Result of FASTA (omim) for pF1KB9760
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9760, 739 aa
  1>>>pF1KB9760 739 - 739 aa - 739 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.7205+/-0.00042; mu= -12.4819+/- 0.026
 mean_var=520.2519+/-106.074, 0's: 0 Z-trim(124.4): 30  B-trim: 0 in 0/60
 Lambda= 0.056230
 statistics sampled from 45824 (45865) to 45824 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.802), E-opt: 0.2 (0.538), width:  16
 Scan time: 13.790

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_787071 (OMIM: 600963,610896) homeobox protein S ( 739) 4873 410.3 1.4e-113
XP_005267816 (OMIM: 606342) PREDICTED: homeobox pr ( 773) 1055 100.6 2.6e-20
NP_059116 (OMIM: 606342) homeobox protein SIX4 [Ho ( 781) 1055 100.6 2.6e-20
XP_005264157 (OMIM: 604994) PREDICTED: homeobox pr ( 293)  745 75.0 4.8e-13
NP_058628 (OMIM: 604994) homeobox protein SIX2 [Ho ( 291)  744 75.0   5e-13
NP_005404 (OMIM: 157170,269160,603714) homeobox pr ( 332)  740 74.7 6.9e-13
NP_005973 (OMIM: 113650,601205,605192,608389) home ( 284)  731 73.9   1e-12
NP_031400 (OMIM: 206900,212550,606326) homeobox pr ( 246)  690 70.5 9.2e-12
XP_016877091 (OMIM: 113650,601205,605192,608389) P ( 173)  624 65.0 2.9e-10


>>NP_787071 (OMIM: 600963,610896) homeobox protein SIX5   (739 aa)
 initn: 4873 init1: 4873 opt: 4873  Z-score: 2159.9  bits: 410.3 E(85289): 1.4e-113
Smith-Waterman score: 4873; 99.9% identity (100.0% similar) in 739 aa overlap (1-739:1-739)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MATLPAEPSAGPAAGGEAVAAAAATEEEEEEARQLLQTLQAAEGEAAAAAGAGAGAAAAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 MATLPAEPSAGPAAGGEAVAAAAATEEEEEEARQLLQTLQAAEGEAAAAAGAGAGAAAAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 AEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSRFLGALPPAERL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 AEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSRFLGALPPAERL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARYHEAERARGRAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 RGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARYHEAERARGRAL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 GAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPDEKRRLATLTGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 GAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPDEKRRLATLTGL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 SLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTEDESSRSPEDLERGAAPVSAEAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 SLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTEDESSRSPEDLERGAAPVSAEAAA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 QGSIFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSPAVLLNGGPVIINGLALGEASSLGPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 QGSIFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSPAVLLNGGPVIINGLALGEASSLGPLL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 LTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSLVLDPQTGEVRLEEAQSEAPETKGAQVAAPGPALGEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 LTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSLVLDPQTGEVRLEEAQSEAPETKGAQVAAPGPALGEE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 VLGPLAQVVPGPPTAATFPLPPGPVPAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLSPTSPLLNLPQVVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 VLGPLAQVVPGPPTAATFPLPPGPVPAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLSPTSPLLNLPQVVP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 TSQVVTLPQAVGPLQLLAAGPGSPVKVAAAAGPANVHLINSGVGVTALQLPSATAPGNFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 TSQVVTLPQAVGPLQLLAAGPGSPVKVAAAAGPANVHLINSGVGVTALQLPSATAPGNFL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 LANPVSGSPIVTGVAVQQGKIILTATFPTSMLVSQVLPPAPGLALPLKPETAISVPEGGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 LANPVSGSPIVTGVAVQQGKIILTATFPTSMLVSQVLPPAPGLALPLKPETAISVPEGGL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 PVAPSPALPEAHALGTLSAQQPPPAAATTSSTSLPFSPDSPGLLPNFPAPPPEGLMLSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_787 PVAPSPALPEAHALGTLSAQQPPPAAATTSSTSLPFSPDSPGLLPNFPAPPPEGLMLSPA
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 AVPVWSAGLELSAGTEGLLEAEKGLGTQAPHTMLRLPDPDPEGLLLGATAGGEVDEGLEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_787 AVPVWSAGLELSAGTEGLLEAEKGLGTQAPHTVLRLPDPDPEGLLLGATAGGEVDEGLEA
              670       680       690       700       710       720

