Result of FASTA (ccds) for pF1KB8939
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8939, 291 aa
  1>>>pF1KB8939 291 - 291 aa - 291 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6186+/-0.000851; mu= 3.7296+/- 0.052
 mean_var=257.5476+/-53.951, 0's: 0 Z-trim(116.3): 34  B-trim: 941 in 1/51
 Lambda= 0.079918
 statistics sampled from 16886 (16914) to 16886 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.825), E-opt: 0.2 (0.52), width:  16
 Scan time:  3.000

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1822.1 SIX2 gene_id:10736|Hs108|chr2           ( 291) 2013 244.2 8.6e-65
CCDS9748.1 SIX1 gene_id:6495|Hs108|chr14           ( 284) 1453 179.6 2.3e-45
CCDS1821.1 SIX3 gene_id:6496|Hs108|chr2            ( 332)  976 124.7 9.3e-29
CCDS9747.1 SIX6 gene_id:4990|Hs108|chr14           ( 246)  954 122.0 4.4e-28
CCDS9749.2 SIX4 gene_id:51804|Hs108|chr14          ( 781)  869 112.7 8.7e-25
CCDS12673.1 SIX5 gene_id:147912|Hs108|chr19        ( 739)  744 98.3 1.8e-20


>>CCDS1822.1 SIX2 gene_id:10736|Hs108|chr2                (291 aa)
 initn: 2013 init1: 2013 opt: 2013  Z-score: 1276.7  bits: 244.2 E(32554): 8.6e-65
Smith-Waterman score: 2013; 100.0% identity (100.0% similar) in 291 aa overlap (1-291:1-291)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRFLWSLPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRFLWSLPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 GNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYIEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 GNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYIEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 IWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPREKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPREKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 AAEAKERENNENSNSNSHNPLNGSGKSVLGSSEDEKTPSGTPDHSSSSPALLLSPPPPGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 AAEAKERENNENSNSNSHNPLNGSGKSVLGSSEDEKTPSGTPDHSSSSPALLLSPPPPGL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290 
pF1KB8 PSLHSLGHPPGPSAVPVPVPGGGGADPLQHHHGLQDSILNPMSANLVDLGS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PSLHSLGHPPGPSAVPVPVPGGGGADPLQHHHGLQDSILNPMSANLVDLGS
              250       260       270       280       290 

>>CCDS9748.1 SIX1 gene_id:6495|Hs108|chr14                (284 aa)
 initn: 1400 init1: 1310 opt: 1453  Z-score: 927.8  bits: 179.6 E(32554): 2.3e-45
Smith-Waterman score: 1456; 74.7% identity (87.0% similar) in 300 aa overlap (1-291:1-284)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRFLWSLPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHR
       :::::.::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS97 MSMLPSFGFTQEQVACVCEVLQQGGNLERLGRFLWSLPACDHLHKNESVLKAKAVVAFHR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 GNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYIEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRS
       :::::::::::::::::::: :::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.
CCDS97 GNFRELYKILESHQFSPHNHPKLQQLWLKAHYVEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 IWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPREKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDR
       ::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 IWDGEETSYCFKEKSRGVLREWYAHNPYPSPREKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDR
              130       140       150       160       170       180

              190            200       210       220       230     
pF1KB8 AAEAKERENNENSNSNSH-----NPLNGSGKSVLGSSEDEKTPSGTPDHSSSSPALLLSP
       :::::::::.::.::.:.     .::.: :: ...:::.: .:  .::..:   .:::. 
CCDS97 AAEAKERENTENNNSSSNKQNQLSPLEG-GKPLMSSSEEEFSPPQSPDQNS---VLLLQG
              190       200        210       220       230         

         240       250       260           270       280       290 
pF1KB8 PPPGLPSLHSLGHPPGPSAVPVPVPGGGGADP---LQ-HHHGLQDSILNPMSANLVDLGS
                ..::  . .     .::  ...:   :: :.: ::::.:.:....::::::
CCDS97 ---------NMGHARSSN---YSLPGLTASQPSHGLQTHQHQLQDSLLGPLTSSLVDLGS
                 240          250       260       270       280    

