seq1 = pF1KE0370.tfa, 1599 bp
seq2 = pF1KE0370/gi568815577f_42418455.tfa (gi568815577f:42418455_42679800), 261346 bp

>pF1KE0370 1599
>gi568815577f:42418455_42679800 (Chr21)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-138  (107322-107403)   100% ->
139-271  (116244-116376)   100% ->
272-350  (117018-117096)   100% ->
351-486  (121058-121193)   100% ->
487-563  (123950-124026)   100% ->
564-730  (124982-125148)   100% ->
731-768  (128649-128686)   100% ->
769-849  (135608-135688)   100% ->
850-981  (140504-140635)   100% ->
982-1072  (143624-143714)   100% ->
1073-1135  (145361-145423)   100% ->
1136-1221  (146254-146339)   100% ->
1222-1270  (147373-147421)   100% ->
1271-1344  (148531-148604)   100% ->
1345-1423  (149906-149984)   100% ->
1424-1521  (156364-156461)   100% ->
1522-1593  (161282-161351)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCGACTCCCCGCTGGCATTCGCTTCATCATCTCATTCTCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCGACTCCCCGCTGGCATTCGCTTCATCATCTCATTCTCCAGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGTG         GTACAGAGCCTTCATTTTTATTTTGACATTTCTGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGTGGTG...CAGGTACAGAGCCTTCATTTTTATTTTGACATTTCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTATGCAAGTTTTCACTTATCTCGAAAGCCTATCAGCATAGTTAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107357 TGTATGCAAGTTTTCACTTATCTCGAAAGCCTATCAGCATAGTTAAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GGTGAGCTCCACAAGTACTGCACTGCTTGGGATGAAGCTGACGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107407 ...CAGGGTGAGCTCCACAAGTACTGCACTGCTTGGGATGAAGCTGACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGTTCAGCAGCCAGAACAGGAAGTCTGGGTCCGCTGCCCCCCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116288 CAGGTTCAGCAGCCAGAACAGGAAGTCTGGGTCCGCTGCCCCCCACCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCCTGACAATGAGACCGACTGTGGCTGGGCACCGTTTG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116338 TCCCTGACAATGAGACCGACTGTGGCTGGGCACCGTTTGGTA...TAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAACAACTATCAGCAGCTGCTTGGGGCCCTGGACTACTCCTTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117020 AAGAACAACTATCAGCAGCTGCTTGGGGCCCTGGACTACTCCTTCCTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGCCTATGCCGTGGGGATGTACCTCAG         TGGCATCATTGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117070 CGCCTATGCCGTGGGGATGTACCTCAGGTA...CAGTGGCATCATTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCGCCTGCCGATTAGGTATTACCTAACTTTCGGGATGCTCGCCAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121072 AGCGCCTGCCGATTAGGTATTACCTAACTTTCGGGATGCTCGCCAGCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCTTCACCGCCCTGTTCGGCTTAGGGTATTTCTACAACATCCACAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121122 GCCTTCACCGCCCTGTTCGGCTTAGGGTATTTCTACAACATCCACAGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGGATTCTACGTGGTAACTCAG         GTCATCAACGGGCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121172 CGGATTCTACGTGGTAACTCAGGTA...CAGGTCATCAACGGGCTGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGACCACCGGCTGGCCCAGCGTCGTCACCTGCCTCGGCAACTGGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123969 AGACCACCGGCTGGCCCAGCGTCGTCACCTGCCTCGGCAACTGGTTTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAGGAAG         GAGAGGTTTGATTATGGGGGTCTGGAACTCCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124019 AAAGGAAGGTG...CAGGAGAGGTTTGATTATGGGGGTCTGGAACTCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CACCTCCGTGGGCAACATCTTGGGGTCATTGATCGCTGGCTACTGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125015 CACCTCCGTGGGCAACATCTTGGGGTCATTGATCGCTGGCTACTGGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCACATGCTGGGGCCTGTCCTTCGTCGTGCCTGGAGCCATCGTGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125065 CCACATGCTGGGGCCTGTCCTTCGTCGTGCCTGGAGCCATCGTGGCAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGGGGATAGTGTGCTTTCTCTTCCTCATTGAAC         ATCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125115 