Result of FASTA (ccds) for pF1KB3558
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3558, 333 aa
  1>>>pF1KB3558 333 - 333 aa - 333 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6081+/-0.000809; mu= 15.4896+/- 0.049
 mean_var=94.6433+/-18.329, 0's: 0 Z-trim(110.9): 190  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.131835
 statistics sampled from 11723 (11936) to 11723 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.367), width:  16
 Scan time:  2.890

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13805.1 RAB36 gene_id:9609|Hs108|chr22         ( 333) 2206 429.5 1.9e-120
CCDS11240.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17        ( 259)  983 196.8 1.6e-50
CCDS45636.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17        ( 251)  905 181.9 4.7e-46
CCDS54101.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17        ( 268)  787 159.5 2.8e-39
CCDS58536.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17        ( 237)  745 151.5 6.5e-37
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1           ( 203)  415 88.6 4.6e-18
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6          ( 237)  405 86.8 1.9e-17
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14         ( 216)  400 85.8 3.4e-17
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19        ( 218)  392 84.3   1e-16
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11          ( 208)  390 83.9 1.3e-16
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11          ( 208)  385 82.9 2.4e-16
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12        ( 201)  382 82.4 3.5e-16
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3          ( 208)  382 82.4 3.6e-16
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19        ( 213)  382 82.4 3.7e-16
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11        ( 201)  371 80.3 1.5e-15
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2          ( 205)  370 80.1 1.7e-15
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14       ( 212)  369 79.9   2e-15
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9          ( 215)  368 79.7 2.3e-15
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15        ( 216)  367 79.5 2.7e-15
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12      ( 731)  373 81.1   3e-15
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8           ( 212)  366 79.3   3e-15
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1          ( 218)  364 79.0   4e-15
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15        ( 207)  362 78.6   5e-15
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11         ( 203)  354 77.0 1.4e-14
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2          ( 200)  351 76.5 2.1e-14
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3        ( 212)  351 76.5 2.2e-14
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19         ( 207)  348 75.9 3.2e-14
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17       ( 216)  348 75.9 3.3e-14
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17       ( 228)  347 75.8 3.9e-14
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17       ( 196)  342 74.7 6.7e-14
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17       ( 223)  342 74.8 7.4e-14
CCDS34300.1 RAB24 gene_id:53917|Hs108|chr5         ( 203)  341 74.6 7.9e-14
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9         ( 740)  347 76.2 9.3e-14
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15        ( 155)  336 73.5 1.2e-13
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2       ( 254)  338 74.1 1.4e-13
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2         ( 254)  337 73.9 1.6e-13
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1         ( 213)  336 73.6 1.6e-13
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18       ( 244)  334 73.3 2.3e-13
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7        ( 217)  331 72.7 3.1e-13
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17         ( 216)  330 72.5 3.5e-13
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12        ( 152)  328 72.0 3.5e-13
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10         ( 206)  329 72.3 3.9e-13
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17         ( 249)  330 72.6 3.9e-13
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12         ( 225)  325 71.6   7e-13
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16        ( 256)  324 71.4 8.8e-13
CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX        ( 221)  320 70.6 1.3e-12
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12          ( 215)  319 70.4 1.5e-12
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19         ( 219)  319 70.4 1.5e-12
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19         ( 220)  319 70.4 1.5e-12
CCDS58155.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11         ( 175)  317 69.9 1.7e-12


>>CCDS13805.1 RAB36 gene_id:9609|Hs108|chr22              (333 aa)
 initn: 2206 init1: 2206 opt: 2206  Z-score: 2276.0  bits: 429.5 E(32554): 1.9e-120
Smith-Waterman score: 2206; 100.0% identity (100.0% similar) in 333 aa overlap (1-333:1-333)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MVIAGASWMLGRAAASPTQTPPTTSTIRVARRSRVALVAMVIAAAGSGGPGRAEPQLSQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MVIAGASWMLGRAAASPTQTPPTTSTIRVARRSRVALVAMVIAAAGSGGPGRAEPQLSQP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 SLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 LKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 GQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 LLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330   
pF1KB3 SARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPSSLGCC
       :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPSSLGCC
              310       320       330   

>>CCDS11240.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17             (259 aa)
 initn: 1002 init1: 961 opt: 983  Z-score: 1020.3  bits: 196.8 E(32554): 1.6e-50
Smith-Waterman score: 983; 56.9% identity (81.5% similar) in 260 aa overlap (77-333:6-258)

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB3 SGGPGRAEPQLSQPSLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQ
                                     :: ::::.: .:.    :: :. .. :: .
CCDS11                          MNILAPVRRDRVLAELPQCLRKEAALHGHKDFHPR
                                        10        20        30     