>>CCDS1821.1 SIX3 gene_id:6496|Hs108|chr2                 (332 aa)
 initn: 973 init1: 804 opt: 976  Z-score: 629.8  bits: 124.7 E(32554): 9.3e-29
Smith-Waterman score: 976; 61.2% identity (83.6% similar) in 232 aa overlap (1-228:79-309)

                                             10        20        30
pF1KB8                               MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERL
                                     : .:::..:. :::: :::.:.. :.::::
CCDS18 GGGNGAGGGGAGGAGGGGGGGSRAPPEELSMFQLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERL
       50        60        70        80        90       100        

                   40        50        60        70        80      
pF1KB8 GRFLWSLP----ACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQL
       ::::::::    ::: ..:.::.:.:.:::::: ::::.::.:::.:.:. ..:.::: .
CCDS18 GRFLWSLPVAPGACEAINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAM
      110       120       130       140       150       160        

         90       100       110       120       130       140      
pF1KB8 WLKAHYIEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHN
       ::.::: ::::::::::: : :::::.::::::.:::::. ..::::..::.::::: ..
CCDS18 WLEAHYQEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQD
      170       180       190       200       210       220        

        150       160       170       180       190       200      
pF1KB8 PYPSPREKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRAAEAKERENNENSNSNSHNPLNGSGK
       :::.: .:::::.::::: :::.::::::::::::: ::.: ...  . ..   :   : 
CCDS18 PYPNPSKKRELAQATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEPGC
      230       240       250       260       270       280        

        210       220       230       240       250       260      
pF1KB8 SVLGSSEDEKTPSGTPDHSSSSPALLLSPPPPGLPSLHSLGHPPGPSAVPVPVPGGGGAD
        . ::.:. .: ...:  : ::                                      
CCDS18 PTHGSAESPST-AASPTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV               
      290        300       310       320       330                 

>>CCDS9747.1 SIX6 gene_id:4990|Hs108|chr14                (246 aa)
 initn: 948 init1: 790 opt: 954  Z-score: 617.7  bits: 122.0 E(32554): 4.4e-28
Smith-Waterman score: 954; 58.1% identity (82.6% similar) in 241 aa overlap (1-234:1-238)

               10        20        30            40        50      
pF1KB8 MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRFLWSLP----ACEHLHKNESVLKAKAVV
       : .:: ..:. .::: :::.:...:..:::::::::::    ::: :.::::::.:.:.:
CCDS97 MFQLPILNFSPQQVAGVCETLEESGDVERLGRFLWSLPVAPAACEALNKNESVLRARAIV
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB8 AFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYIEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFP
       ::: ::.::::.:::.:.:. ..::::: :::.::: ::::::::::: : :::::.:::
CCDS97 AFHGGNYRELYHILENHKFTKESHAKLQALWLEAHYQEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFP
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB8 LPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPREKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRR
       :::.:::::. ..::::..: .::::: ..:::.: .:::::.::::: :::.:::::::
CCDS97 LPRTIWDGEQKTHCFKERTRHLLREWYLQDPYPNPSKKRELAQATGLTPTQVGNWFKNRR
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200          210       220       230   
pF1KB8 QRDRAAEAKERENNENSNSNSHNPLNGSGKS---VLGSSEDEKTPSGTPDHSSSSPALLL
       :::::: ::.: ...  ...:   : . : .   ::: .    .:... . .... :. .
CCDS97 QRDRAAAAKNRLQQQVLSQGSGRALRAEGDGTPEVLGVA---TSPAASLSSKAATSAISI
              190       200       210          220       230       

           240       250       260       270       280       290 
pF1KB8 SPPPPGLPSLHSLGHPPGPSAVPVPVPGGGGADPLQHHHGLQDSILNPMSANLVDLGS
       .                                                         
CCDS97 TSSDSECDI                                                 
       240                                                       

>>CCDS9749.2 SIX4 gene_id:51804|Hs108|chr14               (781 aa)
 initn: 890 init1: 863 opt: 869  Z-score: 558.5  bits: 112.7 E(32554): 8.7e-25
Smith-Waterman score: 874; 50.0% identity (70.5% similar) in 302 aa overlap (7-290:106-404)

