Result of FASTA (ccds) for pF1KB9765
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9765, 903 aa
  1>>>pF1KB9765 903 - 903 aa - 903 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0157+/-0.00108; mu= 6.7261+/- 0.065
 mean_var=278.8550+/-57.898, 0's: 0 Z-trim(112.6): 50  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.076804
 statistics sampled from 13278 (13317) to 13278 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.409), width:  16
 Scan time:  3.670

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14        ( 903) 5987 677.6 2.8e-194
CCDS9645.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14         ( 901) 5963 674.9 1.8e-193
CCDS53891.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14        ( 933) 5871 664.8 2.1e-190
CCDS53892.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14        ( 920) 5339 605.8 1.2e-172
CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19         ( 590)  579 78.2 5.1e-14
CCDS5045.1 SIM1 gene_id:6492|Hs108|chr6            ( 766)  553 75.4 4.5e-13
CCDS13646.1 SIM2 gene_id:6493|Hs108|chr21          ( 667)  543 74.2 8.7e-13


>>CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14             (903 aa)
 initn: 5987 init1: 5987 opt: 5987  Z-score: 3601.5  bits: 677.6 E(32554): 2.8e-194
Smith-Waterman score: 5987; 100.0% identity (100.0% similar) in 903 aa overlap (1-903:1-903)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 ASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRSPSALAIEVFEAHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRSPSALAIEVFEAHL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 GSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 GMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKST
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 HMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 CVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 LPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDND
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 MNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 NCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKRKKRRKRQKGGSASRRRLSSASSPGGLDAGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKRKKRRKRQKGGSASRRRLSSASSPGGLDAGL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 VEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDNDSSIWNYPPNREISRNESPYSMTKPPSSEH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDNDSSIWNYPPNREISRNESPYSMTKPPSSEH
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 FPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPGADGAAARKTQFGASATAALAPVASDPLSPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPGADGAAARKTQFGASATAALAPVASDPLSPP
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB9 LSASPRDKHPGNGGGGGGGGGGAGGGGPSASNSLLYTGDLEALQRLQAGNVVLPLVHRVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LSASPRDKHPGNGGGGGGGGGGAGGGGPSASNSLLYTGDLEALQRLQAGNVVLPLVHRVT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB9 GTLAATSTAAQRVYTTGTIRYAPAEVTLAMQSNLLPNAHAVNFVDVNSPGFGLDPKTPME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GTLAATSTAAQRVYTTGTIRYAPAEVTLAMQSNLLPNAHAVNFVDVNSPGFGLDPKTPME
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB9 MLYHHVHRLNMSGPFGGAVSAASLTQMPAGNVFTTAEGLFSTLPFPVYSNGIHAAQTLER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MLYHHVHRLNMSGPFGGAVSAASLTQMPAGNVFTTAEGLFSTLPFPVYSNGIHAAQTLER
              850       860       870       880       890       900

          
pF1KB9 KED
       :::
CCDS55 KED
          

>>CCDS9645.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14              (901 aa)
 initn: 5335 init1: 5335 opt: 5963  Z-score: 3587.1  bits: 674.9 E(32554): 1.8e-193
Smith-Waterman score: 5963; 99.8% identity (99.8% similar) in 903 aa overlap (1-903:1-901)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 ASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRSPSALAIEVFEAHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::  ::::::::::::::::::::
CCDS96 ASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVK--GAQRRRSPSALAIEVFEAHL
               70        80        90         100       110        

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 GSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 GSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQL
      120       130       140       150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 GMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 GMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKST
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 LTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDC
      240       250       260       270       280       290        

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 HMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 HMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQ
      300       310       320       330       340       350        

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 CVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 CVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPH
      360       370       380       390       400       410        

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 LPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 LPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDND
      420       430       440       450       460       470        

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 MNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 MNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQ
      480       490       500       510       520       530        

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 NCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKRKKRRKRQKGGSASRRRLSSASSPGGLDAGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 NCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKRKKRRKRQKGGSASRRRLSSASSPGGLDAGL
      540       550       560       570       580       590        

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 VEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDNDSSIWNYPPNREISRNESPYSMTKPPSSEH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 VEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDNDSSIWNYPPNREISRNESPYSMTKPPSSEH
      600       610       620       630       640       650        