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB3 VSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFE
       :. :::.. :::::.:.:::.::::: :::: ::.::::..::..::::::::::.::::
CCDS11 VTCACQEHRTGTVGFKISKVIVVGDLSVGKTCLINRFCKDTFDKNYKATIGVDFEMERFE
          40        50        60        70        80        90     

        170       180       190       200       210       220      
pF1KB3 IAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENE
       . :::.:::.:::::::.::::::.::::::.:: .:.:.:: .::::.::: :::.::.
CCDS11 VLGIPFSLQLWDTAGQERFKCIASTYYRGAQAIIIVFNLNDVASLEHTKQWLADALKEND
         100       110       120       130       140       150     

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB3 AGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAAL
        .: ..::::.:::: . :     : ::...:.::.::::.::. :::::. :: :::::
CCDS11 PSSVLLFLVGSKKDLSTPAQYALMEKDALQVAQEMKAEYWAVSSLTGENVREFFFRVAAL
         160       170       180       190       200       210     

        290       300       310       320          330    
pF1KB3 AFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPE---TQESKRPSSLGCC 
       .:: .:: .::.... :.    ::.......  .   :  .:.:.   :: 
CCDS11 TFEANVLAELEKSGARRI----GDVVRINSDDSNLYLTASKKKPT---CCP
         220       230           240       250            

>>CCDS45636.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17             (251 aa)
 initn: 953 init1: 726 opt: 905  Z-score: 940.3  bits: 181.9 E(32554): 4.7e-46
Smith-Waterman score: 927; 54.6% identity (80.0% similar) in 260 aa overlap (77-333:6-250)

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB3 SGGPGRAEPQLSQPSLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQ
                                     :: ::::.: .:.    :: :. .. :: .
CCDS45                          MNILAPVRRDRVLAELPQCLRKEAALHGHKDFHPR
                                        10        20        30     

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB3 VSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFE
       :. :::.. :::::.:.:::.::::: :::: ::.::::..::..::::::::::.::::
CCDS45 VTCACQEHRTGTVGFKISKVIVVGDLSVGKTCLINRFCKDTFDKNYKATIGVDFEMERFE
          40        50        60        70        80        90     

        170       180       190       200       210       220      
pF1KB3 IAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENE
       . :::.:::.:::::::.::::::.::::::.:: .:.:.:: .::::.::: :::.::.
CCDS45 VLGIPFSLQLWDTAGQERFKCIASTYYRGAQAIIIVFNLNDVASLEHTKQWLADALKEND
         100       110       120       130       140       150     

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB3 AGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAAL
        .: ..::. ..  :.        : ::...:.::.::::.::. :::::. :: :::::
CCDS45 PSSVLLFLTPAQYALM--------EKDALQVAQEMKAEYWAVSSLTGENVREFFFRVAAL
         160       170               180       190       200       

        290       300       310       320          330    
pF1KB3 AFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPE---TQESKRPSSLGCC 
       .:: .:: .::.... :.    ::.......  .   :  .:.:.   :: 
CCDS45 TFEANVLAELEKSGARRI----GDVVRINSDDSNLYLTASKKKPT---CCP
       210       220           230       240          250 

>>CCDS54101.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17             (268 aa)
 initn: 775 init1: 647 opt: 787  Z-score: 818.6  bits: 159.5 E(32554): 2.8e-39
Smith-Waterman score: 787; 58.8% identity (79.9% similar) in 204 aa overlap (60-262:51-249)

      30        40        50        60        70        80         
pF1KB3 ARRSRVALVAMVIAAAGSGGPGRAEPQLSQPSLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPK
                                     :    :::      .  :: ::::.: .:.
CCDS54 LSPFPLPAGSWHRQMLRSSLRFPITNSAGAPCKAAGRMN-----ILAPVRRDRVLAELPQ
               30        40        50             60        70     

      90       100       110       120        130       140        
pF1KB3 WYTPEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVG-LKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVF
           :: :. .. :: .:. :::.. ::::: .:.:::.::::: :::: ::.::::..:
CCDS54 CLRKEAALHGHKDFHPRVTCACQEHRTGTVGRFKISKVIVVGDLSVGKTCLINRFCKDTF
          80        90       100       110       120       130     

      150       160       170       180       190       200        
pF1KB3 DRDYKATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDV
       :..::::::::::.::::. :::.:::.:::::::.::::::.::::::.:: .:.:.::
CCDS54 DKNYKATIGVDFEMERFEVLGIPFSLQLWDTAGQERFKCIASTYYRGAQAIIIVFNLNDV
         140       150       160       170       180       190     

      210       220       230       240       250       260        
pF1KB3 QTLEHTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSV
        .::::.::: :::.::. .: ..::::.:::: . :     : ::...:.::.      
CCDS54 ASLEHTKQWLADALKENDPSSVLLFLVGSKKDLSTPAQYALMEKDALQVAQEMKTVQRLP
         200       210       220       230       240       250     