              730         
pF1KB9 EAKVLTQLQSVPVEEPLEL
       :::::::::::::::::::
NP_787 EAKVLTQLQSVPVEEPLEL
              730         

>>XP_005267816 (OMIM: 606342) PREDICTED: homeobox protei  (773 aa)
 initn: 907 init1: 853 opt: 1055  Z-score: 485.8  bits: 100.6 E(85289): 2.6e-20
Smith-Waterman score: 1099; 35.5% identity (59.1% similar) in 785 aa overlap (10-738:28-771)

                                 10        20        30        40  
pF1KB9                   MATLPAEPSAGPAAGGEAVAAAAATEEEEEEARQLLQTLQAA
                                  :: :: : .  : :    :  .:      ... 
XP_005 MIASAADIKQENGMESASEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAATAAARVSGE
               10        20        30        40        50        60

              50        60        70        80        90       100 
pF1KB9 EGE-AAAAAGAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQA
       ::  :::::::.:  .   .:  :          ::.   : : :::..:::::::: :.
XP_005 EGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGR-----HHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEALQQG
               70        80             90       100       110     

             110       120       130       140       150       160 
pF1KB9 GHAGRLSRFLGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQ
       :.  ::.::: .:: .. :::.. .:.:::::::..: : ::: .:::. : .:.: .::
XP_005 GNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQ
         120       130       140       150       160       170     

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB9 DLYLRARYHEAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYR
       .:. .::: :::::::: ::::::::::.:::::.::::::::::::::.:: :::  :.
XP_005 QLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYK
         180       190       200       210       220       230     

             230       240       250       260       270       280 
pF1KB9 GNRYPTPDEKRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTEDESS
        ::::.: :::.:: .::::::::::::::::::::. .   .  ::::::::.::::::
XP_005 QNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSE--TQSKSESDGNPSTEDESS
         240       250       260       270         280       290   

             290       300              310       320       330    
pF1KB9 RSPEDLERGAAPVSAEAAAQGS-------IFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSP
       .. :::       :... .. :       ...   :      .::..:.:::.. :: ::
XP_005 KGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTSP
           300       310       320       330       340       350   

          340              350       360       370       380       
pF1KB9 AVLLNG-----GP--VIINGLALGEASSLGPLLLTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSLVLD
        :.:::     ::  ::.::: .:......   :.     :: . :   ..  . . .: 
XP_005 -VFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVA---LN-----PPKMSSNIVSNGISMTDILG
            360       370       380               390       400    

       390        400       410       420       430        440     
pF1KB9 PQTGEVR-LEEAQSEAPETKGAQVAAPGPALGEEVLGPLAQVVPG-PPTAATFPLPPGPV
         . .:. ..  :: :   ..: ... .:..      :..   ::  :.. .       :
XP_005 STSQDVKEFKVLQSSA---NSATTTSYSPSV------PVS--FPGLIPSTEVKREGIQTV
          410       420          430               440       450   

         450       460       470       480       490       500     
pF1KB9 PAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLSPTSPLLNLPQVVPTSQVVTLPQAVGPLQLLAAGPGSPV
        .  . .:: .. :    . ..  . ....:.   .:: ..   . .::::    :  ::
XP_005 ASQDGGSVVTFTTP----VQINQYG-IVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQL----P--PV
           460           470        480       490           500    

         510       520                530       540       550      
pF1KB9 KVAAAAGPANVHLINSGVGV-----TALQ----LPSATAPGNFLLANPVSGSPIVTGVAV
       .:::. :  .:   .:  ..     :..:    . :. ::.  . . : .:. :  : . 
XP_005 SVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQGKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTI--GSVK
            510       520       530       540       550         560

           560       570         580          590       600        
pF1KB9 QQG---KIILTATFPTSM--LVSQVLPPA--PGLAL-PLKPETAISVPEGGLPVAPSPAL
       :.:   .....  .:...   :.  :      : .: ::    .   :  .. ..::  :
XP_005 QEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENISGSGLHPLASSLVNVSPTHNFSLSPSTLL
              570       580       590       600       610       620

      610       620       630       640       650          660     
pF1KB9 PEAHALGTLSAQQPPPAAATTSSTSLPFSPDSPGLLPNFPAPPPEGLMLSP---AA----
         ..    .. .::  : ....::    :  . . : :      . :.  :   ::    
XP_005 NPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTNYATLQNCSLITGQDLLSVPMTQAALGEI
              630       640       650       660       670       680

