   :: :  .:    .. : :: .: . :   .:.             
CCDS60 FERNFIAQGPYENRTVFETLDIGWQLLRIFP-KEMLKRIPQSTLSEFYPRDSAKH     
       460       470       480        490       500       510      

            520         
pF1KB5 IEEAVAKADKLAEEHSS

>>CCDS1912.1 ATP6V1B1 gene_id:525|Hs108|chr2              (513 aa)
 initn: 373 init1: 147 opt: 361  Z-score: 419.4  bits: 87.2 E(32554): 4.9e-17
Smith-Waterman score: 442; 26.2% identity (55.5% similar) in 503 aa overlap (26-499:12-497)

               10        20        30        40         50         
pF1KB5 MLGFVGRVAAAPASGALRRLTPSASLPPAQLLLRAAPTAVHPV-RDYAAQTSPSPKAGAA
                                :: ..  : ::   .. : :.: ..    :..   
CCDS19               MAMEIDSRPGGLPGSSCNLGAAREHMQAVTRNYITH----PRVTYR
                             10        20        30            40  

      60          70         80        90       100       110      
pF1KB5 TGRIVAVIG--AVVD-VQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGT
       :  . .: :  .:.: :.: .    .  .:    ...  :::::   : ...  . ..::
CCDS19 T--VCSVNGPLVVLDRVKFAQYAEIVHFTLPDGTQRSGQVLEVA---GTKAIVQV-FEGT
               50        60        70        80           90       

         120       130       140       150        160       170    
pF1KB5 EGL-VRGQKVLDSGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPI-KTKQFAPIHAEAPEFM
        :. .:      .:  .. ::. . :::..:  :.::: .::.  ...:  :...  .  
CCDS19 SGIDARKTTCEFTGDILRTPVSEDMLGRVFNGSGKPID-KGPVVMAEDFLDINGQPINPH
        100       110       120       130        140       150     

          180       190       200       210       220              
pF1KB5 EMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNV-----AKAHGG
            .:.. :::. .:..   :.: :: .:..::. .. .  ..  ..     .::   
CCDS19 SRIYPEEMIQTGISPIDVMNSIARGQKIPIFSAAGLPHNEIAAQICRQAGLVKKSKAVLD
         160       170       180       190       200       210     

     230             240       250       260       270       280   
pF1KB5 YS------VFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVA
       :       :::..:   . .  .  .. ..:..      ..: :  .  :.:   :  . 
CCDS19 YHDDNFAIVFAAMGVNMETARFFKSDFEQNGTM------GNVCLFLNLANDPTIERIITP
         220       230       240             250       260         

           290       300       310       320       330       340   
pF1KB5 LTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQ
         .::.::..  :  . ::... ..  ...:  ::::   ..:.  :.   . ::..:. 
CCDS19 RLALTTAEFLAYQCEKHVLVILTDMSSYAEALREVSAAREEVPGRRGFPGYMYTDLATIY
     270       280       290       300       310       320         

             350       360       370       380       390       400 
pF1KB5 ERITTT--KKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPL
       ::   .  . ::::..  . .: ::.: : :  :    ..   ..: . .  ::: .. :
CCDS19 ERAGRVEGRGGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGFITEGQIYVDRQLHNRQIYPPINVL
     330       340       350       360       370       380         

             410           420       430       440       450       
pF1KB5 DSTSRIMDPNI----VGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRA
        : ::.:   :    . ..: ::.  .       :..: . :..: . :. :: : .   
CCDS19 PSLSRLMKSAIGEGMTRKDHGDVSNQLYACYAIGKDVQAMKAVVGEEALTSEDLLYLEFL
     390       400       410       420       430       440         

       460         470         480         490       500       510 
pF1KB5 RKIQR-FLSQ-PFQVAEVFTG-HMG-KLVPL--KETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVG
       .:... :..: :..   :: .  .: ::. .  :: .: . : .  :.            
CCDS19 QKFEKNFINQGPYENRSVFESLDLGWKLLRIFPKEMLKRIPQAVIDEFYSREGALQDLAP
     450       460       470       480       490       500         

             520         
pF1KB5 PIEEAVAKADKLAEEHSS
                         
CCDS19 DTAL              
     510                 

>>CCDS2976.1 ATP6V1A gene_id:523|Hs108|chr3               (617 aa)
 initn: 147 init1: 147 opt: 337  Z-score: 390.1  bits: 82.1 E(32554): 2.1e-15
Smith-Waterman score: 395; 26.6% identity (59.4% similar) in 394 aa overlap (97-466:141-522)

         70        80        90       100       110       120      
pF1KB5 IGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVL
                                     :.:..:.  . .  :. ...  :.. . .:
CCDS29 SQTQSIYIPRGVNVSALSRDIKWDFTPCKNLRVGSHITGGDIYGIVSENS--LIKHKIML
              120       130       140       150       160          

           130         140       150       160       170       180 
pF1KB5 ---DSGAPIKI-PVGP-ETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAPIHAEAPEFMEMSVEQE
          . :.   : : :  .:   ....  : . :.  .   :  :..   :   .. ... 
CCDS29 PPRNRGTVTYIAPPGNYDTSDVVLELEFEGVKEK--FTMVQVWPVRQVRPVTEKLPANHP
      170       180       190       200         210       220      