      270       280       290       300       310       320        
pF1KB3 SAKTGENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPS
                                                                   
CCDS54 SPRALCHPHSSRA                                               
         260                                                       

>>CCDS58536.1 RAB34 gene_id:83871|Hs108|chr17             (237 aa)
 initn: 871 init1: 720 opt: 745  Z-score: 776.2  bits: 151.5 E(32554): 6.5e-37
Smith-Waterman score: 830; 50.8% identity (73.8% similar) in 260 aa overlap (77-333:6-236)

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB3 SGGPGRAEPQLSQPSLDCGRMRSSLTPLGPPVSRDRVIASFPKWYTPEACLQLREHFHGQ
                                     :: ::::.: .:.    :: :. .. :: .
CCDS58                          MNILAPVRRDRVLAELPQCLRKEAALHGHKDFHPR
                                        10        20        30     

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB3 VSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKATIGVDFEIERFE
       :. :::.. :::::                      :::..::..::::::::::.::::
CCDS58 VTCACQEHRTGTVG----------------------FCKDTFDKNYKATIGVDFEMERFE
          40                              50        60        70   

        170       180       190       200       210       220      
pF1KB3 IAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHTRQWLEDALRENE
       . :::.:::.:::::::.::::::.::::::.:: .:.:.:: .::::.::: :::.::.
CCDS58 VLGIPFSLQLWDTAGQERFKCIASTYYRGAQAIIIVFNLNDVASLEHTKQWLADALKEND
            80        90       100       110       120       130   

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB3 AGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGENVKAFFSRVAAL
        .: ..::::.:::: . :     : ::...:.::.::::.::. :::::. :: :::::
CCDS58 PSSVLLFLVGSKKDLSTPAQYALMEKDALQVAQEMKAEYWAVSSLTGENVREFFFRVAAL
           140       150       160       170       180       190   

        290       300       310       320          330    
pF1KB3 AFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPE---TQESKRPSSLGCC 
       .:: .:: .::.... :.    ::.......  .   :  .:.:.   :: 
CCDS58 TFEANVLAELEKSGARRI----GDVVRINSDDSNLYLTASKKKPT---CCP
           200       210           220       230          

>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1                (203 aa)
 initn: 384 init1: 334 opt: 415  Z-score: 437.9  bits: 88.6 E(32554): 4.6e-18
Smith-Waterman score: 420; 38.2% identity (67.8% similar) in 199 aa overlap (123-321:8-187)

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB3 PEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDY
                                     : :....::  :::: :: :: .. :.  :
CCDS10                        MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTY
                                      10        20        30       

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB3 KATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLE
        .:::.::.:.  .: :   .::.:::::::.:: :..::::::. :: ..:.:: ...:
CCDS10 ISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFE
        40        50        60        70        80        90       

            220       230       240       250       260       270  
pF1KB3 HTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKT
       . ..:.. ...:: ...   .:.:.: :. .    .. .::  .::::   ... .:::.
CCDS10 NIQNWMK-SIKENASAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQAD--KLAREHGIRFFETSAKS
       100        110       120       130         140       150    

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB3 GENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPSSLGC
       . ::   :: .:         .:.  .:..: . :::.      .:: :           
CCDS10 SMNVDEAFSSLA---------RDILLKSGGR-RSGNGN------KPPSTDLKTCDKKNTN
          160                170        180             190        

            
pF1KB3 C    
            
CCDS10 KCSLG
      200   

>>CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6               (237 aa)
 initn: 356 init1: 325 opt: 405  Z-score: 426.7  bits: 86.8 E(32554): 1.9e-17
Smith-Waterman score: 407; 34.5% identity (65.1% similar) in 229 aa overlap (125-332:11-234)

          100       110       120       130       140       150    
pF1KB3 ACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDYKA
                                     :.::::.  :::.:.:.:.::..: .::: 
CCDS49                     MLEEDMEVAIKMVVVGNGAVGKSSMIQRYCKGIFTKDYKK
                                   10        20        30        40

          160       170       180       190       200       210    
pF1KB3 TIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLEHT
       ::::::  .....      :..:::::::.:  :..:::::::. . .:. :: ...: .
CCDS49 TIGVDFLERQIQVNDEDVRLMLWDTAGQEEFDAITKAYYRGAQACVLVFSTTDRESFEAV
               50        60        70        80        90       100

          220       230       240       250       260       270    
pF1KB3 RQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKTGE
        .: : ..   :.:.    :: .: :::. .  .. ::.:  ::.... ... .:.:   
CCDS49 SSWREKVV--AEVGDIPTVLVQNKIDLLDDSCIKNEEAEA--LAKRLKLRFYRTSVKEDL
                110       120       130         140       150      

