Result of FASTA (ccds) for pF1KB9808
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9808, 241 aa
  1>>>pF1KB9808 241 - 241 aa - 241 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4447+/-0.000818; mu= 13.7229+/- 0.049
 mean_var=69.3882+/-13.831, 0's: 0 Z-trim(107.6): 11  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.153968
 statistics sampled from 9677 (9686) to 9677 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.298), width:  16
 Scan time:  2.240

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS882.1 NGF gene_id:4803|Hs108|chr1              ( 241) 1620 368.6 2.1e-102
CCDS8538.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12           ( 257)  601 142.2 3.1e-34
CCDS44806.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12          ( 270)  601 142.3 3.2e-34
CCDS7866.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11            ( 247)  497 119.1 2.7e-27
CCDS7865.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11            ( 255)  497 119.1 2.7e-27
CCDS41628.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11           ( 262)  497 119.1 2.8e-27
CCDS44558.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11           ( 329)  497 119.2 3.4e-27
CCDS12754.1 NTF4 gene_id:4909|Hs108|chr19          ( 210)  373 91.5 4.6e-19


>>CCDS882.1 NGF gene_id:4803|Hs108|chr1                   (241 aa)
 initn: 1620 init1: 1620 opt: 1620  Z-score: 1951.9  bits: 368.6 E(32554): 2.1e-102
Smith-Waterman score: 1620; 99.6% identity (100.0% similar) in 241 aa overlap (1-241:1-241)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNVPAGHTIPQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAAIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNVPAGHTIPQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAAIA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 ARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQPPREAADTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSK
       :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 ARVAGQTRNITVDPRLFKKRRLRSPRVLFSTQPPREAADTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 RSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 DPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 DPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRR
              190       200       210       220       230       240

        
pF1KB9 A
       :
CCDS88 A
        

>>CCDS8538.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12                (257 aa)
 initn: 464 init1: 402 opt: 601  Z-score: 728.2  bits: 142.2 E(32554): 3.1e-34
Smith-Waterman score: 634; 42.6% identity (67.4% similar) in 258 aa overlap (1-239:1-256)

               10        20        30                       40     
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNVPAGHT------IPQAHWTK---------LQHSLD
       ::.:::... :.: :::..  .. ..:          . ::   :         .... .
CCDS85 MSILFYVIFLAYLRGIQGNNMDQRSLPEDSLNSLIIKLIQADILKNKLSKQMVDVKENYQ
               10        20        30        40        50        60

          50          60        70        80         90       100  
pF1KB9 TALRRARSA--PAAAIAARVAGQTRNITVDPRLFKKQR-LRSPRVLFSTQPPREAADTQD
       ..: .:..   :  .  :. : :   :..: .:...::   :::::.: . : :      
CCDS85 STLPKAEAPREPERGGPAKSAFQPV-IAMDTELLRQQRRYNSPRVLLSDSTPLEPPPLYL
               70        80         90       100       110         

            110       120       130       140       150       160  
pF1KB9 LDFEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVMVLGE
       ..  ::. .  ::: : :: . :   ::::.::::: :.:: ::..: ::.:..: ::::
CCDS85 MEDYVGSPVVANRTSRRKRYAEHKS-HRGEYSVCDSESLWVTDKSSAIDIRGHQVTVLGE
     120       130       140        150       160       170        

            170       180       190       200       210        220 
pF1KB9 VNINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDG-KQAAWR
       .. .::  ::::.::.:..  :: .::::::.::::: : :..:.:.::: .. : ..::
CCDS85 IKTGNSPVKQYFYETRCKEARPVKNGCRGIDDKHWNSQCKTSQTYVRALTSENNKLVGWR
      180       190       200       210       220       230        

             230       240 
pF1KB9 FIRIDTACVCVLSRKAVRRA
       .:::::.:::.::::  :  
CCDS85 WIRIDTSCVCALSRKIGRT 
      240       250        

>>CCDS44806.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12               (270 aa)
 initn: 464 init1: 402 opt: 601  Z-score: 727.9  bits: 142.3 E(32554): 3.2e-34
Smith-Waterman score: 634; 42.6% identity (67.4% similar) in 258 aa overlap (1-239:14-269)