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 FPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPGADGAAARKTQFGASATAALAPVASDPLSPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 FPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPGADGAAARKTQFGASATAALAPVASDPLSPP
      660       670       680       690       700       710        

              730       740       750       760       770       780
pF1KB9 LSASPRDKHPGNGGGGGGGGGGAGGGGPSASNSLLYTGDLEALQRLQAGNVVLPLVHRVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 LSASPRDKHPGNGGGGGGGGGGAGGGGPSASNSLLYTGDLEALQRLQAGNVVLPLVHRVT
      720       730       740       750       760       770        

              790       800       810       820       830       840
pF1KB9 GTLAATSTAAQRVYTTGTIRYAPAEVTLAMQSNLLPNAHAVNFVDVNSPGFGLDPKTPME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 GTLAATSTAAQRVYTTGTIRYAPAEVTLAMQSNLLPNAHAVNFVDVNSPGFGLDPKTPME
      780       790       800       810       820       830        

              850       860       870       880       890       900
pF1KB9 MLYHHVHRLNMSGPFGGAVSAASLTQMPAGNVFTTAEGLFSTLPFPVYSNGIHAAQTLER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 MLYHHVHRLNMSGPFGGAVSAASLTQMPAGNVFTTAEGLFSTLPFPVYSNGIHAAQTLER
      840       850       860       870       880       890        

          
pF1KB9 KED
       :::
CCDS96 KED
      900 

>>CCDS53891.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14             (933 aa)
 initn: 5871 init1: 5871 opt: 5871  Z-score: 3531.8  bits: 664.8 E(32554): 2.1e-190
Smith-Waterman score: 5917; 96.8% identity (96.8% similar) in 933 aa overlap (1-903:1-933)

               10                                      20        30
pF1KB9 MAPTKPSFQQDPSRRER------------------------------LQALRKEKSRDAA
       :::::::::::::::::                              :::::::::::::
CCDS53 MAPTKPSFQQDPSRRERITAQHPLPNQSECRKIYRYDGIYCESTYQNLQALRKEKSRDAA
               10        20        30        40        50        60

               40        50        60        70        80        90
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEG
               70        80        90       100       110       120

              100       110       120       130       140       150
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PPPNTSVKVIGAQRRRSPSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSI
              130       140       150       160       170       180

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pF1KB9 YLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQLGMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQLGMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSE
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB9 TPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSH
              250       260       270       280       290       300

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pF1KB9 GRTVPSQIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GRTVPSQIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVD
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pF1KB9 IVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKN
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pF1KB9 ANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPHLPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPHLPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNEN
              430       440       450       460       470       480

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pF1KB9 SKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENP
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pF1KB9 KAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQNCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQNCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKR
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pF1KB9 KKRRKRQKGGSASRRRLSSASSPGGLDAGLVEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KKRRKRQKGGSASRRRLSSASSPGGLDAGLVEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDN
              610       620       630       640       650       660

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pF1KB9 DSSIWNYPPNREISRNESPYSMTKPPSSEHFPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DSSIWNYPPNREISRNESPYSMTKPPSSEHFPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPG
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pF1KB9 ADGAAARKTQFGASATAALAPVASDPLSPPLSASPRDKHPGNGGGGGGGGGGAGGGGPSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ADGAAARKTQFGASATAALAPVASDPLSPPLSASPRDKHPGNGGGGGGGGGGAGGGGPSA
              730       740       750       760       770       780

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pF1KB9 SNSLLYTGDLEALQRLQAGNVVLPLVHRVTGTLAATSTAAQRVYTTGTIRYAPAEVTLAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SNSLLYTGDLEALQRLQAGNVVLPLVHRVTGTLAATSTAAQRVYTTGTIRYAPAEVTLAM
              790       800       810       820       830       840

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pF1KB9 QSNLLPNAHAVNFVDVNSPGFGLDPKTPMEMLYHHVHRLNMSGPFGGAVSAASLTQMPAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QSNLLPNAHAVNFVDVNSPGFGLDPKTPMEMLYHHVHRLNMSGPFGGAVSAASLTQMPAG
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              880       890       900   
pF1KB9 NVFTTAEGLFSTLPFPVYSNGIHAAQTLERKED
       :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NVFTTAEGLFSTLPFPVYSNGIHAAQTLERKED
              910       920       930   