               670       680       690         700           710   
pF1KB9 VPVW--SAGLELSAGTEGLLEAEKGLGTQAPHTMLR--LPDPDPEG----LLLGATA---
       ::.   ..:    :  . ... :. :  :.  .: .  : . . ..    ..: . .   
XP_005 VPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQ-EHRLVLQSVANMKENFLSNSESKATSSLMMLDSKSKYV
              690       700        710       720       730         

                  720       730          
pF1KB9 -GGEVD---EGLEAEAKVLTQLQSVPVEEPLEL 
         : ::   : ::.. : :..::.: ..: ..  
XP_005 LDGMVDTVCEDLETDKKELAKLQTVQLDEDMQDL
     740       750       760       770   

>>NP_059116 (OMIM: 606342) homeobox protein SIX4 [Homo s  (781 aa)
 initn: 907 init1: 853 opt: 1055  Z-score: 485.7  bits: 100.6 E(85289): 2.6e-20
Smith-Waterman score: 1099; 35.5% identity (59.1% similar) in 785 aa overlap (10-738:36-779)

                                    10        20        30         
pF1KB9                      MATLPAEPSAGPAAGGEAVAAAAATEEEEEEARQLLQTL
                                     :: :: : .  : :    :  .:      .
NP_059 PTGQIASAADIKQENGMESASEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAATAAARV
          10        20        30        40        50        60     

      40         50        60        70        80        90        
pF1KB9 QAAEGE-AAAAAGAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEAL
       .. ::  :::::::.:  .   .:  :          ::.   : : :::..::::::::
NP_059 SGEEGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGR-----HHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEAL
          70        80        90            100       110       120

      100       110       120       130       140       150        
pF1KB9 LQAGHAGRLSRFLGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHA
        :.:.  ::.::: .:: .. :::.. .:.:::::::..: : ::: .:::. : .:.: 
NP_059 QQGGNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHP
              130       140       150       160       170       180

      160       170       180       190       200       210        
pF1KB9 FLQDLYLRARYHEAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKA
       .::.:. .::: :::::::: ::::::::::.:::::.::::::::::::::.:: ::: 
NP_059 LLQQLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKE
              190       200       210       220       230       240

      220       230       240       250       260       270        
pF1KB9 CYRGNRYPTPDEKRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTED
        :. ::::.: :::.:: .::::::::::::::::::::. .   .  ::::::::.:::
NP_059 LYKQNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSE--TQSKSESDGNPSTED
              250       260       270       280         290        

      280       290       300              310       320       330 
pF1KB9 ESSRSPEDLERGAAPVSAEAAAQGS-------IFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAAS
       :::.. :::       :... .. :       ...   :      .::..:.:::.. ::
NP_059 ESSKGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPAS
      300       310       320       330       340       350        

             340              350       360       370       380    
pF1KB9 GSPAVLLNG-----GP--VIINGLALGEASSLGPLLLTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSL
        :: :.:::     ::  ::.::: .:......   :.     :: . :   ..  . . 
NP_059 TSP-VFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVA---LN-----PPKMSSNIVSNGISMTD
      360        370       380       390               400         

          390        400       410       420       430        440  
pF1KB9 VLDPQTGEVR-LEEAQSEAPETKGAQVAAPGPALGEEVLGPLAQVVPG-PPTAATFPLPP
       .:   . .:. ..  :: :   ..: ... .:..      :..   ::  :.. .     
NP_059 ILGSTSQDVKEFKVLQSSA---NSATTTSYSPSV------PVS--FPGLIPSTEVKREGI
     410       420          430       440               450        

            450       460       470       480       490       500  
pF1KB9 GPVPAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLSPTSPLLNLPQVVPTSQVVTLPQAVGPLQLLAAGPG
         : .  . .:: .. :    . ..  . ....:.   .:: ..   . .::::    : 
NP_059 QTVASQDGGSVVTFTTP----VQINQYG-IVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQL----P-
      460       470           480        490       500             

            510       520                530       540       550   
pF1KB9 SPVKVAAAAGPANVHLINSGVGV-----TALQ----LPSATAPGNFLLANPVSGSPIVTG
        ::.:::. :  .:   .:  ..     :..:    . :. ::.  . . : .:. :  :
NP_059 -PVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQGKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTI--G
       510       520       530       540       550       560       