                            10        20        30                 
pF1KB9              MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNVPAGHT------IPQAHWTK--
                    ::.:::... :.: :::..  .. ..:          . ::   :  
CCDS44 MVTFATILQVNKVMSILFYVIFLAYLRGIQGNNMDQRSLPEDSLNSLIIKLIQADILKNK
               10        20        30        40        50        60

             40        50          60        70        80          
pF1KB9 -------LQHSLDTALRRARSA--PAAAIAARVAGQTRNITVDPRLFKKQR-LRSPRVLF
              .... ...: .:..   :  .  :. : :   :..: .:...::   :::::.
CCDS44 LSKQMVDVKENYQSTLPKAEAPREPERGGPAKSAFQPV-IAMDTELLRQQRRYNSPRVLL
               70        80        90        100       110         

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB9 STQPPREAADTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTA
       : . : :      ..  ::. .  ::: : :: . :   ::::.::::: :.:: ::..:
CCDS44 SDSTPLEPPPLYLMEDYVGSPVVANRTSRRKRYAEHKS-HRGEYSVCDSESLWVTDKSSA
     120       130       140       150        160       170        

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB9 TDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVK
        ::.:..: ::::.. .::  ::::.::.:..  :: .::::::.::::: : :..:.:.
CCDS44 IDIRGHQVTVLGEIKTGNSPVKQYFYETRCKEARPVKNGCRGIDDKHWNSQCKTSQTYVR
      180       190       200       210       220       230        

     210        220       230       240 
pF1KB9 ALTMDG-KQAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
       ::: .. : ..::.:::::.:::.::::  :  
CCDS44 ALTSENNKLVGWRWIRIDTSCVCALSRKIGRT 
      240       250       260       270 

>>CCDS7866.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11                 (247 aa)
 initn: 435 init1: 272 opt: 497  Z-score: 603.6  bits: 119.1 E(32554): 2.7e-27
Smith-Waterman score: 497; 36.1% identity (63.5% similar) in 249 aa overlap (1-239:1-247)

               10        20          30        40        50        
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNV--PAGHTIPQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAA
       :..:: :.. ...  ..: : .:.:.   .: . : ..     .:..     .:.  . :
CCDS78 MTILFLTMVISYFGCMKAAPMKEANIRGQGGLAYPGVRTHGTLESVNGPKAGSRGLTSLA
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB9 -----IAARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQPPREAADTQDLDFEVGGAAPF
            .  ..  . ...  . .  :   : . ::..:.: : :      :.   .     
CCDS78 DTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLEEYKNYLDAA
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140         150       160       170 
pF1KB9 NRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWV--GDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFK
       : . : .: :. :  .:::.:::::.: ::  .:: ::.:..:  : :: .: .... .:
CCDS78 NMSMRVRRHSD-PA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVSKGQLK
              130         140       150       160       170        

             180       190       200       210        220       230
pF1KB9 QYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQ-AAWRFIRIDTACV
       :::.::::   . .  ::::::..:::: : ::...:.:::::.:.  .::::::::.::
CCDS78 QYFYETKCNPMGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKRIGWRFIRIDTSCV
      180       190       200       210       220       230        

              240 
pF1KB9 CVLSRKAVRRA
       :.:. :  :  
CCDS78 CTLTIKRGR  
      240         

>>CCDS7865.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11                 (255 aa)
 initn: 435 init1: 272 opt: 497  Z-score: 603.4  bits: 119.1 E(32554): 2.7e-27
Smith-Waterman score: 497; 36.1% identity (63.5% similar) in 249 aa overlap (1-239:9-255)

                       10        20          30        40        50
pF1KB9         MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNV--PAGHTIPQAHWTKLQHSLDTALRR
               :..:: :.. ...  ..: : .:.:.   .: . : ..     .:..     
CCDS78 MFHQVRRVMTILFLTMVISYFGCMKAAPMKEANIRGQGGLAYPGVRTHGTLESVNGPKAG
               10        20        30        40        50        60

                    60        70        80        90       100     
pF1KB9 ARSAPAAA-----IAARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQPPREAADTQDLDF
       .:.  . :     .  ..  . ...  . .  :   : . ::..:.: : :      :. 
CCDS78 SRGLTSLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLEE
               70        80        90       100       110       120