>>CCDS53892.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14             (920 aa)
 initn: 5339 init1: 5339 opt: 5339  Z-score: 3213.3  bits: 605.8 E(32554): 1.2e-172
Smith-Waterman score: 5943; 98.2% identity (98.2% similar) in 920 aa overlap (1-903:1-920)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90                        100   
pF1KB9 ASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVK-----------------VIGAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                 :::::
CCDS53 ASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKGIQMWKSELCMRKTPCEVIGAQ
               70        80        90       100       110       120

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pF1KB9 RRRSPSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RRRSPSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSS
              130       140       150       160       170       180

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pF1KB9 VFDYVHPGDHVEMAEQLGMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VFDYVHPGDHVEMAEQLGMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLL
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB9 TTDNTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TTDNTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVV
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pF1KB9 VAHALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VAHALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAE
              310       320       330       340       350       360

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pF1KB9 DVEGIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DVEGIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLL
              370       380       390       400       410       420

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pF1KB9 SNPEYKDTPMDIAQLPHLPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SNPEYKDTPMDIAQLPHLPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENS
              430       440       450       460       470       480

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pF1KB9 EDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 EDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAM
              490       500       510       520       530       540

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pF1KB9 QIKVERYVESESDLRLQNCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKRKKRRKRQKGGSAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QIKVERYVESESDLRLQNCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKRKKRRKRQKGGSAS
              550       560       570       580       590       600

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pF1KB9 RRRLSSASSPGGLDAGLVEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDNDSSIWNYPPNREI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RRRLSSASSPGGLDAGLVEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDNDSSIWNYPPNREI
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pF1KB9 SRNESPYSMTKPPSSEHFPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPGADGAAARKTQFGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SRNESPYSMTKPPSSEHFPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPGADGAAARKTQFGA
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pF1KB9 SATAALAPVASDPLSPPLSASPRDKHPGNGGGGGGGGGGAGGGGPSASNSLLYTGDLEAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SATAALAPVASDPLSPPLSASPRDKHPGNGGGGGGGGGGAGGGGPSASNSLLYTGDLEAL
              730       740       750       760       770       780

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pF1KB9 QRLQAGNVVLPLVHRVTGTLAATSTAAQRVYTTGTIRYAPAEVTLAMQSNLLPNAHAVNF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QRLQAGNVVLPLVHRVTGTLAATSTAAQRVYTTGTIRYAPAEVTLAMQSNLLPNAHAVNF
              790       800       810       820       830       840

           830       840       850       860       870       880   
pF1KB9 VDVNSPGFGLDPKTPMEMLYHHVHRLNMSGPFGGAVSAASLTQMPAGNVFTTAEGLFSTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VDVNSPGFGLDPKTPMEMLYHHVHRLNMSGPFGGAVSAASLTQMPAGNVFTTAEGLFSTL
              850       860       870       880       890       900

           890       900   
pF1KB9 PFPVYSNGIHAAQTLERKED
       ::::::::::::::::::::
CCDS53 PFPVYSNGIHAAQTLERKED
              910       920

>>CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19              (590 aa)
 initn: 1443 init1: 528 opt: 579  Z-score: 365.2  bits: 78.2 E(32554): 5.1e-14
Smith-Waterman score: 1568; 52.7% identity (76.3% similar) in 465 aa overlap (18-466:42-483)

                            10        20        30        40       
pF1KB9              MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKL
                                     ::: ::::::.::::::::::.::.:::::
CCDS12 SEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKL
              20        30        40        50        60        70 

        50        60        70        80        90       100       
pF1KB9 LPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRS
       ::::.::.::::::::.::...::..: ::  : :::.::  ::: .       :  ::.
CCDS12 LPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPAGL------APGRRG
              80        90       100       110             120     

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB9 PSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDY
       :.::. :::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS12 PAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDY
         130       140       150       160       170       180     

       170       180        190       200       210       220      
pF1KB9 VHPGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTD
       .::::: :. ::::.. : ::           ..::.:::: ..::: .:..  ..  ..
CCDS12 IHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG----PPTPPSVSSSSSSSSSLADTPE-IEASLTKVPPSS
         190       200           210       220        230       240

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB9 NTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAH
        . :::::.::::::::::.:.:.:::::::.:::::     .:.       .:::...:
CCDS12 LVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----AHA-------LGLVALGH
              250       260       270            280               