ATGGGGATAGTGTGCTTTCTCTTCCTCATTGAACGTA...CAGATCCGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGACGTCAGGTGCTCCTCCACCCTGGTGACG         CACTCAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128656 CGACGTCAGGTGCTCCTCCACCCTGGTGACGGTA...CAGCACTCAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCTATGAGAATGGTACAAACAGATTGAGACTCCAGAAGCAAATCTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135618 GCTATGAGAATGGTACAAACAGATTGAGACTCCAGAAGCAAATCTTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGCGAAAAGAACAAGCCTCTG         GACCCAGAGATGCAGTGCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 135668 AGCGAAAAGAACAAGCCTCTGGTA...CAGGACCCAGAGATGCAGTGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCTGCTCTCAGATGGGAAGGGCTCCATCCACCCGAACCACGTCGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140524 GCTGCTCTCAGATGGGAAGGGCTCCATCCACCCGAACCACGTCGTCATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCCCCGGGGACGGTGGGAGTGGCACGGCCGCCATCAGCTTCACAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140574 TCCCCGGGGACGGTGGGAGTGGCACGGCCGCCATCAGCTTCACAGGGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTGAAAATTCCA         GGCGTGATAGAGTTCTCACTGTGTCTGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 140624 TTGAAAATTCCAGTA...CAGGGCGTGATAGAGTTCTCACTGTGTCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GTTTGCCAAGCTGGTCAGCTATACTTTCCTCTTCTGGCTGCCCCTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143653 GTTTGCCAAGCTGGTCAGCTATACTTTCCTCTTCTGGCTGCCCCTGTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCACGAATGTGG         ATCACCTTGATGCCAAAAAGGCGGGGGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 143703 TCACGAATGTGGGTG...TAGATCACCTTGATGCCAAAAAGGCGGGGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTCTCCACCCTGTTTGACGTGGGCGGAATCTTTG         GTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 145390 CTCTCCACCCTGTTTGACGTGGGCGGAATCTTTGGTG...CAGGTGGGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCTGGCAGGTGTGATCTCAGACCGACTGGAGAAAAGGGCCTCCACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146261 CCTGGCAGGTGTGATCTCAGACCGACTGGAGAAAAGGGCCTCCACCTGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GCCTGATGCTGCTGCTCGCGGCCCCCACG         CTCTACATCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 146311 GCCTGATGCTGCTGCTCGCGGCCCCCACGGTC...CAGCTCTACATCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 TCCACCGTCAGCAAGATGGGGCTTGAGGCCACCATCG         CCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 147385 TCCACCGTCAGCAAGATGGGGCTTGAGGCCACCATCGGTG...CAGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GCTGCTGCTCAGCGGAGCCCTGGTCAGTGGGCCCTACACACTCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148535 GCTGCTGCTCAGCGGAGCCCTGGTCAGTGGGCCCTACACACTCATCACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CCGCCGTCTCCGCCGACCTG         GGGACTCATAAAAGTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 148585 CCGCCGTCTCCGCCGACCTGGTG...TAGGGGACTCATAAAAGTCTGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GGCAACGCGCACGCCCTCTCCACCGTGACGGCCATCATTGACGGGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149927 GGCAACGCGCACGCCCTCTCCACCGTGACGGCCATCATTGACGGGACGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CTCTGTAG         GAGCAGCCCTGGGCCCCCTGCTGGCTGGGCTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 149977 CTCTGTAGGTG...CAGGAGCAGCCCTGGGCCCCCTGCTGGCTGGGCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TCTCCCCGTCCGGCTGGAGCAATGTGTTTTACATGCTGATGTTTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156397 TCTCCCCGTCCGGCTGGAGCAATGTGTTTTACATGCTGATGTTTGCAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GCCTGTGCCTTACTG         TTCCTGATCCGCCTCATACACAAGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 156447 GCCTGTGCCTTACTGGTA...CAGTTCCTGATCCGCCTCATACACAAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1548 GCTGAGCTGCCCAGGGTCAGCTACGGGGGACCAAGTTCCATTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |--|||
 161308 GCTGAGCTGCCCAGGGTCAGCTACGGGGGACCAAGTTCCGT  AAG