          280          290         300                       310   
pF1KB3 NVKAFFSRVAA---LAFEQSVLQD--LERQSSARLQVGN----------------GDLIQ
       ::.  :. .:      ..:.. .:  : ..:: .. : :                ::.:.
CCDS49 NVNEVFKYLAEKYLQKLKQQIAEDPELTHSSSNKIGVFNTSGGSHSGQNSGTLNGGDVIN
        160       170       180       190       200       210      

           320       330     
pF1KB3 MEGSPPETQESKRPSSLGCC  
       .. .  .:.... : : .:   
CCDS49 LRPNKQRTKKNRNPFS-SCSIP
        220       230        

>>CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14              (216 aa)
 initn: 311 init1: 278 opt: 400  Z-score: 422.1  bits: 85.8 E(32554): 3.4e-17
Smith-Waterman score: 400; 35.3% identity (65.1% similar) in 215 aa overlap (123-333:6-216)

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB3 PEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDY
                                     : : ...::  :::. :. .:  . :.  .
CCDS95                          MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVH
                                        10        20        30     

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB3 KATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLE
         ::::.:  .  .: :   .::::::::::.:. :. .:::::   . ..:.:  .:..
CCDS95 DLTIGVEFGARMVNIDGKQIKLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFN
          40        50        60        70        80        90     

            220       230       240       250       260       270  
pF1KB3 HTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKT
       :  .::::: :.. ...  :.:.:.:.:: :    .. :..:  .:::    .  .::::
CCDS95 HLTSWLEDA-RQHSSSNMVIMLIGNKSDLESRRDVKREEGEA--FAREHGLIFMETSAKT
         100        110       120       130         140       150  

            280         290       300       310       320          
pF1KB3 GENVKAFFSRVAALAFE--QSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRP--S
       . ::.  :  .:   ..  :. : :.. .... ...:  . :.   .:  .:...:   :
CCDS95 ACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGLFDVHNEANG-IKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGS
            160       170       180        190       200       210 

      330   
pF1KB3 SLGCC
       . :::
CCDS95 NSGCC
            

>>CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19             (218 aa)
 initn: 380 init1: 290 opt: 392  Z-score: 413.8  bits: 84.3 E(32554): 1e-16
Smith-Waterman score: 392; 33.6% identity (65.9% similar) in 211 aa overlap (123-333:11-215)

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB3 PEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDRDY
                                     : :::..::  :::..:. :: .: :. . 
CCDS12                     MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLES
                                   10        20        30        40

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB3 KATIGVDFEIERFEIAGIPYSLQIWDTAGQEKFKCIASAYYRGAQVIITAFDLTDVQTLE
       :.::::.:  . ... :   . :::::::::... :.:::::::   . ..:..   : :
CCDS12 KSTIGVEFATRSIQVDGKTIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYE
               50        60        70        80        90       100

            220       230       240       250       260       270  
pF1KB3 HTRQWLEDALRENEAGSCFIFLVGTKKDLLSGAACEQAEADAVHLAREMQAEYWSVSAKT
       ....::.. ::..  ..  :.:::.:.::    :    :: :  .:.. .  .  .::  
CCDS12 NVERWLKE-LRDHADSNIVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARA--FAEKNNLSFIETSALD
               110       120       130       140         150       

            280       290       300       310       320       330  
pF1KB3 GENVKAFFSRVAALAFEQSVLQDLERQSSARLQVGNGDLIQMEGSPPETQESKRPSSLGC
       . ::.  :. . .  ..    ...  ...   . :: .....  : : : ....:..: :
CCDS12 STNVEEAFKNILTEIYRIVSQKQIADRAAHDESPGN-NVVDI--SVPPTTDGQKPNKLQC
       160       170       180       190          200       210    

           
pF1KB3 C   
       :   
CCDS12 CQNL
           

>>CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11               (208 aa)
 initn: 357 init1: 270 opt: 390  Z-score: 412.0  bits: 83.9 E(32554): 1.3e-16
Smith-Waterman score: 401; 35.2% identity (62.4% similar) in 213 aa overlap (121-333:11-206)

              100       110       120       130       140       150
pF1KB3 YTPEACLQLREHFHGQVSAACQRRNTGTVGLKLSKVVVVGDLYVGKTSLIHRFCKNVFDR
                                     :.  :.: .:.  ::::::: ::  . :: 
CCDS82                     MSTGGDFGNPLRKFKLVFLGEQSVGKTSLITRFMYDSFDN
                                   10        20        30        40

              160       170       180       190       200       210
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       ...: .:..: .: ..... .:.:::.: :: .       :..  . :.:... .  .::
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       :.: ::: .: ::::    .   ::  :.          :.:...   :. :    : : 
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