Result of FASTA (omim) for pF1KE0130
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0130, 399 aa
  1>>>pF1KE0130 399 - 399 aa - 399 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5475+/-0.000341; mu= 16.3550+/- 0.021
 mean_var=83.6582+/-16.409, 0's: 0 Z-trim(116.4): 17  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.140223
 statistics sampled from 27573 (27590) to 27573 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.69), E-opt: 0.2 (0.323), width:  16
 Scan time:  9.470

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_116271 (OMIM: 300917) paraneoplastic antigen-li ( 399) 2649 545.6 7.8e-155
NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-li ( 448)  923 196.5 1.1e-49
NP_001096621 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448)  923 196.5 1.1e-49
NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448)  923 196.5 1.1e-49
NP_001171853 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448)  923 196.5 1.1e-49
XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448)  923 196.5 1.1e-49
XP_016884742 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448)  923 196.5 1.1e-49
NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma ( 353)  883 188.3 2.5e-47
NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen ( 455)  805 172.6 1.7e-42
NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma ( 463)  805 172.6 1.7e-42
XP_011542667 (OMIM: 603970) PREDICTED: paraneoplas ( 364)  552 121.4 3.7e-27
NP_009188 (OMIM: 603970) paraneoplastic antigen Ma ( 364)  552 121.4 3.7e-27
NP_001299820 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domai ( 402)  465 103.8 7.8e-22
NP_776159 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domain-c ( 402)  465 103.8 7.8e-22
NP_071434 (OMIM: 609485) modulator of apoptosis 1  ( 351)  375 85.5 2.1e-16


>>NP_116271 (OMIM: 300917) paraneoplastic antigen-like p  (399 aa)
 initn: 2649 init1: 2649 opt: 2649  Z-score: 2900.8  bits: 545.6 E(85289): 7.8e-155
Smith-Waterman score: 2649; 100.0% identity (100.0% similar) in 399 aa overlap (1-399:1-399)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWLRSIGQAVQPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEESFEVWLDHTTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SVAGALGVGLRRVCWLRSIGQAVQPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEESFEVWLDHTTE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 MLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALAQVFGDNESQAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 MLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALAQVFGDNESQAT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 IRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQMLTRAHLTEPLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 IRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQMLTRAHLTEPLD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 EALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAGAQAVARASTKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 EALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAGAQAVARASTKV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390         
pF1KE0 EAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 EAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN
              370       380       390         

>>NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-like p  (448 aa)
 initn: 893 init1: 390 opt: 923  Z-score: 1013.0  bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       ::.:.:.:::. : .. :..:::.::: .:...:.:....:.:.:.  . :::. ::.::
NP_443 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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NP_443 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
               70        80        90       100         110        

              130         140                150       160         
pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
       .:: :::      : :  .:.   :.: :         :..  ..: ::::  .:.::::
NP_443 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
      120            130       140       150       160       170   

     170       180       190       200       210       220         
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
       .:: ::...::.. .:: ::: :.::::::.::: ::.....: :.: . :...:: :: 
NP_443 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
           180       190        200       210       220       230  

     230       240       250       260       270       280         
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
       :.:::.:.  . . . : .. . ::..:.:.:::: :::::..:  :.  :.: .::...
NP_443 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
            240       250       260       270       280       290  

     290       300       310       320       330         340       
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
       :.:. .:  :   :. : . :  :.:::.. :.:. : :: . :  .. .  . .: :: 
NP_443 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
            300       310       320       330       340       350  

       350       360       370         380       390               
pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN      
       .: :: :.::...          :.. .:: .  . . . .: :: :...          
NP_443 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
             360                 370       380       390       400 

NP_443 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
             410       420       430       440        

>>NP_001096621 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik  (448 aa)
 initn: 893 init1: 390 opt: 923  Z-score: 1013.0  bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       ::.:.:.:::. : .. :..:::.::: .:...:.:....:.:.:.  . :::. ::.::
NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
       :: :...::   :::. .: .::: :: :.::  ::   .:::.  :. .: ..::. . 
NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
               70        80        90       100         110        

              130         140                150       160         
pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
       .:: :::      : :  .:.   :.: :         :..  ..: ::::  .:.::::
NP_001 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
      120            130       140       150       160       170   

     170       180       190       200       210       220         
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
       .:: ::...::.. .:: ::: :.::::::.::: ::.....: :.: . :...:: :: 
NP_001 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
           180       190        200       210       220       230  

     230       240       250       260       270       280         
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
       :.:::.:.  . . . : .. . ::..:.:.:::: :::::..:  :.  :.: .::...
NP_001 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
            240       250       260       270       280       290  