        290       300       310       320       330       340      
pF1KB9 ALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVE
       .:::  . :. .  ::.: :... :.:. ::.:.::.::: : ..::. ::.:.:..:. 
CCDS12 TLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDAT
      290       300       310       320       330       340        

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB9 GIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNP
        ::.::.:::.::: .: ::::.:. ::..:.:: ::.: ..:. .:....::...::. 
CCDS12 RIRQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQA
      350       360       370       380       390       400        

        410       420                      430       440       450 
pF1KB9 EYKDTPMDIAQLPHL---------------PEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENS
       :  .::.:  :::                 ::  .:..... .:... .:.:     : .
CCDS12 EGGQTPLDAFQLPASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPG
      410       420       430       440       450       460        

             460       470       480       490       500       510 
pF1KB9 KSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPK
         . ::... ..:::                                             
CCDS12 PRETKGSEDSGDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPWGLAPPGDPPPTLLHAGF
      470       480       490       500       510       520        

>>CCDS5045.1 SIM1 gene_id:6492|Hs108|chr6                 (766 aa)
 initn: 1080 init1: 425 opt: 553  Z-score: 348.2  bits: 75.4 E(32554): 4.5e-13
Smith-Waterman score: 996; 34.3% identity (59.2% similar) in 650 aa overlap (23-663:2-562)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDK
                             ::::..:::.:: ::: ::::::::::::.::::::::
CCDS50                      MKEKSKNAARTRREKENSEFYELAKLLPLPSAITSQLDK
                                    10        20        30         

               70        80         90       100       110         
pF1KB9 ASIIRLTISYLKMRDFANQG-DPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRSPSALAIEVFEAH
       ::::::: ::::::    .:    :                : . : ::    ..    .
CCDS50 ASIIRLTTSYLKMRVVFPEGLGEAW----------------GHSSRTSP----LDNVGRE
      40        50        60                        70             

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB9 LGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQ
       ::::.::.::::.:..  .::..:::::.:..::::::::::.:...:.::.:: ::.  
CCDS50 LGSHLLQTLDGFIFVVAPDGKIMYISETASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPADHDEMTAV
      80        90       100       110       120       130         

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB9 LGMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKS
       :              ::.               .: .:     .. .  .:::::.::: 
CCDS50 L--------------TAH---------------QPYHSH----FVQEYEIERSFFLRMKC
     140                                        150       160      

     240       250       260        270        280       290       
pF1KB9 TLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLR-VSLSHGRTVPS-QIMGLVVVAHALPPPTINEVR
       .:.::.. .  .:::::: .: :..:  ::. .      : .:::.:.:.::: ...:..
CCDS50 VLAKRNAGLTCGGYKVIHCSGYLKIRQYSLDMSPFDGCYQNVGLVAVGHSLPPSAVTEIK
        170       180       190       200       210       220      

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB9 IDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLN
       .  .::. :...:...:. ..:...     : :.. :  :: .:. :.  .: .:  :: 
CCDS50 LHSNMFMFRASLDMKLIFLDSRVAELTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDTFHLRCAHHLLLV
        230       240       250       260       270       280      

       360       370       380       390       400       410       
pF1KB9 KGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQ
       ::: .:::::.. :.::..:.:: :::. :....  . :. :::.:.. :::   ... :
CCDS50 KGQVTTKYYRFLAKHGGWVWVQSYATIVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTDTEYKGLQLSLDQ
        290       300       310       320       330       340      

       420       430       440       450             460       470 
pF1KB9 LPHLPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKS------DEKGNQSENSEDPEPDRK
       .       : .: .. . .:..  .    .. .:::      . .: ..: ::. . : .
CCDS50 ISASKPAFSYTSSSTPTMTDNRKGAKSRLSSSKSKSRTSPYPQYSGFHTERSES-DHDSQ
        350       360       370       380       390       400      

             480       490       500       510       520       530 
pF1KB9 KSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYV
        .:.   .:    .    .. : :.  : :  . .: . ..   :: ::   ..  ::. 
CCDS50 WGGSPL-TDTASPQLLDPADRPGSQH-DASCAYRQFSDRSSLCYGF-ALDHSRLVEERHF
         410        420       430        440        450       460  

             540       550       560       570       580       590 
pF1KB9 ESESDLRLQNCESLTSDSAKDSDSAGEAGAQASSKHQKRKKRRKRQKGGSASRRRLSSAS
       ..      : ::.   ....   .. .::              ..   :: .   :..::
CCDS50 HT------QACEGGRCEAGRYFLGTPQAG--------------REPWWGSRAALPLTKAS
                  470       480                     490       500  

