seq1 = pF1KE6449.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KE6449/gi568815596f_233612992.tfa (gi568815596f:233612992_233872556), 259565 bp

>pF1KE6449 1602
>gi568815596f:233612992_233872556 (Chr2)

1-867  (134223-135088)   92% ->
868-999  (154043-154174)   100% ->
1000-1087  (154858-154945)   100% ->
1088-1307  (155229-155448)   100% ->
1308-1602  (159271-159565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACAGGACTCCAGGTTCCCCTGCCGCAGCTGGCCACAGGACTGCT
        ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||
 134223 ATGGCCACAGGACCCCAGGTTCCCCTGCTGTGGCTGGCCACAGGAGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTCTCCTCAGTGTCCAGCCCTGGGCTGAGAGTGGGAAGGTGCTGGTGG
         || || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134273 ACTCCTTCTCAGTGCCCAGCCCTGGGCTGAGAGTGGGAAGGTGCTGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCACTGATGGCAGCCACTGGCTCAGCATGCGGGAGGCCTTGCGGGAC
        | |||| |||||||||||||||||||-|||||||||||||| ||||||| 
 134323 TACCCATTGATGGCAGCCACTGGCTC GCATGCGGGAGGCCGTGCGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCATGCGAGAGGCCACCAGGTGGTGGTCCTCACCCTGGAGGTGAATAT
        |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||
 134372 CTCCATGCCAGAGGCCACCAGGCGGTGGTCCTCACCCCAGAGGTGAATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTACATCAAAGAAGAGAACTTTTTCACCCTGACAACGTATGCCATTTCAT
        | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
 134422 GCACATCAAACAAGAGAAATTTTTCACCCTGACAACCTATGCCATTTCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGACCCAGGACGAATTTGATCGCCTTTTGCTGGGTCACACTCAA TCGTT
        |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||-|-|| 
 134472 GGACCCAGGATGAATTTGATCGCCTTGTGCTGGGCCACACTCAACT GTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 CTTTGAAACAGAACATCTTCTGATGAAATTTTCTAGAAGAATGGCAATTA
        |||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||| ||||||||| 
 134521 CTTTGAAACAGAACATTTTCTGAAGACATTTTCTAAAAGTATGGCAATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TGAACAATATGTCTTTGATCATACATAGGTCTTGTGTGGAGCTACTGCAT
        |||| |||   |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||
 134571 TGAAAAATTCATCTTTGGTCTTTCATAGGTCTTGTGTGGAGCTACTGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 AATGAGGCCCTGATCAGGCACCTGCATGCTACTTCCTTTGATGTGGTTCT
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |
 134621 AATGAGGCCCTGATCAGGCACCTGAATGCTACTTCCTTCGATGTGGTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 AACAGACCC CTTTCACCTCTGCGCGGCGGTGCTGGCTAAGTACCTGTCG
        || ||||||- |||-||||||| | ||| ||||||||||||||||| || 
 134671 AATAGACCCAATTT ACCTCTGTGGGGCAGTGCTGGCTAAGTACCTATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 ATTCCTGCTGTGTTTTTCTTGAGGAACATTCCATGTGATTTAGACTTTAA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 134720 ATTCCTGCTGTGTTTTTTTTGAGGAACATTCCATGTGATTTAGACTTTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 GGGCACACAGTGTCCAAACCCTTCCTCCTATATTCCTA GATTACTAACG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||-|-|||||||||
 134770 GGGCACACAGTGTCCAAATCCTTCCTCCTATATTCCTAAG TTACTAACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598 ACCAATTCAGACCACATGACATTCCTGCAAAGGGTCAAGAACATGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134819 ACCAATTCAGACCACATGACATTCCTGCAAAGGGTCAAGAACATGCTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648 CCCTCTGGCCCTGTCCTACCTTTGCCATGCTGTTTCTGCTCCTTATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 134869 CCCTCTGGCCCTGTCCTACCTTTGCCATGCTCTTTCTGCTCCTTATGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698 GCCTTGCCTCTGAGCTTTTTCAGAGAGAGGTGTCAGTGGTGGATCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