              560       570         580          590       600     
pF1KB9 VAVQQG---KIILTATFPTSM--LVSQVLPPA--PGLAL-PLKPETAISVPEGGLPVAPS
        . :.:   .....  .:...   :.  :      : .: ::    .   :  .. ..::
NP_059 SVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENISGSGLHPLASSLVNVSPTHNFSLSPS
         570       580       590       600       610       620     

         610       620       630       640       650          660  
pF1KB9 PALPEAHALGTLSAQQPPPAAATTSSTSLPFSPDSPGLLPNFPAPPPEGLMLSP---AA-
         :  ..    .. .::  : ....::    :  . . : :      . :.  :   :: 
NP_059 TLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTNYATLQNCSLITGQDLLSVPMTQAAL
         630       640       650       660       670       680     

                  670       680       690         700           710
pF1KB9 ---VPVW--SAGLELSAGTEGLLEAEKGLGTQAPHTMLR--LPDPDPEG----LLLGATA
          ::.   ..:    :  . ... :. :  :.  .: .  : . . ..    ..: . .
NP_059 GEIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQ-EHRLVLQSVANMKENFLSNSESKATSSLMMLDSKS
         690       700        710       720       730       740    

                     720       730          
pF1KB9 ----GGEVD---EGLEAEAKVLTQLQSVPVEEPLEL 
            : ::   : ::.. : :..::.: ..: ..  
NP_059 KYVLDGMVDTVCEDLETDKKELAKLQTVQLDEDMQDL
          750       760       770       780 

>>XP_005264157 (OMIM: 604994) PREDICTED: homeobox protei  (293 aa)
 initn: 806 init1: 728 opt: 745  Z-score: 355.3  bits: 75.0 E(85289): 4.8e-13
Smith-Waterman score: 774; 44.3% identity (67.4% similar) in 316 aa overlap (81-393:5-288)

               60        70        80        90       100       110
pF1KB9 GAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSRF
                                     :: . :. ::::::::.: :.:.  ::.::
XP_005                           MSMLPT-FGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRF
                                          10        20        30   

              120       130       140       150       160       170
pF1KB9 LGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARYH
       : .::  :.:. .. ::.:.:.:::.::.. :::..:::. :   .:: ::.:.:.:.: 
XP_005 LWSLPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYI
            40        50        60        70        80        90   

              180       190       200       210       220       230
pF1KB9 EAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPDE
       :::. ::: :::: :::.:.:::::..::::::: :::::.::..:.  :  : ::.: :
XP_005 EAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPRE
           100       110       120       130       140       150   

              240       250       260       270       280       290
pF1KB9 KRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTEDESSRSPEDLERG
       ::.::  :::. :::::::::::::::.     :  : . . :  . . .:..:      
XP_005 KRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRA-----AEAKERYEENNENSNSNSHNP------
           160       170       180            190       200        

              300       310       320       330       340          
pF1KB9 AAPVSAEAAAQGSIFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSPAVLLNGGPVIINGL-A
                      : :.:  .   . .    .:.   .:.:::.::.  :  . .: .
XP_005 ---------------LNGSGKSVLGSSEDEKTPSGTPDHSSSSPALLLSPPPPGLPSLHS
                           210       220       230       240       

     350         360       370       380       390       400       
pF1KB9 LGE--ASSLGPLLLTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSLVLDPQTGEVRLEEAQSEAPETKG
       ::.  . :  :. . ::::: : :   .: ...    .:.:.....              
XP_005 LGHPPGPSAVPVPVPGGGGADPLQHH-HGLQDS----ILNPMSANLVDLGS         
       250       260       270            280       290            

       410       420       430       440       450       460       
pF1KB9 AQVAAPGPALGEEVLGPLAQVVPGPPTAATFPLPPGPVPAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLS

>>NP_058628 (OMIM: 604994) homeobox protein SIX2 [Homo s  (291 aa)
 initn: 808 init1: 730 opt: 744  Z-score: 354.9  bits: 75.0 E(85289): 5e-13
Smith-Waterman score: 767; 44.3% identity (67.7% similar) in 316 aa overlap (81-393:5-286)

               60        70        80        90       100       110
pF1KB9 GAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSRF
                                     :: . :. ::::::::.: :.:.  ::.::
NP_058                           MSMLPT-FGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRF
                                          10        20        30   

              120       130       140       150       160       170
pF1KB9 LGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARYH
       : .::  :.:. .. ::.:.:.:::.::.. :::..:::. :   .:: ::.:.:.:.: 
NP_058 LWSLPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYI
            40        50        60        70        80        90   