             190       200       210       220       230       240 
pF1KB5 ILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTR
       .: :: .:.: : : ..::  .. :. : ::::. . : .    ...   ...: :::  
CCDS29 LL-TGQRVLDALFPCVQGGTTAIPGAFGCGKTVISQSLSKY---SNSDVIIYVGCGERGN
         230       240       250       260          270       280  

             250          260       270       280       290        
pF1KB5 EGNDLYHEMIESGV-INLK--DATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEG
       : ... ... :  . .. :  .  ...::: .  : : .::     ::.:..:::::. :
CCDS29 EMSEVLRDFPELTMEVDGKVESIMKRTALVANTSNMPVAAREASIYTGITLSEYFRDM-G
            290       300       310       320       330       340  

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB5 QDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTK-------K
         : .. :.  :...:  :.:. :...:.  ::   :.. .... ::   .:       .
CCDS29 YHVSMMADSTSRWAEALREISGRLAEMPADSGYPAYLGARLASFYERAGRVKCLGNPERE
             350       360       370       380       390       400 

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB5 GSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPN
       ::.. : :.  :. :..::. ..:.. ...   :.. .:.   .:.:. : : :. :   
CCDS29 GSVSIVGAVSPPGGDFSDPVTSATLGIVQVFWGLDKKLAQRKHFPSVNWLISYSKYMR--
             410       420       430       440       450           

                     420       430       440       450       460   
pF1KB5 IVGSEHYD--------VARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQR-
        . .:.::        .   ...:::. ..: .:. ..:   :.: ::.:.  :. :.  
CCDS29 -ALDEYYDKHFTEFVPLRTKAKEILQEEEDLAEIVQLVGKASLAETDKITLEVAKLIKDD
      460       470       480       490       500       510        

            470       480       490       500       510       520  
pF1KB5 FLSQPFQVAEVFTGHMGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADK
       ::.:                                                        
CCDS29 FLQQNGYTPYDRFCPFYKTVGMLSNMIAFYDMARRAVETTAQSDNKITWSIIREHMGDIL
      520       530       540       550       560       570        

>>CCDS59315.1 ATP5A1 gene_id:498|Hs108|chr18              (531 aa)
 initn: 209 init1: 119 opt: 280  Z-score: 324.9  bits: 69.8 E(32554): 9e-12
Smith-Waterman score: 301; 23.8% identity (52.3% similar) in 551 aa overlap (7-526:5-513)

               10        20        30         40        50         
pF1KB5 MLGFVGRVAAAPASGALRRLTPSASLPPAQLLLRAA-PTAVHPVRDYAAQTSPSPKAGAA
             ::::: . .  ::         : :. : :  ..   .:.. :...   :.:.:
CCDS59   MLSVRVAAAVVRALPRR---------AGLVSRNALGSSFIAARNFHASNTHLQKTGTA
                 10                 20        30        40         

      60           70        80        90       100       110      
pF1KB5 TGRIVA---VIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAM-DG
           .    ..::  :.. :         ::  ::   .   .:.  :  .:..  : . 
CCDS59 EMSSILEERILGA--DTSVD---------LEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEF
      50        60                   70        80        90        

         120        130       140          150       160       170 
pF1KB5 TEGLVRGQKV-LDSGAPIKIPVGPETL---GRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAPIHAEAP
       . :: .:... :.      .  : . :   : :..  :  .:  ::: .:    .  .::
CCDS59 SSGL-KGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVD--GPIGSKTRRRVGLKAP
      100        110       120       130         140       150     

             180       190       200       210       220           
pF1KB5 EFMEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGG--
        ..     .: . ::::.:: :.: ..: .  ..:   .::: . .. : :  . . :  
CCDS59 GIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGSD
         160       170       180       190       200       210     

          230       240       250       260       270       280    
pF1KB5 -----YSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVAL
            : .....:..     .: ... ..      :: . . .: .  ..    .  .  
CCDS59 EKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDA------DAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPY
         220       230       240             250       260         

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB5 TGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQE
       .: ...:::::. :. .:.. :.. . . :  ..: :: : :.  .:   .    . . :
CCDS59 SGCSMGEYFRDN-GKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLE
     270       280        290       300       310       320        

          350           360       370       380       390       400
pF1KB5 RITTTKK----GSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDP
       : .  .     ::.:.. .: . : :..   :.....  :.   :   .   :: ::.. 
CCDS59 RAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINV
      330       340       350       360       370       380        

              410       420        430       440       450         
pF1KB5 LDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKI-LQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARK
         :.::.   . . .. .  . :..:. : .:. .   .: .: : :.   .  .::. .
CCDS59 GLSVSRV--GSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVA-AFAQFGSD-LDAATQQLLSRGVR
      390         400       410       420        430        440    

     460               470       480        490       500       510
pF1KB5 IQRFLSQ----PF----QVAEVFTGHMGKLVPLKET-IKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMV
       . ..:.:    :.    ::: ...:  : :  :. . :  :.. .    .:.  :   ..
CCDS59 LTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAF---LSHVVSQHQALL
          450       460       470       480          490       500 

              520                         
pF1KB5 GPIEEAVAKAD-KLAEEHSS               
       : :     .:: :..:.                  
CCDS59 GTI-----RADGKISEQSDAKLKEIVTNFLAGFEA
                  510       520       530 




529 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 02:32:32 2016 done: Sat Nov  5 02:32:33 2016
 Total Scan time:  3.360 Total Display time:  0.070

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com