                                       10        20        30      
pF1KB8                         MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRFLWS
                                     ..:. ..::::::.::::::..::.:::::
CCDS97 AAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWS
          80        90       100       110       120       130     

         40        50        60        70        80        90      
pF1KB8 LPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYIEAE
       ::  . :. :::.:::.:.::::.: . :::.:::::.:   ::  ::::: ::.: :::
CCDS97 LPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAE
         140       150       160       170       180       190     

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB8 KLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPREKRE
       . :::::::: :::.::::::::.::::::: ::::::::..:.: : .: :::: :::.
CCDS97 RARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRH
         200       210       220       230       240       250     

        160       170       180       190       200       210      
pF1KB8 LAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRAAEAKERENNENSNSNSHNPLNGSGKSVLGSSEDEK
       ::. :::. :::::::::::::::     . ... ..: ....  ...:.  :.     .
CCDS97 LAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDE-SSKGHEDLSPHPLSS
         260       270       280       290        300       310    

        220          230       240       250          260       270
pF1KB8 TPSGTPDHSSSS---PALLLSPPPPGLPSLHSLGHPPGPSAVPV---PVPGGGGADPLQH
       . .:  . : ::   :. . .     . :: : :   . : ::.   ::  .:..  .: 
CCDS97 SSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKI-SLSSSGVLLNGSLVPASTSPVFLNGNS-FIQG
          320       330       340        350       360        370  

                        280         290                            
pF1KB8 HHGL----------QDSILNP--MSANLVDLGS                           
         :.          :   :::  ::.:.:. :                            
CCDS97 PSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKEFKVLQSSANSAT
            380       390       400       410       420       430  

CCDS97 TTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQYGIVQIPNSGAN
            440       450       460       470       480       490  

>>CCDS12673.1 SIX5 gene_id:147912|Hs108|chr19             (739 aa)
 initn: 808 init1: 730 opt: 744  Z-score: 480.9  bits: 98.3 E(32554): 1.8e-20
Smith-Waterman score: 767; 44.9% identity (67.7% similar) in 316 aa overlap (5-286:81-393)

                                          10        20        30   
pF1KB8                           MSMLPT-FGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRF
                                     :: . :. ::::::::.: :.:.  ::.::
CCDS12 GAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEALLQAGHAGRLSRF
               60        70        80        90       100       110

            40        50        60        70        80        90   
pF1KB8 LWSLPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYI
       : .::  :.:. .. ::.:.:.:::.::.. :::..:::. :   .:: ::.:.:.:.: 
CCDS12 LGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHAFLQDLYLRARYH
              120       130       140       150       160       170

           100       110       120       130       140       150   
pF1KB8 EAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPRE
       :::. ::: :::: :::.:.:::::..::::::: :::::.::..:.  :  : ::.: :
CCDS12 EAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKACYRGNRYPTPDE
              180       190       200       210       220       230

           160       170       180             190          200    
pF1KB8 KRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDR------AAEAKERENN---ENSNSNSHNPLNGS
       ::.::  :::. :::::::::::::::      :   .: ..:   :. .: : . :. .
CCDS12 KRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTEDESSRSPEDLERG
              240       250       260       270       280       290

          210               220                  230       240     
pF1KB8 GKSVLGSSEDEKT--------PSGTPDHSS-----------SSPALLLSPPPPGLPSLHS
       .  : . .  . .        :.  :  ::           .:::.::.  :  . .: .
CCDS12 AAPVSAEAAAQGSIFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAASGSPAVLLNGGPVIINGL-A
              300       310       320       330       340          

         250       260       270            280       290          
pF1KB8 LGHPPGPSAVPVPVPGGGGADPLQHH-HGLQDS----ILNPMSANLVDLGS         
       ::.  . :  :. . ::::: : :   .: ...    .:.:.....              
CCDS12 LGE--ASSLGPLLLTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSLVLDPQTGEVRLEEAQSEAPETKG
     350         360       370       380       390       400       

CCDS12 AQVAAPGPALGEEVLGPLAQVVPGPPTAATFPLPPGPVPAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLS
       410       420       430       440       450       460       




291 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 00:47:11 2016 done: Sat Nov  5 00:47:11 2016
 Total Scan time:  3.000 Total Display time: -0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com