              180       190       200       210       220       230
pF1KB9 EAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPDE
       :::. ::: :::: :::.:.:::::..::::::: :::::.::..:.  :  : ::.: :
NP_058 EAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPRE
           100       110       120       130       140       150   

              240       250       260       270       280       290
pF1KB9 KRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTEDESSRSPEDLERG
       ::.::  :::. :::::::::::::::      :   .: ..: .. . .:..:      
NP_058 KRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDR------AAEAKERENNENS-NSNSHNP------
           160       170       180             190        200      

              300       310       320       330       340          
pF1KB9 AAPVSAEAAAQGSIFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSPAVLLNGGPVIINGL-A
                      : :.:  .   . .    .:.   .:.:::.::.  :  . .: .
NP_058 ---------------LNGSGKSVLGSSEDEKTPSGTPDHSSSSPALLLSPPPPGLPSLHS
                             210       220       230       240     

     350         360       370       380       390       400       
pF1KB9 LGE--ASSLGPLLLTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSLVLDPQTGEVRLEEAQSEAPETKG
       ::.  . :  :. . ::::: : :   .: ...    .:.:.....              
NP_058 LGHPPGPSAVPVPVPGGGGADPLQHH-HGLQDS----ILNPMSANLVDLGS         
         250       260       270            280       290          

       410       420       430       440       450       460       
pF1KB9 AQVAAPGPALGEEVLGPLAQVVPGPPTAATFPLPPGPVPAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLS

>>NP_005404 (OMIM: 157170,269160,603714) homeobox protei  (332 aa)
 initn: 772 init1: 546 opt: 740  Z-score: 352.4  bits: 74.7 E(85289): 6.9e-13
Smith-Waterman score: 754; 46.6% identity (69.2% similar) in 292 aa overlap (44-315:42-330)

            20        30        40        50        60        70   
pF1KB9 AGGEAVAAAAATEEEEEEARQLLQTLQAAEGEAAAAAGAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGS-
                                     : :....:.: ::...:: : :. :  :: 
NP_005 SHFLLPNFADSHHRSILLASSGGGNGAGGGGGAGGGSGGGNGAGGGGAGGAGGGGGGGSR
              20        30        40        50        60        70 

                80        90       100       110           120     
pF1KB9 -PPEAAS--EPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSRFLGALPPA----ERLRGSDP
        :::  :  . :: : ::::::: :::.: ..:   ::.::: .:: :    : .   . 
NP_005 APPEELSMFQLPT-LNFSPEQVASVCETLEETGDIERLGRFLWSLPVAPGACEAINKHES
              80         90       100       110       120       130

         130       140       150       160       170       180     
pF1KB9 VLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARYHEAERARGRALGAVDK
       .:::::.:::. :.. .::..::.. :    :. :: ..:.:.:.:::. ::: :: :::
NP_005 ILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAMWLEAHYQEAEKLRGRPLGPVDK
              140       150       160       170       180       190

         190       200       210       220       230       240     
pF1KB9 YRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPDEKRRLATLTGLSLTQV
       ::.:::::::.::::::. ..:::::.:. :.  :  . ::.:..::.::  :::. :::
NP_005 YRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQDPYPNPSKKRELAQATGLTPTQV
              200       210       220       230       240       250

         250       260                270        280       290     
pF1KB9 SNWFKNRRQRDRTGAG---------GGAPCKSESD-GNPTTEDESSRSPEDLERGAAPVS
       .:::::::::::..:.         : .  .: .. : ::    :..::      .. ::
NP_005 GNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEPGCPT--HGSAESPSTAASPTTSVS
              260       270       280       290         300        

           300       310       320       330       340       350   
pF1KB9 A--EAAAQGSIFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSPAVLLNGGPVIINGLALGEA
       .  : :  :. .:. :.  . :                                      
NP_005 SLTERADTGTSILSVTSSDSECDV                                    
      310       320       330                                      

>>NP_005973 (OMIM: 113650,601205,605192,608389) homeobox  (284 aa)
 initn: 745 init1: 719 opt: 731  Z-score: 349.3  bits: 73.9 E(85289): 1e-12
Smith-Waterman score: 743; 48.8% identity (72.4% similar) in 254 aa overlap (80-333:5-244)

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB9 AGAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSR
                                     :  :  :. ::::::::.: :.:.  ::.:
NP_005                           MSMLPSFG--FTQEQVACVCEVLQQGGNLERLGR
                                           10        20        30  