     290       300       310       320       330         340       
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
       :.:. .:  :   :. : . :  :.:::.. :.:. : :: . :  .. .  . .: :: 
NP_001 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
            300       310       320       330       340       350  

       350       360       370         380       390               
pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN      
       .: :: :.::...          :.. .:: .  . . . .: :: :...          
NP_001 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
             360                 370       380       390       400 

NP_001 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
             410       420       430       440        

>>NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik  (448 aa)
 initn: 893 init1: 390 opt: 923  Z-score: 1013.0  bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       ::.:.:.:::. : .. :..:::.::: .:...:.:....:.:.:.  . :::. ::.::
NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
       :: :...::   :::. .: .::: :: :.::  ::   .:::.  :. .: ..::. . 
NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
               70        80        90       100         110        

              130         140                150       160         
pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
       .:: :::      : :  .:.   :.: :         :..  ..: ::::  .:.::::
NP_001 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
      120            130       140       150       160       170   

     170       180       190       200       210       220         
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
       .:: ::...::.. .:: ::: :.::::::.::: ::.....: :.: . :...:: :: 
NP_001 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
           180       190        200       210       220       230  

     230       240       250       260       270       280         
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
       :.:::.:.  . . . : .. . ::..:.:.:::: :::::..:  :.  :.: .::...
NP_001 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
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     290       300       310       320       330         340       
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
       :.:. .:  :   :. : . :  :.:::.. :.:. : :: . :  .. .  . .: :: 
NP_001 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
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pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN      
       .: :: :.::...          :.. .:: .  . . . .: :: :...          
NP_001 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
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NP_001 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
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>>NP_001171853 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik  (448 aa)
 initn: 893 init1: 390 opt: 923  Z-score: 1013.0  bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       ::.:.:.:::. : .. :..:::.::: .:...:.:....:.:.:.  . :::. ::.::
NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
       :: :...::   :::. .: .::: :: :.::  ::   .:::.  :. .: ..::. . 
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       .:: :::      : :  .:.   :.: :         :..  ..: ::::  .:.::::
NP_001 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
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pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
       .:: ::...::.. .:: ::: :.::::::.::: ::.....: :.: . :...:: :: 
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pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
       :.:::.:.  . . . : .. . ::..:.:.:::: :::::..:  :.  :.: .::...
NP_001 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
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pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
       :.:. .:  :   :. : . :  :.:::.. :.:. : :: . :  .. .  . .: :: 
NP_001 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
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pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN      
       .: :: :.::...          :.. .:: .  . . . .: :: :...          
NP_001 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
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NP_001 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
             410       420       430       440        

>>XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplastic   (448 aa)
 initn: 893 init1: 390 opt: 923  Z-score: 1013.0  bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       ::.:.:.:::. : .. :..:::.::: .:...:.:....:.:.:.  . :::. ::.::
XP_016 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
       :: :...::   :::. .: .::: :: :.::  ::   .:::.  :. .: ..::. . 
XP_016 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
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pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
       .:: :::      : :  .:.   :.: :         :..  ..: ::::  .:.::::
XP_016 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
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pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
       .:: ::...::.. .:: ::: :.::::::.::: ::.....: :.: . :...:: :: 
XP_016 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
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pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
       :.:::.:.  . . . : .. . ::..:.:.:::: :::::..:  :.  :.: .::...
XP_016 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
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pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
       :.:. .:  :   :. : . :  :.:::.. :.:. : :: . :  .. .  . .: :: 
XP_016 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
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pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN      
       .: :: :.::...          :.. .:: .  . . . .: :: :...          
XP_016 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
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XP_016 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
             410       420       430       440        

>>XP_016884742 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplastic   (448 aa)
 initn: 893 init1: 390 opt: 923  Z-score: 1013.0  bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       ::.:.:.:::. : .. :..:::.::: .:...:.:....:.:.:.  . :::. ::.::
XP_016 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
       :: :...::   :::. .: .::: :: :.::  ::   .:::.  :. .: ..::. . 
XP_016 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
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pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
       .:: :::      : :  .:.   :.: :         :..  ..: ::::  .:.::::
XP_016 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
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pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
       .:: ::...::.. .:: ::: :.::::::.::: ::.....: :.: . :...:: :: 
XP_016 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
           180       190        200       210       220       230  

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pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
       :.:::.:.  . . . : .. . ::..:.:.:::: :::::..:  :.  :.: .::...
XP_016 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
            240       250       260       270       280       290  

     290       300       310       320       330         340       
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
       :.:. .:  :   :. : . :  :.:::.. :.:. : :: . :  .. .  . .: :: 
XP_016 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
            300       310       320       330       340       350  