             600       610       620       630       640       650 
pF1KB9 SPGGLDAGLVEPPRLLSSPNSASVLKIKTEISEPINFDNDSSIWNYPPNREISRNESPYS
        : . .:   :     : :. ::: .:. .     ..:.:: . .  :.   :.. . : 
CCDS50 -PESREA--YEN----SMPHIASVHRIHGRG----HWDEDSVVSSPDPGSA-SESGDRYR
               510           520           530       540        550

             660       670       680       690       700       710 
pF1KB9 MTKPPSSEHFPSPQGGGGGGGGGGGLHVAIPDSVLTPPGADGAAARKTQFGASATAALAP
         .  :: : ::                                                
CCDS50 TEQYQSSPHEPSKIETLIRATQQMIKEEENRLQLRKAPSDQLASINGAGKKHSLCFANYQ
              560       570       580       590       600       610

>>CCDS13646.1 SIM2 gene_id:6493|Hs108|chr21               (667 aa)
 initn: 992 init1: 419 opt: 543  Z-score: 343.0  bits: 74.2 E(32554): 8.7e-13
Smith-Waterman score: 994; 39.0% identity (64.8% similar) in 474 aa overlap (23-493:2-411)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKLLPLPAAITSQLDK
                             ::::..::..:: ::: ::::::::::::.::::::::
CCDS13                      MKEKSKNAAKTRREKENGEFYELAKLLPLPSAITSQLDK
                                    10        20        30         

               70        80         90       100       110         
pF1KB9 ASIIRLTISYLKMRDFANQG-DPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRSPSALAIEVFEAH
       ::::::: ::::::    .:    :     : :            : .:    ..    .
CCDS13 ASIIRLTTSYLKMRAVFPEGLGDAW-----GQPS-----------RAGP----LDGVAKE
      40        50        60                        70             

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB9 LGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQ
       ::::.::.::::::.. ..::..:::::.:..::::::::::.:...:.::.:: ::.  
CCDS13 LGSHLLQTLDGFVFVVASDGKIMYISETASVHLGLSQVELTGNSIYEYIHPSDHDEMTAV
      80        90       100       110       120       130         

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB9 LGMKLPPGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKS
       :  . :  . ::..                                   .:::::.::: 
CCDS13 LTAHQPLHHHLLQE---------------------------------YEIERSFFLRMKC
     140       150                                        160      

     240       250       260       270         280       290       
pF1KB9 TLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPS--QIMGLVVVAHALPPPTINEVR
       .:.::.. .  ::::::: .: :..:  .       :  ::.:::.:...::: .:.:..
CCDS13 VLAKRNAGLTCSGYKVIHCSGYLKIRQYMLDMSLYDSCYQIVGLVAVGQSLPPSAITEIK
        170       180       190       200       210       220      

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB9 IDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLN
       .  .::. :...::..:. ..:...     : :.. :  :: .:. ::  .:..:  :: 
CCDS13 LYSNMFMFRASLDLKLIFLDSRVTEVTGYEPQDLIEKTLYHHVHGCDVFHLRYAHHLLLV
        230       240       250       260       270       280      

       360       370       380       390       400       410       
pF1KB9 KGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQ
       ::: .::::: ..: ::..:.:: ::.. :....  . :. :::.:.. :::.  ... :
CCDS13 KGQVTTKYYRLLSKRGGWVWVQSYATVVHNSRSSRPHCIVSVNYVLTEIEYKELQLSLEQ
        290       300       310       320       330       340      

       420       430       440       450       460       470       
pF1KB9 LPHLPEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNAC
       .     :...: .:.   : :..:  ...  .:.:      ...   .: : .. :.   
CCDS13 VS--TAKSQDSWRTA--LSTSQETRKLVKP-KNTKM-----KTKLRTNPYPPQQYSSFQM
          350         360       370             380       390      

       480       490       500       510       520       530       
pF1KB9 DNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDL
       :. ..:.. :.  ..:                                            
CCDS13 DK-LECGQLGNWRASPPASAAAPPELQPHSESSDLLYTPSYSLPFSYHYGHFPLDSHVFS
         400       410       420       430       440       450     




903 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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