 134919 GCCTTGCCTCTGAGCTTTTTCAGAGGGAGGTGTCAGTGGTGGATCTTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    748 AGCCATGCATCTGTGTGGCTGTTCCGAGGGGACTTTGTGATGGATTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134969 AGCCATGCATCTGTGTGGCTGTTCCGAGGGGACTTTGTGATGGATTACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    798 CAGGCCGATCATGCCCAACATGGTCTTCATTGGGGGCATCAACTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135019 CAGGCCGATCATGCCCAACATGGTCTTCATTGGGGGCATCAACTGTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848 ACGGGAAGCCACTATCTCAG         GAATTTGAAGCCTACATTAAT
        || |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 135069 ACAGGAAGCCACTATCTCAGGTC...TAGGAATTTGAAGCCTACATTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889 GCTTCTGGAGAACATGGAATTGTGGTTTTCTCTTTGGGATCAATGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154064 GCTTCTGGAGAACATGGAATTGTGGTTTTCTCTTTGGGATCAATGGTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    939 AGAAATTCCAGAGAAGAAAGCTATGGCAATTGCTGATGCTTTGGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154114 AGAAATTCCAGAGAAGAAAGCTATGGCAATTGCTGATGCTTTGGGCAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989 TCCCTCAGACA         GTCCTGTGGCGGTACACTGGAACCCGACCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 154164 TCCCTCAGACAGTA...CAGGTCCTGTGGCGGTACACTGGAACCCGACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030 TCGAATCTTGCGAACAACACGATACTTGTTAAGTGGCTACCCCAAAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154888 TCGAATCTTGCGAACAACACGATACTTGTTAAGTGGCTACCCCAAAACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1080 TCTGCTTG         GTCACCCGATGACCCGTGCCTTTATCACCCATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 154938 TCTGCTTGGTA...CAGGTCACCCGATGACCCGTGCCTTTATCACCCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1121 CTGGTTCCCATGGTGTTTATGAAAGCATATGCAATGGCGTTCCCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155262 CTGGTTCCCATGGTGTTTATGAAAGCATATGCAATGGCGTTCCCATGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1171 ATGATGCCCTTGTTTGGTGATCAGATGGACAATGCAAAGCGCATGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155312 ATGATGCCCTTGTTTGGTGATCAGATGGACAATGCAAAGCGCATGGAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1221 TAAGGGAGCTGGAGTGACCCTGAATGTTCTGGAAATGACTTCTGAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155362 TAAGGGAGCTGGAGTGACCCTGAATGTTCTGGAAATGACTTCTGAAGATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1271 TAGAAAATGCTCTAAAAGCAGTCATCAATGACAAAAG         TTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 155412 TAGAAAATGCTCTAAAAGCAGTCATCAATGACAAAAGGTA...TAGTTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312 AAGGAGAACATCATGCGCCTCTCCAGCCTTCACAAGGACCGCCCGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159275 AAGGAGAACATCATGCGCCTCTCCAGCCTTCACAAGGACCGCCCGGTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1362 GCCGCTGGACCTGGCCGTGTTCTGGGTGGAGTTTGTGATGAGGCACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159325 GCCGCTGGACCTGGCCGTGTTCTGGGTGGAGTTTGTGATGAGGCACAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1412 GCGCGCCACACCTGCGCCCCGCAGCCCACGACCTCACCTGGTACCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159375 GCGCGCCACACCTGCGCCCCGCAGCCCACGACCTCACCTGGTACCAGTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1462 CATTCCTTGGACGTGATTGGTTTCCTCTTGGCCGTCGTGCTGACAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159425 CATTCCTTGGACGTGATTGGTTTCCTCTTGGCCGTCGTGCTGACAGTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1512 CTTCATCACCTTTAAATGTTGTGCTTATGGCTACCGGAAATGCTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159475 CTTCATCACCTTTAAATGTTGTGCTTATGGCTACCGGAAATGCTTGGGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1562 AAAAAGGGCGAGTTAAGAAAGCCCACAAATCCAAGACCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159525 AAAAAGGGCGAGTTAAGAAAGCCCACAAATCCAAGACCCAT