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pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN      
       .: :: :.::...          :.. .:: .  . . . .: :: :...          
XP_016 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
             360                 370       380       390       400 

XP_016 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
             410       420       430       440        

>>NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma1 [H  (353 aa)
 initn: 710 init1: 309 opt: 883  Z-score: 970.7  bits: 188.3 E(85289): 2.5e-47
Smith-Waterman score: 883; 44.1% identity (72.4% similar) in 340 aa overlap (1-329:1-335)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       ::.:.:.:::: : ::..:.::. ::: .::.::..:.:.::. :.  . .::. : .:.
NP_006 MAMTLLEDWCRGMDVNSQRALLVWGIPVNCDEAEIEETLQAAM-PQVSYRMLGRMFWREE
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
       :: :::.::   :.:: .:::.:: :: :.:.: :  :  :::   :.  :  .::  :.
NP_006 NAKAALLELTGAVDYAAIPREMPGKGGVWKVLFKPPTSDAEFLE--RLHLFLAREGWTVQ
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pF1KE0 SVAGALGV-------GLRRVCWLRS--IGQAVQPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEESF
       .:: .::        : .    . .  . ...:: ::..  . : .::::: :.::::.:
NP_006 DVARVLGFQNPTPTPGPEMPAEMLNYILDNVIQPLVESIWYKRLTLFSGRDIPGPGEETF
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pF1KE0 EVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALAQV
       . ::.::.:.:. :: ::. :.::::.:.::: : .... : ..::: :. .:: :: ::
NP_006 DPWLEHTNEVLEEWQ-VSDVEKRRRLMESLRGPAADVIRILKSNNPAITTAECLKALEQV
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pF1KE0 FGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQMLT
       ::. ::.   ..: :.. :. ::.:::.:.::: ::::..:: :. . .....::.:...
NP_006 FGSVESSRDAQIKFLNTYQNPGEKLSAYVIRLEPLLQKVVEKGAIDKDNVNQARLEQVIA
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pF1KE0 RAHLTEPLDEALRKLRMAGR--SPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAG
        :. .  . . :  :  ::.  .:.....:  .:: :: :                    
NP_006 GANHSGAIRRQLW-LTGAGEGPAPNLFQLLVQIREEEAKEEEEEAEATLLQLGLEGHF  
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pF1KE0 AQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN

>>NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma3  (455 aa)
 initn: 1009 init1: 425 opt: 805  Z-score: 883.9  bits: 172.6 E(85289): 1.7e-42
Smith-Waterman score: 993; 44.8% identity (70.1% similar) in 375 aa overlap (1-364:1-367)

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       : .:.::::::   .:.:: .::::::::: . ::.:.:. : : .:.. :.:. ::.:.
NP_001 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
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       :: : :.:: ....:::.:::::: ::::.:.  :: :  :::.  :. .: :.: . : 
NP_001 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLN--RLNRFLEEERRTVS
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       ..  .::        ::        : ...: :::: .: .  . : ::::     ::  
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       .:..::.::::::..:: : : :.::::.: ::: :::.: .: : : . :...::::: 
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pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
       ::::  ::.   .::   : :..::..:.:::::: :::.:.:.....: .....::...
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pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAG
       :. : : . : . :. ...  . :.:: .. :.:: : :::.:. . : . .   : ...
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pF1KE0 AQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN          
        .  ::  : : :::                                             
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>>NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma3 is  (463 aa)
 initn: 1009 init1: 425 opt: 805  Z-score: 883.8  bits: 172.6 E(85289): 1.7e-42
Smith-Waterman score: 993; 44.8% identity (70.1% similar) in 375 aa overlap (1-364:1-367)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
       : .:.::::::   .:.:: .::::::::: . ::.:.:. : : .:.. :.:. ::.:.
NP_037 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
       :: : :.:: ....:::.:::::: ::::.:.  :: :  :::.  :. .: :.: . : 
NP_037 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLN--RLNRFLEEERRTVS
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pF1KE0 SVAGALGVGLR----RVC-------WLRSIGQAVQPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
       ..  .::        ::        : ...: :::: .: .  . : ::::     ::  
NP_037 DMNRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWTWAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
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pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
       .:..::.::::::..:: : : :.::::.: ::: :::.: .: : : . :...::::: 
NP_037 AFDAWLEHTTEMLQMWQ-VPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQ
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pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
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NP_037 QVFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRV
       240       250       260       270       280       290       

     290       300       310       320       330       340         
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAG
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NP_037 LSGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPD-RESLE---GLEVA
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pF1KE0 AQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN          
        .  ::  : : :::                                             
NP_037 PRPPARI-TGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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