         110       120       130       140         150       160   
pF1KB9 EVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWV--GDKTTATDIKGKEVMVLGEV
         .     : . : .: :. :  .:::.:::::.: ::  .:: ::.:..:  : :: .:
CCDS78 YKNYLDAANMSMRVRRHSD-PA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKV
              130        140        150       160       170        

           170       180       190       200       210        220  
pF1KB9 NINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQ-AAWRF
        .... .::::.::::   . .  ::::::..:::: : ::...:.:::::.:.  .:::
CCDS78 PVSKGQLKQYFYETKCNPMGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKRIGWRF
      180       190       200       210       220       230        

            230       240 
pF1KB9 IRIDTACVCVLSRKAVRRA
       :::::.:::.:. :  :  
CCDS78 IRIDTSCVCTLTIKRGR  
      240       250       

>>CCDS41628.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11                (262 aa)
 initn: 435 init1: 272 opt: 497  Z-score: 603.2  bits: 119.1 E(32554): 2.8e-27
Smith-Waterman score: 497; 36.1% identity (63.5% similar) in 249 aa overlap (1-239:16-262)

                              10        20          30        40   
pF1KB9                MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNV--PAGHTIPQAHWTKLQHS
                      :..:: :.. ...  ..: : .:.:.   .: . : ..     .:
CCDS41 MQSREEEWFHQVRRVMTILFLTMVISYFGCMKAAPMKEANIRGQGGLAYPGVRTHGTLES
               10        20        30        40        50        60

            50             60        70        80        90        
pF1KB9 LDTALRRARSAPAAA-----IAARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQPPREAA
       ..     .:.  . :     .  ..  . ...  . .  :   : . ::..:.: : :  
CCDS41 VNGPKAGSRGLTSLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPP
               70        80        90       100       110       120

      100       110       120       130       140         150      
pF1KB9 DTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWV--GDKTTATDIKGKE
           :.   .     : . : .: :. :  .:::.:::::.: ::  .:: ::.:..:  
CCDS41 LLFLLEEYKNYLDAANMSMRVRRHSD-PA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGT
              130       140         150       160       170        

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       : :: .: .... .::::.::::   . .  ::::::..:::: : ::...:.:::::.:
CCDS41 VTVLEKVPVSKGQLKQYFYETKCNPMGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSK
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         220       230       240 
pF1KB9 Q-AAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
       .  .::::::::.:::.:. :  :  
CCDS41 KRIGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR  
      240       250       260    

>>CCDS44558.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11                (329 aa)
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                                     :..:: :.. ...  ..: : .:.:.   .
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       : . : ..     .:..     .:.  . :     .  ..  . ...  . .  :   : 
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       . ::..:.: : :      :.   .     : . : .: :. :  .:::.:::::.: ::
CCDS44 TSRVMLSSQVPLEPPLLFLLEEYKNYLDAANMSMRVRRHSD-PA-RRGELSVCDSISEWV
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pF1KB9 --GDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYC
         .:: ::.:..:  : :: .: .... .::::.::::   . .  ::::::..:::: :
CCDS44 TAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVSKGQLKQYFYETKCNPMGYTKEGCRGIDKRHWNSQC
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pF1KB9 TTTHTFVKALTMDGKQ-AAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
        ::...:.:::::.:.  .::::::::.:::.:. :  :  
CCDS44 RTTQSYVRALTMDSKKRIGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR  
              300       310       320           

>>CCDS12754.1 NTF4 gene_id:4909|Hs108|chr19               (210 aa)
 initn: 385 init1: 166 opt: 373  Z-score: 455.8  bits: 91.5 E(32554): 4.6e-19
Smith-Waterman score: 458; 41.3% identity (66.7% similar) in 189 aa overlap (63-239:22-209)

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                                     . .:    :. : :  .  : ::::..:  
CCDS12          MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRG
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        :        :.   :. ...:: ::..:.  : . :  .:::..:::.:: :: :. ::
CCDS12 APAGPPLLFLLEAGAFRESAGAPANRSRRGV-SETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTA
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       .:..:.:: :::::   ..: ..::::::.:.        :.   .::::.: .:: : :
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CCDS12 KAKQSYVRALTADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA 
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241 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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