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB9 FLGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARY
       :: .::  ..:. .. ::.:.:.:::.::.. :::..:::. :   .:  ::.:.:.:.:
NP_005 FLWSLPACDHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHPKLQQLWLKAHY
             40        50        60        70        80        90  

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB9 HEAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPD
        :::. ::: :::: :::.:.:::::.:::::::: :::::.::..:.  :  : ::.: 
NP_005 VEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRTIWDGEETSYCFKEKSRGVLREWYAHNPYPSPR
            100       110       120       130       140       150  

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pF1KB9 EKRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTEDESSRSPEDLER
       :::.::  :::. :::::::::::::::  :. .   ..  ..: ... ... ::  :: 
NP_005 EKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDR--AAEAKERENTENNNSSSNKQNQLSP--LE-
            160       170       180         190       200          

     290       300       310       320       330       340         
pF1KB9 GAAPVSAEAAAQGSIFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSPAVLLNGGPVIINGLA
       :. :. . .  . :       ::     .: .:..:..  : .:                
NP_005 GGKPLMSSSEEEFS-------PPQSPDQNSVLLLQGNMGHARSSNYSLPGLTASQPSHGL
       210       220              230       240       250       260

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pF1KB9 LGEASSLGPLLLTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSLVLDPQTGEVRLEEAQSEAPETKGAQ
                                                                   
NP_005 QTHQHQLQDSLLGPLTSSLVDLGS                                    
              270       280                                        

>>NP_031400 (OMIM: 206900,212550,606326) homeobox protei  (246 aa)
 initn: 671 init1: 562 opt: 690  Z-score: 332.1  bits: 70.5 E(85289): 9.2e-12
Smith-Waterman score: 694; 51.7% identity (72.4% similar) in 232 aa overlap (84-299:7-231)

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB9 AGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSRFLGA
                                     : :::.::: :::.: ..: . ::.::: .
NP_031                         MFQLPILNFSPQQVAGVCETLEESGDVERLGRFLWS
                                       10        20        30      

               120       130       140       150       160         
pF1KB9 LP--PA--ERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARY
       ::  ::  : :  .. ::::::.:::. :.: :::..::.. :    :: :: :.:.:.:
NP_031 LPVAPAACEALNKNESVLRARAIVAFHGGNYRELYHILENHKFTKESHAKLQALWLEAHY
         40        50        60        70        80        90      

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pF1KB9 HEAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPD
       .:::. ::: :: :::::.:::::::.::::::. ..:::::.:  :.  :  . ::.:.
NP_031 QEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRHLLREWYLQDPYPNPS
        100       110       120       130       140       150      

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pF1KB9 EKRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGA------------GGGAPCKSESDGNPTTE
       .::.::  :::. :::.:::::::::::..:            :.:   ..:.::.: . 
NP_031 KKRELAQATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQQQVLSQGSGRALRAEGDGTPEVL
        160       170       180       190       200       210      

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pF1KB9 DESSRSPEDLERGAAPVSAEAAAQGSIFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSPAVL
         .. ::      :: .:..::                                      
NP_031 GVAT-SP------AASLSSKAATSAISITSSDSECDI                       
        220              230       240                             

>>XP_016877091 (OMIM: 113650,601205,605192,608389) PREDI  (173 aa)
 initn: 647 init1: 623 opt: 624  Z-score: 305.1  bits: 65.0 E(85289): 2.9e-10
Smith-Waterman score: 624; 57.6% identity (79.4% similar) in 165 aa overlap (80-244:5-167)

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB9 AGAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSR
                                     :  :  :. ::::::::.: :.:.  ::.:
XP_016                           MSMLPSFG--FTQEQVACVCEVLQQGGNLERLGR
                                           10        20        30  

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB9 FLGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARY
       :: .::  ..:. .. ::.:.:.:::.::.. :::..:::. :   .:  ::.:.:.:.:
XP_016 FLWSLPACDHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHPKLQQLWLKAHY
             40        50        60        70        80        90  

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB9 HEAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPD
        :::. ::: :::: :::.:.:::::.:::::::: :::::.::..:.  :  : ::.: 
XP_016 VEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRTIWDGEETSYCFKEKSRGVLREWYAHNPYPSPR
            100       110       120       130       140       150  

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pF1KB9 EKRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTEDESSRSPEDLER
       :::.::  :::. ::                                             
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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